BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217B13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,143,326 - 111,263,457
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217B13.bB6Ng01-217B13.g
ACCGA033606GA033607
length1,0681,009
definitionB6Ng01-217B13.b B6Ng01-217B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,262,386 - 111,263,457)(111,143,326 - 111,144,280)
sequence
gaattctcttattgcccatatgtggccttagaaatgttcttgctaagtgt
catcttccaacctgtgatgggggaggtgctaaaattaaaaaatatccagg
ctgtagaggtgacaggaaggatcagtgtgtaaaggtactgaatggtaaga
ttgatgactggagttcacatctggagcctataaaaatttaattgttttta
attttctgttcctcactcacctgcagcttcagacttatatcttaaaattt
agctgtgaaatttaaacttagcccttatctatcacacctaatcctctgta
actggtggtagaattttttggtgggtgtggtaaaaacatgcaaaaaagca
cagagtaggaacacaggaaatacctgggggagatactgcaggtatacggt
ttggcttagagggcagactgcatagctctcattactctgtgaaagtaggg
ggagctggcagatgagcatgcaccgtgccattctctcttacttgtgggaa
ttaactattgatttcattttcacttcattaggttgggtattgatttcaag
acggcagagtggaatatgacagtcgatcactaagcaaacacttagcaatg
atgaggaaagtttgctcttccttcatgatgggaggactttccagaccacc
agacctactgtaagttttgctgccaagcctagcctgctactccagtgcca
tagacaagagatgattccgtgacagagtggtattcaaggactcagcatgt
attggccccctgagtagaagacaacagttgagctgtttcctaccttgggg
ctttgaaaatagctataatttttctcactgcaccagaccaaaacatcccc
agaactaggttaagcaacagagacatggtgaaatatggtcagacactgaa
gatggaaagtcaggaatattcctgggtcaactttgagcaacaagcaaaga
tttttttaaggaccccaatcatgacctggacagttgggtgaaaccaagtt
atagaacatcatggggaacatacaaatagctattagcaaggaaaattgca
tattgtttgcaaaatgat

gaattctggtcaaaactgtagaatgtccctaggtgggaatgaagtttgaa
actttaatgaatattaaaagtatcattcctgtgtatgtccagaaaccagt
ttttcatttcttttaaaacatgttcaatctttgaaaatttcatacatgaa
tatgaagtgttttgatatttaacccccatttcacctggaatactctctct
tctaacttcaactcctttttaaaaaaaatagttcaattagtcagttaacc
ccatatggccatgggtgttatatcatccctagtgcatgaccaacctactg
gtagtcatactcccaaatgaaattgattctacatcctccaacaacaatca
actaataggtactcctccaccaggtaaaagcctgggaattcctttttgtt
ctccaacagaaagtttaattggtttcaattagtgaaatcttttgcaggaa
ggctgtgtatcactttcttagccatagactttgaacacacaaaatcagga
ttgaattctcttccagggaacaggcatcaaataaaataagtcagtttgtt
attcccataaacactcttgcagttattgcaacagtgagtacatctgccta
gtgagtcaatattgtatcatgcaggatccagtaatgcagaagaccatcag
tgtctttttactccagaaaattgggcatagtactactggaggatccaaca
atgcctctcctgggcatatacctagaagatgttccaacttgtaataagac
acatgctccactatgttcatagcagccgtatttataatagccagaagcta
gaaagaacccagatatccctcaatagagaaatggatacagaaaatgtgat
acatttacacaatggagctctactcagctattaaaacagtgaatttcatt
aattcttagacaaatggatagatcctggaggatatcatccttaagtgaag
taacccaaattgcaaaagaacacaaaatgttatgcactcacttgataagt
gagttatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111262386_111263457
seq2: B6Ng01-217B13.b_48_1115 (reverse)

seq1  ATCATTTTGCAAACATATTGGCAATTTTCCTTGCTTAATAGCTTATTTGT  50
      ||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  ATCATTTTGCAAACA-ATATGCAATTTTCCTTGC-TAATAGC-TATTTGT  47

seq1  ATGTTCCCCCTTGGTGTTCTATAACTTTGTTTCCACCCAACTGTCCAGGT  100
      ||||| |||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTT-CCCCATGATGTTCTATAACTTGGTTT-CACCCAACTGTCCAGGT  95

seq1  CATGA-TGGGGTCCTTTAAAAAAATCTTTGCTTGTTGCTCAAAGTTGACC  149
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTGGGGTCC-TTAAAAAAATCTTTGCTTGTTGCTCAAAGTTGACC  144

seq1  CA-GAATATTCCTGACTTTCCATCTTCAGTGTCTGACCATATTTCACCAT  198
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATATTCCTGACTTTCCATCTTCAGTGTCTGACCATATTTCACCAT  194

seq1  GTCTCTGTTGCTTAACCTAGTTCTGGGGATGTTTTGGTCTGGTGCAGTGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTTGCTTAACCTAGTTCTGGGGATGTTTTGGTCTGGTGCAGTGA  244

seq1  GAAAAATTATAGCTATTTTCAAAGCCCCAAGGTAGGAAACAGCTCAACTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTATAGCTATTTTCAAAGCCCCAAGGTAGGAAACAGCTCAACTG  294

seq1  TTGTCTTCTACTCAGGGGGCCAATACATGCTGAGTCCTTGAATACCACTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCTACTCAGGGGGCCAATACATGCTGAGTCCTTGAATACCACTC  344

seq1  TGTCACGGAATCATCTCTTGTCTATGGCACTGGAGTAGCAGGCTAGGCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACGGAATCATCTCTTGTCTATGGCACTGGAGTAGCAGGCTAGGCTT  394

seq1  GGCAGCAAAACTTACAGTAGGTCTGGTGGTCTGGAAAGTCCTCCCATCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCAAAACTTACAGTAGGTCTGGTGGTCTGGAAAGTCCTCCCATCAT  444

seq1  GAAGGAAGAGCAAACTTTCCTCATCATTGCTAAGTGTTTGCTTAGTGATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGAGCAAACTTTCCTCATCATTGCTAAGTGTTTGCTTAGTGATC  494

seq1  GACTGTCATATTCCACTCTGCCGTCTTGAAATCAATACCCAACCTAATGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCATATTCCACTCTGCCGTCTTGAAATCAATACCCAACCTAATGA  544

seq1  AGTGAAAATGAAATCAATAGTTAATTCCCACAAGTAAGAGAGAATGGCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAATGAAATCAATAGTTAATTCCCACAAGTAAGAGAGAATGGCAC  594

seq1  GGTGCATGCTCATCTGCCAGCTCCCCCTACTTTCACAGAGTAATGAGAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCATGCTCATCTGCCAGCTCCCCCTACTTTCACAGAGTAATGAGAGC  644

seq1  TATGCAGTCTGCCCTCTAAGCCAAACCGTATACCTGCAGTATCTCCCCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGTCTGCCCTCTAAGCCAAACCGTATACCTGCAGTATCTCCCCCA  694

seq1  GGTATTTCCTGTGTTCCTACTCTGTGCTTTTTTGCATGTTTTTACCACAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTCCTGTGTTCCTACTCTGTGCTTTTTTGCATGTTTTTACCACAC  744

seq1  CCACCAAAAAATTCTACCACCAGTTACAGAGGATTAGGTGTGATAGATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAAAAATTCTACCACCAGTTACAGAGGATTAGGTGTGATAGATAA  794

seq1  GGGCTAAGTTTAAATTTCACAGCTAAATTTTAAGATATAAGTCTGAAGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAGTTTAAATTTCACAGCTAAATTTTAAGATATAAGTCTGAAGCT  844

seq1  GCAGGTGAGTGAGGAACAGAAAATTAAAAACAATTAAATTTTTATAGGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGAGTGAGGAACAGAAAATTAAAAACAATTAAATTTTTATAGGCT  894

seq1  CCAGATGTGAACTCCAGTCATCAATCTTACCATTCAGTACCTTTACACAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTGAACTCCAGTCATCAATCTTACCATTCAGTACCTTTACACAC  944

seq1  TGATCCTTCCTGTCACCTCTACAGCCTGGATATTTTTTAATTTTAGCACC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTTCCTGTCACCTCTACAGCCTGGATATTTTTTAATTTTAGCACC  994

seq1  TCCCCCATCACAGGTTGGAAGATGACACTTAGCAAGAACATTTCTAAGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCATCACAGGTTGGAAGATGACACTTAGCAAGAACATTTCTAAGGC  1044

seq1  CACATATGGGCAATAAGAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATGGGCAATAAGAGAATTC  1068


seq1: chr6_111143326_111144280
seq2: B6Ng01-217B13.g_65_1021

seq1  GAATTCTGGTCAAAACTG-AGAATGTCCCTAGGTGGGAATGAAGTTTGAA  49
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTCAAAACTGTAGAATGTCCCTAGGTGGGAATGAAGTTTGAA  50

seq1  ACTTTAATGAATATTAAAAGTATCATTCCTGTGTATGTCCAGAAACCAGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATGAATATTAAAAGTATCATTCCTGTGTATGTCCAGAAACCAGT  100

seq1  TTTTCATTTCTTTTAAAACATGTTCAATCTTTGAAAATTTCATACATGAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTTCTTTTAAAACATGTTCAATCTTTGAAAATTTCATACATGAA  150

seq1  TATGAAGTGTTTTGATATTTAACCCCCATTTCACCTGGAATACTCTCTCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGTGTTTTGATATTTAACCCCCATTTCACCTGGAATACTCTCTCT  200

seq1  TCTAACTTCAACTCCTTTTTAAAAAAAATAGTTCAATTAGTCAGTTAACC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTTCAACTCCTTTTTAAAAAAAATAGTTCAATTAGTCAGTTAACC  250

seq1  CCATATGGCCATGGGTGTTATATCATCCCTAGTGCATGACCAACCTACTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGGCCATGGGTGTTATATCATCCCTAGTGCATGACCAACCTACTG  300

seq1  GTAGTCATACTCCCAAATGAAATTGATTCTACATCCTCCAACAACAATCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCATACTCCCAAATGAAATTGATTCTACATCCTCCAACAACAATCA  350

seq1  ACTAATAGGTACTCCTCCACCAGGTAAAAGCCTGGGAATTCCTTTTTGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAGGTACTCCTCCACCAGGTAAAAGCCTGGGAATTCCTTTTTGTT  400

seq1  CTCCAACAGAAAGTTTAATTGGTTTCAATTAGTGAAATCTTTTGCAGGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACAGAAAGTTTAATTGGTTTCAATTAGTGAAATCTTTTGCAGGAA  450

seq1  GGCTGTGTATCACTTTCTTAGCCATAGACTTTGAACACACAAAATCAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTATCACTTTCTTAGCCATAGACTTTGAACACACAAAATCAGGA  500

seq1  TTGAATTCTCTTCCAGGGAACAGGCATCAAATAAAATAAGTCAGTTTGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTCTCTTCCAGGGAACAGGCATCAAATAAAATAAGTCAGTTTGTT  550

seq1  ATTCCCATAAACACTCTTGCAGTTATTGCAACAGTGAGTACATCTGCCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCATAAACACTCTTGCAGTTATTGCAACAGTGAGTACATCTGCCTA  600

seq1  GTGAGTCAATATTGTATCATGCAGGATCCAGTAATGCAGAAGACCATCAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCAATATTGTATCATGCAGGATCCAGTAATGCAGAAGACCATCAG  650

seq1  TGTCTTTTTACTCCAGAAAATTGGGCATAGTACTACTGGAGGATCCAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTTACTCCAGAAAATTGGGCATAGTACTACTGGAGGATCCAACA  700

seq1  ATGCCTCTCCTGGGCATATACCTAGAAGATGTTCCAACTTGTAATAAGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTCCTGGGCATATACCTAGAAGATGTTCCAACTTGTAATAAGAC  750

seq1  ACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCGTATTTATAATAGCCAGAAGCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCGTATTTATAATAGCCAGAAGCTA  800

seq1  GAAAGAACCCAGATATCCCTCAATAGAGAAATGGATACAGAAAATGTGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAACCCAGATATCCCTCAATAGAGAAATGGATACAGAAAATGTGAT  850

seq1  ACATTTACACAATGGAGCTCTACTCAGCTATTAAAAACAGTGAA-TTCAT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  ACATTTACACAATGGAGCTCTACTCAGCTATT-AAAACAGTGAATTTCAT  899

seq1  TAAATTCTTAGACAAATGGATAGAT-CTGGAGGATATCATCC-TAAGTGA  946
      | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  T-AATTCTTAGACAAATGGATAGATCCTGGAGGATATCATCCTTAAGTGA  948

seq1  AGTAACCCA  955
      |||||||||
seq2  AGTAACCCA  957


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |