BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215E12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 137,830,636 - 137,868,677
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneErp27, Arhgdib, Pde6h, Rerg, Ptpro, Eps8, Strap, Dera
Downstream gene9830102E05Rik, Mgst1, Lmo3, Igbp1b, EG668196
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215E12.bB6Ng01-215E12.g
ACCGA032294GA032295
length1,2381,083
definitionB6Ng01-215E12.b B6Ng01-215E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,830,636 - 137,831,853)(137,867,594 - 137,868,677)
sequence
gaattctgagtctttctattatattcagataatttcagcctatagattat
tatttagaaatcacccaatgccaaagatattataggaacataatacctgc
atggacatcatgctatagatatagaagagtacataagggaaagtcagaat
caatagcgttaatgggatttggcccaattgtttatcagaaggactctcaa
acaaatcactgccaaatttgattaaatgtgcaccaacaatatgaacaaac
gtttccaaattctgatattttgataaatgtagtgaatatatctgtaaaaa
aggatgaaatgcagatactcatataggaaacaagactaggaaaaaaaacc
cacctctgaatgcattaagggtataagcagaaaaccatcatgacttgaag
tagactaagcaaaatagaaacaatatactcatgaaaataaagacttgcaa
agttccagcagttataaggaccgacctgccagattgactaacgagctact
agtagcacagccaccatctgggcacgtgcatgtgtgagcgtatctcttac
atggtccaggggttagcaataatcattgtgacttattctgttctagtttg
agagccgagccttttggcataagcaaggtcttttaccttgaataggaaga
ctgttttacaaattgtcatcagataagtgctatccacgaaataaaaagaa
aacctgtgggattctcagacgatggatgaactaaagagagtaactaaaaa
caaatggatctggtgacagtagaaatgaaggataccttagctggtaacaa
tagttgttgttagacttattcttggctagcaaccccaatgcaatgctcag
cacttataaatatgctaatattatacggagagaggtagctaatcacctta
gggaaggaagcataatgcagtgggaaaatgaataaaacaaaaaccttaaa
aaggctgaaagatgagatgcccatggtggtgaccttgtttttcccagtat
tggagaagctgggtacaggtgttaaagggtaggtaagatgagcattctag
gaagctggtggcagaatggggctgcagcgaagctggaggctacctggagt
cacacagtggaggcggcccaggcaggcacggactaacataggggagactt
ggacactcttagaagagagaaaggtgagaaatagcttggagccatccaat
tatcttcagggaagctacattaaaatatggactcttgt

gaattcttgatttagttcttataccccattttttgattgggttgtttggt
ttttttggtgattaacttcttgagttctttatatattttggatattagcc
ttctatcagatgtgaggttagtgaagatttttttcccaatctgtaggttg
ctggtttgtcttataaactatatccttgtcattttataattatctgtaac
tccagttctgaggactccttggttactgtattatgcacatgatgcacata
cacacatgcagacaaaacacacacagataaaatacaaaaataaaactttc
ataatgctaaatgtaaaggttaatataaattataattaaagaatctggag
ctgtgcagagaagaaaaaaaaacaaggtataagttcaccgttaacactct
ctaatattttctttaccacaaatcataaccttttagtcagaacacactga
gctttaagcattagagcgatgaatttcaaatgttttgttatacacacaga
ctcaggaccctcttggatacacatttaaagctttgctctttctctcttag
gaaaatattttggctttgagcctgagactccttctatacaaaatatgtct
gataattaatgtgataataattaaatgatataatgtatgtaaagtgaagg
gaaacactttgtagtcagaaaaagactgtgacaataaataccttgtatga
atgtatttatctctatatctagatgtctacattgaaaaacagacaacgcc
atttgatacaaacaaaatccatttcctgcatctatattgaaagtaatgaa
ctagattcccactcacctctcttcctttttttttgtgagatagaatttct
aactatatagtcctgctattcttgaattccttatacaaaccaaatcagtc
tgatcttgacctctcagctattctcctgactctgccttttgagtgctacg
attgcaggcgtgagttgcttactcttcccgactcgagatttccttatgaa
ccaccgatgttgagctgagcaccccacagccaccagcttcaggagggcat
gagagcagagagccaagagagaggaagatgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_137830636_137831853
seq2: B6Ng01-215E12.b_43_1280

seq1  GAATTCTGAGTCTTTCTATTATATTCAGATAATTTCAGCCTATAGATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGTCTTTCTATTATATTCAGATAATTTCAGCCTATAGATTAT  50

seq1  TATTTAGAAATCACCCAATGCCAAAGATATTATAGGAACATAATACCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGAAATCACCCAATGCCAAAGATATTATAGGAACATAATACCTGC  100

seq1  ATGGACATCATGCTATAGATATAGAAGAGTACATAAGGGAAAGTCAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACATCATGCTATAGATATAGAAGAGTACATAAGGGAAAGTCAGAAT  150

seq1  CAATAGCGTTAATGGGATTTGGCCCAATTGTTTATCAGAAGGACTCTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCGTTAATGGGATTTGGCCCAATTGTTTATCAGAAGGACTCTCAA  200

seq1  ACAAATCACTGCCAAATTTGATTAAATGTGCACCAACAATATGAACAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCACTGCCAAATTTGATTAAATGTGCACCAACAATATGAACAAAC  250

seq1  GTTTCCAAATTCTGATATTTTGATAAATGTAGTGAATATATCTGTAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAAATTCTGATATTTTGATAAATGTAGTGAATATATCTGTAAAAA  300

seq1  AGGATGAAATGCAGATACTCATATAGGAAACAAGACTAGGAAAAAAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAAATGCAGATACTCATATAGGAAACAAGACTAGGAAAAAAAACC  350

seq1  CACCTCTGAATGCATTAAGGGTATAAGCAGAAAACCATCATGACTTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTGAATGCATTAAGGGTATAAGCAGAAAACCATCATGACTTGAAG  400

seq1  TAGACTAAGCAAAATAGAAACAATATACTCATGAAAATAAAGACTTGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTAAGCAAAATAGAAACAATATACTCATGAAAATAAAGACTTGCAA  450

seq1  AGTTCCAGCAGTTATAAGGACCGACCTGCCAGATTGACTAACGAGCTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGCAGTTATAAGGACCGACCTGCCAGATTGACTAACGAGCTACT  500

seq1  AGTAGCACAGCCACCATCTGGGCACGTGCATGTGTGAGCGTATCTCTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCACAGCCACCATCTGGGCACGTGCATGTGTGAGCGTATCTCTTAC  550

seq1  ATGGTCCAGGGGTTAGCAATAATCATTGTGACTTATTCTGTTCTAGTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCAGGGGTTAGCAATAATCATTGTGACTTATTCTGTTCTAGTTTG  600

seq1  AGAGCCGAGCCTTTTGGCATAAGCAAGGTCTTTTACCTTGAATAGGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCGAGCCTTTTGGCATAAGCAAGGTCTTTTACCTTGAATAGGAAGA  650

seq1  CTGTTTTACAAATTGTCATCAGATAAGTGCTATCCACGAAATAAAAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTACAAATTGTCATCAGATAAGTGCTATCCACGAAATAAAAAGAA  700

seq1  AACCTGTGGGATTCTCAGACGATGGATGAACTAAAGAGAGTAACTAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTGGGATTCTCAGACGATGGATGAACTAAAGAGAGTAACTAAAAA  750

seq1  CAAATGGATCTGGTGACAGTAGAAATGAAGGATACCTTAGCTGGTAACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGATCTGGTGACAGTAGAAATGAAGGATACCTTAGCTGGTAACAA  800

seq1  TAGTTGTTGTTAGACTTATTCTTGGCTAGCAACCCCAATGCAATGCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTTGTTAGACTTATTCTTGGCTAGCAACCCCAATGCAATGCTCAG  850

seq1  CACTTATAAATATGCTAATATTATACGGAGAGAGGTAGCTAATCACCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATAAATATGCTAATATTATACGGAGAGAGGTAGCTAATCACCTTA  900

seq1  GGGAAGGAAGCATAATGCAGTGGGAAAATGAATAAAACAAAAACCTTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGAAGCATAATGCAGTGGGAAAATGAATAAAACAAAAACCTTAAA  950

seq1  AAGGCTGAAAGATGAGATGCCCAT-GTGGTGACCTTGTTTTTCCCAGTAT  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGAAAGATGAGATGCCCATGGTGGTGACCTTGTTTTTCCCAGTAT  1000

seq1  TGAGAAAGCTGGGTACA-GTGTTAAA-GGTAGGTAAGATGAGCATTCTA-  1046
      ||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGAGAAGCTGGGTACAGGTGTTAAAGGGTAGGTAAGATGAGCATTCTAG  1050

seq1  GAAGCT-GTGGCAGA--TGGGCTGCAGCG-AGCTGGAGGCTACCCTGAGT  1092
      |||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||  ||||
seq2  GAAGCTGGTGGCAGAATGGGGCTGCAGCGAAGCTGGAGGCTACCTGGAGT  1100

seq1  CACACAGT-GAG--CGCCCAGCCAGCCAC-GACT-ACATA-GGGAGACCT  1136
      |||||||| |||   |||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||  
seq2  CACACAGTGGAGGCGGCCCAGGCAGGCACGGACTAACATAGGGGAGAC--  1148

seq1  TTGGACAACCTCTAGAAGAG---AAGTTGAG--ATAGCTT-GAGCAAATT  1180
      |||||||  || ||||||||   ||| ||||  ||||||| ||||  || 
seq2  TTGGACACTCT-TAGAAGAGAGAAAGGTGAGAAATAGCTTGGAGC-CATC  1196

seq1  CAATTATCTTCA-AGAAGCTACA-TAAAATATG--ATCTTGT  1218
      ||||||||||||  ||||||||| |||||||||   ||||||
seq2  CAATTATCTTCAGGGAAGCTACATTAAAATATGGACTCTTGT  1238


seq1: chr6_137867594_137868677
seq2: B6Ng01-215E12.g_65_1147 (reverse)

seq1  TGACACTCTTCCTCTCTCTTTGCTCCTCTGCTCTCATTCCCTCCCTGAGC  50
      ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||   |||
seq2  TGACA-TCTTCCTCTCTCTTGGCT-CTCTGCTCTCATGCCCTCCTGAAGC  48

seq1  TGGTGGCTGT-GGGTGCTCAGCTCAACCTTCGTGGTTCATAAGGAAATCT  99
      |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTGTGGGGTGCTCAGCTCAACATCGGTGGTTCATAAGGAAATCT  98

seq1  CGAGTCGGGAAGAGTAAGCAACTCACGCCTGCAATCGTAGCACTCAAAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCGGGAAGAGTAAGCAACTCACGCCTGCAATCGTAGCACTCAAAAG  148

seq1  GCAGAGTCAGGAGAATAGCTGAGAGGTCAAGATCAGACTGATTTGGTTTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTCAGGAGAATAGCTGAGAGGTCAAGATCAGACTGATTTGGTTTG  198

seq1  TATAAGGAATTCAAGAATAGCAGGACTATATAGTTAGAAATTCTATCTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGAATTCAAGAATAGCAGGACTATATAGTTAGAAATTCTATCTCA  248

seq1  CAAAAAAAAAGGAAGAGAGGTGAGTGGGAATCTAGTTCATTACTTTCAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAAGGAAGAGAGGTGAGTGGGAATCTAGTTCATTACTTTCAAT  298

seq1  ATAGATGCAGGAAATGGATTTTGTTTGTATCAAATGGCGTTGTCTGTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGCAGGAAATGGATTTTGTTTGTATCAAATGGCGTTGTCTGTTTT  348

seq1  TCAATGTAGACATCTAGATATAGAGATAAATACATTCATACAAGGTATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTAGACATCTAGATATAGAGATAAATACATTCATACAAGGTATTT  398

seq1  ATTGTCACAGTCTTTTTCTGACTACAAAGTGTTTCCCTTCACTTTACATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCACAGTCTTTTTCTGACTACAAAGTGTTTCCCTTCACTTTACATA  448

seq1  CATTATATCATTTAATTATTATCACATTAATTATCAGACATATTTTGTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATATCATTTAATTATTATCACATTAATTATCAGACATATTTTGTAT  498

seq1  AGAAGGAGTCTCAGGCTCAAAGCCAAAATATTTTCCTAAGAGAGAAAGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGTCTCAGGCTCAAAGCCAAAATATTTTCCTAAGAGAGAAAGAG  548

seq1  CAAAGCTTTAAATGTGTATCCAAGAGGGTCCTGAGTCTGTGTGTATAACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTTAAATGTGTATCCAAGAGGGTCCTGAGTCTGTGTGTATAACA  598

seq1  AAACATTTGAAATTCATCGCTCTAATGCTTAAAGCTCAGTGTGTTCTGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTGAAATTCATCGCTCTAATGCTTAAAGCTCAGTGTGTTCTGAC  648

seq1  TAAAAGGTTATGATTTGTGGTAAAGAAAATATTAGAGAGTGTTAACGGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGTTATGATTTGTGGTAAAGAAAATATTAGAGAGTGTTAACGGTG  698

seq1  AACTTATACCTTGTTTTTTTTTCTTCTCTGCACAGCTCCAGATTCTTTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATACCTTGTTTTTTTTTCTTCTCTGCACAGCTCCAGATTCTTTAA  748

seq1  TTATAATTTATATTAACCTTTACATTTAGCATTATGAAAGTTTTATTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTTATATTAACCTTTACATTTAGCATTATGAAAGTTTTATTTTT  798

seq1  GTATTTTATCTGTGTGTGTTTTGTCTGCATGTGTGTATGTGCATCATGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTATCTGTGTGTGTTTTGTCTGCATGTGTGTATGTGCATCATGTG  848

seq1  CATAATACAGTAACCAAGGAGTCCTCAGAACTGGAGTTACAGATAATTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATACAGTAACCAAGGAGTCCTCAGAACTGGAGTTACAGATAATTAT  898

seq1  AAAATGACAAGGATATAGTTTATAAGACAAACCAGCAACCTACAGATTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACAAGGATATAGTTTATAAGACAAACCAGCAACCTACAGATTGG  948

seq1  GAAAAAAATCTTCACTAACCTCACATCTGATAGAAGGCTAATATCCAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAATCTTCACTAACCTCACATCTGATAGAAGGCTAATATCCAAAA  998

seq1  TATATAAAGAACTCAAGAAGTTAATCACCAAAAAAACCAAACAACCCAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAGAACTCAAGAAGTTAATCACCAAAAAAACCAAACAACCCAAT  1048

seq1  CAAAAAATGGGGTATAAGAACTAAATCAAGAATTC  1084
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAATGGGGTATAAGAACTAAATCAAGAATTC  1083


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |