BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203K06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 135,017,883 - 135,187,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGprc5a, Gprc5d, LOC100043668, Hebp1, 8430419L09Rik, Gsg1
Upstream geneEtv6, LOC100043660, Bcl2l14, Lrp6, Mansc1, Loh12cr1, LOC100043884, Dusp16, Crebl2, Gpr19, Cdkn1b, 1190002F15Rik, Apold1, Ddx47
Downstream genePbp2, LOC100043890, Emp1, Grin2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203K06.bB6Ng01-203K06.g
ACCGA023801GA023802
length1,201343
definitionB6Ng01-203K06.b B6Ng01-203K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,186,798 - 135,187,978)(135,017,883 - 135,018,231)
sequence
gaattcagtgcagtagactacctgttttctctttgagtacaaaactaagg
ccgatgaagtcctctggtctccgtccttcacagtagcatggcagaaggca
atatactcaggtccccatatccccctaaagacagcgcctagcctgtggca
gtatgcatggtgcttctctttccagagtcagactcttactggccctcctt
tgtgtttgcccctagcacagcgtgggtttccttcacctgctgcatggcgt
cagcggtcaccaccttcaacatgtacacgaggatggtgctggagttcaag
tgcaggcacagcaagagctttaacaccaaccccagctgcctggcgcagca
ccaccgctgtttccttcctcctccgctgacgtgcacaacccacgcagggg
aacctttgtccagctgccatcagtaccccagccatcccatccgctctgtc
tctgaagctattgacctctactcggcgctacaggacaaagaatttcaaca
agggatcagccaggagctaaaggaagtggtcgagccatctgtagaagagc
agcgttaggagttaagtgggtttgggaagcaggctaagtcctaccatagg
tgtcgctcactatcaacatctgcttaagcaaacaagtctcctgagcctta
tttttagaagctaagagtaagataagagaacctccctgtgcctcccaagt
gctgggatttaaaggtgtgcaccaccactacccagagggcattgctctgc
ctccttctccttgacactgcttcaccctatctgtctcccatctcgcgtct
ccagacccaccttctctctaccgattgcttaaggcaggttctagactaca
cgcttcggataaaaagggtcaggtgtaaaacagttcctacctttaagagt
cttggtaagctgtctgggaagttgaaatgcagctaagcactttgacggtg
gctttatctgtggtgggactagagtctttctgggaagtcacgcacaggga
gatagatggagaccactaattgagggcatccctacacaccttgcaagtgt
cttgaatgtccatagttagcctgtaaagatatgattaaattgggcttgtt
aacagaagttggataggagccctcatggttcgagcactggcctaatttcc
tcgaacatccacctcctggtgtgcctaaatcactgtaacctccaacctgc
a
actgtgcacacgaggctgccccagtcagatctacttctggtttctgagtg
atggaattacaggcctgagctaccctctgaaagcccagtgtttgcatttt
tattgctcccctaccaccttttttctttttgagtcgaggtttctttgtga
ccctgaccagcttgtaacccacgatatagcctggctggcctgaactcttg
caactcactctatggccggggttggcctgaactctgcttcccaagagctg
agactcaggcatgctctaccatgcccaccttatccttacttttatagcct
gcctccttcccttcccttcccttcccttcccttaccttacctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_135186798_135187978
seq2: B6Ng01-203K06.b_44_1244 (reverse)

seq1  TGCA-GTTGGA-GTTACAGTGA-TTAG--CCACCAGGAGTGGAATGTTCT  45
      |||| |||||| |||||||||| ||||   |||||||||  | |||||| 
seq2  TGCAGGTTGGAGGTTACAGTGATTTAGGCACACCAGGAGGTGGATGTTCG  50

seq1  GGAAGAATA-GCCAGTGCTCTGAACCACTGA-GGCTCCTATCCAAC-TCT  92
       | | | || |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||
seq2  AGGAAATTAGGCCAGTGCTC-GAACCA-TGAGGGCTCCTATCCAACTTCT  98

seq1  G-TAACCAGCCC-ATTTAATCATA-CTTTACAAGCT-ACTATGAACATTC  138
      | |||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||
seq2  GTTAACAAGCCCAATTTAATCATATCTTTACAGGCTAACTATGGACATTC  148

seq1  AAGACACTTGCAA-GTGTGTA-GGATGCCCTCAA-TAGT-GTCTCCATCT  184
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AAGACACTTGCAAGGTGTGTAGGGATGCCCTCAATTAGTGGTCTCCATCT  198

seq1  ATCTCCCTGTGCGTGACTT-CCAGAAGAACTCTAGT-CCACCACAGAT-A  231
      ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| |
seq2  ATCTCCCTGTGCGTGACTTCCCAGAAAGACTCTAGTCCCACCACAGATAA  248

seq1  AGCCACCGTCAAAGTGCTTAGCTGCATTTCAACTT-CCAGACAGCTTACC  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCCACCGTCAAAGTGCTTAGCTGCATTTCAACTTCCCAGACAGCTTACC  298

seq1  -AGACTCTTAAAGGTAGGAACTGTTTTACACCTGA-CCTTTTTATCCGAA  328
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGACTCTTAAAGGTAGGAACTGTTTTACACCTGACCCTTTTTATCCGAA  348

seq1  GCGTGTAGTCTAGAACCTGCCTTAAGCAATCGGTAGAGAGAAGGTGGGTC  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTAGTCTAGAACCTGCCTTAAGCAATCGGTAGAGAGAAGGTGGGTC  398

seq1  TGGAGACGCGAGATGGGAGACAGATAGGGTGAAGCAGTGTCAAGGAGAAG  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACGCGAGATGGGAGACAGATAGGGTGAAGCAGTGTCAAGGAGAAG  448

seq1  GAGGCAGAGCAATGCCCTCTGGGTAGTGGTGGTGCACACCTTTAAATCCC  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGCAATGCCCTCTGGGTAGTGGTGGTGCACACCTTTAAATCCC  498

seq1  AGCACTTGGGAGGCACAGGGAGGTTCTCTTATCTTACTCTTAGCTTCTAA  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGGGAGGCACAGGGAGGTTCTCTTATCTTACTCTTAGCTTCTAA  548

seq1  AAATAAGGCTCAGGAGACTTGTTTGCTTAAGCAGATGTTGATAGTGAGCG  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGGCTCAGGAGACTTGTTTGCTTAAGCAGATGTTGATAGTGAGCG  598

seq1  ACACCTATGGTAGGACTTAGCCTGCTTCCCAAACCCACTTAACTCCTAAC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTATGGTAGGACTTAGCCTGCTTCCCAAACCCACTTAACTCCTAAC  648

seq1  GCTGCTCTTCTACAGATGGCTCGACCACTTCCTTTAGCTCCTGGCTGATC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTTCTACAGATGGCTCGACCACTTCCTTTAGCTCCTGGCTGATC  698

seq1  CCTTGTTGAAATTCTTTGTCCTGTAGCGCCGAGTAGAGGTCAATAGCTTC  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGAAATTCTTTGTCCTGTAGCGCCGAGTAGAGGTCAATAGCTTC  748

seq1  AGAGACAGAGCGGATGGGATGGCTGGGGTACTGATGGCAGCTGGACAAAG  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGAGCGGATGGGATGGCTGGGGTACTGATGGCAGCTGGACAAAG  798

seq1  GTTCCCCTGCGTGGGTTGTGCACGTCAGCGGAGGAGGAAGGAAACAGCGG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCCTGCGTGGGTTGTGCACGTCAGCGGAGGAGGAAGGAAACAGCGG  848

seq1  TGGTGCTGCGCCAGGCAGCTGGGGTTGGTGTTAAAGCTCTTGCTGTGCCT  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTGCGCCAGGCAGCTGGGGTTGGTGTTAAAGCTCTTGCTGTGCCT  898

seq1  GCACTTGAACTCCAGCACCATCCTCGTGTACATGTTGAAGGTGGTGACCG  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGAACTCCAGCACCATCCTCGTGTACATGTTGAAGGTGGTGACCG  948

seq1  CTGACGCCATGCAGCAGGTGAAGGAAACCCACGCTGTGCTAGGGGCAAAC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGCCATGCAGCAGGTGAAGGAAACCCACGCTGTGCTAGGGGCAAAC  998

seq1  ACAAAGGAGGGCCAGTAAGAGTCTGACTCTGGAAAGAGAAGCACCATGCA  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGAGGGCCAGTAAGAGTCTGACTCTGGAAAGAGAAGCACCATGCA  1048

seq1  TACTGCCACAGGCTAGGCGCTGTCTTTAGGGGGATATGGGGACCTGAGTA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCACAGGCTAGGCGCTGTCTTTAGGGGGATATGGGGACCTGAGTA  1098

seq1  TATTGCCTTCTGCCATGCTACTGTGAAGGACGGAGACCAGAGGACTTCAT  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCCTTCTGCCATGCTACTGTGAAGGACGGAGACCAGAGGACTTCAT  1148

seq1  CGGCCTTAGTTTTGTACTCAAAGAGAAAACAGGTAGTCTACTGCACTGAA  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTTAGTTTTGTACTCAAAGAGAAAACAGGTAGTCTACTGCACTGAA  1198

seq1  TTC  1181
      |||
seq2  TTC  1201

seq1: chr6_135017883_135018231
seq2: B6Ng01-203K06.g_63_411

seq1  GAATTCACTGTGCACACGAGGCTGCCCCAGTCAGATCTACTTCTGGTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGCACACGAGGCTGCCCCAGTCAGATCTACTTCTGGTTTC  50

seq1  TGAGTGATGGAATTACAGGCCTGAGCTACCCTCTGAAAGCCCAGTGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATGGAATTACAGGCCTGAGCTACCCTCTGAAAGCCCAGTGTTTG  100

seq1  CATTTTTATTGCTCCCCTACCACCTTTTTTCTTTTTGAGTCGAGGTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTATTGCTCCCCTACCACCTTTTTTCTTTTTGAGTCGAGGTTTCT  150

seq1  TTGTGACCCTGACCAGCTTGTAACCCACGATATAGCCTGGCTGGCCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACCCTGACCAGCTTGTAACCCACGATATAGCCTGGCTGGCCTGAA  200

seq1  CTCTTGCAACTCACTCTATGGCCGGGGTTGGCCTGAACTCTGCTTCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCAACTCACTCTATGGCCGGGGTTGGCCTGAACTCTGCTTCCCAA  250

seq1  GAGCTGAGACTCAGGCATGCTCTACCATGCCCACCTTATCCTTACTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAGACTCAGGCATGCTCTACCATGCCCACCTTATCCTTACTTTTA  300

seq1  TAGCCTGCCTCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TAGCCTGCCTCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTACCTTACCTT  349