BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196F09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,574,184 - 53,754,770
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCreb5, LOC384386
Upstream geneHibadh, Tax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
Downstream gene1200009O22Rik, Cpvl, LOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196F09.bB6Ng01-196F09.g
ACCGA018505GA018506
length1,0011,141
definitionB6Ng01-196F09.b B6Ng01-196F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,574,184 - 53,575,186)(53,753,642 - 53,754,770)
sequence
gaattcacactctcataggggaatgaggtacacaaatggatgactaagtt
tgatgttaagtgtgatttcccttagcccagtaactctttcagaagatttc
acagctatatccaggccctgtgctctacagtacagtagctaccagcagca
tatggatatttaaattctaaattcactaaaatagattataatctaaaata
cagtgctaaatcttagtgcctagattttagtatagataactactacctgt
ggcccgtggctcccatggaatacaccacagataggaacaccatagaaacg
tctgtgcatcagcgcttgctaatggaagcgaattctccctgatttgccag
ggagaatgtacagctcttcgtcccaaagacgggaggagaaagaccactga
cccaaatcatcatggccaaaccaactaaagcaagcaattcattaaagcaa
gctcttttattcacgtacactggctgcctccccgctaaggcagggtttga
gagtttagcattagacgtgagaaatacttcaagtgtaaacacgtgtggat
atggaaggagcatttagacttgagaccaggttatgtatgctcttggctaa
actgttgttcctgatcagggtcttgaagatcgaatagaattcagaaggag
aggcagaattaaattctttaccttgctttttaaaaccttgaagttttact
aagttggtgtagcactggaattcagcaaccgccctggaagctgagcctct
cctactggcatattcatgaacgtctttctactaaacctctctttgtgcta
cagggagcttatttggctctgctaacttacaaggaacagcctcccttcta
aatggggttagtgtggattagttcagggaacctgaccagatcttgtttca
ttggatggctgaagaaaggattcgggtagggggagtgttgcggatcatgc
taatctccggttgatatgctggctggtagctcttagcgactaaaaaaggc
a
gaattcacttgagaccagttttaagtgagacgaggtttagatgactgtcc
cttgtcacacaaagatgcatttaaaattctgactttcatttccatttccc
tttggagtttgaggaaaatgtaaccaaccttccttctttccttccttcct
tccttccttccttccttccttccatctatccttccatcttgtctgtctgc
atgtctgtctgtctgcttttctgtctttatttatttatttatttatttat
ctatctatttatttactagatagaactttagcatcttgtgacagaatgtc
ctggccctctaccaagtatgtagacttgttcccctgaggcgtgtctgtta
ggcagtgactcacaatgtagtcgtctgatgggagcccccctttggcatat
tctctttttattttcactaagtatttccagactctgccagctgaggaaga
tgttcagctatggcctgactacacagcctcatgtgcacccagctaacacg
tggcagccagtctcagtggtcagaggagtgtcatgcctttctcgttcaag
actaacttccaccccgacacaaatcctttgagcacaatgggcctttgacc
gattctactcaagaagagatgcttgttggtggatatagtgataatgacag
tgaagttcaattgctggatcccagaggattgctgggagtgatcatagatt
agggaacatgagttttggagacttgcaaagcaagtataatgggagatgga
aatacaagcaaaccaaccctaagcattcatttagttatagatgctacaga
tttccccaccaaaaattactttcaccaatgaccttttgttctggtcataa
aggaatatgcctgagatgtagctgagacattttaacttattacatgatac
tgttgtggctcccacaatacacctggcttctgggccatggttacttaggg
aggaagcaaggcttggtagagccttcccatggccatggcatggatccacc
tgtgccactcaccagatgcttcactgcctggtggccttgggttgcaatcc
acagtggagacttgaatagggtattaacaatcaaagtctggttacacctt
ttattcacacgggtccacctcatcagagaagggcgaggctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_53574184_53575186
seq2: B6Ng01-196F09.b_40_1040

seq1  GAATTCACACTCTCATAGGGGAATGAGGTACACAAATGGATGACTAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTCTCATAGGGGAATGAGGTACACAAATGGATGACTAAGTT  50

seq1  TGATGTTAAGTGTGATTTCCCTTAGCCCAGTAACTCTTTCAGAAGATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTAAGTGTGATTTCCCTTAGCCCAGTAACTCTTTCAGAAGATTTC  100

seq1  ACAGCTATATCCAGGCCCTGTGCTCTACAGTACAGTAGCTACCAGCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTATATCCAGGCCCTGTGCTCTACAGTACAGTAGCTACCAGCAGCA  150

seq1  TATGGATATTTAAATTCTAAATTCACTAAAATAGATTATAATCTAAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATATTTAAATTCTAAATTCACTAAAATAGATTATAATCTAAAATA  200

seq1  CAGTGCTAAATCTTAGTGCCTAGATTTTAGTATAGATAACTACTACCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTAAATCTTAGTGCCTAGATTTTAGTATAGATAACTACTACCTGT  250

seq1  GGCCCGTGGCTCCCATGGAATACACCACAGATAGGAACACCATAGAAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCGTGGCTCCCATGGAATACACCACAGATAGGAACACCATAGAAACG  300

seq1  TCTGTGCATCAGCGCTTGCTAATGGAAGCGAATTCTCCCTGATTTGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCATCAGCGCTTGCTAATGGAAGCGAATTCTCCCTGATTTGCCAG  350

seq1  GGAGAATGTACAGCTCTTCGTCCCAAAGACGGGAGGAGAAAGACCACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATGTACAGCTCTTCGTCCCAAAGACGGGAGGAGAAAGACCACTGA  400

seq1  CCCAAATCATCATGGCCAAACCAACTAAAGCAAGCAATTCATTAAAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCATCATGGCCAAACCAACTAAAGCAAGCAATTCATTAAAGCAA  450

seq1  GCTCTTTTATTCACGTACACTGGCTGCCTCCCCGCTAAGGCAGGGTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTATTCACGTACACTGGCTGCCTCCCCGCTAAGGCAGGGTTTGA  500

seq1  GAGTTTAGCATTAGACGTGAGAAATACTTCAAGTGTAAACACGTGTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTAGCATTAGACGTGAGAAATACTTCAAGTGTAAACACGTGTGGAT  550

seq1  ATGGAAGGAGCATTTAGACTTGAGACCAGGTTATGTATGCTCTTGGCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGAGCATTTAGACTTGAGACCAGGTTATGTATGCTCTTGGCTAA  600

seq1  ACTGTTGTTCCTGATCAGGGTCTTGAAGATCGAATAGAATTCAGAAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGTTCCTGATCAGGGTCTTGAAGATCGAATAGAATTCAGAAGGAG  650

seq1  AGGCAGAATTAAATTCTTTACCTTGCTTTTTAAAACCTTGAAGTTTTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAATTAAATTCTTTACCTTGCTTTTTAAAACCTTGAAGTTTTACT  700

seq1  AAGTTGGTGTAGCACTGGAATTCAGCAACCGCCCTGGAAGCTGAGCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGTGTAGCACTGGAATTCAGCAACCGCCCTGGAAGCTGAGCCTCT  750

seq1  CCTACTGGCATATTCATGAACGTCTTTCTACTAAACCTCTCTTTGTGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGGCATATTCATGAACGTCTTTCTACTAAACCTCTCTTTGTGCTA  800

seq1  CAGGGAGCTTATTTGGCTCTGCTAACTTACAAGGAACAGCCTCCCTTCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGCTTATTTGGCTCTGCTAACTTACAAGGAACAGCCTCCCTTCTA  850

seq1  AATGGGGTTAGTGTGGATTAGTTCAGGGAACCTGAGCCAGATCTTGTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  AATGGGGTTAGTGTGGATTAGTTCAGGGAACCTGA-CCAGATCTTG-TTT  898

seq1  CATTGGATGGCTGAAGAAAGGATTTGGGTAGGGGGAAGTGTTGCGGATTA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
seq2  CATTGGATGGCTGAAGAAAGGATTCGGGTAGGGGG-AGTGTTGCGGATCA  947

seq1  TGCAAATCACCGGCTGATATGTAGGCTGGAAGCTCTTAGGGACT-AAAAA  999
      ||| |||| |||| |||||||  |||||| ||||||||| |||| |||||
seq2  TGCTAATCTCCGGTTGATATGCTGGCTGGTAGCTCTTAGCGACTAAAAAA  997

seq1  GGCA  1003
      ||||
seq2  GGCA  1001

seq1: chr6_53753642_53754770
seq2: B6Ng01-196F09.g_66_1206 (reverse)

seq1  GAGCCTCG-CCTTCTCTGATG-GGT-GACC---GTGATTAA---GTGTTA  41
      |||||||| |||||||||||| ||| ||||   |||| |||   ||| ||
seq2  GAGCCTCGCCCTTCTCTGATGAGGTGGACCCGTGTGAATAAAAGGTG-TA  49

seq1  ACCAGACCTTCTGA-TGTT-ATACCCTATTCAAGTCTCCACTGTGGATGG  89
      |||||||  | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACCAGAC--TTTGATTGTTAATACCCTATTCAAGTCTCCACTGTGGATTG  97

seq1  CAACCCAAGGCCA-CAGGCAGTG-AGCATCT-GTGAGTGCCA---GTGGA  133
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||   |||||
seq2  CAACCCAAGGCCACCAGGCAGTGAAGCATCTGGTGAGTGGCACAGGTGGA  147

seq1  TCCATGCCATGGCCTTGGG-AGGCTCTACC-AGCCCTGCTTCCTCCCTAA  181
      |||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TCCATGCCATGGCCATGGGAAGGCTCTACCAAGCCTTGCTTCCTCCCTAA  197

seq1  GT-ACCATTGCCCAGAGGCCAGGTGTATTGTGGGAGCCACAACAGTATCA  230
      || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCATGGCCCAGAAGCCAGGTGTATTGTGGGAGCCACAACAGTATCA  247

seq1  TGTAATTAAGTTAAAATGTCTCAGCTACATCTCAGGCATATTCCTTTATG  280
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAA-TAAGTTAAAATGTCTCAGCTACATCTCAGGCATATTCCTTTATG  296

seq1  ACCAGAACAAAAGGTCATTTGGTG-AAGTAATTTTTGGTGGGGAAATCTG  329
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAACAAAAGGTCA-TTGGTGAAAGTAATTTTTGGTGGGGAAATCTG  345

seq1  TAGCATCTATAACTAAATGAATGCTTAGGGTTGGTTTGCTTGTATTTCCA  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTATAACTAAATGAATGCTTAGGGTTGGTTTGCTTGTATTTCCA  395

seq1  TCTCCCATTATACTTGCTTTGCAAGTCTCCAAAACTCATGTTCCCTAATT  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCTCCCATTATACTTGCTTTGCAAGTCTCCAAAACTCATGTTCCCTAATC  445

seq1  TATGATCACTCCCAGCAATCCTCTGGGATCCAGCAACTGAACTTCACTGT  479
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATGATCACTCCCAGCAATCCTCTGGGATCCAGCAATTGAACTTCACTGT  495

seq1  CATTATCACTATATCCACCAACAAGCATCTCTTCCTGAGTAGAATCGGTC  529
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CATTATCACTATATCCACCAACAAGCATCTCTTCTTGAGTAGAATCGGTC  545

seq1  AAAGGCCCATTGTGCTCAAAGGATTTGTGTCGGGGTGGAAGTTAGTCTTG  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCCATTGTGCTCAAAGGATTTGTGTCGGGGTGGAAGTTAGTCTTG  595

seq1  AACGAGAAAGGCATGACACTCCTCTGACCACTGAGACTGGCTGCCACGTG  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGAAAGGCATGACACTCCTCTGACCACTGAGACTGGCTGCCACGTG  645

seq1  TTAGCTGGGTGCACATGAGGCTGTGTAGTCAGGCCATAGCTGAACATCTT  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGGGTGCACATGAGGCTGTGTAGTCAGGCCATAGCTGAACATCTT  695

seq1  CCTCAGCTGGCAGAGTCTGGAAATACTTAGTGAAAATAAAAAGAGAATAT  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTGGCAGAGTCTGGAAATACTTAGTGAAAATAAAAAGAGAATAT  745

seq1  GCCAAAGGGGGGCTCCCATCAGACGACTACATTGTGAGTCACTGCCTAAC  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGGGGGGCTCCCATCAGACGACTACATTGTGAGTCACTGCCTAAC  795

seq1  AGACACGCCTCAGGGGAACAAGTCTACATACTTGGTAGAGGGCCAGGACA  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACGCCTCAGGGGAACAAGTCTACATACTTGGTAGAGGGCCAGGACA  845

seq1  TTCTGTCACAAGATGCTAAAGTTCTATCTAGTAAATAAATAGATAGATAA  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCACAAGATGCTAAAGTTCTATCTAGTAAATAAATAGATAGATAA  895

seq1  ATAAATAAATAAATAAATAAAGACAGAAAAGCAGACAGACAGACATGCAG  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATAAATAAATAAAGACAGAAAAGCAGACAGACAGACATGCAG  945

seq1  ACAGACAAGATGGAAGGATAGATGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA  979
      |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAGATGGAAGGATAGAT----GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA  991

seq1  AGGAAGGAAGGAAAGAAGGAAGGTTGGTTACATTTTCCTCAAACTCCAAA  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGAAGGAAAGAAGGAAGGTTGGTTACATTTTCCTCAAACTCCAAA  1041

seq1  GGGAAATGGAAATGAAAGTCAGAATTTTAAATGCATCTTTGTGTGACAAG  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGGAAATGAAAGTCAGAATTTTAAATGCATCTTTGTGTGACAAG  1091

seq1  GGACAGTCATCTAAACCTCGTCTCACTTAAAACTGGTCTCAAGTGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTCATCTAAACCTCGTCTCACTTAAAACTGGTCTCAAGTGAATTC  1141