BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240H06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 3,386,681 - 3,525,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI987662, Ccdc132
Upstream geneLOC100039885, LOC100039896, LOC100040185, EG667335, Samd9l
Downstream geneCalcr, LOC100039942, Tfpi2, Gngt1, Gng11, 4930528H21Rik, Bet1, LOC667381, LOC100039965, Col1a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240H06.bB6Ng01-240H06.g
ACCGA050620GA050621
length1,1321,132
definitionB6Ng01-240H06.b B6Ng01-240H06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,524,095 - 3,525,224)(3,386,681 - 3,387,833)
sequence
gaattcataagacaacaaatagttacagatgatacacagcttagaaatct
gttaccaaatctattggtatcattttaagaaaattgtaattatgacgaac
agcttgggaaggaacatgataaaggaactgcataaaagaaagcaagcgga
aatctaaagacatggagaagcttcacgggaaccttggttaaaccaatctc
cacacctccagacctgtccagaaggacagacgccaaatatcagcatggac
agaacctacaaacaagagacattaagcactctgctttggctaactcatct
atccacagctcctgtgtaggtgaggaaatgcacagggattagaagcactt
gagtagagggaatgcctggaaaccactggaaaagggcttccctaagagtt
acaattgtaaacattaagcttttacagatgctggagatctaaaaaaaaaa
gtaaaacgtacttggctgagtgctacacatacatgctgaaacctgtcttg
attcttatttgtaggagcttaagtatcaaagggcacaagcaagaataaaa
tctgaactacatcaatacatgtgtgcatatgcatgtgtgtatgtatatgt
gtacatctgcatgtgaatgaagcatatgcaaaggtaaaattgcccgaaac
aaagcagaaaagctcaaaagaagagtaaaacattaaaatacaactttatt
aatagaaaagtcgtaatgggtataaacaggagttaatagacagaagtata
gtttaaacacatgaaaagatgcttgaactcaaacaagcatattaaatcca
ttatctgaatgatatgtcatttagcctattagacagtcaggcacgtcagt
atgtgatacacagcgttggagacactgagaagagtcccccagattgttgg
cagaagggcaaactatcaagcgtctgcagttaaatcaagaatgagcatca
aaaaaaaaaaaaaaaagagcatcaagctgaaaatcaagcgtacattctct
agtccagatagagtaagcacttataaattgcattttcacatgagcaaaaa
aatgatttcttcaagaatactgctgtgcattcttttgtcatgtcatgtca
atgaggacgaccgaattgtttcaaagtcagaa

gaattctttcacctctgtcatattcagggaacatcttctaagaaaaagta
tgaaaatgggggatatggaacagctgataaagcggctgccaagtaagaat
gaggacatgagctgtgagccccagtacacacataaaatgtgggcacagca
gcatgatttgattccatactgaactggatttcttacaaggtcattaagat
gagaaggtatgtagattgggaaattaaaagtaaaattattagcactatgt
tgggagctattaagacaactctattgtcttgatctccttattgggatcaa
gacaacaaaaaaaggggttcaaaagtgggccaccaacgcaccgttccgag
aacaaccacagaatgttccagccctaagtcagcgccagatgtcctgacca
caagatgtaccctgataccaccaagttcctgcttccccatttagttgcca
aaagaaaaatttctgctgccccatccctcctgctgagaagtacttcctcc
tttgcttgtgcatttctgctgtcccattcctcctgctgagaagtacttcc
tcctttgcttgtgcatttctgctgtcccattcctcctgctgagaagtact
tcctcctttgcttgtgcatttctgctgtcccattcctcctgctgagaagt
acttccccttttgcttgtgcatttaagccttgagccttgctgaatacagt
gacaccttgatgctactgagactgcttctgtgtcgctcctgcacttggtg
tccatctctccctccccccatttggttcttaggagaaggtcccctcgaga
ccctcgaataattggacctgctggacaggtcagcactattaaacctagta
agaccactgagagataataatgacctagatccgtatgatggtagagatgc
agaagatgaatctgagaagtcaaagcaaaatcaataatgttgggaggatg
attaatgatgccatgagacaggaaactctttaaaagaccttaatattggg
ttgtatatctgatcgtggtgagggcacttatagatgaagaagagcactga
aagaggaatttgtagaaatagttacattggtttaacagatccaagtgtct
aaatatggaagcttgcgttgtatgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_3524095_3525224
seq2: B6Ng01-240H06.b_45_1176 (reverse)

seq1  TTCTGACTTTG-AACA--TCTGTCGT-CTCATTTGACATGACATGAC-AA  45
      ||||||||||| ||||  || ||||| |||| ||||||||||||||| ||
seq2  TTCTGACTTTGAAACAATTCGGTCGTCCTCA-TTGACATGACATGACAAA  49

seq1  AGAATGGCACAGCAGGTATCTTGGAAGAAATCATTTTTTTGCTCATGTGA  95
      ||||| |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAT-GCACAGCA-GTATTCTTGAAGAAATCATTTTTTTGCTCATGTGA  97

seq1  AAATGCAATTTTATAAGTGCTTACTCTATCTGGACTAGAGAATGTACGCT  145
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAA-TTTATAAGTGCTTACTCTATCTGGACTAGAGAATGTACGCT  146

seq1  TGATTTTCAGCTTGATGCTC-TTTTTTTTTTTTTTTTGATGCTCATTCTT  194
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTCAGCTTGATGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGATGCTCATTCTT  196

seq1  GATTTAACTGCAGACGCTTGATAGTTTGCCCTTCTGCCAACAATCTGGGG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAACTGCAGACGCTTGATAGTTTGCCCTTCTGCCAACAATCTGGGG  246

seq1  GACTCTTCTCAGTGTCTCCAACGCTGTGTATCACATACTGACGTGCCTGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCTCAGTGTCTCCAACGCTGTGTATCACATACTGACGTGCCTGA  296

seq1  CTGTCTAATAGGCTAAATGACATATCATTCAGATAATGGATTTAATATGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTAATAGGCTAAATGACATATCATTCAGATAATGGATTTAATATGC  346

seq1  TTGTTTGAGTTCAAGCATCTTTTCATGTGTTTAAACTATACTTCTGTCTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGAGTTCAAGCATCTTTTCATGTGTTTAAACTATACTTCTGTCTA  396

seq1  TTAACTCCTGTTTATACCCATTACGACTTTTCTATTAATAAAGTTGTATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCCTGTTTATACCCATTACGACTTTTCTATTAATAAAGTTGTATT  446

seq1  TTAATGTTTTACTCTTCTTTTGAGCTTTTCTGCTTTGTTTCGGGCAATTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTTTTACTCTTCTTTTGAGCTTTTCTGCTTTGTTTCGGGCAATTT  496

seq1  TACCTTTGCATATGCTTCATTCACATGCAGATGTACACATATACATACAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTGCATATGCTTCATTCACATGCAGATGTACACATATACATACAC  546

seq1  ACATGCATATGCACACATGTATTGATGTAGTTCAGATTTTATTCTTGCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATATGCACACATGTATTGATGTAGTTCAGATTTTATTCTTGCTT  596

seq1  GTGCCCTTTGATACTTAAGCTCCTACAAATAAGAATCAAGACAGGTTTCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTTTGATACTTAAGCTCCTACAAATAAGAATCAAGACAGGTTTCA  646

seq1  GCATGTATGTGTAGCACTCAGCCAAGTACGTTTTACTTTTTTTTTTAGAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATGTGTAGCACTCAGCCAAGTACGTTTTACTTTTTTTTTTAGAT  696

seq1  CTCCAGCATCTGTAAAAGCTTAATGTTTACAATTGTAACTCTTAGGGAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCATCTGTAAAAGCTTAATGTTTACAATTGTAACTCTTAGGGAAG  746

seq1  CCCTTTTCCAGTGGTTTCCAGGCATTCCCTCTACTCAAGTGCTTCTAATC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTCCAGTGGTTTCCAGGCATTCCCTCTACTCAAGTGCTTCTAATC  796

seq1  CCTGTGCATTTCCTCACCTACACAGGAGCTGTGGATAGATGAGTTAGCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCATTTCCTCACCTACACAGGAGCTGTGGATAGATGAGTTAGCCA  846

seq1  AAGCAGAGTGCTTAATGTCTCTTGTTTGTAGGTTCTGTCCATGCTGATAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGTGCTTAATGTCTCTTGTTTGTAGGTTCTGTCCATGCTGATAT  896

seq1  TTGGCGTCTGTCCTTCTGGACAGGTCTGGAGGTGTGGAGATTGGTTTAAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGTCTGTCCTTCTGGACAGGTCTGGAGGTGTGGAGATTGGTTTAAC  946

