BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231O10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,805,157 - 36,939,472
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDgki, EG665024
Upstream geneLOC100039327, 9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514
Downstream geneCreb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231O10.bB6Ng01-231O10.g
ACCGA044373GA044374
length1,182872
definitionB6Ng01-231O10.b B6Ng01-231O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,938,272 - 36,939,472)(36,805,157 - 36,806,027)
sequence
gaattcttccattggacagcaaggccatactgtgtctctagcataagacc
tgggcacggtctgccctctgtcattcacgtagacacagactggagagaga
cccttgcatagaaacaaagtgaagctcctttcggaatcccttcctcttga
aagtcactcctctctttagtcctcaaccagagaattattcctaactttag
ttattccctatgatccacgtctccttctatgacagaaagagaagcaaaga
cggttgattgcaccctctggacatcgcagttcctgagaatagaaaggaga
ttgtgtttttggtgttagtaatcttagctgtcacaggacctttgccatgc
tggctaccagtactgcaaaatggcctaaatctgaagtgtgagcagatgaa
ggggaggaaaccttaaaagagaaaaacagatttatttttctcagtgagtc
agcattctgaggtgttgctttcctgaactcagccagagcccagactttct
ctcagcaatctccctgcctgtgtctggcatccactttcagatcatatact
gctggagtccagctctggtctacggcaagggacagtgagggagcccatca
gcggggtgtagttggcctgtatttggtcttcctcaccaatttgttgctag
atttcaccttctaaagttcccttatggctgctttattgctttatttaggg
agaaaaaatggtggagaggctcccttctgtaagataactgggccactgta
ccaggcctggagcttgtcacaggtccctcatcccatgtctttccgtattc
cctgactcagcacatgccccagctcagggcagcaaagcatctctgcagac
agcagggcatcatcctacctgccactgatgtatgttaactataatacacc
atccaaagttataatttagacacaagcaggatctgcttggtgctaactta
tgtgggtttgtttaccgcctgaggaaagtaacacatattgaaaggatagt
gtaccttgtcatatttgaccacagctgatgtgattcgtctgcaaattgaa
tttgataatgcgcttcttgtaagataagtaaatgatttctttgcaaagtt
aagaagttggaagcagtagggcaaatttgttccactgtgccattctggac
tttatgttgggcctgaattaagagttccatgg

gaattccagtaacagagcatcatggctttacctggcagctcttatattgc
catcactgctgctctctgcacagtgactaaggcaacaacgaccttgcagc
gctctttcctttattctttactacatgaaagccacagtgagtcccaagac
ttgctgggtctacacttctgtactgataaggagccccagagcacgttaac
tggcctaagatagcaatagtttaacaatctaaagatgaagatgaggaaaa
gaagggctttgttcctcatagtagctgaccagaatcaccacaactgtagc
tctgagtgatcccacaatgattatccattctgttttgggtgatgccaggg
ttcctctcttgttcttttaaactcctgtagctggcaaaggtaaaagaaaa
agccaccaatgctggaagttggcactgtgctcttacaacatatctgaagg
gattccacttcagtgtttaggaaatgcctctgaaatgactggcacagtta
acccaatatccatgatcctccatcacatagatcataggatgattaaggaa
catttaaaacaccggcaagcaaatcaccaatgaaagtatgggaagagcag
aaggcagatcactccaggtggaagcagagagctggcactgcctgtcgatc
ccattcccctaactaggccaccttctctggcctcagtgggaaaggatact
cctagtcttgcagtgacttgatatgccagggcgggttgatacccaaaggg
gcctctgccttctcagtagaggagggcagggaggatggaggtctgaacag
ggacctgaagagggtgctgtgacctggatataaagtaagtaagtgagtgg
atgggtgggtggcttggatggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36938272_36939472
seq2: B6Ng01-231O10.b_49_1230 (reverse)

seq1  CCATGGAACTCTTAAATCCAGCCCCAAATAAAATCTCAGAAATGGCACAG  50
      ||||||||||||||| ||  |||| | ||||| || ||| ||||||||||
seq2  CCATGGAACTCTTAATTCAGGCCCAACATAAAGTC-CAG-AATGGCACAG  48

seq1  TG--ACAATATTTCCCCTTCTCGCCTCCAAACTCTTTAACTTTTGCAAAG  98
      ||  |||| |||| |||| || || ||| ||||  ||||| |||||||||
seq2  TGGAACAA-ATTTGCCCTACT-GCTTCC-AACTTCTTAAC-TTTGCAAAG  94

seq1  AAAATCAATTTACTTTTATCCTTTACCAAGAAGCCTTCATTTATCAAAAT  148
       ||||| ||||||  |||||  ||| ||||||||   || |||||||| |
seq2  -AAATC-ATTTAC--TTATC--TTA-CAAGAAGC--GCA-TTATCAAATT  134

seq1  CAATTTTGCAGAACCGAATCACATTCAGCCTGTGGTCAAATATGACAAGT  198
      ||| ||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| 
seq2  CAA-TTTGCAGA--CGAATCACA-TCAG-CTGTGGTCAAATATGACAAGG  179

seq1  TACACTATCCTTTCAATATGTG-TACTTTCCCTCAGGCGGTAAACAAACC  247
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACACTATCCTTTCAATATGTGTTACTTT-CCTCAGGCGGTAAACAAACC  228

seq1  CACATAAGTTAGCACCAAGCAGATCCTGCTTGTGTCTAAATTATAACTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAGTTAGCACCAAGCAGATCCTGCTTGTGTCTAAATTATAACTTT  278

seq1  GGATGGTGTATTATAGTTAACATACATCAGTGGCAGGTAGGATGATGCCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTGTATTATAGTTAACATACATCAGTGGCAGGTAGGATGATGCCC  328

seq1  TGCTGTCTGCAGAGATGCTTTGCTGCCCTGAGCTGGGGCATGTGCTGAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTGCAGAGATGCTTTGCTGCCCTGAGCTGGGGCATGTGCTGAGT  378

seq1  CAGGGAATACGGAAAGACATGGGATGAGGGACCTGTGACAAGCTCCAGGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAATACGGAAAGACATGGGATGAGGGACCTGTGACAAGCTCCAGGC  428

seq1  CTGGTACAGTGGCCCAGTTATCTTACAGAAGGGAGCCTCTCCACCATTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACAGTGGCCCAGTTATCTTACAGAAGGGAGCCTCTCCACCATTTT  478

seq1  TTCTCCCTAAATAAAGCAATAAAGCAGCCATAAGGGAACTTTAGAAGGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCTAAATAAAGCAATAAAGCAGCCATAAGGGAACTTTAGAAGGTG  528

seq1  AAATCTAGCAACAAATTGGTGAGGAAGACCAAATACAGGCCAACTACACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGCAACAAATTGGTGAGGAAGACCAAATACAGGCCAACTACACC  578

seq1  CCGCTGATGGGCTCCCTCACTGTCCCTTGCCGTAGACCAGAGCTGGACTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGATGGGCTCCCTCACTGTCCCTTGCCGTAGACCAGAGCTGGACTC  628

seq1  CAGCAGTATATGATCTGAAAGTGGATGCCAGACACAGGCAGGGAGATTGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTATATGATCTGAAAGTGGATGCCAGACACAGGCAGGGAGATTGC  678

seq1  TGAGAGAAAGTCTGGGCTCTGGCTGAGTTCAGGAAAGCAACACCTCAGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAAAGTCTGGGCTCTGGCTGAGTTCAGGAAAGCAACACCTCAGAA  728

seq1  TGCTGACTCACTGAGAAAAATAAATCTGTTTTTCTCTTTTAAGGTTTCCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACTCACTGAGAAAAATAAATCTGTTTTTCTCTTTTAAGGTTTCCT  778

seq1  CCCCTTCATCTGCTCACACTTCAGATTTAGGCCATTTTGCAGTACTGGTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCATCTGCTCACACTTCAGATTTAGGCCATTTTGCAGTACTGGTA  828

seq1  GCCAGCATGGCAAAGGTCCTGTGACAGCTAAGATTACTAACACCAAAAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCATGGCAAAGGTCCTGTGACAGCTAAGATTACTAACACCAAAAAC  878

seq1  ACAATCTCCTTTCTATTCTCAGGAACTGCGATGTCCAGAGGGTGCAATCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCCTTTCTATTCTCAGGAACTGCGATGTCCAGAGGGTGCAATCA  928

seq1  ACCGTCTTTGCTTCTCTTTCTGTCATAGAAGGAGACGTGGATCATAGGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTCTTTGCTTCTCTTTCTGTCATAGAAGGAGACGTGGATCATAGGGA  978

seq1  ATAACTAAAGTTAGGAATAATTCTCTGGTTGAGGACTAAAGAGAGGAGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAAAGTTAGGAATAATTCTCTGGTTGAGGACTAAAGAGAGGAGTG  1028

seq1  ACTTTCAAGAGGAAGGGATTCCGAAAGGAGCTTCACTTTGTTTCTATGCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAAGAGGAAGGGATTCCGAAAGGAGCTTCACTTTGTTTCTATGCA  1078

seq1  AGGGTCTCTCTCCAGTCTGTGTCTACGTGAATGACAGAGGGCAGACCGTG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTCTCTCCAGTCTGTGTCTACGTGAATGACAGAGGGCAGACCGTG  1128

seq1  CCCAGGTCTTATGCTAGAGACACAGTATGGCCTTGCTGTCCAATGGAAGA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTCTTATGCTAGAGACACAGTATGGCCTTGCTGTCCAATGGAAGA  1178

seq1  ATTC  1201
      ||||
seq2  ATTC  1182


seq1: chr6_36805157_36806027
seq2: B6Ng01-231O10.g_66_937

seq1  GAATTCCAGTAACAGAGCATCATGGCTTTACCTGGCAGCTCTTATATTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAACAGAGCATCATGGCTTTACCTGGCAGCTCTTATATTGC  50

seq1  CATCACTGCTGCTCTCTGCACAGTGACTAAGGCAACAACGACCTTGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTGCTGCTCTCTGCACAGTGACTAAGGCAACAACGACCTTGCAGC  100

seq1  GCTCTTTCCTTTATTCTTTACTACATGAAAGCCACAGTGAGTCCCAAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTCCTTTATTCTTTACTACATGAAAGCCACAGTGAGTCCCAAGAC  150

seq1  TTGCTGGGTCTACACTTCTGTACTGATAAGGAGCCCCAGAGCACGTTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGTCTACACTTCTGTACTGATAAGGAGCCCCAGAGCACGTTAAC  200

seq1  TGGCCTAAGATAGCAATAGTTTAACAATCTAAAGATGAAGATGAGGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAAGATAGCAATAGTTTAACAATCTAAAGATGAAGATGAGGAAAA  250

seq1  GAAGGGCTTTGTTCCTCATAGTAGCTGACCAGAATCACCACAACTGTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCTTTGTTCCTCATAGTAGCTGACCAGAATCACCACAACTGTAGC  300

seq1  TCTGAGTGATCCCACAATGATTATCCATTCTGTTTTGGGTGATGCCAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGATCCCACAATGATTATCCATTCTGTTTTGGGTGATGCCAGGG  350

seq1  TTCCTCTCTTGTTCTTTTAAACTCCTGTAGCTGGCAAAGGTAAAAGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCTTGTTCTTTTAAACTCCTGTAGCTGGCAAAGGTAAAAGAAAA  400

seq1  AGCCACCAATGCTGGAAGTTGGCACTGTGCTCTTACAACATATCTGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCAATGCTGGAAGTTGGCACTGTGCTCTTACAACATATCTGAAGG  450

seq1  GATTCCACTTCAGTGTTTAGGAAATGCCTCTGAAATGACTGGCACAGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCACTTCAGTGTTTAGGAAATGCCTCTGAAATGACTGGCACAGTTA  500

seq1  ACCCAATATCCATGATCCTCCATCACATAGATCATAGGATGATTAAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATATCCATGATCCTCCATCACATAGATCATAGGATGATTAAGGAA  550

seq1  CATTTAAAACACCGGCAAGCAAATCACCAATGAAAGTATGGGAAGAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAACACCGGCAAGCAAATCACCAATGAAAGTATGGGAAGAGCAG  600

seq1  AAGGCAGATCACTCCAGGTGGAAGCAGAGAGCTGGCACTGCCTGTCGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGATCACTCCAGGTGGAAGCAGAGAGCTGGCACTGCCTGTCGATC  650

seq1  CCATTCCCCTAACTAGGCCACCTTCTCTGGCCTCAGTGGGAAAGGATACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCCCTAACTAGGCCACCTTCTCTGGCCTCAGTGGGAAAGGATACT  700

seq1  CCTAGTCTTGCAGTGACTTGATATGCCAGGGCGGGTTGATACCCAAAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCTTGCAGTGACTTGATATGCCAGGGCGGGTTGATACCCAAAGGG  750

seq1  GCCTCTGCCTTCTCAGTAGAGGAGGGCAGGGAGGATGGAGGTCTGAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTTCTCAGTAGAGGAGGGCAGGGAGGATGGAGGTCTGAACAG  800

seq1  GGACCTGAAGAGGGTGCTGTGACCTGGATATAAAGTAAGTAAGTGAGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGAAGAGGGTGCTGTGACCTGGATATAAAGTAAGTAAGTGAGTGG  850

seq1  ATGGGTGGGTGGC-TGGATGGC  871
      ||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGGGTGGGTGGCTTGGATGGC  872


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |