BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212N09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 105,350,345 - 105,520,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043716, LOC100043350
Upstream geneCntn6, LOC384470
Downstream geneCntn4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212N09.bB6Ng01-212N09.g
ACCGA030529GA030530
length1,1291,159
definitionB6Ng01-212N09.b B6Ng01-212N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,350,345 - 105,351,484)(105,519,724 - 105,520,885)
sequence
gaattcaaaggtccacccagactcagtgagtcagaattttaattttacta
gtatgtcccaatatcccatctgccatttaacttacgagtccacataagat
ttaacactctaaaatgtaaatgttatttctggcattctatcatttatttc
cctagtttagatgtcacaacaacacagtagctaggaaaaatgatgtgcaa
ataaagcccttgatgaaatatgtatgataaagacttggaacagtgaaaac
agcactggatgagatgattttcagttactgtggtttcatctatacagatt
tttatgggctgaaaaatatttgctatgtcatactgaacagcaaaagaaga
aacagaagactgcatgccgtgcatctgaatgccagaaacaataatcataa
ataattaccagatgaaatatgatatgatgctggggaacaattttttggtt
ggttcttacagatttgcactctcccaataatcatgcattttcaaatgaga
aaatgtatttagaataatatatgaatttgttttcaatgtggaaaactgca
gagggagatattgtggacatgtcatatgtccttcaaacagattataacat
cttacacaggatgtcattttcttccattctgtcttcaccagcttaataca
caaatgcctctgttacaccaagtaatcagggagatgtagtgttacagtga
gatgtagtgttacagtgagatgtagtgttacagtgagatgtagtgttaca
gtgagatgtagtgaccttactgttcgaggccttgcttgctttgttgctac
cccttctctgtgtggtcttcctcatgtttggataataagttttacatgta
aaacatggtcatgatatagaaattaatgagcccaggacccatgaaaccat
ttgagcttgagaaaaggatctgtgtaaataacgaaaagcaaattcagcta
tgggcctacatcctgagattattgaaattaaattgttactaaaagttcca
gatgccaggtaccaaggagttcccaacagggagacattagttgaataccc
accaagggagaatagagcataagactatttcaatgaatagaccggctcca
gttgatgattgtccactcacctactcaaa

gaattcacctctcttctgggttgatgggaaacaactgcctcaaaagggcc
caacttttaaaggctttctttgctgttgttgctttgtgaagtacgaatac
ctgtgttcatacacacacacacacacacacacacacacacacacacatac
acatcatacactcactgatgatggggaatcacaaaggaacttaaacgata
catgtgataagctgtgtttgaacaccatgtactacccatactcctaatgg
gcaaattattatttttttactttgatcattataatgtgatcagctttagc
ttatgtgcaacttggcaactcttaaattatcgagagaagcaatctgattt
gagtcaacattttcctccatagcagaatagccatatctttagaaagttac
aatgttctataatgtagtagctatattttcttagagagttataatgctca
gtttttaaaatggtgttatgctgtagttaactgagatgtttgctgtggaa
atttaaagaggctctgaactttaattgcttagtacagtgcctgacagaaa
ggtcttaaaatgatacatttcttgaatttttataaacagagaagtaaata
ttatatatgatctttatatatttgtattagcatttgtacttctttgtatt
aaaaaataatttatacttacaaaaatctcatatggttgtcaaactatgtt
agaccataaaatcctattgacgttcaatgatgatattactacatagataa
aacagatatcatttccctttggttattaaaattcacatgattaaagtgta
tattaagaatgcaaatggtgatattaggatggtaacgggagttatctagt
atctgctttaaaacatcatttgaattattcagaaaatatctatttaatat
gccctgtactgaaagctttatgactgaagcaagagtaatgcatagccctg
tcccaaagatctaatactggcacttgcctcctgagttagagcttctgggg
gagaatttgaggctcagcttacataatgtcagccatgacgactcattctc
cacatcatctaaatgtggtactgatgcgtgaatatcaaagacaaactcgt
tgaggtaatggaattgttctctgctaaccttaacagttacgcaatatact
tagaagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_105350345_105351484
seq2: B6Ng01-212N09.b_45_1173

seq1  GAATTCAAAGGTCCACCCAGACTCAGTGAGTCAGAATTTTAATTTTACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGTCCACCCAGACTCAGTGAGTCAGAATTTTAATTTTACTA  50

seq1  GTATGTCCCAATATCCCATCTGCCATTTAACTTACGAGTCCACATAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCCCAATATCCCATCTGCCATTTAACTTACGAGTCCACATAAGAT  100

seq1  TTAACACTCTAAAATGTAAATGTTATTTCTGGCATTCTATCATTTATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTCTAAAATGTAAATGTTATTTCTGGCATTCTATCATTTATTTC  150

seq1  CCTAGTTTAGATGTCACAACAACACAGTAGCTAGGAAAAATGATGTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTAGATGTCACAACAACACAGTAGCTAGGAAAAATGATGTGCAA  200

seq1  ATAAAGCCCTTGATGAAATATGTATGATAAAGACTTGGAACAGTGAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCCTTGATGAAATATGTATGATAAAGACTTGGAACAGTGAAAAC  250

seq1  AGCACTGGATGAGATGATTTTCAGTTACTGTGGTTTCATCTATACAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGATGAGATGATTTTCAGTTACTGTGGTTTCATCTATACAGATT  300

seq1  TTTATGGGCTGAAAAATATTTGCTATGTCATACTGAACAGCAAAAGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGCTGAAAAATATTTGCTATGTCATACTGAACAGCAAAAGAAGA  350

seq1  AACAGAAGACTGCATGCCGTGCATCTGAATGCCAGAAACAATAATCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGACTGCATGCCGTGCATCTGAATGCCAGAAACAATAATCATAA  400

seq1  ATAATTACCAGATGAAATATGATATGATGCTGGGGAACAATTTTTTGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACCAGATGAAATATGATATGATGCTGGGGAACAATTTTTTGGTT  450

seq1  GGTTCTTACAGATTTGCACTCTCCCAATAATCATGCATTTTCAAATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTACAGATTTGCACTCTCCCAATAATCATGCATTTTCAAATGAGA  500

seq1  AAATGTATTTAGAATAATATATGAATTTGTTTTCAATGTGGAAAACTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTTAGAATAATATATGAATTTGTTTTCAATGTGGAAAACTGCA  550

seq1  GAGGGAGATATTGTGGACATGTCATATGTCCTTCAAACAGATTATAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGATATTGTGGACATGTCATATGTCCTTCAAACAGATTATAACAT  600

seq1  CTTACACAGGATGTCATTTTCTTCCATTCTGTCTTCACCAGCTTAATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACAGGATGTCATTTTCTTCCATTCTGTCTTCACCAGCTTAATACA  650

seq1  CAAATGCCTCTGTTACACCAAGTAATCAGGGAGATGTAGTGTTACAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCCTCTGTTACACCAAGTAATCAGGGAGATGTAGTGTTACAGTGA  700

seq1  GATGTAGTGTTACAGTGAGATGTAGTGTTACAGTGAGATGTAGTGTTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGTGTTACAGTGAGATGTAGTGTTACAGTGAGATGTAGTGTTACA  750

seq1  GTGAGATGTAGTGACCTTACTGTTCGAGGCCTTGCTTGCTTTGTTGCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATGTAGTGACCTTACTGTTCGAGGCCTTGCTTGCTTTGTTGCTAC  800

seq1  CCCTTCTCTGTGTGGTCTTCCTCATGTTTGGATAATAAGTTTTACATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCTGTGTGGTCTTCCTCATGTTTGGATAATAAGTTTTACATGTA  850

seq1  AAACATGGTCATGATATAGAAATTAATGAGCCCAGGACCCATGAAACCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGTCATGATATAGAAATTAATGAGCCCAGGACCCATGAAACCAT  900

seq1  TTGAGCTTGAGAAAAGGATCTGTGTAAATAACGAAAAGCAAATTCAGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTGAGAAAAGGATCTGTGTAAATAACGAAAAGCAAATTCAGCTA  950

seq1  T-GGCCTACATCCTGAGATTATTGAAA-TAAATTGTTACTAAAAAGTTCC  998
      | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TGGGCCTACATCCTGAGATTATTGAAATTAAATTGTTACT-AAAAGTTCC  999

seq1  AGATGCCAGGTACCCAAGAGGTTCCCAACAGGGAGGACATTAGTTGAAAT  1048
      |||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGATGCCAGGTA-CCAAGGAGTTCCCAACAGGGA-GACATTAGTTG-AAT  1046

seq1  ACCCAACAAAGGGGAGATAGAAGCCATAAAGACTATTTCCAATGGATAGA  1098
      ||||| ||| || || |||||   ||| |||||||||| ||||| |||||
seq2  ACCCACCAAGGGAGA-ATAGA--GCAT-AAGACTATTT-CAATGAATAGA  1091

seq1  CACGGCTCCCAGTTGAGGGATGGGCCACTCACCCAACTCAAA  1140
      | ||||| ||||||||  ||| | ||||||| || |||||||
seq2  C-CGGCT-CCAGTTGA-TGATTGTCCACTCA-CCTACTCAAA  1129


seq1: chr6_105519724_105520885
seq2: B6Ng01-212N09.g_69_1227 (reverse)

seq1  TCTC-TCTAAGTATATTGCTGTACTGATAAAGTTAGCAGAGAAACAATCC  49
      |||| ||||||||||||||   |||| ||| |||||||||| |||||| |
seq2  TCTCTTCTAAGTATATTGCGTAACTGTTAAGGTTAGCAGAG-AACAATTC  49

seq1  CATTACCTCACAGAGTTTTGTCTTTGATAATTCACAGCATCAGTA-CACA  98
      ||||||||||  ||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||
seq2  CATTACCTCAACGAG-TTTGTCTTTGAT-ATTCAC-GCATCAGTACCACA  96

seq1  TTTAGATGATGGTGGAAGAATGAGTCGTCATGGCTGACATTATTGCTAAG  148
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TTTAGATGAT-GTGG-AGAATGAGTCGTCATGGCTGACATTAT--GTAAG  142

seq1  CTGAGCCTCAAA-TCTCCCCCAGAAGCTCTAACTCA-GAGGCAAGTGCCA  196
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGAGCCTCAAATTCTCCCCCAGAAGCTCTAACTCAGGAGGCAAGTGCCA  192

seq1  GTATTAGATCTTTGGGACAGGGCTATGCATTACTCTTGCTTCAGTCATAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGATCTTTGGGACAGGGCTATGCATTACTCTTGCTTCAGTCATAA  242

seq1  AGCTTTCAGTACAGGGCATATTAAATAGATATTTTCTGAATAATTC-AAT  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCTTTCAGTACAGGGCATATTAAATAGATATTTTCTGAATAATTCAAAT  292

seq1  GATGTTTTAAAGCAGATACTAGATAACTCCCGTTACCATCCTAATATCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTTAAAGCAGATACTAGATAACTCCCGTTACCATCCTAATATCAC  342

seq1  CATTTGCATTCTTAATATACACTTTAATCATGTGAATTTTAATAACCAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCATTCTTAATATACACTTTAATCATGTGAATTTTAATAACCAAA  392

seq1  GGGAAATGATATCTGTTTTATCTATGTAGTAATATCATCATTGAACGTCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGATATCTGTTTTATCTATGTAGTAATATCATCATTGAACGTCA  442

seq1  ATAGGATTTTATGGTCTAACATAGTTTGACAACCATATGAGATTTTTGTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTTTATGGTCTAACATAGTTTGACAACCATATGAGATTTTTGTA  492

seq1  AGTATAAATTATTTTTTAATACAAAGAAGTACAAATGCTAATACAAATAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAATTATTTTTTAATACAAAGAAGTACAAATGCTAATACAAATAT  542

seq1  ATAAAGATCATATATAATATTTACTTCTCTGTTTATAAAAATTCAAGAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATCATATATAATATTTACTTCTCTGTTTATAAAAATTCAAGAAA  592

seq1  TGTATCATTTTAAGACCTTTCTGTCAGGCACTGTACTAAGCAATTAAAGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCATTTTAAGACCTTTCTGTCAGGCACTGTACTAAGCAATTAAAGT  642

seq1  TCAGAGCCTCTTTAAATTTCCACAGCAAACATCTCAGTTAACTACAGCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCCTCTTTAAATTTCCACAGCAAACATCTCAGTTAACTACAGCAT  692

seq1  AACACCATTTTAAAAACTGAGCATTATAACTCTCTAAGAAAATATAGCTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATTTTAAAAACTGAGCATTATAACTCTCTAAGAAAATATAGCTA  742

seq1  CTACATTATAGAACATTGTAACTTTCTAAAGATATGGCTATTCTGCTATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTATAGAACATTGTAACTTTCTAAAGATATGGCTATTCTGCTATG  792

seq1  GAGGAAAATGTTGACTCAAATCAGATTGCTTCTCTCGATAATTTAAGAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAATGTTGACTCAAATCAGATTGCTTCTCTCGATAATTTAAGAGT  842

seq1  TGCCAAGTTGCACATAAGCTAAAGCTGATCACATTATAATGATCAAAGTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGTTGCACATAAGCTAAAGCTGATCACATTATAATGATCAAAGTA  892

seq1  AAAAAATAATAATTTGCCCATTAGGAGTATGGGTAGTACATGGTGTTCAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAATAATTTGCCCATTAGGAGTATGGGTAGTACATGGTGTTCAA  942

seq1  ACACAGCTTATCACATGTATCGTTTAAGTTCCTTTGTGATTCCCCATCAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTTATCACATGTATCGTTTAAGTTCCTTTGTGATTCCCCATCAT  992

seq1  CAGTGAGTGTATGATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGTGTATGATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1042

seq1  TGTGTGTATGAACACAGGTATTCGTACTTCACAAAGCAACAACAGCAAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGAACACAGGTATTCGTACTTCACAAAGCAACAACAGCAAAG  1092

seq1  AAAGCCTTTAAAAGTTGGGCCCTTTTGAGGCAGTTGTTTCCCATCAACCC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTTAAAAGTTGGGCCCTTTTGAGGCAGTTGTTTCCCATCAACCC  1142

seq1  AGAAGAGAGGTGAATTC  1162
      |||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAGGTGAATTC  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |