BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231B11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,618,926 - 36,752,096
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtn, LOC100039514
Upstream geneLOC100039327, 9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370
Downstream geneDgki, EG665024, Creb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231B11.bB6Ng01-231B11.g
ACCGA043783GA043784
length1,183221
definitionB6Ng01-231B11.b B6Ng01-231B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,618,926 - 36,620,095)(36,751,876 - 36,752,096)
sequence
gaattccagagagccagtgaaggatggggaataggaggaaccattagaaa
gtcttggatactagggattccaggggctcctaggacccaaaggggataac
tttagccaaaatgcctaatagtggaaaatagaacctgaagaaactgctcc
cagtagataggcatggcccatcttgggatccaacccatctacagacacca
aaccccaacactattgctgatgccaagatgtgcttgcagacaggagcctg
gtatggctctcctctgagagactttgccagcaccagactaagacagatgc
agatattcacatccctctgtttgactctgcctcaccacaatgaccagcaa
gaatgttcattgctattacatgattctgttgccaggtaaactagaagtct
tactgaaattttcatccaattctaggtgacataatgaggagatgttagtg
gagagagcagattagctgtaccttttaatgcaacatagactaaaacagcc
aaaaatatcaccacaaaatatgtaaactagattctagcatgtgatacaaa
agccagaagaccactaaagtgagaagtggagaggattagaaacacaaacc
aagaaagagggggtggaaacaggattaacaagattatgactttatgatta
atacgtcagacactgaaaccttcatgatcatggacaaaaatggagaagta
tccattttaaaggggtgaattttgacaacgttgcttatattaaagagcag
catgtgggtaactggccccagtgtactgtacccagtgtatgtttgatgga
atattctttcttgcttaagtgaacctacatgagtgctgttattttgaacc
tggaaacctttatgtgaatacaaagtgctggaatggagggcagagtgttg
ggatatttgaattaaacacttgaatatcttgaattagccaaccatcaatg
ttcaagccaaatcctttttccatttcagtcttggtttctaccttactcca
tagcttctcttaatgaccttgaattattccttggaagtacctttaaaaag
tcccactaatttgttcttatttacctggtttttttctagacttcagctcc
tgttgcatatttagaaggtactttgaagtgttgccctgtcctctggtctc
tgctctgcttagcacagcaccaacgcaaattgc

tcatcacaggattttgcttttgatggcaagaacatactttgggtttaaca
tatagtgtctgtagatgtgaacatagttgaccaaatatgccctataagcc
atgattagaatctttagcttaaaaaaataaaaacatcctaaagctctgga
gaatctgatttaaatattaatgttctttaaaaagaaggaaaggaaggagg
gaaggaagggagggagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36618926_36620095
seq2: B6Ng01-231B11.b_44_1226

seq1  GAATTCCAGAGAGCCAGTGAAGGATGGGGAATAGGAGGAACCATTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGAGCCAGTGAAGGATGGGGAATAGGAGGAACCATTAGAAA  50

seq1  GTCTTGGATACTAGGGATTCCAGGGGCTCCTAGGACCCAAAGGGGATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGATACTAGGGATTCCAGGGGCTCCTAGGACCCAAAGGGGATAAC  100

seq1  TTTAGCCAAAATGCCTAATAGTGGAAAATAGAACCTGAAGAAACTGCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCAAAATGCCTAATAGTGGAAAATAGAACCTGAAGAAACTGCTCC  150

seq1  CAGTAGATAGGCATGGCCCATCTTGGGATCCAACCCATCTACAGACACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGATAGGCATGGCCCATCTTGGGATCCAACCCATCTACAGACACCA  200

seq1  AACCCCAACACTATTGCTGATGCCAAGATGTGCTTGCAGACAGGAGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAACACTATTGCTGATGCCAAGATGTGCTTGCAGACAGGAGCCTG  250

seq1  GTATGGCTCTCCTCTGAGAGACTTTGCCAGCACCAGACTAAGACAGATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCTCTCCTCTGAGAGACTTTGCCAGCACCAGACTAAGACAGATGC  300

seq1  AGATATTCACATCCCTCTGTTTGACTCTGCCTCACCACAATGACCAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTCACATCCCTCTGTTTGACTCTGCCTCACCACAATGACCAGCAA  350

seq1  GAATGTTCATTGCTATTACATGATTCTGTTGCCAGGTAAACTAGAAGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTCATTGCTATTACATGATTCTGTTGCCAGGTAAACTAGAAGTCT  400

seq1  TACTGAAATTTTCATCCAATTCTAGGTGACATAATGAGGAGATGTTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAATTTTCATCCAATTCTAGGTGACATAATGAGGAGATGTTAGTG  450

seq1  GAGAGAGCAGATTAGCTGTACCTTTTAATGCAACATAGACTAAAACAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGCAGATTAGCTGTACCTTTTAATGCAACATAGACTAAAACAGCC  500

seq1  AAAAATATCACCACAAAATATGTAAACTAGATTCTAGCATGTGATACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATCACCACAAAATATGTAAACTAGATTCTAGCATGTGATACAAA  550

seq1  AGCCAGAAGACCACTAAAGTGAGAAGTGGAGAGGATTAGAAACACAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGACCACTAAAGTGAGAAGTGGAGAGGATTAGAAACACAAACC  600

seq1  AAGAAAGAGGGGGTGGAAACAGGATTAACAAGATTATGACTTTATGATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAGGGGGTGGAAACAGGATTAACAAGATTATGACTTTATGATTA  650

seq1  ATACGTCAGACACTGAAACCTTCATGATCATGGACAAAAATGGAGAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTCAGACACTGAAACCTTCATGATCATGGACAAAAATGGAGAAGTA  700

seq1  TCCATTTTAAAGGGGTGAATTTTGACAACGTTGCTTATATTAAAGAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTAAAGGGGTGAATTTTGACAACGTTGCTTATATTAAAGAGCAG  750

seq1  CATGTGGGTAACTGGCCCCAGTGTACTGTACCCAGTGTATGTTTGATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGTAACTGGCCCCAGTGTACTGTACCCAGTGTATGTTTGATGGA  800

seq1  ATATTCTTTCTTGCTTAAGTGAACCTACATGAGTGCTGTTATTTTGAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTTCTTGCTTAAGTGAACCTACATGAGTGCTGTTATTTTGAACC  850

seq1  TGGAAACCTTTATGTGAATACAAAGTGCTGGAATGGAGGGCAGAGTGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACCTTTATGTGAATACAAAGTGCTGGAATGGAGGGCAGAGTGTTG  900

seq1  GGATATTTGAATTAAACACTTGAATATC-TGAATTAGCCAACCATCAATG  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTTGAATTAAACACTTGAATATCTTGAATTAGCCAACCATCAATG  950

seq1  TTCAAGCCAAATCCTTTTTCCATTTCAGTCTTGGTTTCTACCTTACTCCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCCAAATCCTTTTTCCATTTCAGTCTTGGTTTCTACCTTACTCCA  1000

seq1  TAGCTTCTCTT-ATGACCTTGAATTATT-CTTGGTAGTAC--TTTAAAAG  1045
      ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  || |||||
seq2  TAGCTTCTCTTAATGACCTTGAATTATTCCTTGGAAGTACCTTTAAAAAG  1050

seq1  TCCCACT-ATTTGTTCTTATTTACCTG--TTTTTTCT-GAC-TCAGCT-C  1089
      ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||| |
seq2  TCCCACTAATTTGTTCTTATTTACCTGGTTTTTTTCTAGACTTCAGCTCC  1100

seq1  TG-TGCATATTTAAGAAGGTAC-TTGTAGTGT--GCCTGT-CTCTGGTCT  1134
      || ||||||||| ||||||||| ||| |||||   ||||| |||||||||
seq2  TGTTGCATATTT-AGAAGGTACTTTGAAGTGTTGCCCTGTCCTCTGGTCT  1149

seq1  CTTGCTCTGCTTAGCAGCAGCAGCAACAGCAATTGC  1170
      | |||||||||||||| ||||| ||||   ||||||
seq2  C-TGCTCTGCTTAGCA-CAGCACCAACGCAAATTGC  1183


seq1: chr6_36751876_36752096
seq2: B6Ng01-231B11.g_78_298 (reverse)

seq1  CCTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCCTCCTTCCTTTCCTTCTTTTTAAAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCCTCCTTCCTTTCCTTCTTTTTAAAGAAC  50

seq1  ATTAATATTTAAATCAGATTCTCCAGAGCTTTAGGATGTTTTTATTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATATTTAAATCAGATTCTCCAGAGCTTTAGGATGTTTTTATTTTTT  100

seq1  TAAGCTAAAGATTCTAATCATGGCTTATAGGGCATATTTGGTCAACTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTAAAGATTCTAATCATGGCTTATAGGGCATATTTGGTCAACTATG  150

seq1  TTCACATCTACAGACACTATATGTTAAACCCAAAGTATGTTCTTGCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCTACAGACACTATATGTTAAACCCAAAGTATGTTCTTGCCATC  200

seq1  AAAAGCAAAATCCTGTGATGA  221
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAAATCCTGTGATGA  221


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |