BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222K14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 26,175,613 - 26,325,200
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGpr37, Pot1a, EG626912, LOC100041210
Downstream geneLOC100041247, Grm8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222K14.bB6Ng01-222K14.g
ACCGA037621GA037622
length1,1261,155
definitionB6Ng01-222K14.b B6Ng01-222K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,175,613 - 26,176,754)(26,324,019 - 26,325,200)
sequence
gaattcatccataggtaggaaccaatacatgcctttacatattagaataa
agtttgaaaaacatagatatgactcatttatttggccaggctattgtcag
tatcttacaataaaatttaaaagtttccttaagctaaaattcaattaaat
gtttcctaaataatactcaaatagcaatagttaaagagacccatatttta
atgcttgatttctgaaatccatctaaacaagtgctgtttctttcaaaagc
agtattacatgtgcatgcaaaagaagatgctctgagagttgatgcaaact
ttatattgtagcttctagctaatgacagagatggtaacctcaagaagaca
taaacgtcctgtaataagcatgataaaaataataacaatccaatgtctat
cataccctaaggcattgggagaacaaacattccatttgtctgcatggcag
aaggtttgtttgtggttttaagtttcatatgctgaaagcaagatgattat
ttatcaaaaaaaaaaagtgatttgctcttcaagctccattggtaggaatg
attaaactttcagctgagaagatgcaggaaagtttttcttaaatagtctt
caaaactggtttaaatatatacaatatatttagtttaaaaacattgttcc
aaatctttctaacttacatttttgataaacttctatttccctggttttaa
aaggaggagtttataataaaaatcccaaggtttgaggggtgagtggcacc
caaggttccatgagcatcattgtctagcagtggcattaatcctcagtctt
gaggagtcttgctgaacctcagaccatcctgccttcctggatccatggaa
aaacctcaatgttcccaaaattaaccaccttggaaccctgaccaaccacc
catcctagttgggatccacacaccaccccagctgggtcagagtgggataa
cctacagaggagggatcacctgagcacacctgcatgtagaggctgtctga
gcacagacaacagagtcggtactctgacatcatgtctgtacacagctagc
cctacctcccagaaattcttgctacatcagatcattcagtatacagggaa
acccagattgtctagaagtgtaagaa

gaattcacttccaagagtatttgtttacatgtttatttttgtttaatata
ccaatatctatttacagtaaactaagtattgatagtatgcatctttgggc
tgaattcttaaatatttgtcaaagaactaaagtccagtcactatgtatat
atgggctagctcaaagatgataaaagtaaccctccatatagcaaacactt
aattttgcatagctagaatcattggtacttcatttacagcttaatttttt
aagaaaaattatcctaatatgtaaatataggatttttaagtagagaatgc
ttaaagagaatttaagtaggattttatacttattaagcattaaatatata
gtggtatactctcttagtcacagcaataaaggggtagagcataaagaccg
gttcagagccagcttcagctacatagtaagtttaagaatagccttgctta
catgagattatgtttcagaaataataatcactaaataagtagcaaaacag
tgacacttaattgggaaacattttaatattgtgtaagattggacaatatg
taataaatgttacacagattataaataggaatttttctacaatacagata
ctcaaacttataaatctcaattaattctgatacaattcagaaaatttatt
ggaaaacattattaaagcatatacctggatataatatttcacaatattaa
taaaaatagctatattttaattttgacacaatggtaaatatttacatctt
cataaataatttaattattcagtaatgattctatgttgtatatatagttg
gacaagagtataaataagaagtcttactataggcttggcttcttctggat
gggatggaacaacacacacattaaaagccaggaaaacctgctcatggagc
agcatctaagcgaggtatattgctgttattacatcaaatgctcctatatg
tttcatcactctaactttacctttacatctatatttgagtcatacagcta
tgaggagaactatttgtcctctagtatttttataaaatttatggtgtgcc
tagtcatctggtgtgacatatcatgtgcatcaaactcccgaactctctta
cctaaacagaacattcactaggatgagtgaactgaaggcctagttcagaa
tacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_26175613_26176754
seq2: B6Ng01-222K14.b_46_1171

seq1  GAATTCATCCATAGGTAGGAACCAATACATGCCTTTACATATTAGAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCATAGGTAGGAACCAATACATGCCTTTACATATTAGAATAA  50

seq1  AGTTTGAAAAACATAGATATGACTCATTTATTTGGCCAGGCTATTGTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAAAAACATAGATATGACTCATTTATTTGGCCAGGCTATTGTCAG  100

seq1  TATCTTACAATAAAATTTAAAAGTTTCCTTAAGCTAAAATTCAATTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTACAATAAAATTTAAAAGTTTCCTTAAGCTAAAATTCAATTAAAT  150

seq1  GTTTCCTAAATAATACTCAAATAGCAATAGTTAAAGAGACCCATATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTAAATAATACTCAAATAGCAATAGTTAAAGAGACCCATATTTTA  200

seq1  ATGCTTGATTTCTGAAATCCATCTAAACAAGTGCTGTTTCTTTCAAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGATTTCTGAAATCCATCTAAACAAGTGCTGTTTCTTTCAAAAGC  250

seq1  AGTATTACATGTGCATGCAAAAGAAGATGCTCTGAGAGTTGATGCAAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTACATGTGCATGCAAAAGAAGATGCTCTGAGAGTTGATGCAAACT  300

seq1  TTATATTGTAGCTTCTAGCTAATGACAGAGATGGTAACCTCAAGAAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTGTAGCTTCTAGCTAATGACAGAGATGGTAACCTCAAGAAGACA  350

seq1  TAAACGTCCTGTAATAAGCATGATAAAAATAATAACAATCCAATGTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGTCCTGTAATAAGCATGATAAAAATAATAACAATCCAATGTCTAT  400

seq1  CATACCCTAAGGCATTGGGAGAACAAACATTCCATTTGTCTGCATGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCTAAGGCATTGGGAGAACAAACATTCCATTTGTCTGCATGGCAG  450

seq1  AAGGTTTGTTTGTGGTTTTAAGTTTCATATGCTGAAAGCAAGATGATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTGTTTGTGGTTTTAAGTTTCATATGCTGAAAGCAAGATGATTAT  500

seq1  TTATCAAAAAAAAAAAGTGATTTGCTCTTCAAGCTCCATTGGTAGGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAAAAAAAAAAGTGATTTGCTCTTCAAGCTCCATTGGTAGGAATG  550

seq1  ATTAAACTTTCAGCTGAGAAGATGCAGGAAAGTTTTTCTTAAATAGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTTTCAGCTGAGAAGATGCAGGAAAGTTTTTCTTAAATAGTCTT  600

seq1  CAAAACTGGTTTAAATATATACAATATATTTAGTTTAAAAACATTGTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGGTTTAAATATATACAATATATTTAGTTTAAAAACATTGTTCC  650

seq1  AAATCTTTCTAACTTACATTTTTGATAAACTTCTATTTCCCTGGTTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTCTAACTTACATTTTTGATAAACTTCTATTTCCCTGGTTTTAA  700

seq1  AAGGAGGAGTTTATAATAAAAATCCCAAGGTTTGAGGGGTGAGTGGCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGAGTTTATAATAAAAATCCCAAGGTTTGAGGGGTGAGTGGCACC  750

seq1  CAAGGTTCCATGAGCATCATTGTCTAGCAGTGGCATTAATCCTCAGTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTCCATGAGCATCATTGTCTAGCAGTGGCATTAATCCTCAGTCTT  800

seq1  GAGGAGTCTTGCTGAACCTCAGGACCATCCTGCCTTCCTGGATCCATGGA  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTCTTGCTGAACCTCA-GACCATCCTGCCTTCCTGGATCCATGGA  849

seq1  AAAACCTCAATGTTCCCAAAATTAACCACCTTGGAACCCTGACCAACCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTCAATGTTCCCAAAATTAACCACCTTGGAACCCTGACCAACCAC  899

seq1  CCATCCTAGTT-GGATCCACACACCACCCCAGCTGGGTCAGAGTGGGATA  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTAGTTGGGATCCACACACCACCCCAGCTGGGTCAGAGTGGGATA  949

seq1  ACCTACAGAGGAGGGATCACCTGAGGCACAACCTGCAATGTAGAGGCTGT  999
      |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||
seq2  ACCTACAGAGGAGGGATCACCTGA-GCAC-ACCTGC-ATGTAGAGGCTGT  996

seq1  CTGAGGCACAGACAACAGAGTCGGGTACTCTGACATTCATTGTCTGTACC  1049
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |
seq2  CTGA-GCACAGACAACAGAGTC-GGTACTCTGACA-TCA-TGTCTGTA-C  1041

seq1  ACAGCTAGCCCTACCCTCCCAAGAAATTC-TGCTACCATCAGGATCATCC  1098
      ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| |
seq2  ACAGCTAGCCCTA-CCTCCC-AGAAATTCTTGCTA-CATCA-GATCATTC  1087

seq1  AGTTAATACCAGGGAAACCCAGA-TGTCTAAGGACAGTGTAAGAA  1142
      |||  ||| |||||||||||||| ||||||  || ||||||||||
seq2  AGT--ATA-CAGGGAAACCCAGATTGTCTA--GA-AGTGTAAGAA  1126


seq1: chr6_26324019_26325200
seq2: B6Ng01-222K14.g_66_1220 (reverse)

seq1  CTGTATTCTGAACTAGACCTTCAGTCTCACCTCATCCCTTAGGTTGGAAA  50
      |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||  |||  ||  ||
seq2  CTGTATTCTGAACTAGGCCTTCAGT-TCA-CTCATCC--TAG--TG--AA  42

seq1  TTGTCTCCTGTTTTAAGTTAGAGAAATTTGGGAGTTTTGATGCACATGAT  100
      |  |||     |||| || |||| | || ||||| |||||||||||||||
seq2  TGTTCT----GTTTAGGTAAGAG-AGTTCGGGAG-TTTGATGCACATGAT  86

seq1  AATTGTCACACCAGATGACTAAGGCACACCATAAATTTTAATAAAAATTA  150
      |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  
seq2  A--TGTCACACCAGATGACT-AGGCACACCATAAATTTT-ATAAAAAT--  130

seq1  ACTAGAGGACAAATAGTTTCTCCTCAATAGCTGTTATGACTCAAATTATA  200
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ACTAGAGGACAAATAG-TTCTCCTC-ATAGCTG-TATGACTCAAA-TATA  176

seq1  GAATGTTAAAGGTAAAGTTAGAGTGATGAAACATAATAGGAGCATTTGAT  250
      | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  G-ATG-TAAAGGTAAAGTTAGAGTGATGAAACAT-ATAGGAGCATTTGAT  223

seq1  GTAATAACAGCAATATACCTCGCTTAGATGCTGCTCCATGAGCAGGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAACAGCAATATACCTCGCTTAGATGCTGCTCCATGAGCAGGTTTT  273

seq1  CCTGGCTTTTAATGTGTGTGTTGTTCCATCCCATCCAGAAGAAGCCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTTTAATGTGTGTGTTGTTCCATCCCATCCAGAAGAAGCCAAGC  323

seq1  CTATAGTAAGACTTCTTATTTATACTCTTGTCCAACTATATATACAACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTAAGACTTCTTATTTATACTCTTGTCCAACTATATATACAACAT  373

seq1  AGAATCATTACTGAATAATTAAATTATTTATGAAGATGTAAATATTTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCATTACTGAATAATTAAATTATTTATGAAGATGTAAATATTTACC  423

seq1  ATTGTGTCAAAATTAAAATATAGCTATTTTTATTAATATTGTGAAATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTCAAAATTAAAATATAGCTATTTTTATTAATATTGTGAAATATT  473

seq1  ATATCCAGGTATATGCTTTAATAATGTTTTCCAATAAATTTTCTGAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAGGTATATGCTTTAATAATGTTTTCCAATAAATTTTCTGAATTG  523

seq1  TATCAGAATTAATTGAGATTTATAAGTTTGAGTATCTGTATTGTAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAATTAATTGAGATTTATAAGTTTGAGTATCTGTATTGTAGAAAA  573

seq1  ATTCCTATTTATAATCTGTGTAACATTTATTACATATTGTCCAATCTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTATTTATAATCTGTGTAACATTTATTACATATTGTCCAATCTTAC  623

seq1  ACAATATTAAAATGTTTCCCAATTAAGTGTCACTGTTTTGCTACTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTAAAATGTTTCCCAATTAAGTGTCACTGTTTTGCTACTTATTT  673

seq1  AGTGATTATTATTTCTGAAACATAATCTCATGTAAGCAAGGCTATTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTATTATTTCTGAAACATAATCTCATGTAAGCAAGGCTATTCTTA  723

seq1  AACTTACTATGTAGCTGAAGCTGGCTCTGAACCGGTCTTTATGCTCTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTATGTAGCTGAAGCTGGCTCTGAACCGGTCTTTATGCTCTACC  773

seq1  CCTTTATTGCTGTGACTAAGAGAGTATACCACTATATATTTAATGCTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATTGCTGTGACTAAGAGAGTATACCACTATATATTTAATGCTTAA  823

seq1  TAAGTATAAAATCCTACTTAAATTCTCTTTAAGCATTCTCTACTTAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATAAAATCCTACTTAAATTCTCTTTAAGCATTCTCTACTTAAAAA  873

seq1  TCCTATATTTACATATTAGGATAATTTTTCTTAAAAAATTAAGCTGTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATATTTACATATTAGGATAATTTTTCTTAAAAAATTAAGCTGTAAA  923

seq1  TGAAGTACCAATGATTCTAGCTATGCAAAATTAAGTGTTTGCTATATGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTACCAATGATTCTAGCTATGCAAAATTAAGTGTTTGCTATATGGA  973

seq1  GGGTTACTTTTATCATCTTTGAGCTAGCCCATATATACATAGTGACTGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTACTTTTATCATCTTTGAGCTAGCCCATATATACATAGTGACTGGA  1023

seq1  CTTTAGTTCTTTGACAAATATTTAAGAATTCAGCCCAAAGATGCATACTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTCTTTGACAAATATTTAAGAATTCAGCCCAAAGATGCATACTA  1073

seq1  TCAATACTTAGTTTACTGTAAATAGATATTGGTATATTAAACAAAAATAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACTTAGTTTACTGTAAATAGATATTGGTATATTAAACAAAAATAA  1123

seq1  ACATGTAAACAAATACTCTTGGAAGTGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAACAAATACTCTTGGAAGTGAATTC  1155


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |