BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230C09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 110,317,776 - 110,455,180
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043720
Downstream geneGrm7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230C09.bB6Ng01-230C09.g
ACCGA043087GA043088
length1,1011,164
definitionB6Ng01-230C09.b B6Ng01-230C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,317,776 - 110,318,871)(110,454,017 - 110,455,180)
sequence
gaattcttcttatgatattcctttacataaatgccccagaaaataatata
gataaatattttggatgactggtacctacagacttgaattgaaacaagta
gtaaacctcacatcccagtgatagaacttatttacaactcagttatagac
ctcatatcataactgtttccagggattacaagtgaatttattacttcaac
cttgtaattattttagtgttaaagatgtgtcctgttcctacataacttgt
tgcacatttgctccagagtatttagtcgttaacctcaaataaggagatag
cattaaaagactctgctacttgatatttttgttacaaagtccttgatatg
ctgatcataatttcttttgtgatgtcacaaggcagaaaggtgtcccatta
tctggaagtgatgttgtccctttataatacccatcctgtgaagaacatgg
atataagtttggcaaccatcagttttacgttctagatcaataatagtctt
ggcttaggcaaaaggagcgacctaagcattatgagccttggtatctttat
attgaagctagtatctatctacttttaaggtttataataagaatttgtac
atacatgtgagtgtgcatgtcagtgttatgcatatttacatatgtgtggg
tgcaggtataaatctgcatgcatgtggaaaacaggagtcaacctctactg
ccataccttaggagctgtctatcttttgaaattcaccacttagattaggg
tgattggacaggaagacccccagaacctgccatctcaatttctccagcac
tggtattataactttgtgctgccatgcctacctttttaccagcctaaaag
ttacagatgaaactcttgacagctttgtccatgaatttctttacttacta
gcttcatgaatacaggattgttccagaatattttcatacttgtagcagaa
tactaaatgacaccccataatataaaaatttggaagtcagaataatcaac
ctgaaattttttttttcttggaacataaggaggagtttggtgattatttt
aaatacctggaggtatattatgctttgacagcagcatacgggtgcttgtg
t

gaattccacgtgacatccatgggttataggtggaagagtcaaaagtactt
acactatttactcttttgtcacgtgcagcctcccaccatgacacaacaca
taaaaatatatgatatgtcagcttctttatatttaatttcccaagttcca
aaactacaaacaatgtatttttttttcaattaatagttgtttttattaga
tgttttctttctctgcatttcaaatgtttttcattttcctggtttcccct
ctgaaatcccctgtcctttcccccatccccctgctcaccaacccactcac
tcctgcttcctctatactggggcatagaaccttcacaagaccaaggacct
ctcctcccattgatgactgactaggccactctctgctacatatgcataga
gccatgagttctaccacgtgttttctttggttggtcgtttagtcccatga
agctctgggggttctggttagttcatattgttgttcctcctatggggatg
caaaccccttcagctccttgggtacttcctctagctcatacttcaatcct
tctttcaagggggaacagataaccatggaaggagttacagagacaagtgt
gtagcagagactgaaggaatgaccatccatagactttcccacctggggat
ccatcccatatacaaccaacaaaccatacactcttgcagatgccaacaag
agcttgcttactggagcctgatgtagctgtctcctgtatggctctgccag
tgcctgacaagtaccgaagtggatgttcatagtcatccattggatggagc
actgagcactgtatttttattctctatatgtgaccaagtttgtggtattg
cttataaagtcattcctaataaccctttttttccttctccctttcagaaa
caggagaaattctgcatgttttgttgttaaatcattcagtatagttatga
actttcttaaaattcatcctattggaaattatttttttaaaatagaatga
cggttaacagaatatattgtaatgtgaagaatactctagaagaattaaag
caatagaagaattcataagcccattactgaaaggcagagaacttgaaatt
ggtgcattgcatttttcttgtcacttatacagcaaatggtgataaactga
attcttaaatttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_110317776_110318871
seq2: B6Ng01-230C09.b_48_1148

seq1  GAATTCTTCTTATGATATTCCTTTACATAAATGCCCCAGAAAATAATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTATGATATTCCTTTACATAAATGCCCCAGAAAATAATATA  50

seq1  GATAAATATTTTGGATGACTGGTACCTACAGACTTGAATTGAAACAAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATATTTTGGATGACTGGTACCTACAGACTTGAATTGAAACAAGTA  100

seq1  GTAAACCTCACATCCCAGTGATAGAACTTATTTACAACTCAGTTATAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCTCACATCCCAGTGATAGAACTTATTTACAACTCAGTTATAGAC  150

seq1  CTCATATCATAACTGTTTCCAGGGATTACAAGTGAATTTATTACTTCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATCATAACTGTTTCCAGGGATTACAAGTGAATTTATTACTTCAAC  200

seq1  CTTGTAATTATTTTAGTGTTAAAGATGTGTCCTGTTCCTACATAACTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAATTATTTTAGTGTTAAAGATGTGTCCTGTTCCTACATAACTTGT  250

seq1  TGCACATTTGCTCCAGAGTATTTAGTCGTTAACCTCAAATAAGGAGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATTTGCTCCAGAGTATTTAGTCGTTAACCTCAAATAAGGAGATAG  300

seq1  CATTAAAAGACTCTGCTACTTGATATTTTTGTTACAAAGTCCTTGATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAGACTCTGCTACTTGATATTTTTGTTACAAAGTCCTTGATATG  350

seq1  CTGATCATAATTTCTTTTGTGATGTCACAAGGCAGAAAGGTGTCCCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCATAATTTCTTTTGTGATGTCACAAGGCAGAAAGGTGTCCCATTA  400

seq1  TCTGGAAGTGATGTTGTCCCTTTATAATACCCATCCTGTGAAGAACATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGTGATGTTGTCCCTTTATAATACCCATCCTGTGAAGAACATGG  450

seq1  ATATAAGTTTGGCAACCATCAGTTTTACGTTCTAGATCAATAATAGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGTTTGGCAACCATCAGTTTTACGTTCTAGATCAATAATAGTCTT  500

seq1  GGCTTAGGCAAAAGGAGCGACCTAAGCATTATGAGCCTTGGTATCTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGGCAAAAGGAGCGACCTAAGCATTATGAGCCTTGGTATCTTTAT  550

seq1  ATTGAAGCTAGTATCTATCTACTTTTAAGGTTTATAATAAGAATTTGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGCTAGTATCTATCTACTTTTAAGGTTTATAATAAGAATTTGTAC  600

seq1  ATACATGTGAGTGTGCATGTCAGTGTTATGCATATTTACATATGTGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGAGTGTGCATGTCAGTGTTATGCATATTTACATATGTGTGGG  650

seq1  TGCAGGTATAAATCTGCATGCATGTGGAAAACAGGAGTCAACCTCTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTATAAATCTGCATGCATGTGGAAAACAGGAGTCAACCTCTACTG  700

seq1  CCATACCTTAGGAGCTGTCTATCTTTTGAAATTCACCACTTAGATTAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCTTAGGAGCTGTCTATCTTTTGAAATTCACCACTTAGATTAGGG  750

seq1  TGATTGGACAGGAAGACCCCCAGAACCTGCCATCTCAATTTCTCCAGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGACAGGAAGACCCCCAGAACCTGCCATCTCAATTTCTCCAGCAC  800

seq1  TGGTATTATAACTTTGTGCTGCCATGCCTACCTTTTTACCAGCCTAAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTATAACTTTGTGCTGCCATGCCTACCTTTTTACCAGCCTAAAAG  850

seq1  TTACAGATGAAACTCTTGACAGCTTTGTCCATGAA-TTCTTTACTTACTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACAGATGAAACTCTTGACAGCTTTGTCCATGAATTTCTTTACTTACTA  900

seq1  GCTTCATGAATACAGGATTGTTCCAGAATATTTTCATACTTGTAGCAGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATGAATACAGGATTGTTCCAGAATATTTTCATACTTGTAGCAGAA  950

seq1  TACTAAATGACACCCCATAATATAAAAA-TTGGAAGTCAGAATAATCAAC  998
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATGACACCCCATAATATAAAAATTTGGAAGTCAGAATAATCAAC  1000

seq1  CTGAAA-TTTTTTTTTCTTGG-ACATAAGGAGGAGTTTGGTGATTATTTT  1046
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTTTTTTTTTCTTGGAACATAAGGAGGAGTTTGGTGATTATTTT  1050

seq1  AAATACCTGGAGGTATA-TATGCTTTGACAGCAGCATAGGGGTGCTTGTG  1095
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAATACCTGGAGGTATATTATGCTTTGACAGCAGCATACGGGTGCTTGTG  1100

seq1  T  1096
      |
seq2  T  1101


seq1: chr6_110454017_110455180
seq2: B6Ng01-230C09.g_65_1228 (reverse)

seq1  GGAATATTTAAGGAAATCAGTTTATTCACATTTTGCTGGTGATAAGTGGA  50
      |||| |||||| ||| |||||||| ||||  |||||||   |||||||  
seq2  GGAA-ATTTAA-GAATTCAGTTTA-TCACCATTTGCTG--TATAAGTGAC  45

seq1  CAG-AAAATGC-ATGCACAATTTTCAAG-TCTCTGCCTTTCAGTAATGGG  97
       || ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATGCAATGCACCAATTTCAAGTTCTCTGCCTTTCAGTAATGGG  95

seq1  C-TATGAATTC-TCTATTGCTTTATATCTTCTAGAGTATTCTTCACATTA  145
      | ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGAATTCTTCTATTGCTTTAATTCTTCTAGAGTATTCTTCACATTA  145

seq1  CAATATATTCTGTTAACCGTCATTCTATTTTAAAAAAATAATTTCCAATA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATTCTGTTAACCGTCATTCTATTTTAAAAAAATAATTTCCAATA  195

seq1  GGATGAATTTTAAGAAAGTTCATAACTATACTGAATGATTTAACAACAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAATTTTAAGAAAGTTCATAACTATACTGAATGATTTAACAACAAA  245

seq1  ACATGCAGAATTTCTCCTGTTTCTGAAAGGGAGAAGGAAAAAAAGGGTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAGAATTTCTCCTGTTTCTGAAAGGGAGAAGGAAAAAAAGGGTTA  295

seq1  TTAGGAATGACTTTATAAGCAATACCACAAACTTGGTCACATATAGAGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAATGACTTTATAAGCAATACCACAAACTTGGTCACATATAGAGAA  345

seq1  TAAAAATACAGTGCTCAGTGCTCCATCCAATGGATGACTATGAACATCCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATACAGTGCTCAGTGCTCCATCCAATGGATGACTATGAACATCCA  395

seq1  CTTCGGTACTTGTCAGGCACTGGCAGAGCCATACAGGAGACAGCTACATC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGTACTTGTCAGGCACTGGCAGAGCCATACAGGAGACAGCTACATC  445

seq1  AGGCTCCAGTAAGCAAGCTCTTGTTGGCATCTGCAAGAGTGTATGGTTTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCAGTAAGCAAGCTCTTGTTGGCATCTGCAAGAGTGTATGGTTTG  495

seq1  TTGGTTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTGGGAAAGTCTATGGATGGTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTGGGAAAGTCTATGGATGGTCA  545

seq1  TTCCTTCAGTCTCTGCTACACACTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGTTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCAGTCTCTGCTACACACTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGTTA  595

seq1  TCTGTTCCCCCTTGAAAGAAGGATTGAAGTATGAGCTAGAGGAAGTACCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCCCCCTTGAAAGAAGGATTGAAGTATGAGCTAGAGGAAGTACCC  645

seq1  AAGGAGCTGAAGGGGTTTGCATCCCCATAGGAGGAACAACAATATGAACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCTGAAGGGGTTTGCATCCCCATAGGAGGAACAACAATATGAACT  695

seq1  AACCAGAACCCCCAGAGCTTCATGGGACTAAACGACCAACCAAAGAAAAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAACCCCCAGAGCTTCATGGGACTAAACGACCAACCAAAGAAAAC  745

seq1  ACGTGGTAGAACTCATGGCTCTATGCATATGTAGCAGAGAGTGGCCTAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGTAGAACTCATGGCTCTATGCATATGTAGCAGAGAGTGGCCTAGT  795

seq1  CAGTCATCAATGGGAGGAGAGGTCCTTGGTCTTGTGAAGGTTCTATGCCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATCAATGGGAGGAGAGGTCCTTGGTCTTGTGAAGGTTCTATGCCC  845

seq1  CAGTATAGAGGAAGCAGGAGTGAGTGGGTTGGTGAGCAGGGGGATGGGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATAGAGGAAGCAGGAGTGAGTGGGTTGGTGAGCAGGGGGATGGGGG  895

seq1  AAAGGACAGGGGATTTCAGAGGGGAAACCAGGAAAATGAAAAACATTTGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACAGGGGATTTCAGAGGGGAAACCAGGAAAATGAAAAACATTTGA  945

seq1  AATGCAGAGAAAGAAAACATCTAATAAAAACAACTATTAATTGAAAAAAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAGAAAGAAAACATCTAATAAAAACAACTATTAATTGAAAAAAA  995

seq1  AATACATTGTTTGTAGTTTTGGAACTTGGGAAATTAAATATAAAGAAGCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTGTTTGTAGTTTTGGAACTTGGGAAATTAAATATAAAGAAGCT  1045

seq1  GACATATCATATATTTTTATGTGTTGTGTCATGGTGGGAGGCTGCACGTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATCATATATTTTTATGTGTTGTGTCATGGTGGGAGGCTGCACGTG  1095

seq1  ACAAAAGAGTAAATAGTGTAAGTACTTTTGACTCTTCCACCTATAACCCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGAGTAAATAGTGTAAGTACTTTTGACTCTTCCACCTATAACCCA  1145

seq1  TGGATGTCACGTGGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTCACGTGGAATTC  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |