BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231F13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,021,328 - 108,132,740
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSetmar, Sumf1, LOC100043718
Upstream genePpia-ps6_1128.1, Lrrn1
Downstream geneItpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231F13.bB6Ng01-231F13.g
ACCGA043971GA043972
length7681,016
definitionB6Ng01-231F13.b B6Ng01-231F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,021,328 - 108,022,088)(108,131,742 - 108,132,740)
sequence
gaattctggggacaacaaccctgtgtgcctcccctggggtttatgtagta
ctggggatagaacccatggcctgctttatgctaaactaacactctaccaa
ctgagcttcattccccaatccaaaaacaaacccttgaaaagagttaatga
tattctatttagtctggtcagcttctggaactatctggaacctttatcca
acctctgagtcaagagaggagagacttctaggaggagctggggtgaaaga
agggatgctatgaccaaagccctgctcggtccttgatgtcctgtaggcac
aagcatccttcaggtgtaagaattcttgtggataaattgtatcaggaagt
ggggtccagatagactttggacagtgtttcaaactagatccatttcagtt
aagaccaagtggttcctcccagtttgtaactgactgcccagcatcacaat
ttaacatgaataaaatgcctgatcaatgacctcaaattatctctgaaaag
atgaagtacttttccattataaagttaaatctctgaaaagatggataatc
acataataatatctttaattaggcatggtttttaaaaggtttgggggttt
gggttttagttttgatgataggaaagcttcaacctagaaccttttgcagg
ccaggcaaactctattcatggaatttacctccctccctcaaaagatcatt
ctttcatttataatttattttttaaataagtaaaatgtttttttggggtt
tttggttttttgtttttt

gaattcctcgttagacacaggggagagtggattattggacactggtcttc
ccatgaagacacaattaaaatggtgttttcatttgacccaggatccagaa
gaatgcaacacctggatgtatgcaatgccaccagaatggactttacccat
ttgtagcacagataacttgattggataagttacaatatatgatctactta
gagcattctagagttggttttaatctatattcttcaggatggaaatttga
cttattcagcctatctctgttggttaatcaaagagggaaaagaaactaga
tcaggagtccacagggcaagcaaggtgcgatggtgttagaattgttggta
tttacctggagggataagagtataaagaataactagtaatcatagagaag
tccgatggtgcagtgtgagcgcacagcttcctttgggctgtggatttgtg
ctgaaggacatgaactttattgtcttgaagaaacaccttgttgtctgtag
atttcatttgtttctttttcctactttctttatctcctttatgacttttt
tggggggtgattacttacagtgcagcccaggctgccttaaattcatgata
ctcatgcttttccacgcgctgtgatatcagcaccaaatacagctttgaag
acaactttgatgggatcttaagactcattttaagactattttaatattta
ttattttaaattatgtgtatatggagtgcaagtgcccaaaacagtgttgt
atgacattattcctagggagatataaacaaaacatctaatcacccctgag
agagaattgatgatagaccaaaggtaaggataccacccaaaatccagctt
ggggttacttacagcagcagaaaatggctctgacacagctgcatcactaa
gaacacagcacaggatgcaaattcacaaaaacctggggaaccttggagcc
acactgcatacccctgcatgcagtttccaacaggtatgggagagcaatgg
ctgggtgcctggcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108021328_108022088
seq2: B6Ng01-231F13.b_46_813

seq1  GAATTCTGGGGACAACAACCCTGTGTGCCTCCCCTGGGGTTTATGTAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGGACAACAACCCTGTGTGCCTCCCCTGGGGTTTATGTAGTA  50

seq1  CTGGGGATAGAACCCATGGCCTGCTTTATGCTAAACTAACACTCTACCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGATAGAACCCATGGCCTGCTTTATGCTAAACTAACACTCTACCAA  100

seq1  CTGAGCTTCATTCCCCAATCCAAAAACAAACCCTTGAAAAGAGTTAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTCATTCCCCAATCCAAAAACAAACCCTTGAAAAGAGTTAATGA  150

seq1  TATTCTATTTAGTCTGGTCAGCTTCTGGAACTATCTGGAACCTTTATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATTTAGTCTGGTCAGCTTCTGGAACTATCTGGAACCTTTATCCA  200

seq1  ACCTCTGAGTCAAGAGAGGAGAGACTTCTAGGAGGAGCTGGGGTGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGAGTCAAGAGAGGAGAGACTTCTAGGAGGAGCTGGGGTGAAAGA  250

seq1  AGGGATGCTATGACCAAAGCCCTGCTCGGTCCTTGATGTCCTGTAGGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGCTATGACCAAAGCCCTGCTCGGTCCTTGATGTCCTGTAGGCAC  300

seq1  AAGCATCCTTCAGGTGTAAGAATTCTTGTGGATAAATTGTATCAGGAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCCTTCAGGTGTAAGAATTCTTGTGGATAAATTGTATCAGGAAGT  350

seq1  GGGGTCCAGATAGACTTTGGACAGTGTTTCAAACTAGATCCATTTCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCAGATAGACTTTGGACAGTGTTTCAAACTAGATCCATTTCAGTT  400

seq1  AAGACCAAGTGGTTCCTCCCAGTTTGTAACTGACTGCCCAGCATCACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAAGTGGTTCCTCCCAGTTTGTAACTGACTGCCCAGCATCACAAT  450

seq1  TTAACATGAATAAAATGCCTGATCAATGACCTCAAATTATCTCTGAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATGAATAAAATGCCTGATCAATGACCTCAAATTATCTCTGAAAAG  500

seq1  ATGAAGTACTTTTCCATTATAAAGTTAAATCTCTGAAAAGATGGATAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTACTTTTCCATTATAAAGTTAAATCTCTGAAAAGATGGATAATC  550

seq1  ACATAATAATATCTTTAATTAGGCATGGTTTTTAAAAGGTTTGGGGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATAATATCTTTAATTAGGCATGGTTTTTAAAAGGTTTGGGGGTTT  600

seq1  GGGTTTTAGTTTTGATGATAGGAAAGCTTCAACCTAGAACCTTTTGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTAGTTTTGATGATAGGAAAGCTTCAACCTAGAACCTTTTGCAGG  650

seq1  CCAGGCAAACTCTA-TCATGGAA-TTACCTCCCTCCCTCAAAAGATCATT  698
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAAACTCTATTCATGGAATTTACCTCCCTCCCTCAAAAGATCATT  700

seq1  C-TTCATTTATAA-TTATTTTTTAAATAAGTAAAATGTTTTTT--GGGTT  744
      | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  CTTTCATTTATAATTTATTTTTTAAATAAGTAAAATGTTTTTTTGGGGTT  750

seq1  TTT-GTTTTTTGTTTTTT  761
      ||| ||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTTTTGTTTTTT  768


seq1: chr6_108131742_108132740
seq2: B6Ng01-231F13.g_71_1086 (reverse)

seq1  GAAG-CAGGCA-CCAGCCAATGCTCTCC--AACCTGTT-GAAACTGCATG  45
      |||| |||||| ||||||| ||||||||   ||||||| |||||||||||
seq2  GAAGCCAGGCACCCAGCCATTGCTCTCCCATACCTGTTGGAAACTGCATG  50

seq1  CA-GGGTATGCAGTGT-GCTCC-AGGTTCCC--AGTTTTTGTGAA-TTGC  89
      || ||||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||| ||||
seq2  CAGGGGTATGCAGTGTGGCTCCAAGGTTCCCCAGGTTTTTGTGAATTTGC  100

seq1  ATCCTGTGCTGTGTTCTT-GTGATGCAGCTGTGTCAGAGCCA-TTTCTGC  137
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATCCTGTGCTGTGTTCTTAGTGATGCAGCTGTGTCAGAGCCATTTTCTGC  150

seq1  TGCTGTAAGTAACCCCAAGCTGGATTTT-GGTGGTATCCTTA-CTTTGGT  185
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTGTAAGTAACCCCAAGCTGGATTTTGGGTGGTATCCTTACCTTTGGT  200

seq1  CTATCATCAATTCTCTCTCAGGGGTGATTAGATG-TTTGTTTATATCTCC  234
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTATCATCAATTCTCTCTCAGGGGTGATTAGATGTTTTGTTTATATCTCC  250

seq1  CTAGGAATAATGTCATACAACACTGTTTTGGGCACTTGCACTCCATATAC  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAATAATGTCATACAACACTGTTTTGGGCACTTGCACTCCATATAC  300

seq1  ACATAATTTAAAATAATAAATATTAAAATAGTCTTAAAATGAGTCTTAAG  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATTTAAAATAATAAATATTAAAATAGTCTTAAAATGAGTCTTAAG  350

seq1  ATCCCATCAAAGTTGTCTTCAAAGCTGTATTTGGTGCTGATATCACAGCG  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATCAAAGTTGTCTTCAAAGCTGTATTTGGTGCTGATATCACAGCG  400

seq1  CGTGG-AAAGCATGAGTATCATGAATTTAAGGCAGCCTGGGCTGCACTGT  433
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAAAAGCATGAGTATCATGAATTTAAGGCAGCCTGGGCTGCACTGT  450

seq1  AAGTAATCACCCCCCAAAAAAGTCATAAAGGAGATAAAGAAAGTAGGAAA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATCACCCCCCAAAAAAGTCATAAAGGAGATAAAGAAAGTAGGAAA  500

seq1  AAGAAACAAATGAAATCTACAGACAACAAGGTGTTTCTTCAAGACAATAA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAAATGAAATCTACAGACAACAAGGTGTTTCTTCAAGACAATAA  550

seq1  AGTTCATGTCCTTCAGCACAAATCCACAGCCCAAAGGAAGCTGTGCGCTC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATGTCCTTCAGCACAAATCCACAGCCCAAAGGAAGCTGTGCGCTC  600

seq1  ACACTGCACCATCGGACTTCTCTATGATTACTAGTTATTCTTTATACTCT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCACCATCGGACTTCTCTATGATTACTAGTTATTCTTTATACTCT  650

seq1  TATCCCTCCAGGTAAATACCAACAATTCTAACACCATCGCACCTTGCTTG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTCCAGGTAAATACCAACAATTCTAACACCATCGCACCTTGCTTG  700

seq1  CCCTGTGGACTCCTGATCTAGTTTCTTTTCCCTCTTTGATTAACCAACAG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGACTCCTGATCTAGTTTCTTTTCCCTCTTTGATTAACCAACAG  750

seq1  AGATAGGCTGAATAAGTCAAATTTCCATCCTGAAGAATATAGATTAAAAC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGCTGAATAAGTCAAATTTCCATCCTGAAGAATATAGATTAAAAC  800

seq1  CAACTCTAGAATGCTCTAAGTAGATCATATATTGTAACTTATCCAATCAA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTAGAATGCTCTAAGTAGATCATATATTGTAACTTATCCAATCAA  850

seq1  GTTATCTGTGCTACAAATGGGTAAAGTCCATTCTGGTGGCATTGCATACA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTGTGCTACAAATGGGTAAAGTCCATTCTGGTGGCATTGCATACA  900

seq1  TCCAGGTGTTGCATTCTTCTGGATCCTGGGTCAAATGAAAACACCATTTT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTGTTGCATTCTTCTGGATCCTGGGTCAAATGAAAACACCATTTT  950

seq1  AATTGTGTCTTCATGGGAAGACCAGTGTCCAATAATCCACTCTCCCCTGT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGTCTTCATGGGAAGACCAGTGTCCAATAATCCACTCTCCCCTGT  1000

seq1  GTCTAACGAGGAATTC  999
      ||||||||||||||||
seq2  GTCTAACGAGGAATTC  1016


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |