BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227O09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 37,914,841 - 38,017,918
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657
Upstream geneDgki, Creb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102
Downstream geneD630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1, Ttc26, D130059P03Rik, 3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180, Hipk2, Tbxas1, 1700025N23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227O09.bB6Ng01-227O09.g
ACCGA041448GA041449
length1,2321,099
definitionB6Ng01-227O09.b B6Ng01-227O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,016,687 - 38,017,918)(37,914,841 - 37,915,931)
sequence
gaattctttgtttagctctgagccccattttttaatgggtacctgactgt
ttttatatcatgtttgtctctctgctttgtctccttagtactcacatcgt
ggaaaacagtccatatttgcagctggacccagccatcccaggagtgtatt
ctgggaatccctacccatttggaattgatccggtaagaattccttccggt
tatagatgatgtgttgttgagatctctgaataaagaagaaacaacaaact
ggggatgagatgggataaactcagagggttgcatgacaggcagaactgtg
tctagaagataaattctgccgcacttggactctacttcctatatagtttc
ctgctcacttccctctccagcagctatcccattgctggcaataacgagct
tttaaaatgcccttgcagcctggagaggtagctcagctgacaaagtgctt
ggtactaaaagcctgaggacctgagtttggtctgcagaactttcatgtca
aaagccagatatggactgggcatggtggtgcatacctttaatcccaacac
tcagagacagaagcaggagaattatataaatttgagggtggtctggtcta
catagcaagattcagtctcaaagaataaaacaaaacaaaatcttagacat
ggtggtatgtgcttggaatcccaactatcaggagatggggccaggtggat
catgggcttggccagtgagaggtcctgcctcaaaaaaggaaaaacaagat
ggtagatagtccctgaagatattcgtgctctctctcttcttctctgtctc
tgtctgtctgcctgtctgtctttctgtctctgtctctctgtttcacacac
acatacacgcatcacacacacatacaagttgattgcttagaaagtataca
cacacacacattaaataagttacttaatattttgatcaagcgtcctactt
tggtattttctgcagtggtaacatattacactgtaatgtatgatttaagc
ttgtttgcaggccaaaggtcaaacttgggtatatcctttaggagcagcct
accttgtgtttgagtcagatttctcactggaaatctatgacttgctaagt
gaagcccaagaccctccttgtctcttcctgcttcgaccttaaagccacac
tacccccaccacaccatttttacttggatctggatcaaacccgtgaattc
tcgtagggtcctggcaaaaacactctcacaga
gaattcaatgaggtgagatggggcgaggccacagcaatgtggagagtgat
cttaaccagacagcttgccagcagggaggtcccaaggtgtctgtgcaatg
ttgcgtgtctaccagggcatggcagagcttgctaaggaggcttatccaca
ctgagtttgcaaaggtttatgtgtggtaagtgcaaatccaagcctgcctg
aggctgagacagtgtagagtcaggatttatcattccttcctttgatttgc
aagctatgcatttttagactttgacttctgagtttatcttgaaatagtaa
ggatgtaccaaacagttctcagttaaaatctactcaattcactttatata
actgtgtcttttttgttcattgttgtttgttcttttgttgacgtttctca
tcctacccatgatcttcttgtcaccttgctggtgtgacccatccctgtca
caccactccttctggaaggagtcagtacaaagtgtaaccccagactagta
ttttgttttatcttagtgacatccctaagtacttttccaacagtccatta
caagtttcatagtcgtgtgcaaaataggaacagaattgtgagagattatt
tttattaacgaaacctgggtcttttgggtgttaattcctacctgtatttt
tatcccacagcctgattctgaagtagccaatgctggtataaaacttgaaa
gctattttgaagaacttctaaagaatctttatccagaaaaaaggtttcct
aaggtagaattcagcatgaagcagaagactgtaagttcagtgacgactca
gacgatgactttgtacagccccggaagaagcgtctcaagagcaccgaagg
atcgccagctgcttaagtaacgccgcactgggccagcgcgctgtgctaga
gatttctcatcaaaacttaaagacagcaaaggctttgtcagtgatcttaa
gggtttgtgagctctcttgcctctgttttgctgtttactggaactttggt
ttctttcataacccatttctttaacctcttgtcaatggaaaaataaaaag
aggaggacggacggaaatgtgtaccagaaataaaaaatcggtagagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_38016687_38017918
seq2: B6Ng01-227O09.b_48_1279 (reverse)

seq1  TCTGTGA-AGTG--TTTGCCAGGCACCTACGAGAATCCA-GGTTTTGATC  46
      ||||||| ||||  |||||||||  ||||||||||| || || |||||| 
seq2  TCTGTGAGAGTGTTTTTGCCAGGACCCTACGAGAATTCACGGGTTTGAT-  49

seq1  CCAGAACTCATGTAAAAAT-GTGTGGTGGTGTTGGTGTGTGCTTTTAGTC  95
      ||||| | || |||||||| ||||||||| | | ||||| ||||| ||  
seq2  CCAGATC-CAAGTAAAAATGGTGTGGTGGGGGTAGTGTG-GCTTTAAGGT  97

seq1  TGAAGCAGGAAGAGAC-AGGAGGGTCCCTGGGGCTCACTTAGCAAGTCAT  144
       ||||||||||||||| |||||||| | ||||  ||||||||||||||||
seq2  CGAAGCAGGAAGAGACAAGGAGGGT-CTTGGGCTTCACTTAGCAAGTCAT  146

seq1  AGATTT-CAGTGAGAAATCTTGACTCAAAACACAAGGTAGGCTGCTCCTA  193
      |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCCAGTGAGAAATC-TGACTC-AAACACAAGGTAGGCTGCTCCTA  194

seq1  AA-GATATACCCAAGTTTGACCTTTGGCCTGCAAACAAGCTAAAATCATA  242
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGGATATACCCAAGTTTGACCTTTGGCCTGCAAACAAGCTTAAATCATA  244

seq1  CATTACAGTGTAATATGTTACCCACTGCAAGAAAATACCAAAGTAGGACG  292
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAGTGTAATATGTTA-CCACTGC-AGAAAATACCAAAGTAGGACG  292

seq1  CTTGATCAAAATATTAAGTAACTTATTTAATGTGTGTGTGTGTATACTTT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCAAAATATTAAGTAACTTATTTAATGTGTGTGTGTGTATACTTT  342

seq1  CTAAGCAATCAACTTGTATGTGTGTGTGATGCGTGTATGTGTGTGTGAAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAATCAACTTGTATGTGTGTGTGATGCGTGTATGTGTGTGTGAAA  392

seq1  CAGAGAGACAGAGACAGAAAGACAGACAGGCAGACAGACAGAGACAGAGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGACAGAGACAGAAAGACAGACAGGCAGACAGACAGAGACAGAGA  442

seq1  AGAAGAGAGAGAGCACGAATATCTTCAGGGACTATCTACCATCTTGTTTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAGAGAGCACGAATATCTTCAGGGACTATCTACCATCTTGTTTT  492

seq1  TCCTTTTTTGAGGCAGGACCTCTCACTGGCCAAGCCCATGATCCACCTGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTTGAGGCAGGACCTCTCACTGGCCAAGCCCATGATCCACCTGG  542

seq1  CCCCATCTCCTGATAGTTGGGATTCCAAGCACATACCACCATGTCTAAGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCTCCTGATAGTTGGGATTCCAAGCACATACCACCATGTCTAAGA  592

seq1  TTTTGTTTTGTTTTATTCTTTGAGACTGAATCTTGCTATGTAGACCAGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTTTTATTCTTTGAGACTGAATCTTGCTATGTAGACCAGAC  642

seq1  CACCCTCAAATTTATATAATTCTCCTGCTTCTGTCTCTGAGTGTTGGGAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCAAATTTATATAATTCTCCTGCTTCTGTCTCTGAGTGTTGGGAT  692

seq1  TAAAGGTATGCACCACCATGCCCAGTCCATATCTGGCTTTTGACATGAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTATGCACCACCATGCCCAGTCCATATCTGGCTTTTGACATGAAA  742

seq1  GTTCTGCAGACCAAACTCAGGTCCTCAGGCTTTTAGTACCAAGCACTTTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCAGACCAAACTCAGGTCCTCAGGCTTTTAGTACCAAGCACTTTG  792

seq1  TCAGCTGAGCTACCTCTCCAGGCTGCAAGGGCATTTTAAAAGCTCGTTAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGAGCTACCTCTCCAGGCTGCAAGGGCATTTTAAAAGCTCGTTAT  842

seq1  TGCCAGCAATGGGATAGCTGCTGGAGAGGGAAGTGAGCAGGAAACTATAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCAATGGGATAGCTGCTGGAGAGGGAAGTGAGCAGGAAACTATAT  892

seq1  AGGAAGTAGAGTCCAAGTGCGGCAGAATTTATCTTCTAGACACAGTTCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTAGAGTCCAAGTGCGGCAGAATTTATCTTCTAGACACAGTTCTG  942

seq1  CCTGTCATGCAACCCTCTGAGTTTATCCCATCTCATCCCCAGTTTGTTGT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCATGCAACCCTCTGAGTTTATCCCATCTCATCCCCAGTTTGTTGT  992

seq1  TTCTTCTTTATTCAGAGATCTCAACAACACATCATCTATAACCGGAAGGA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTATTCAGAGATCTCAACAACACATCATCTATAACCGGAAGGA  1042

seq1  ATTCTTACCGGATCAATTCCAAATGGGTAGGGATTCCCAGAATACACTCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTACCGGATCAATTCCAAATGGGTAGGGATTCCCAGAATACACTCC  1092

seq1  TGGGATGGCTGGGTCCAGCTGCAAATATGGACTGTTTTCCACGATGTGAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGGCTGGGTCCAGCTGCAAATATGGACTGTTTTCCACGATGTGAG  1142

seq1  TACTAAGGAGACAAAGCAGAGAGACAAACATGATATAAAAACAGTCAGGT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGGAGACAAAGCAGAGAGACAAACATGATATAAAAACAGTCAGGT  1192

seq1  ACCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAGCTAAACAAAGAATTC  1232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAGCTAAACAAAGAATTC  1232

seq1: chr6_37914841_37915931
seq2: B6Ng01-227O09.g_74_1172

seq1  GAATTCAATGAGGTGAGATGGGGCGAGGCCACAGCAATGTGGAGAGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGAGGTGAGATGGGGCGAGGCCACAGCAATGTGGAGAGTGAT  50

seq1  CTTAACCAGACAGCTTGCCAGCAGGGAGGTCCCAAGGTGTCTGTGCAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCAGACAGCTTGCCAGCAGGGAGGTCCCAAGGTGTCTGTGCAATG  100

seq1  TTGCGTGTCTACCAGGGCATGGCAGAGCTTGCTAAGGAGGCTTATCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGTCTACCAGGGCATGGCAGAGCTTGCTAAGGAGGCTTATCCACA  150

seq1  CTGAGTTTGCAAAGGTTTATGTGTGGTAAGTGCAAATCCAAGCCTGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTGCAAAGGTTTATGTGTGGTAAGTGCAAATCCAAGCCTGCCTG  200

seq1  AGGCTGAGACAGTGTAGAGTCAGGATTTATCATTCCTTCCTTTGATTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGACAGTGTAGAGTCAGGATTTATCATTCCTTCCTTTGATTTGC  250

seq1  AAGCTATGCATTTTTAGACTTTGACTTCTGAGTTTATCTTGAAATAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATGCATTTTTAGACTTTGACTTCTGAGTTTATCTTGAAATAGTAA  300

seq1  GGATGTACCAAACAGTTCTCAGTTAAAATCTACTCAATTCACTTTATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTACCAAACAGTTCTCAGTTAAAATCTACTCAATTCACTTTATATA  350

seq1  ACTGTGTCTTTTTTGTTCATTGTTGTTTGTTCTTTTGTTGACGTTTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTCTTTTTTGTTCATTGTTGTTTGTTCTTTTGTTGACGTTTCTCA  400

seq1  TCCTACCCATGATCTTCTTGTCACCTTGCTGGTGTGACCCATCCCTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACCCATGATCTTCTTGTCACCTTGCTGGTGTGACCCATCCCTGTCA  450

seq1  CACCACTCCTTCTGGAAGGAGTCAGTACAAAGTGTAACCCCAGACTAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTCCTTCTGGAAGGAGTCAGTACAAAGTGTAACCCCAGACTAGTA  500

seq1  TTTTGTTTTATCTTAGTGACATCCCTAAGTACTTTTCCAACAGTCCATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTATCTTAGTGACATCCCTAAGTACTTTTCCAACAGTCCATTA  550

seq1  CAAGTTTCATAGTCGTGTGCAAAATAGGAACAGAATTGTGAGAGATTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTCATAGTCGTGTGCAAAATAGGAACAGAATTGTGAGAGATTATT  600

seq1  TTTATTAACGAAACCTGGGTCTTTTGGGTGTTAATTCCTACCTGTATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAACGAAACCTGGGTCTTTTGGGTGTTAATTCCTACCTGTATTTT  650

seq1  TATCCCACAGCCTGATTCTGAAGTAGCCAATGCTGGTATAAAACTTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCACAGCCTGATTCTGAAGTAGCCAATGCTGGTATAAAACTTGAAA  700

seq1  GCTATTTTGAAGAACTTCTAAAGAATCTTTATCCAGAAAAAAGGTTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTGAAGAACTTCTAAAGAATCTTTATCCAGAAAAAAGGTTTCCT  750

seq1  AAGGTAGAATTCAGGCATGAAGCAGAAGACTGTAAGTTCAGTGACGACTC  800
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGAATTCA-GCATGAAGCAGAAGACTGTAAGTTCAGTGACGACTC  799

seq1  AGACGATGACTTTGTACAGCCCCGGAAGAAGCGTCTCAAGAGCACCG-AG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACGATGACTTTGTACAGCCCCGGAAGAAGCGTCTCAAGAGCACCGAAG  849

seq1  GATCGCCAGCTGCTTAAGTAACGCCGCACTGGGCCAGCGCGCTGTGCTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGCCAGCTGCTTAAGTAACGCCGCACTGGGCCAGCGCGCTGTGCTAG  899

seq1  AGATTTCTCATCAAAAC-TAAAGACAGCAAAAGGCTTGTCAGTGATC-TA  947
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||| ||
seq2  AGATTTCTCATCAAAACTTAAAGACAGCAAAGGCTTTGTCAGTGATCTTA  949

seq1  AGGGTTTGTGAGCTCTCT--GCTCTGTTTTTGCTGTTTACTGG-ACTTTG  994
      ||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGGTTTGTGAGCTCTCTTGCCTCTG-TTTTGCTGTTTACTGGAACTTTG  998

seq1  GTTTCTTTCATAACCCATTTCTTTAACCTCTTGTCAATG--AAAATAAAA  1042
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GTTTCTTTCATAACCCATTTCTTTAACCTCTTGTCAATGGAAAAATAAAA  1048

seq1  AGAAGAGGAAGGAAGGAAATGTGTACAAGAATAAAAGAA--GGAAGAGAA  1090
      ||| ||||| ||| |||||||||||| ||||  ||| ||  || ||||||
seq2  AGAGGAGGACGGACGGAAATGTGTACCAGAAATAAAAAATCGGTAGAGAA  1098

seq1  G  1091
      |
seq2  G  1099