BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196F08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 109,248,768 - 109,335,346
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneItpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110
Downstream geneLOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196F08.bB6Ng01-196F08.g
ACCGA018503GA018504
length1,1611,064
definitionB6Ng01-196F08.b B6Ng01-196F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,334,193 - 109,335,346)(109,248,768 - 109,249,857)
sequence
gaattcaagagcagcccactgattttctttatctttctcaaacttattag
ggtattcctcatgatgaaacaagataacacatagaggaagataagaataa
agaaacaagggataacaaagacaaagaacaagaagatggggccctagaca
caaggttcagtatttgctattctcacagaggtcctgggtttggatcttag
gaccaactttgtgcatctcacaactgccaagcaataactcctgctccagc
tccagttatgtcttctgacatccaaaggcacaacatgccctcaccccctg
tatgtaatttaaaggagtaaaaataagtcgtttttaaaagtggattatac
tagctccataaaattactatatttttggttgtgaacctagcctttaatgg
ttgagtcatctctacagcccaaaattagtataagtattacctcacttata
tacattaatgttcatacagaattttctttacttattccttaaccattggt
cagagctaccagtaaaacaagaaaacccttgagtgttctttatgaggaca
taaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaactaagcaaaa
taagataaaataaaataaaaactttcctagttttttttttatttcaaaaa
atagtttcaactacttgctatgtagcccaggctagcctcaagcttctgct
ccttcagaattaaccttccaagtgttgggactacaggtgcatataataat
accctactcacaacgttttgaaaataactttacattttcagaaaagttca
aaatatttatctttacatggtgccatgttagatacatattttttcactat
gttggcctgcagctgatgaaagcaatttggaaaggttgtggagcttttaa
gagaatactagtgattggaagcagcatttcagatcctattccactttctg
tttttgacagtgggtggactgagaccagatattctcttttttcttgtttt
cacatcacaatggaactgtgacttctctaactgtgatctaagaaaaaccc
attgttccctcaaagttacttctcaagtattttggatacagccatgaaac
aggtacctaatacacccctagttgaatggtgagctagtctacattgttcc
atctgaatgct
gaattctccaatctcactcccagtgacatccttcctccaggaagtcttca
cctcctaaattttcatagtctcaaaaattgtcacagactgaagagcacgt
gttcaaatatgtaaacctatagggaacatttctcattcaaactatggtac
ttgctatgtaaagatgggaccgtgaattgaaaacaaattgatgtcctttc
ttctgggatatgataaagttgcaatgtagttaaattctttccttcaaaaa
tttccttgagattttttcatagcttaatgtaattaaccatttgataatct
agatcatctccctatgtctatggctgataagtaagtatccaggaaaaaat
aaacctatgtccatctgtaaatataaacttcctagcttccagtttgttag
acttttccattgcagctggtttgataggaaaaaagtaaggcaaaacaaga
aaaggtaaactggaaagttgaagtttcgcttcttccttgatcatggctgg
gtcaaaggtctcaaatagttgtcatttctttccatttcctgtttctctgt
cattttgtctagattctagtaaaatcatcacccctttacttcaaatagta
ccagattcaaatggcctcagtttagtgatctttacaggaaaataattaca
atattattttgctggtagaggaagaaagcactgtaagttgatctcccctc
agaagacccctagatgcttgttagtaattttatacagaataacaaaggct
gtgacttcattggcttgacctgagatacatgccacttcaaaggccagaag
ctaattctgtaaacagaatcacagactgtcaggcagtctgtgaggttatc
aacttattatgagctattctatttagtcaaccaggatctccaatgttggc
aggaatatatctacctctgcagttggattctgaaagtatggcaacgtgtc
tattctttctgctgatctgtcagtgaaatcagtattgctgcatatagatg
acacagatgttgtttgagctggtcttggattggatctggacactttgaga
gtcaatcaagtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_109334193_109335346
seq2: B6Ng01-196F08.b_47_1207 (reverse)

seq1  AGCA-TCAGATGGGACAATGTAGACTAAGCTCA-CATTCAAACTA--GGT  46
      |||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||  |||
seq2  AGCATTCAGATGGAACAATGTAGACT-AGCTCACCATTC-AACTAGGGGT  48

seq1  GTATTAGGTACTTGTTTCATTGCTGTATCCAAAATACCTGAGAAGTAAC-  95
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  GTATTAGGTACCTGTTTCATGGCTGTATCCAAAATACTTGAGAAGTAACT  98

seq1  TTGAGGG-ACAATGGGTTTATCTTAGATCACAGTTAGAGAAGTCACAG-T  143
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGAGGGAACAATGGGTTTTTCTTAGATCACAGTTAGAGAAGTCACAGTT  148

seq1  CCATTGTGATGTGAAAACAAG-AAAAAGAG-ATATCTGGTCTCAGTCCAC  191
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTGATGTGAAAACAAGAAAAAAGAGAATATCTGGTCTCAGTCCAC  198

seq1  CCACTGTCAAAAAACAGAAAGTGGAATAGGATCTGAAATGCTGCTTCCAA  241
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTC-AAAAACAGAAAGTGGAATAGGATCTGAAATGCTGCTTCCAA  247

seq1  TCACTAGTATTCTCTTAAAAGCTCCACAACCTTTCCAAATTGCTTTCATC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGTATTCTCTTAAAAGCTCCACAACCTTTCCAAATTGCTTTCATC  297

seq1  AGCTGCAGGCCAACATAGTG-AAAAATATGTATCTAACATGGCACCATGT  340
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGGCCAACATAGTGAAAAAATATGTATCTAACATGGCACCATGT  347

seq1  AAAGATAAATATTTTGAACTTTTCTGAAAATGTAAAGTTATTTTCAAAAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAAATATTTTGAACTTTTCTGAAAATGTAAAGTTATTTTCAAAAC  397

seq1  GTTGTGAGTAGGGTATTATTATATGCACCTGTAGTCCCAACACTTGGAAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAGTAGGGTATTATTATATGCACCTGTAGTCCCAACACTTGGAAG  447

seq1  GTTAATTCTGAAGGAGCAGAAGCTTGAGGCTAGCCTGGGCTACATAGCAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTCTGAAGGAGCAGAAGCTTGAGGCTAGCCTGGGCTACATAGCAA  497

seq1  GTAGTTGAAACTATTTTTTGAAATAAAAAAAAAACTAGGAAAGTTTTTAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGAAACTATTTTTTGAAATAAAAAAAAAACTAGGAAAGTTTTTAT  547

seq1  TTTATTTTATCTTATTTTGCTTAGTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTATCTTATTTTGCTTAGTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTAT  597

seq1  TTTATTTTATTTTATGTCCTCATAAAGAACACTCAAGGGTTTTCTTGTTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTATTTTATGTCCTCATAAAGAACACTCAAGGGTTTTCTTGTTT  647

seq1  TACTGGTAGCTCTGACCAATGGTTAAGGAATAAGTAAAGAAAATTCTGTA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTAGCTCTGACCAATGGTTAAGGAATAAGTAAAGAAAATTCTGTA  697

seq1  TGAACATTAATGTATATAAGTGAGGTAATACTTATACTAATTTTGGGCTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTAATGTATATAAGTGAGGTAATACTTATACTAATTTTGGGCTG  747

seq1  TAGAGATGACTCAACCATTAAAGGCTAGGTTCACAACCAAAAATATAGTA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATGACTCAACCATTAAAGGCTAGGTTCACAACCAAAAATATAGTA  797

seq1  ATTTTATGGAGCTAGTATAATCCACTTTTAAAAACGACTTATTTTTACTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGGAGCTAGTATAATCCACTTTTAAAAACGACTTATTTTTACTC  847

seq1  CTTTAAATTACATACAGGGGGTGAGGGCATGTTGTGCCTTTGGATGTCAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATTACATACAGGGGGTGAGGGCATGTTGTGCCTTTGGATGTCAG  897

seq1  AAGACATAACTGGAGCTGGAGCAGGAGTTATTGCTTGGCAGTTGTGAGAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATAACTGGAGCTGGAGCAGGAGTTATTGCTTGGCAGTTGTGAGAT  947

seq1  GCACAAAGTTGGTCCTAAGATCCAAACCCAGGACCTCTGTGAGAATAGCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAGTTGGTCCTAAGATCCAAACCCAGGACCTCTGTGAGAATAGCA  997

seq1  AATACTGAACCTTGTGTCTAGGGCCCCATCTTCTTGTTCTTTGTCTTTGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGAACCTTGTGTCTAGGGCCCCATCTTCTTGTTCTTTGTCTTTGT  1047

seq1  TATCCCTTGTTTCTTTATTCTTATCTTCCTCTATGTGTTATCTTGTTTCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTTGTTTCTTTATTCTTATCTTCCTCTATGTGTTATCTTGTTTCA  1097

seq1  TCATGAGGAATACCCTAATAAGTTTGAGAAAGATAAAGAAAATCAGTGGG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGGAATACCCTAATAAGTTTGAGAAAGATAAAGAAAATCAGTGGG  1147

seq1  CTGCTCTTGAATTC  1154
      ||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTGAATTC  1161

seq1: chr6_109248768_109249857
seq2: B6Ng01-196F08.g_66_1129

seq1  GAATTCTCCAATCTCACTCCCAGTGACATCCTTCCTCCAGGAAGTCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAATCTCACTCCCAGTGACATCCTTCCTCCAGGAAGTCTTCA  50

seq1  CCTCCTAAATTTTCATAGTCTCAAAAATTGTCACAGACTGAAGAGCACGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTAAATTTTCATAGTCTCAAAAATTGTCACAGACTGAAGAGCACGT  100

seq1  GTTCAAATATGTAAACCTATAGGGAACATTTCTCATTCAAACTATGGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATATGTAAACCTATAGGGAACATTTCTCATTCAAACTATGGTAC  150

seq1  TTGCTATGTAAAGATGGGACCGTGAATTGAAAACAAATTGATGTCCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGTAAAGATGGGACCGTGAATTGAAAACAAATTGATGTCCTTTC  200

seq1  TTCTGGGATATGATAAAGTTGCAATGTAGTTAAATTCTTTCCTTCAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGATATGATAAAGTTGCAATGTAGTTAAATTCTTTCCTTCAAAAA  250

seq1  TTTCCTTGAGATTTTTTCATAGCTTAATGTAATTAACCATTTGATAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGAGATTTTTTCATAGCTTAATGTAATTAACCATTTGATAATCT  300

seq1  AGATCATCTCCCTATGTCTATGGCTGATAAGTAAGTATCCAGGAAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATCTCCCTATGTCTATGGCTGATAAGTAAGTATCCAGGAAAAAAT  350

seq1  AAACCTATGTCCATCTGTAAATATAAACTTCCTAGCTTCCAGTTTGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTATGTCCATCTGTAAATATAAACTTCCTAGCTTCCAGTTTGTTAG  400

seq1  ACTTTTCCATTGCAGCTGGTTTGATAGGAAAAAAGTAAGGCAAAACAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCCATTGCAGCTGGTTTGATAGGAAAAAAGTAAGGCAAAACAAGA  450

seq1  AAAGGTAAACTGGAAAGTTGAAGTTTCGCTTCTTCCTTGATCATGGCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAAACTGGAAAGTTGAAGTTTCGCTTCTTCCTTGATCATGGCTGG  500

seq1  GTCAAAGGTCTCAAATAGTTGTCATTTCTTTCCATTTCCTGTTTCTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGTCTCAAATAGTTGTCATTTCTTTCCATTTCCTGTTTCTCTGT  550

seq1  CATTTTGTCTAGATTCTAGTAAAATCATCACCCCTTTACTTCAAATAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTCTAGATTCTAGTAAAATCATCACCCCTTTACTTCAAATAGTA  600

seq1  CCAGATTCAAATGGCCTCAGTTTAGTGATCTTTACAGGAAAATAATTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTCAAATGGCCTCAGTTTAGTGATCTTTACAGGAAAATAATTACA  650

seq1  ATATTATTTTGCTGGTAGAGGAAGAAAGCACTGTAAGTTGATCTCCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTTGCTGGTAGAGGAAGAAAGCACTGTAAGTTGATCTCCCCTC  700

seq1  AGAAGACCCCTAGATGCTTGTTAGTAATTTTATACAGAATAACAAAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCCCTAGATGCTTGTTAGTAATTTTATACAGAATAACAAAGGCT  750

seq1  GTGACTTCATTGGCTTGACCTGAGATACATGCCACTTCAAAGGCCAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTCATTGGCTTGACCTGAGATACATGCCACTTCAAAGGCCAGAAG  800

seq1  CTAATTCTGTAAACAGAATCACAGACTGTCAGGCAGTCTGTGAGGTTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTGTAAACAGAATCACAGACTGTCAGGCAGTCTGTGAGGTTATC  850

seq1  AACTTATTATGAGCTATTCTATTTAGTCAACCAGGATCTCCAAATGTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACTTATTATGAGCTATTCTATTTAGTCAACCAGGATCTCC-AATGTTGG  899

seq1  CAAGGAATATATCTACCTCTGCAGTTGGATTCTGAAAGTATGGCAACGTT  950
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  C-AGGAATATATCTACCTCTGCAGTTGGATTCTGAAAGTATGGCAACG-T  947

seq1  GTTCTTATTCTTTCTGGCTTGATTCCTTGTCAGTGAAATCCAGTA-TGCT  999
      ||   |||||||||||   ||||    |||||||||||| ||||| ||||
seq2  GT--CTATTCTTTCTG--CTGAT---CTGTCAGTGAAAT-CAGTATTGCT  989

seq1  GCCAATAATAGATGGAACACCAGATTGTTGTTTGAGCTGGGCCCTGGGAT  1049
      ||  || |||||||  ||| |||| |||||||||||||||   || ||||
seq2  GC--AT-ATAGATG--ACA-CAGA-TGTTGTTTGAGCTGG--TCTTGGAT  1030

seq1  TTGGGGATCTGGGAACACTTTGAGAAGTCATTCAAAGTATT  1090
      |   ||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||
seq2  T---GGATCTGG--ACACTTTGAG-AGTCAATC-AAGTATT  1064