BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236K12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 134,534,401 - 134,606,413
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMansc1, Loh12cr1
Upstream geneEG626372, LOC100043649, LOC100043653, EG545886, LOC622962, Kap, LOC100043655, LOC100043656, LOC668063, Etv6, LOC100043660, Bcl2l14, Lrp6
Downstream geneLOC100043884, Dusp16, Crebl2, Gpr19, Cdkn1b, 1190002F15Rik, Apold1, Ddx47, Gprc5a, Gprc5d, LOC100043668, Hebp1, 8430419L09Rik, Gsg1, Pbp2, LOC100043890, Emp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236K12.bB6Ng01-236K12.g
ACCGA047822GA047823
length1,033809
definitionB6Ng01-236K12.b B6Ng01-236K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,534,401 - 134,535,331)(134,605,594 - 134,606,413)
sequence
gaattctcattgtagagaagaggttctgtcagggccccatcgtaggaaac
acaagaaatgagcagttgagagcacagaaggcttgatcttccatgtttac
gggtgcagacttacatatttaggcaatggaggacactctcagaaaacaca
acacaattagtggccctttatctataaactcaaggcaaggggaaaagtgt
gaaggtacaaaataaatactcagggcctttgagatggcccagggggtgaa
gggctttgagatggcccagggggtaaagggctttgagatggcccaggggg
tgaagggcctttgagatggcccagtggtaaaaatacttgcttttcaagcc
tgagagcctgagttcaatagctggaacacatggtggaaagagagaaccag
ttccccaacagttaccctctgactcccacatgtgcatcatggcgtgtgca
tcggcatgagagtgcacacatgtgcacacacatacaatgataatacttaa
aaataagcaagtagactggcttggtggctcttgcctacaatcccaacact
tgagaggctgaagcaaaggaccatatgttggagaccacctggggctatac
aatgagactctatctcaaagaacaaacaaaacaaaagccacaaataataa
agttgtatatataaaggtatgctttttatttgggagcagtaccggagatt
gaatttagggcctcacacatctaagtaagcaccctgtggtattctgaatg
agagtgtccccccatgggctcatagattggaagatttggtcaccagggag
tagctattcaaaaggattagaaggtgttggaaaacttgcgttgttcagag
tggactttgaagtttcaaaaaatccagtcttttcctgttgcctgtggatc
tggatgtaggattctcagctcctccttgcgccacgtctgcttgtatacca
ccatgttttcatcatgatgaagtggactaaacctctgaaactataagcag
ccctaactaatgctttctttataagagtcatgg
gaattccattgcagcctctggttttggactgataaagacattcagtccac
agcaaagggtatctctgagaaaagcccagttttctttactgatctggaaa
ggtggcgacgcagtactggaacaactagtgtcttcagctgacacagcagg
ccatgggagaggcaaggcctcagtaaagggacatttgagctctgcaccgg
ggtgactgtgaatctccaaataagactatctgaaatgcatggagtaaaat
tccatgaagctggagaaacaaccataggtaataataagcaaacaacttct
gactctcaaacaaggccaggcataggcctttcaccacgagccacggtaga
gaggtgggcagacaccaaggcactagtggagtctaacaccttggtagcaa
gggttatgatatactgaggattgctgtgcactagttgtggtagcccatac
ctgtaatcccagcacttgagaggtggagccaggaggatcaggagttcaag
gtcatccttgtctacatagcaagtggacataagtctacataaaaccctat
ctcaaaaaaacaaatgaaaaagagtagactctatctcaaaaaggaggaaa
aaaggagaagaaagttcaaaaataaatgaactacacatgtacatcagagc
aaagtccatatctcaaaggaacacagcaactaaaaccacacatttgtaat
gtttagcctataagaaacttcccgacagcaaagaagctagggaagagact
atagcaaagagaatgtttgatcataaaaaaccccagccaggaaaaatgga
tgaggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_134534401_134535331
seq2: B6Ng01-236K12.b_43_972

seq1  GAATTCTCATTGTAGAGAAGAGGTTCTGTCAGGGCCCCATCGTAGGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTGTAGAGAAGAGGTTCTGTCAGGGCCCCATCGTAGGAAAC  50

seq1  ACAAGAAATGAGCAGTTGAGAGCACAGAAGGCTTGATCTTCCATGTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAATGAGCAGTTGAGAGCACAGAAGGCTTGATCTTCCATGTTTAC  100

seq1  GGGTGCAGACTTACATATTTAGGCAATGGAGGACACTCTCAGAAAACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCAGACTTACATATTTAGGCAATGGAGGACACTCTCAGAAAACACA  150

seq1  ACACAATTAGTGGCCCTTTATCTATAAACTCAAGGCAAGGGGAAAAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATTAGTGGCCCTTTATCTATAAACTCAAGGCAAGGGGAAAAGTGT  200

seq1  GAAGGTACAAAATAAATACTCAGGGCCTTTGAGATGGCCCAGGGGGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACAAAATAAATACTCAGGGCCTTTGAGATGGCCCAGGGGGTGAA  250

seq1  GGGCTTTGAGATGGCCCAGGGGGTAAAGGGCTTTGAGATGGCCCAGGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTGAGATGGCCCAGGGGGTAAAGGGCTTTGAGATGGCCCAGGGGG  300

seq1  TGAAGGGCCTTTGAGATGGCCCAGTGGTAAAAATACTTGCTTTTCAAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGCCTTTGAGATGGCCCAGTGGTAAAAATACTTGCTTTTCAAGCC  350

seq1  TGAGAGCCTGAGTTCAATAGCTGGAACACATGGTGGAAAGAGAGAACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCCTGAGTTCAATAGCTGGAACACATGGTGGAAAGAGAGAACCAG  400

seq1  TTCCCCAACAGTTACCCTCTGACTCCCACATGTGCATCATGGCGTGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAACAGTTACCCTCTGACTCCCACATGTGCATCATGGCGTGTGCA  450

seq1  TCGGCATGAGAGTGCACACATGTGCACACACATACAATGATAATACTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCATGAGAGTGCACACATGTGCACACACATACAATGATAATACTTAA  500

seq1  AAATAAGCAAGTAGACTGGCTTGGTGGCTCTTGCCTACAATCCCAACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGCAAGTAGACTGGCTTGGTGGCTCTTGCCTACAATCCCAACACT  550

seq1  TGAGAGGCTGAAGCAAAGGACCATATGTTGGAGACCACCTGGGGCTATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCTGAAGCAAAGGACCATATGTTGGAGACCACCTGGGGCTATAC  600

seq1  AATGAGACTCTATCTCAAAGAACAAACAAAACAAAAGCCACAAATAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGACTCTATCTCAAAGAACAAACAAAACAAAAGCCACAAATAATAA  650

seq1  AGTTGTATATATAAAGGTATGCTTTTTATTTGGGAGCAGTACCGGAGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATATATAAAGGTATGCTTTTTATTTGGGAGCAGTACCGGAGATT  700

seq1  GAATTTAGGGCCTCACACATCTAAGTAAGCACCCTGTGGTATTCTGAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAGGGCCTCACACATCTAAGTAAGCACCCTGTGGTATTCTGAATG  750

seq1  AGAGTGTCCCCCCATGGGCTCATAGATTGGAAGATTTGGTCACCAGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCCCCCCATGGGCTCATAGATTGGAAGATTTGGTCACCAGGGAG  800

seq1  TAGCTATTCAAAAGGATTAGAAGGTGTTGGAAAACTTGCGTTGTTCAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATTCAAAAGGATTAGAAGGTGTTGGAAAACTTGCGTTGTTCAGAG  850

seq1  TGGACTTTGAAGTTTCAAAAAATCCAGTCTTTTCCTGTTGCCTGTGGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTTGAAGTTTCAAAAAATCCAGTCTTTTCCTGTTGCCTGTGGATC  900

seq1  TGGATGTAGGATTCTCAGCTCCTCCCTTGCG  931
      ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGATGTAGGATTCTCAGCTCCT-CCTTGCG  930

seq1: chr6_134605594_134606413
seq2: B6Ng01-236K12.g_66_874 (reverse)

seq1  TTTTCCTCATTCATTTTTTCCCTGGCTTGTGTTTTTTTATTGATCAAACA  50
      |||||||||| |||||||  ||||||| | |||||||   ||||||||||
seq2  TTTTCCTCATCCATTTTT--CCTGGCTGGGGTTTTTT--ATGATCAAACA  46

seq1  TTCTCTTTGCTATAAGTCCTCTTCCCTAGCTTCTTTGCCTGTCGGGAAGT  100
      ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCTCTTTGCTAT-AGT-CTCTTCCCTAGCTTCTTTG-CTGTCGGGAAGT  93

seq1  TTCTTATAGGCTAAACATTACAAATGTTGTGGTTTTAGTTGCTGTGTTCC  150
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATAGGCTAAACATTACAAATG-TGTGGTTTTAGTTGCTGTGTTCC  142

seq1  TTTGAAGATATTGGACTTTGCTCTGATGTACATGTTGTAGTTCATTTATT  200
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTG-AGATA-TGGACTTTGCTCTGATGTACATG-TGTAGTTCATTTATT  189

seq1  TTTGAACTTTCTTCTCCTTTTTTCCTCCTTTTTGAGATAGGGTCTACTCT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTGAACTTTCTTCTCCTTTTTTCCTCCTTTTTGAGATAGAGTCTACTCT  239

seq1  TTTTCATTTGTTTTTTTGAGATAGGGTTTTATGTAGACTTATGTCCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTTGTTTTTTTGAGATAGGGTTTTATGTAGACTTATGTCCACTT  289

seq1  GCTATGTAGACAAGGATGACCTTGAACTCCTGATCCTCCTGGCTCCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTAGACAAGGATGACCTTGAACTCCTGATCCTCCTGGCTCCACCT  339

seq1  CTCAAGTGCTGGGATTACAGGTATGGGCTACCACAACTAGTGCACAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTGCTGGGATTACAGGTATGGGCTACCACAACTAGTGCACAGCAA  389

seq1  TCCTCAGTATATCATAACCCTTGCTACCAAGGTGTTAGACTCCACTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGTATATCATAACCCTTGCTACCAAGGTGTTAGACTCCACTAGTG  439

seq1  CCTTGGTGTCTGCCCACCTCTCTACCGTGGCTCGTGGTGAAAGGCCTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGTCTGCCCACCTCTCTACCGTGGCTCGTGGTGAAAGGCCTATG  489

seq1  CCTGGCCTTGTTTGAGAGTCAGAAGTTGTTTGCTTATTATTACCTATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCTTGTTTGAGAGTCAGAAGTTGTTTGCTTATTATTACCTATGGT  539

seq1  TGTTTCTCCAGCTTCATGGAATTTTACTCCATGCATTTCAGATAGTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCCAGCTTCATGGAATTTTACTCCATGCATTTCAGATAGTCTTA  589

seq1  TTTGGAGATTCACAGTCACCCCGGTGCAGAGCTCAAATGTCCCTTTACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGATTCACAGTCACCCCGGTGCAGAGCTCAAATGTCCCTTTACTG  639

seq1  AGGCCTTGCCTCTCCCATGGCCTGCTGTGTCAGCTGAAGACACTAGTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTGCCTCTCCCATGGCCTGCTGTGTCAGCTGAAGACACTAGTTGT  689

seq1  TCCAGTACTGCGTCGCCACCTTTCCAGATCAGTAAAGAAAACTGGGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTACTGCGTCGCCACCTTTCCAGATCAGTAAAGAAAACTGGGCTTT  739

seq1  TCTCAGAGATACCCTTTGCTGTGGACTGAATGTCTTTATCAGTCCAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGATACCCTTTGCTGTGGACTGAATGTCTTTATCAGTCCAAAAC  789

seq1  CAGAGGCTGCAATGGAATTC  820
      ||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGCAATGGAATTC  809