BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216K24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 147,445,418 - 147,606,874
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc91, LOC100039712
Upstream geneItpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129
Downstream geneLOC100039727, LOC100039736, Mlstd1, Ergic2, Tmtc1, 1110033J19Rik, EG622319, LOC100042984
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216K24.bB6Ng01-216K24.g
ACCGA033313GA033314
length2261,033
definitionB6Ng01-216K24.b B6Ng01-216K24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,445,418 - 147,445,643)(147,605,844 - 147,606,874)
sequence
agcccttagaaacatactcagtatagaagggtttctgtttataataaaag
ataactgaacacacagtttgtgtctgctagtaggggaattatcaaggaaa
tatatatgcattgtggatctacataatgtattcttagttatcattagcaa
gacaataaaaaatgtgtattccagtgagaccctttagtgataaagctagt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagaga
gaattcagtgatttatccttctcaaacaggcatactgattctattgcaca
aggtcttactatgggtcctggtacagtagcagggcacaccctttgaacag
tgccttaagtatcctagagtgggtgagtcaaaagtcatgatacctgtctt
gcagtaactcaaaggaaccagccagaaatgttgtgtactgttgcctttag
atctgttgaacttcttatgcagaatgcacttgagtatcacactaggtgcc
cactcttgcatagctgggacaagcaacacatgactatgaccatgaccctg
ccaccacttatctccataggccatgatcacattctcttctttggtgtgtt
agttacacttcctgttgctataataaaatacctagagataaacaacctaa
agaagggcttattttgactcaaggttcaaggtctgtcctggtgggaaaca
tagcaactggaggacaaggagctggttacattgtgtctagagccaggaag
ccaagagatacatactgatacttttttatttagtcataacccaacccatg
aaatggaccacccacagctaaagtggatcttctcacattaatcaacctaa
tgtagatagcccctcccaggtgcactgagtcctatgtcctaggtcgatga
actttagtgattgattcatagtcttttgatcttgtgtgcatgaaaattag
agggtaagctgcctcacagatgtgtgtcacacccagttccagggcctgac
cttgaggaggagagaaaaggtgtcaaccaaatgatggacagccatgttct
tttcactaatttgaagctacatatatagttcttgtcaatccaaaattagt
ttcttgctgtatgtggtagtatacacctgtaatcacagcactttttgagg
tggagtcagagaatgggaattcaaaatcaccctttgccatgtatgagttt
gagaatatggagggctatacaaaatctatcaccaaccaattttcttggag
agaaaagcattttttttggggggagggtagggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147445418_147445643
seq2: B6Ng01-216K24.b_50_275

seq1  AGCCCTTAGAAACATACTCAGTATAGAAGGGTTTCTGTTTATAATAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTAGAAACATACTCAGTATAGAAGGGTTTCTGTTTATAATAAAAG  50

seq1  ATAACTGAACACACAGTTTGTGTCTGCTAGTAGGGGAATTATCAAGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGAACACACAGTTTGTGTCTGCTAGTAGGGGAATTATCAAGGAAA  100

seq1  TATATATGCATTGTGGATCTACATAATGTATTCTTAGTTATCATTAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGCATTGTGGATCTACATAATGTATTCTTAGTTATCATTAGCAA  150

seq1  GACAATAAAAAATGTGTATTCCAGTGAGACCCTTTAGTGATAAAGCTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAAAAAATGTGTATTCCAGTGAGACCCTTTAGTGATAAAGCTAGT  200

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA  226
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA  226

seq1: chr6_147605844_147606874
seq2: B6Ng01-216K24.g_69_1101 (reverse)

seq1  ACCCTACCCTCCCCCC-AAAAAAATGCTTTTCTCT-CAAGAAATTTGGTT  48
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  ACCCTACCCTCCCCCCAAAAAAAATGCTTTTCTCTCCAAGAAAATTGGTT  50

seq1  TGTGATAAGATTTTGTATAGCCCTCAATTATCTCAAACTCATACATGGCA  98
       ||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAT-AGATTTTGTATAGCCCTCCATATTCTCAAACTCATACATGGCA  99

