BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200L23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 76,155,193 - 76,244,430
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042952
Upstream geneLOC621306, LOC100042942, LOC668143, EG668145, EG546907
Downstream geneLOC668153, EG668155, LOC100042956, Ctnna2, Lrrtm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200L23.bB6Ng01-200L23.g
ACCGA021722GA021723
length1,088936
definitionB6Ng01-200L23.b B6Ng01-200L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,243,345 - 76,244,430)(76,155,193 - 76,156,131)
sequence
gaattcctcaacaatagttaacctgttatttttgtgtacagattagatcc
tggtgccaagacaaagtagtgaaatgcagacagcttggtcattgatatac
gatcttgctgtataatggaacagcagtagaaggaggtcacatttctataa
agattatacctcaacctcctttccaaggctttaaacaaatttacaaatac
cattcaacaacactagtattgttaaacttgaaatattctttaaagatata
tcttatgcttaatttactcaatacaatacattaataccaaaattaaattt
aggctagtaaggtcttattgagaattatggacataatatactatggagag
aaaacaacatttgtataaataaagatattaggaatgagcagtaacaaaaa
cacagtctcttttgttttttccaaattgttattttattgttttatgtata
tgcatatttgaccttcatgtatgtttgtaccacatacatgtactctctgc
agaagataccagaagagagcctcagatcccctggaattggagtcacaaac
tatcacgagcttatgggagcttaatccaggatctctggaagaaaagccag
ggtggagccaagtctcaagatctacttaattatttccttatttattatta
tttaagaaatgtttctaaggcagggccttatgatgtagttcatgctgtct
ctgagtccacaatttttgtctcagttttttacttggtaggagtatgggag
tatgcaacactgaactccagagtgttttaattgtcagctacagtgtgtta
aatttaccagacccttaatgaagattctatagaatttcttagtaagacaa
agagttttatgagattcgtatcggtaaaatgagcattatgatgatttcca
aaattgtcccaagttgtggcttatcgcataagacaaatatgcaacctttg
ggttaaggtggattctaaggttgcattgggagatgaaaactgaatagctg
atagtggacataaacaggaaagggtatccaagaatacacaggacacaacc
aagttccttgggagctgcagaaaactgctaagaacatt
gaattcataataattaaggaaacaaccaacaggaaggacacaacatctat
atgtcatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta
tctatcatctatctatctatctatctatctatctatcatctatctatcat
ctatcatctatctatcatctatccatctatctatcatctatctatctatc
tatcatctatctatccatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctatatgtgtctatcttaaacattcatgcatcccaaca
aaatcttggcctcaatagtaaacaaaacaaaagaaaaacaaaaacaaaaa
ggaaacatcatgctttccaaactgacaactaattttgatgaaaatagcaa
gaaaaaaaatacaacctgaaccgttaattcgacttaggaatctgcaaaat
atttcaaccaacaactgcctcataaacatagttcccagaagttcatcatc
tctccaaagttgatcatgccatactccataatgtaagtattaataaatat
aaaataaataaaatactccctaccatccatcttattacagtggaaaaaaa
atagaaaagcaaaaagaaagaaactccagaaaatgtacaaactcatagaa
atttaaagactattagatctgtaggcactcagggtgaattttttttttaa
tcttaaaatgaatgaaaatataacatgcaggacacagtgtgaacagctca
aagagggaagttggtagttacaagcaaattcactgaaaactcaatgatgt
atcaaataaatgtaatggtaaatctcaaggtcttctaaaacaaaatataa
gtcaagccaatgatatatattaaaataaataagacccaatgaatgaaatt
taagaaaattggaaataatgaaaaatacctggtaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_76243345_76244430
seq2: B6Ng01-200L23.b_48_1135 (reverse)

seq1  AATGTTCTTACCAAGTTTTCCTGCAACCTCCCCAGGAACTT-GTTGTGTC  49
      |||||||||| | |||||| |||| | ||||| |||||||| ||||||||
seq2  AATGTTCTTAGC-AGTTTT-CTGC-AGCTCCCAAGGAACTTGGTTGTGTC  47

seq1  CTGTGTA-TCTTGGAATACCCTTCCCTG-TTATGTCCACTATCAGCTATT  97
      ||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTATTCTTGG-ATACCCTTTCCTGTTTATGTCCACTATCAGCTATT  96

seq1  CAGTTTTCATCT-CCAATGCAACC-TAGAATCCACCTAAACCCAAAGG-T  144
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |
seq2  CAGTTTTCATCTCCCAATGCAACCTTAGAATCCACCTTAACCCAAAGGTT  146

seq1  GCATATTTGTCTTATGCGATAAGCCACAACTTGGGACAATTTTGGAAATC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTTGTCTTATGCGATAAGCCACAACTTGGGACAATTTTGGAAATC  196

seq1  ATCATAATGCTCATTTTACCGATACGAATCTCATAAAACTCTTTGTCTTA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAATGCTCATTTTACCGATACGAATCTCATAAAACTCTTTGTCTTA  246

seq1  CTAAGAAATTCTATAGAATCTTCATTAAGGGTCTGGTAAATTTAACACAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAATTCTATAGAATCTTCATTAAGGGTCTGGTAAATTTAACACAC  296

seq1  TGTAGCTGACAATTAAAACACTCTGGAGTTCAGTGTTGCATACTCCCATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGACAATTAAAACACTCTGGAGTTCAGTGTTGCATACTCCCATA  346

seq1  CTCCTACCAAGTAAAAAACTGAGACAAAAATTGTGGACTCAGAGACAGCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACCAAGTAAAAAACTGAGACAAAAATTGTGGACTCAGAGACAGCA  396

seq1  TGAACTACATCATAAGGCCCTGCCTTAGAAACATTTCTTAAATAATAATA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACATCATAAGGCCCTGCCTTAGAAACATTTCTTAAATAATAATA  446

seq1  AATAAGGAAATAATTAAGTAGATCTTGAGACTTGGCTCCACCCTGGCTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGAAATAATTAAGTAGATCTTGAGACTTGGCTCCACCCTGGCTTT  496

seq1  TCTTCCAGAGATCCTGGATTAAGCTCCCATAAGCTCGTGATAGTTTGTGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGAGATCCTGGATTAAGCTCCCATAAGCTCGTGATAGTTTGTGA  546

seq1  CTCCAATTCCAGGGGATCTGAGGCTCTCTTCTGGTATCTTCTGCAGAGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATTCCAGGGGATCTGAGGCTCTCTTCTGGTATCTTCTGCAGAGAG  596

seq1  TACATGTATGTGGTACAAACATACATGAAGGTCAAATATGCATATACATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTATGTGGTACAAACATACATGAAGGTCAAATATGCATATACATA  646

seq1  AAACAATAAAATAACAATTTGGAAAAAACAAAAGAGACTGTGTTTTTGTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATAAAATAACAATTTGGAAAAAACAAAAGAGACTGTGTTTTTGTT  696

seq1  ACTGCTCATTCCTAATATCTTTATTTATACAAATGTTGTTTTCTCTCCAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCATTCCTAATATCTTTATTTATACAAATGTTGTTTTCTCTCCAT  746

seq1  AGTATATTATGTCCATAATTCTCAATAAGACCTTACTAGCCTAAATTTAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTATGTCCATAATTCTCAATAAGACCTTACTAGCCTAAATTTAA  796

seq1  TTTTGGTATTAATGTATTGTATTGAGTAAATTAAGCATAAGATATATCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTATTAATGTATTGTATTGAGTAAATTAAGCATAAGATATATCTT  846

seq1  TAAAGAATATTTCAAGTTTAACAATACTAGTGTTGTTGAATGGTATTTGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAATATTTCAAGTTTAACAATACTAGTGTTGTTGAATGGTATTTGT  896

seq1  AAATTTGTTTAAAGCCTTGGAAAGGAGGTTGAGGTATAATCTTTATAGAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGTTTAAAGCCTTGGAAAGGAGGTTGAGGTATAATCTTTATAGAA  946

seq1  ATGTGACCTCCTTCTACTGCTGTTCCATTATACAGCAAGATCGTATATCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCTCCTTCTACTGCTGTTCCATTATACAGCAAGATCGTATATCA  996

seq1  ATGACCAAGCTGTCTGCATTTCACTACTTTGTCTTGGCACCAGGATCTAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAAGCTGTCTGCATTTCACTACTTTGTCTTGGCACCAGGATCTAA  1046

seq1  TCTGTACACAAAAATAACAGGTTAACTATTGTTGAGGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACACAAAAATAACAGGTTAACTATTGTTGAGGAATTC  1088

seq1: chr6_76155193_76156131
seq2: B6Ng01-200L23.g_65_1000

seq1  GAATTCATAATAATTAAGGAAACAACCAACAGGAAGGACACAACATCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATAATTAAGGAAACAACCAACAGGAAGGACACAACATCTAT  50

seq1  ATGTCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  100

seq1  TCTATCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCAT  150

seq1  CTATCATCTATCTATCATCTATCCATCTATCTATCATCTATCTATCTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATCTATCTATCATCTATCCATCTATCTATCATCTATCTATCTATC  200

seq1  TATCATCTATCTATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCTATCTATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  250

seq1  CTATCTATCTATCTATATGTGTCTATCTTAAACATTCATGCATCCCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATATGTGTCTATCTTAAACATTCATGCATCCCAACA  300

seq1  AAATCTTGGCCTCAATAGTAAACAAAACAAAAGAAAAACAAAAACAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGGCCTCAATAGTAAACAAAACAAAAGAAAAACAAAAACAAAAA  350

seq1  GGAAACATCATGCTTTCCAAACTGACAACTAATTTTGATGAAAATAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATCATGCTTTCCAAACTGACAACTAATTTTGATGAAAATAGCAA  400

seq1  GAAAAAAAATACAACCTGAACCGTTAATTCGACTTAGGAATCTGCAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAATACAACCTGAACCGTTAATTCGACTTAGGAATCTGCAAAAT  450

seq1  ATTTCAACCAACAACTGCCTCATAAACATAGTTCCCAGAAGTTCATCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAACCAACAACTGCCTCATAAACATAGTTCCCAGAAGTTCATCATC  500

seq1  TCTCCAAAGTTGATCATGCCATACTCCATAATGTAAGTATTAATAAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAAGTTGATCATGCCATACTCCATAATGTAAGTATTAATAAATAT  550

seq1  AAAATAAATAAAATACTCCCTACCATCCATCTTATTACAGTGGAAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATAAAATACTCCCTACCATCCATCTTATTACAGTGGAAAAAAA  600

seq1  ATAGAAAAGCAAAAAGAAAGAAACTCCAGAAAATGTACAAACTCATAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAGCAAAAAGAAAGAAACTCCAGAAAATGTACAAACTCATAGAA  650

seq1  ATTTAAAGACTATTAGATCTGTAGGCACTCAGGGTGAATTTTTTTTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGACTATTAGATCTGTAGGCACTCAGGGTGAATTTTTTTTTTAA  700

seq1  TCTTAAAATGAATGAAAATATAACATGCAGGACACAGTGTGAACAGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATGAATGAAAATATAACATGCAGGACACAGTGTGAACAGCTCA  750

seq1  AAGAGGGAAGTTGGTAGTTACAAGCAAATTCACTGAAAACTCAATGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAAGTTGGTAGTTACAAGCAAATTCACTGAAAACTCAATGATGT  800

seq1  ATCAAATAAATGTAATGGTAAATCTCAAGGTCTTCTAAAACAAAATATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATAAATGTAATGGTAAATCTCAAGGTCTTCTAAAACAAAATATAA  850

seq1  GTCAAGCCAATGATATATATTAAAATAAATAAGACCCAAATGAATGAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCAAGCCAATGATATATATTAAAATAAATAAGACCC-AATGAATGAAAT  899

seq1  TTAAAGAAAATTGGAAATAAATGAAAAATACCTGGTAAA  939
      || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TT-AAGAAAATTGGAAAT-AATGAAAAATACCTGGTAAA  936