BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238A21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 146,456,558 - 146,652,041
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175
Upstream geneLOC100042879, Tuba3b, Rassf8, Bhlhb3, Sspn, Itpr2
Downstream geneStk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129, Ccdc91, LOC100039712, LOC100039727
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238A21.bB6Ng01-238A21.g
ACCGA048848GA048849
length8271,077
definitionB6Ng01-238A21.b B6Ng01-238A21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,456,558 - 146,457,384)(146,650,954 - 146,652,041)
sequence
gaattctatccaatttttcattggttattttatttatttacattttaaaa
tgttgtcccccttcccagtttcctttccacaagccccttattccaccccc
ctccccctgcttctatgagggtgctctcccatcctcccacccactcccat
ctcagtgccctagcatttccctatgctggagtatcgagcctctcctccca
ctgatgccagataaggccgtcctctgctacatatgcagctggagccatgt
gtactctttggttggttagcccctaggagctctgggggggtctggttggt
tgatattgctgttcttcggccccttcagctcctaattatatccaatttta
aagaagatggatccaggggaatggatgagagtaccatgataagggaaata
aaccaaactcggacaaatgctacgtgttttctctacatgcatgacctaga
tttaacaacttattgattgtgtatatgtccgtgtatatgcaggtgtctat
gcctactcatgatgcaaaggacagaatagtgtgaccggtttcctccttga
ccaccctctacttgatccttttaggcagggtctctccttgagcctggggc
tctcatgttctcagctagactagaatgcagcaagctccagccatcttcct
gtctccatccttcatccctgaagctgggattgcaggaaacctgtcctatt
atgtaagtgctaggtcacaaactctggtcctcaaaactgtacataagtgt
tcttaaccactaatccatcccccagaagagagtgaaaagtatacatatgt
gtgtatgtatgtatgtatgtatgtgta
gaattctctgttcaggtttgctatcaaccaggtaaagggtattttcagat
atgcaagtatcgtgaaaacttcttccgaggagtcagacagacaggacact
accaacaggccaaagacacttctgttcgagtctagcttgttgagccaata
agtttaattagggtcacttacaggagctagtgagcagctaccacactgag
gaacccccctccattctgcacccaccaatcatcaactgcctgaatatcta
ggggtctacgacttggagagttcacccggtgtggctctcccttagcggaa
tgttttcttttccaaatcttcaatttctatttcatactttggtcccacaa
tttttgcttgtctttgtctttcccagcgtgacttcaattttcatttgttc
caagcctgttcaaattaaccaagtcctttccaaacttgatcatggtctgc
aaatgaaaggttggggctgagatgtgtggtgatggtttgccagggaagga
aaaagctgccagaaagaggtaagagggcagcctaaatggggaattaaaga
ggcaaactcacatatacacactcccaatctggccaagaaccagccgtctt
aggttttcagtgcgtttgctcacacatttaagcagggtagagaagtgact
gtttcatttattaggactggactatttattaccagattaaaataacccat
gctctttctgggactgccatggagtcacaccctagggaccatatattttt
gttccagaccttcaggtcacgcagcaaactcgaatcaggcttggagggct
gtttgtttgggcaggaaatggctcatggaggggagggggccggatcgact
gcttttggccttggagtgttgctctgggaaacctctccccacaccgtgga
actgtggtgcttggcctcttccctgccttttcactgggcagtgactgcat
tggactggaaggacgtttgtcctgctggggactccgcccccattgaagat
gatttgggtccatgcatagtcttgctggttggggtggatggaatcacacc
tctgtggagaaagcttcatttcaggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_146456558_146457384
seq2: B6Ng01-238A21.b_42_868

seq1  GAATTCTATCCAATTTTTCATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCCAATTTTTCATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTTAAAA  50

seq1  TGTTGTCCCCCTTCCCAGTTTCCTTTCCACAAGCCCCTTATTCCACCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCCCCCTTCCCAGTTTCCTTTCCACAAGCCCCTTATTCCACCCCC  100

seq1  CTCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCTCCCATCCTCCCACCCACTCCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCTCCCATCCTCCCACCCACTCCCAT  150

seq1  CTCAGTGCCCTAGCATTTCCCTATGCTGGAGTATCGAGCCTCTCCTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGCCCTAGCATTTCCCTATGCTGGAGTATCGAGCCTCTCCTCCCA  200

seq1  CTGATGCCAGATAAGGCCGTCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCCAGATAAGGCCGTCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGT  250

seq1  GTACTCTTTGGTTGGTTAGCCCCTAGGAGCTCTGGGGGGGTCTGGTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTTTGGTTGGTTAGCCCCTAGGAGCTCTGGGGGGGTCTGGTTGGT  300

seq1  TGATATTGCTGTTCTTCGGCCCCTTCAGCTCCTAATTATATCCAATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTGCTGTTCTTCGGCCCCTTCAGCTCCTAATTATATCCAATTTTA  350

seq1  AAGAAGATGGATCCAGGGGAATGGATGAGAGTACCATGATAAGGGAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATGGATCCAGGGGAATGGATGAGAGTACCATGATAAGGGAAATA  400

seq1  AACCAAACTCGGACAAATGCTACGTGTTTTCTCTACATGCATGACCTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAACTCGGACAAATGCTACGTGTTTTCTCTACATGCATGACCTAGA  450

seq1  TTTAACAACTTATTGATTGTGTATATGTCCGTGTATATGCAGGTGTCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAACTTATTGATTGTGTATATGTCCGTGTATATGCAGGTGTCTAT  500

seq1  GCCTACTCATGATGCAAAGGACAGAATAGTGTGACCGGTTTCCTCCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTCATGATGCAAAGGACAGAATAGTGTGACCGGTTTCCTCCTTGA  550

seq1  CCACCCTCTACTTGATCCTTTTAGGCAGGGTCTCTCCTTGAGCCTGGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCTACTTGATCCTTTTAGGCAGGGTCTCTCCTTGAGCCTGGGGC  600

seq1  TCTCATGTTCTCAGCTAGACTAGAATGCAGCAAGCTCCAGCCATCTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTTCTCAGCTAGACTAGAATGCAGCAAGCTCCAGCCATCTTCCT  650

seq1  GTCTCCATCCTTCATCCCTGAAGCTGGGATTGCAGGAAACCTGTCCTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATCCTTCATCCCTGAAGCTGGGATTGCAGGAAACCTGTCCTATT  700

seq1  ATGTAAGTGCTAGGTCACAAACTCTGGTCCTCAAAACTGTACATAAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGTGCTAGGTCACAAACTCTGGTCCTCAAAACTGTACATAAGTGT  750

seq1  TCTTAACCACTAATCCATCCCCCAGAAGAGAGTGAAAAGTATACATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCACTAATCCATCCCCCAGAAGAGAGTGAAAAGTATACATATGT  800

seq1  GTGTATGTATGTATGTATGTATGTGTA  827
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTATGTATGTATGTATGTGTA  827

seq1: chr6_146650954_146652041
seq2: B6Ng01-238A21.g_64_1140 (reverse)

seq1  AGCCTGAAA-AAAGCTTCCTCTCAAAG-GCTGCGATTCCCATCCACCCCA  48
      |||||||||  |||||| ||| || || | || |||| ||||||||||||
seq2  AGCCTGAAATGAAGCTTTCTC-CACAGAGGTGTGATT-CCATCCACCCCA  48

seq1  CCCAAGGCAGACTCTTCATGGACCCAAATCCTTCTTCCAATGGGGC-GAG  97
       || ||  ||||| | ||||||||||||| | ||||| |  ||||| |||
seq2  ACC-AGCAAGACTATGCATGGACCCAAAT-CATCTTCAATGGGGGCGGAG  96

seq1  TCCCCAGCAGGAACAAACGTTCCTTCCAGTCCAATGCAGTCACTGCCCAG  147
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGCAGG-ACAAACG-TCCTTCCAGTCCAATGCAGTCACTGCCCAG  144

seq1  TGAAAAAGGCAGGGGAAGAGGCCAAGCCACCACAGGTCCACGGTGTGGGG  197
      || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TG-AAAAGGCA-GGGAAGAGGCCAAG-CACCACAGTTCCACGGTGTGGGG  191

seq1  AGAGGTTTCCCAGAGCAACCACTCCCAAGGCCAAAAGCAGTCGATCCGGC  247
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTTCCCAGAGCAA-CACT-CCAAGGCCAAAAGCAGTCGATCCGGC  239

seq1  CCCCTCCCCTCCATGAGCCATTTCCTGCCCAAACAAACAGCCCCTCCCAA  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  CCCCTCCCCTCCATGAGCCATTTCCTGCCCAAACAAACAGCCC--TCCAA  287

seq1  GCCCTGATTCGAGTTTGCTGCGTGACCTGAAGGTCTGGAACAAAAATATA  347
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CCTGATTCGAGTTTGCTGCGTGACCTGAAGGTCTGGAACAAAAATATA  336

seq1  TGGTCCCTAGGGTGTGACTCCATGGCAGTCCCAGAAAGAGCATGGGTTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCTAGGGTGTGACTCCATGGCAGTCCCAGAAAGAGCATGGGTTAT  386

seq1  TTTAATCTGGTAATAAATAGTCCAGTCCTAATAAATGAAACAGTCACTTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTGGTAATAAATAGTCCAGTCCTAATAAATGAAACAGTCACTTC  436

seq1  TCTACCCTGCTTAAATGTGTGAGCAAACGCACTGAAAACCTAAGACGGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCTGCTTAAATGTGTGAGCAAACGCACTGAAAACCTAAGACGGCT  486

seq1  GGTTCTTGGCCAGATTGGGAGTGTGTATATGTGAGTTTGCCTCTTTAATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTGGCCAGATTGGGAGTGTGTATATGTGAGTTTGCCTCTTTAATT  536

seq1  CCCCATTTAGGCTGCCCTCTTACCTCTTTCTGGCAGCTTTTTCCTTCCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTTAGGCTGCCCTCTTACCTCTTTCTGGCAGCTTTTTCCTTCCCT  586

seq1  GGCAAACCATCACCACACATCTCAGCCCCAACCTTTCATTTGCAGACCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACCATCACCACACATCTCAGCCCCAACCTTTCATTTGCAGACCAT  636

seq1  GATCAAGTTTGGAAAGGACTTGGTTAATTTGAACAGGCTTGGAACAAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGTTTGGAAAGGACTTGGTTAATTTGAACAGGCTTGGAACAAATG  686

seq1  AAAATTGAAGTCACGCTGGGAAAGACAAAGACAAGCAAAAATTGTGGGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAAGTCACGCTGGGAAAGACAAAGACAAGCAAAAATTGTGGGAC  736

seq1  CAAAGTATGAAATAGAAATTGAAGATTTGGAAAAGAAAACATTCCGCTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATGAAATAGAAATTGAAGATTTGGAAAAGAAAACATTCCGCTAA  786

seq1  GGGAGAGCCACACCGGGTGAACTCTCCAAGTCGTAGACCCCTAGATATTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCCACACCGGGTGAACTCTCCAAGTCGTAGACCCCTAGATATTC  836

seq1  AGGCAGTTGATGATTGGTGGGTGCAGAATGGAGGGGGGTTCCTCAGTGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTGATGATTGGTGGGTGCAGAATGGAGGGGGGTTCCTCAGTGTG  886

seq1  GTAGCTGCTCACTAGCTCCTGTAAGTGACCCTAATTAAACTTATTGGCTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGCTCACTAGCTCCTGTAAGTGACCCTAATTAAACTTATTGGCTC  936

seq1  AACAAGCTAGACTCGAACAGAAGTGTCTTTGGCCTGTTGGTAGTGTCCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCTAGACTCGAACAGAAGTGTCTTTGGCCTGTTGGTAGTGTCCTG  986

seq1  TCTGTCTGACTCCTCGGAAGAAGTTTTCACGATACTTGCATATCTGAAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGACTCCTCGGAAGAAGTTTTCACGATACTTGCATATCTGAAAA  1036

seq1  TACCCTTTACCTGGTTGATAGCAAACCTGAACAGAGAATTC  1088
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTTACCTGGTTGATAGCAAACCTGAACAGAGAATTC  1077