seq1  AAGGGTGATTTTGAATTCCCATTCTCTTGACTCCACCTC-AAAAGTGCTG  147
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGGGTGATTTTGAATTCCCATTCTC-TGACTCCACCTCAAAAAGTGCTG  148

seq1  TGATTACAGGTGTATACTACCACATACAGCAAGAAACTAATTTTGGATTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACAGGTGTATACTACCACATACAGCAAGAAACTAATTTTGGATTG  198

seq1  ACAAGAACTATATATGTAGCTTCAAATTAGTGAAAAGAACATGGCTGTCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAACTATATATGTAGCTTCAAATTAGTGAAAAGAACATGGCTGTCC  248

seq1  ATCATTTGGTTGACACCTTTTCTCTCCTCCTCAAGGTCAGG-CCTGGAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCATTTGGTTGACACCTTTTCTCTCCTCCTCAAGGTCAGGCCCTGGAAC  298

seq1  TGGGTGTGACACACATCTGTGAGGCAGCTTACCCTCTAATTTTCATGCAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTGACACACATCTGTGAGGCAGCTTACCCTCTAATTTTCATGCAC  348

seq1  ACAAGATCAAAAGACTATGAATCAATCACTAAAGTTCATCGACCTAGGAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCAAAAGACTATGAATCAATCACTAAAGTTCATCGACCTAGGAC  398

seq1  ATAGGACTCAGTGCACCTGGGAGGGGCTATCTACATTAGGTTGATTAATG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACTCAGTGCACCTGGGAGGGGCTATCTACATTAGGTTGATTAATG  448

seq1  TGAGAAGATCCACTTTAGCTGTGGGTGGTCCATTTCATGGGTTGGGTTAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGATCCACTTTAGCTGTGGGTGGTCCATTTCATGGGTTGGGTTAT  498

seq1  GACTAAATAAAAAAGTATCAGTATGTATCTCTTGGCTTCCTGGCTCTAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAATAAAAAAGTATCAGTATGTATCTCTTGGCTTCCTGGCTCTAGA  548

seq1  CACAATGTAACCAGCTCCTTGTCCTCCAGTTGCTATGTTTCCCACCAGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTAACCAGCTCCTTGTCCTCCAGTTGCTATGTTTCCCACCAGGA  598

seq1  CAGACCTTGAACCTTGAGTCAAAATAAGCCCTTCTTTAGGTTGTTTATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTTGAACCTTGAGTCAAAATAAGCCCTTCTTTAGGTTGTTTATCT  648

seq1  CTAGGTATTTTATTATAGCAACAGGAAGTGTAACTAACACACCAAAGAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTATTTTATTATAGCAACAGGAAGTGTAACTAACACACCAAAGAAG  698

seq1  AGAATGTGATCATGGCCTATGGAGATAAGTGGTGGCAGGGTCATGGTCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGATCATGGCCTATGGAGATAAGTGGTGGCAGGGTCATGGTCAT  748

seq1  AGTCATGTGTTGCTTGTCCCAGCTATGCAAGAGTGGGCACCTAGTGTGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTGTTGCTTGTCCCAGCTATGCAAGAGTGGGCACCTAGTGTGAT  798

seq1  ACTCAAGTGCATTCTGCATAAGAAGTTCAACAGATCTAAAGGCAACAGTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGTGCATTCTGCATAAGAAGTTCAACAGATCTAAAGGCAACAGTA  848

seq1  CACAACATTTCTGGCTGGTTCCTTTGAGTTACTGCAAGACAGGTATCATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACATTTCTGGCTGGTTCCTTTGAGTTACTGCAAGACAGGTATCATG  898

seq1  ACTTTTGACTCACCCACTCTAGGATACTTAAGGCACTGTTCAAAGGGTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGACTCACCCACTCTAGGATACTTAAGGCACTGTTCAAAGGGTGT  948

seq1  GCCCTGCTACTGTACCAGGACCCATAGTAAGACCTTGTGCAATAGAATCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTACTGTACCAGGACCCATAGTAAGACCTTGTGCAATAGAATCA  998

seq1  GTATGCCTGTTTGAGAAGGATAAATCACTGAATTC  1031
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCTGTTTGAGAAGGATAAATCACTGAATTC  1033