BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233G11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 146,190,304 - 146,333,667
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr2
Upstream geneKras, LOC100039495, LOC100042866, LOC546917, 1700073E17Rik, Ifltd1, LOC100042879, Tuba3b, Rassf8, Bhlhb3, Sspn
Downstream gene4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233G11.bB6Ng01-233G11.g
ACCGA045476GA045477
length900436
definitionB6Ng01-233G11.b B6Ng01-233G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,332,764 - 146,333,667)(146,190,304 - 146,190,745)
sequence
gaattctgggagttagggaccattaaggggccagccttgaggcatccacc
acatatccccaaatgctagtgtggtcagagtatctgtagaatctgccttg
gaaaaacttttgactggaatttcaggtgactttggaaccattccacctgc
ttttgtctgcagtaggtaggcatgtgagtctggtccagaactctcaagtg
cacaatgtaccagtaaattaattagcttcctactaacctgtacatgggca
ttcttgcagttacatgtcttattgttttgttaatatatcaaattatattt
ttatataaatataataaataacgattaaaataattagcttttgtatcaac
tacatatggcctcaaggaaaagccttaaagacatacctatcatagcacta
attaattaacagtaattggcattccatgctgagttgggaaaggaaacctg
aagacatagtgtggctgagatccacagaatgtctgaaaacagtgttttca
tgaaataaggtaaaggtctcaggtctcagggacaaagtctttctgacagc
agtaaattgtttccagaaagcatttgatttcagggacttttaggaccttg
agtgagttatgagcacattaactgctgtgcccaactttttatttcataat
ataaatacagaataatccaaggtctagggaacataaaattcttcttttca
aaaataatattattttttgagaacttcatacataaatactgactgcattt
atcttacatctgcctcaccctctccccttccaagttctctctcctccaaa
ttcatgatttcccctatcattattataggtatatatatatatgtatatat
atatgtatgtatatatatatatgtatatacatatatatatatataaatat

catctgtgggacgtacatggtagaagtgaaccagctcttagtcacacgct
atgccatgtgagacacacacagagagagacacacagacagagacactaaa
ccaatgtgataaatgtaagtttgctcaatgggaaaagctgtcgtcctagt
attgagcagaatatcagtagtgcctagagaagataacagacaccctagga
gttgaatgcagccttagagagactaaccacaaagaagtgagatctgggca
cacaggtgcgacccaaacaattaaaccaggtaaaatatagtgaattacat
tcagactctgagactctggacttaattgagaagagaaggaataaagaaca
gcatatttctttagaaatagatattttaaagatcttgccttccacacttt
actactaggaggaggaagagatggggggtggggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_146332764_146333667
seq2: B6Ng01-233G11.b_44_943 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATATACACATACATACATATATATATATACATAC  50
      |||| |||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATATATATATATAT----GTATATACATATATATATATACATAC  46

seq1  ATATATATATACATATATATATATACCTATAATAATGATAGGGGAAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATACATATATATATATACCTATAATAATGATAGGGGAAATCA  96

seq1  TGAATTTGGAGGAGAGAGAACTTGGAAGGGGAGAGGGTGAGGCAGATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGGAGGAGAGAGAACTTGGAAGGGGAGAGGGTGAGGCAGATGTA  146

seq1  AGATAAATGCAGTCAGTATTTATGTATGAAGTTCTCAAAAAATAATATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAATGCAGTCAGTATTTATGTATGAAGTTCTCAAAAAATAATATTA  196

seq1  TTTTTGAAAAGAAGAATTTTATGTTCCCTAGACCTTGGATTATTCTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAAAAGAAGAATTTTATGTTCCCTAGACCTTGGATTATTCTGTAT  246

seq1  TTATATTATGAAATAAAAAGTTGGGCACAGCAGTTAATGTGCTCATAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTATGAAATAAAAAGTTGGGCACAGCAGTTAATGTGCTCATAACT  296

seq1  CACTCAAGGTCCTAAAAGTCCCTGAAATCAAATGCTTTCTGGAAACAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAGGTCCTAAAAGTCCCTGAAATCAAATGCTTTCTGGAAACAATT  346

seq1  TACTGCTGTCAGAAAGACTTTGTCCCTGAGACCTGAGACCTTTACCTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGTCAGAAAGACTTTGTCCCTGAGACCTGAGACCTTTACCTTAT  396

seq1  TTCATGAAAACACTGTTTTCAGACATTCTGTGGATCTCAGCCACACTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGAAAACACTGTTTTCAGACATTCTGTGGATCTCAGCCACACTATG  446

seq1  TCTTCAGGTTTCCTTTCCCAACTCAGCATGGAATGCCAATTACTGTTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGGTTTCCTTTCCCAACTCAGCATGGAATGCCAATTACTGTTAAT  496

seq1  TAATTAGTGCTATGATAGGTATGTCTTTAAGGCTTTTCCTTGAGGCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGTGCTATGATAGGTATGTCTTTAAGGCTTTTCCTTGAGGCCATA  546

seq1  TGTAGTTGATACAAAAGCTAATTATTTTAATCGTTATTTATTATATTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTGATACAAAAGCTAATTATTTTAATCGTTATTTATTATATTTAT  596

seq1  ATAAAAATATAATTTGATATATTAACAAAACAATAAGACATGTAACTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATATAATTTGATATATTAACAAAACAATAAGACATGTAACTGCA  646

seq1  AGAATGCCCATGTACAGGTTAGTAGGAAGCTAATTAATTTACTGGTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCCCATGTACAGGTTAGTAGGAAGCTAATTAATTTACTGGTACAT  696

seq1  TGTGCACTTGAGAGTTCTGGACCAGACTCACATGCCTACCTACTGCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTTGAGAGTTCTGGACCAGACTCACATGCCTACCTACTGCAGAC  746

seq1  AAAAGCAGGTGGAATGGTTCCAAAGTCACCTGAAATTCCAGTCAAAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAGGTGGAATGGTTCCAAAGTCACCTGAAATTCCAGTCAAAAGTT  796

seq1  TTTCCAAGGCAGATTCTACAGATACTCTGACCACACTAGCATTTGGGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGGCAGATTCTACAGATACTCTGACCACACTAGCATTTGGGGAT  846

seq1  ATGTGGTGGATGCCTCAAGGCTGGCCCCTTAATGGTCCCTAACTCCCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTGGATGCCTCAAGGCTGGCCCCTTAATGGTCCCTAACTCCCAGA  896

seq1  ATTC  904
      ||||
seq2  ATTC  900

seq1: chr6_146190304_146190745
seq2: B6Ng01-233G11.g_66_507

seq1  GAATTCCATCTGTGGGACGTACATGGTAGAAGTGAACCAGCTCTTAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTGTGGGACGTACATGGTAGAAGTGAACCAGCTCTTAGTCA  50

seq1  CACGCTATGCCATGTGAGACACACACAGAGAGAGACACACAGACAGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTATGCCATGTGAGACACACACAGAGAGAGACACACAGACAGAGAC  100

seq1  ACTAAACCAATGTGATAAATGTAAGTTTGCTCAATGGGAAAAGCTGTCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACCAATGTGATAAATGTAAGTTTGCTCAATGGGAAAAGCTGTCGT  150

seq1  CCTAGTATTGAGCAGAATATCAGTAGTGCCTAGAGAAGATAACAGACACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTATTGAGCAGAATATCAGTAGTGCCTAGAGAAGATAACAGACACC  200

seq1  CTAGGAGTTGAATGCAGCCTTAGAGAGACTAACCACAAAGAAGTGAGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGTTGAATGCAGCCTTAGAGAGACTAACCACAAAGAAGTGAGATC  250

seq1  TGGGCACACAGGTGCGACCCAAACAATTAAACCAGGTAAAATATAGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACACAGGTGCGACCCAAACAATTAAACCAGGTAAAATATAGTGAA  300

seq1  TTACATTCAGACTCTGAGACTCTGGACTTAATTGAGAAGAGAAGGAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTCAGACTCTGAGACTCTGGACTTAATTGAGAAGAGAAGGAATAA  350

seq1  AGAACAGCATATTTCTTTAGAAATAGATATTTTAAAGATCTTGCCTTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGCATATTTCTTTAGAAATAGATATTTTAAAGATCTTGCCTTCCA  400

seq1  CACTTTACTACTAGGAGGAGGAAGAGATGGGGGGTGGGGATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTACTACTAGGAGGAGGAAGAGATGGGGGGTGGGGATG  442