BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197I24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 147,961,221 - 148,137,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMlstd1, Ergic2
Upstream genePpfibp1, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129, Ccdc91, LOC100039712, LOC100039727, LOC100039736
Downstream geneTmtc1, 1110033J19Rik, EG622319, LOC100042984, LOC665372, Ipo8, Caprin2, EG665395, Tera, LOC667138, D030011O10Rik, 4833442J19Rik, C730024G19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197I24.bB6Ng01-197I24.g
ACCGA019391GA019392
length1,1811,067
definitionB6Ng01-197I24.b B6Ng01-197I24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,961,221 - 147,962,935)(148,136,305 - 148,137,363)
sequence
gaattccatccaagacatgaaaataaagtctaataaaaaagcagagttgc
taaaggaaccccaacctaaaatgataaagaaagtgaaaaactcagtaacc
caaataaaatctcactgaatagcctcacaaatagaatgaaccatgtggga
aacagagtgtcaggaatagaagacaaagaacaagaattggaccagtcagt
aaagattagtgataaattaaagaaatagagacagcacaaaggaaaacctg
gggacactatgaagagccctaaacttcatatcacaagcattgaaaagaga
agtctgaaatttctgacccagaattgtttctgtcaaacagaatgcaggga
caaaaatggagcagagactgaagcaaaggcagtccagtgaccggccaaac
ttgggatccttcaaatacggggacaccaaagcctgatacattgctgatgc
catattgtgcttgcagacaggagcctagcatggctgtcctagctccctcc
tacatagacaaatgcacatccatgttccctgctgcacaaacacatgcaca
tccatgttccctgctgcacagacatatgcacatccatgatcactgctaca
tagacacatgcatatccatgttcactgctgcatacatacatgcacatcca
tgttccctgctgcacagacacatgcacatccatgttccctgctgcacaga
cacatgcatatccatggtcactgctgcacagacatatgcacatccatgat
cactgctacatagacacatgcacatccatgttttcctgctgcacagatac
agggacatccatggtcactgctgcacagacacatgcacatccatggtcac
tgctgcacagacatatgcacatccatgatcactgctacatagacacatgc
acatccatgtttcctgctgcacagatacagggacatccatggtcactgct
gcacagacacatgcacattcatggtcactgcttgcacaagacacatgcac
atccatgatcactgctacatagacaccatgcacatccatgttcctgctgc
acaagatacattgcacattccatggtcacctgctgcacagaacccatgca
caatcatgtccctgcttgccacagaacacaatacaacatcccatgaatca
cttgcttacatagaacaatggcaatccatgt
gaattctccgtaatcaagccttaagcattgttttcttagttttgtagttg
gtggtgcctagcccgatttcaggtgactgttgttattttgagatgatgtt
ttatttagattgggcaggccaggaagtaactatatagtccatcctgacct
tgaactcagagaaatcattctgggatcacaggcctgtgttaccatgtgag
cttgatttgtgacattcacttttctaacttgtttaaaccctggtgatgtc
cagtgaccctaaaaatgacctttttattgtatagcaatcattgagtggtc
tttttttaggtacctttctgctctggttcatcttcagggtgtggcaactc
caacttactggtatatttaggattggcctatatgagaactgtggctgttg
ttggctttattagtgtttctactctgagagatgctatctttgacttcttc
tattctgtgtgtgtctgtcagtgtctgagctaacacatgtgggcacactc
acacctgttgtgtcctaactgggacttgttttaccaattatgagaatatt
gttttcatcagctttttttttaatctaaaaagtatccattcattgcatat
taagtcaaatgatagtattaaatttcaggtttatcatatttaatagaata
ggtttggtagtactttattgctactggattgatgagaaggcatattttgt
tttttattatagacaaccagatgttccaatatttcattacagttgtgcca
acaaagctacacacatacaagatctcagcagatacccatcagtttctctg
tgacagaaagggtaagtgggggcctaactgctaaaatgatgaaagggatt
ttttttagtctctcaactgcaagatgaggttgggaggtttagtaggtacc
cttccctgtcttagttaagggtttcaattgctgaaaagagacaccatgac
cagaataactcttaaaaggacagcatttaaataggatggcttgcaggttc
aaaaggttcagttccatttatcatcttggcaggaatcaaagcagtatcaa
gctatgctgagagctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147961221_147962935
seq2: B6Ng01-197I24.b_76_1230

seq1  AGTCTAATAAAAAAGCAGAGTTGCTAAAGGAACCCCAACCTAAAATGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATAAAAAAGCAGAGTTGCTAAAGGAACCCCAACCTAAAATGATA  50

seq1  AAGAAAGTGAAAAACTCAGTAACCCAAATAAAATCTCACTGAATAGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTGAAAAACTCAGTAACCCAAATAAAATCTCACTGAATAGCCTC  100

seq1  ACAAATAGAATGAACCATGTGGGAAACAGAGTGTCAGGAATAGAAGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAGAATGAACCATGTGGGAAACAGAGTGTCAGGAATAGAAGACAA  150

seq1  AGAACAAGAATTGGACCAGTCAGTAAAGATTAGTGATAAATTAAAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGAATTGGACCAGTCAGTAAAGATTAGTGATAAATTAAAGAAAT  200

seq1  AGAGACAGCACAAAGGAAAACCTGGGGACACTATGAAGAGCCCTAAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCACAAAGGAAAACCTGGGGACACTATGAAGAGCCCTAAACTT  250

seq1  CATATCACAAGCATTGAAAAGAGAAGTCTGAAATTTCTGACCCAGAATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCACAAGCATTGAAAAGAGAAGTCTGAAATTTCTGACCCAGAATTG  300

seq1  TTTCTGTCAAACAGAATGCAGGGACAAAAATGGAGCAGAGACTGAAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCAAACAGAATGCAGGGACAAAAATGGAGCAGAGACTGAAGCAA  350

seq1  AGGCAGTCCAGTGACCGGCCAAACTTGGGATCCTTCAAATACGGGGACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTCCAGTGACCGGCCAAACTTGGGATCCTTCAAATACGGGGACAC  400

seq1  CAAAGCCTGATACATTGCTGATGCCATATTGTGCTTGCAGACAGGAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCTGATACATTGCTGATGCCATATTGTGCTTGCAGACAGGAGCCT  450

seq1  AGCATGGCTGTCCTAGCTCCCTCCTACATAGACAAATGCACATCCATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCTGTCCTAGCTCCCTCCTACATAGACAAATGCACATCCATGTT  500

seq1  CCCTGCTGCACAAACACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTGCACAAACACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACATA  550

seq1  TGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACACATGCATATCCATGTTCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACACATGCATATCCATGTTCACT  600

seq1  GCTGCATACATACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACACATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATACATACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACACATGCA  650

seq1  CATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACACATGCATATCCATGGTCACTGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACACATGCATATCCATGGTCACTGCTG  700

seq1  CACAGACATATGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACACATGCACATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACATATGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACACATGCACATC  750

seq1  CATG-TTTCCTGCTGCACAGATACAGGGACATCCATGGTCACTGCTGCAC  799
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCCTGCTGCACAGATACAGGGACATCCATGGTCACTGCTGCAC  800

seq1  AGACACATGCACATCCATGGTCACTGCTGCACAGACATATGCACATCCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATGCACATCCATGGTCACTGCTGCACAGACATATGCACATCCAT  850

seq1  GATCACTGCTACATAGACACATGCACATCCATGTTTCCTGCTGCACAGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTGCTACATAGACACATGCACATCCATGTTTCCTGCTGCACAGAT  900

seq1  ACAGGGACATCCATGGTCACTGCTGCACAGACACATGCACATTCATGGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGACATCCATGGTCACTGCTGCACAGACACATGCACATTCATGGTC  950

seq1  ACTGC-TGCAC-AGACACATGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACA-  996
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTGCTTGCACAAGACACATGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACAC  1000

seq1  CATGCACATCCATGTTTCCTGCTGCAC-AGATACA-TGCACA-TCCATGG  1043
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||
seq2  CATGCACATCCATG-TTCCTGCTGCACAAGATACATTGCACATTCCATGG  1049

seq1  TCA-CTGCTGCACAG-ACACATGCACATCCATGTTCCCTGCT--GCACAG  1089
      ||| ||||||||||| || ||||||||  |||| ||||||||   |||||
seq2  TCACCTGCTGCACAGAACCCATGCACAATCATG-TCCCTGCTTGCCACAG  1098

seq1  -ACAC-ATAC-ACAT-CCATG-ATCAC-TGC-TACATAGACAAATGCACA  1132
       |||| |||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||||  ||||   |
seq2  AACACAATACAACATCCCATGAATCACTTGCTTACATAGAACAATGGCAA  1148

seq1  TCCATGTTCCCTGCTGCACAAACACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCA  1182
      |||||||                                           
seq2  TCCATGT-------------------------------------------  1155

seq1  CAGACATATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACATATGCACATCCA  1232
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  TGATCACTGCTACATAGACACATGCATATCCATGTTCACTGCTGCATACA  1282
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  TACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACACATGCACATCCATGTT  1332
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  CCCTGCTGCACAGACACATGCATATCCATGGTCACTGCTGCACAGACATA  1382
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  TGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACACATGCACATCCATGATCACT  1432
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  GCTACATAGACACATGCACATCCATGTTTCCTGCTGCACAGATACAGGGA  1482
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  CATCCATGGTCACTGCTGCACAGACACATGCACATTCATGGTCACTGCTG  1532
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  CACAGACACATGCACATCCATGATCACTGCTACATAGACACATGCACATC  1582
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  CATGTTTCCTGCTGCACAGATACATGCACATCCATGGTCACTGCTGCACA  1632
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  GACACATGCACATCCATGTTCCCTGCTGCACAGACACATACACATCCATG  1682
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1155

seq1  ATCACTGCTACATAGACAAATGCACATCCATGT  1715
                                       
seq2  ---------------------------------  1155

seq1: chr6_148136305_148137363
seq2: B6Ng01-197I24.g_63_1129 (reverse)

seq1  TGAGCTCCTCAGCACTGCCTGGATACTGCTTTGCTTCCTGCCAAGATGAT  50
      |||||| ||||||| |  || |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAGCT-CTCAGCA-TAGCTTGATACTGCTTTGATTCCTGCCAAGATGAT  48

seq1  -AATGG-ACTGAACC-TCTGAACCTGCAAGCCATCCCTAATTAAATGCTG  97
       ||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AAATGGAACTGAACCTTTTGAACCTGCAAGCCAT-CCTATTTAAATGCTG  97

seq1  TCCTTTTAAGAGTTATCTTGGTCATGGTGTCTCTTTTCAGCAATGGAAAC  147
      ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCTTTTAAGAGTTATTCTGGTCATGGTGTCTCTTTTCAGCAATTGAAAC  147

seq1  CC-TAACTAAGACAGGG-AGGGTACCTACTAAACCT-CCAACCTCATCTT  194
      || |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTTAACTAAGACAGGGAAGGGTACCTACTAAACCTCCCAACCTCATCTT  197

seq1  GCAGTTGAGAGACT-AAAAAAATCCC-TTCATCATTTTAGCAGTTAGG-C  241
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  GCAGTTGAGAGACTAAAAAAAATCCCTTTCATCATTTTAGCAGTTAGGCC  247

seq1  CCCACTTACCCTTTCTGTCACAGAG-AACTGATGGGTATCTGCTGAGATC  290
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTACCCTTTCTGTCACAGAGAAACTGATGGGTATCTGCTGAGATC  297

seq1  TTGTATGTGTGTAGCTTTGTTGGCACAACTGTAATGAAATATTGGAACAT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTGTGTAGCTTTGTTGGCACAACTGTAATGAAATATTGGAACAT  347

seq1  CTGGTTGTCTATAAT-AAAAACAAAATATGCCTTCTCATCAATCCAGTAG  389
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGTCTATAATAAAAAACAAAATATGCCTTCTCATCAATCCAGTAG  397

seq1  CAATAAAGTACTACCAAACCTATTCTATTAAATATGATAAACCTGAAATT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAGTACTACCAAACCTATTCTATTAAATATGATAAACCTGAAATT  447

seq1  TAATACTATCATTTGACTTAATATGCAATGAATGGATACTTTTTAGATTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTATCATTTGACTTAATATGCAATGAATGGATACTTTTTAGATTA  497

seq1  AAAAAAAAGCTGATGAAAACAATATTCTCATAATTGGTAAAACAAGTCCC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGCTGATGAAAACAATATTCTCATAATTGGTAAAACAAGTCCC  547

seq1  AGTTAGGACACAACAGGTGTGAGTGTGCCCACATGTGTTAGCTCAGACAC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGACACAACAGGTGTGAGTGTGCCCACATGTGTTAGCTCAGACAC  597

seq1  TGACAGACACACACAGAATAGAAGAAGTCAAAGATAGCATCTCTCAGAGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGACACACACAGAATAGAAGAAGTCAAAGATAGCATCTCTCAGAGT  647

seq1  AGAAACACTAATAAAGCCAACAACAGCCACAGTTCTCATATAGGCCAATC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACTAATAAAGCCAACAACAGCCACAGTTCTCATATAGGCCAATC  697

seq1  CTAAATATACCAGTAAGTTGGAGTTGCCACACCCTGAAGATGAACCAGAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATATACCAGTAAGTTGGAGTTGCCACACCCTGAAGATGAACCAGAG  747

seq1  CAGAAAGGTACCTAAAAAAAGACCACTCAATGATTGCTATACAATAAAAA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGTACCTAAAAAAAGACCACTCAATGATTGCTATACAATAAAAA  797

seq1  GGTCATTTTTAGGGTCACTGGACATCACCAGGGTTTAAACAAGTTAGAAA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTTTTAGGGTCACTGGACATCACCAGGGTTTAAACAAGTTAGAAA  847

seq1  AGTGAATGTCACAAATCAAGCTCACATGGTAACACAGGCCTGTGATCCCA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGTCACAAATCAAGCTCACATGGTAACACAGGCCTGTGATCCCA  897

seq1  GAATGATTTCTCTGAGTTCAAGGTCAGGATGGACTATATAGTTACTTCCT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATTTCTCTGAGTTCAAGGTCAGGATGGACTATATAGTTACTTCCT  947

seq1  GGCCTGCCCAATCTAAATAAAACATCATCTCAAAATAACAACAGTCACCT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCCCAATCTAAATAAAACATCATCTCAAAATAACAACAGTCACCT  997

seq1  GAAATCGGGCTAGGCACCACCAACTACAAAACTAAGAAAACAATGCTTAA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCGGGCTAGGCACCACCAACTACAAAACTAAGAAAACAATGCTTAA  1047

seq1  GGCTTGATTACGGAGAATTC  1059
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGATTACGGAGAATTC  1067