seq1  CAAGGTTCCCGTGAAGCTTCTCCATGTCTTTAGATTTCCGCTTGCTTTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTCCCGTGAAGCTTCTCCATGTCTTTAGATTTCCGCTTGCTTTCT  996

seq1  TTTATGCAGTTCCTTTATCATGTTCCTTCCCAAGCTGTTCGTCATAATTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCAGTTCCTTTATCATGTTCCTTCCCAAGCTGTTCGTCATAATTA  1046

seq1  CAATTTTCTTAAAATGATACCAATAGATTTGGTAACAGATTTCTAAGCTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTCTTAAAATGATACCAATAGATTTGGTAACAGATTTCTAAGCTG  1096

seq1  TGTATCATCTGTAACTATTTGTTGTCTTATGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCATCTGTAACTATTTGTTGTCTTATGAATTC  1132


seq1: chr6_3386681_3387833
seq2: B6Ng01-240H06.g_62_1193

seq1  GAATTCTTTCACCTCTGTCATATTCAGGGAACATCTTCTAAGAAAAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCACCTCTGTCATATTCAGGGAACATCTTCTAAGAAAAAGTA  50

seq1  TGAAAATGGGGGATATGGAACAGCTGATAAAGCGGCTGCCAAGTAAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGGGGGATATGGAACAGCTGATAAAGCGGCTGCCAAGTAAGAAT  100

seq1  GAGGACATGAGCTGTGAGCCCCAGTACACACATAAAATGTGGGCACAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATGAGCTGTGAGCCCCAGTACACACATAAAATGTGGGCACAGCA  150

seq1  GCATGATTTGATTCCATACTGAACTGGATTTCTTACAAGGTCATTAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATTTGATTCCATACTGAACTGGATTTCTTACAAGGTCATTAAGAT  200

seq1  GAGAAGGTATGTAGATTGGGAAATTAAAAGTAAAATTATTAGCACTATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGTATGTAGATTGGGAAATTAAAAGTAAAATTATTAGCACTATGT  250

seq1  TGGGAGCTATTAAGACAACTCTATTGTCTTGATCTCCTTATTGGGATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTATTAAGACAACTCTATTGTCTTGATCTCCTTATTGGGATCAA  300

seq1  GACAACAAAAAAAGGGGTTCAAAAGTGGGCCACCAACGCACCGTTCCGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAAAAAAAGGGGTTCAAAAGTGGGCCACCAACGCACCGTTCCGAG  350

seq1  AACAACCACAGAATGTTCCAGCCCTAAGTCAGCGCCAGATGTCCTGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCACAGAATGTTCCAGCCCTAAGTCAGCGCCAGATGTCCTGACCA  400

seq1  CAAGATGTACCCTGATACCACCAAGTTCCTGCTTCCCCATTTAGTTGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGTACCCTGATACCACCAAGTTCCTGCTTCCCCATTTAGTTGCCA  450

seq1  AAAGAAAAATTTCTGCTGCCCCATCCCTCCTGCTGAGAAGTACTTCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAATTTCTGCTGCCCCATCCCTCCTGCTGAGAAGTACTTCCTCC  500

seq1  TTTGCTTGTGCATTTCTGCTGTCCCATTCCTCCTGCTGAGAAGTACTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTGTGCATTTCTGCTGTCCCATTCCTCCTGCTGAGAAGTACTTCC  550

seq1  TCCTTTGCTTGTGCATTTCTGCTGTCCCATTCCTCCTGCTGAGAAGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCTTGTGCATTTCTGCTGTCCCATTCCTCCTGCTGAGAAGTACT  600

seq1  TCCTCCTTTGCTTGTGCATTTCTGCTGTCCCATTCCTCCTGCTGAGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTTTGCTTGTGCATTTCTGCTGTCCCATTCCTCCTGCTGAGAAGT  650

seq1  ACTTCCCCTTTTGCTTGTGCATTTAAGCCTTGAGCCTTGCTGAATACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCCTTTTGCTTGTGCATTTAAGCCTTGAGCCTTGCTGAATACAGT  700

seq1  GACACCTTGATGCTACTGAGACTGCTTCTGTGTCGCTCCTGCACTTGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTTGATGCTACTGAGACTGCTTCTGTGTCGCTCCTGCACTTGGTG  750

seq1  TCCATCTCTCCCTCCCCCCATTTGGTTCTTAGGAGAAGGTCCCCTCGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTCTCCCTCCCCCCATTTGGTTCTTAGGAGAAGGTCCCCTCGAGA  800

seq1  CCCTCGAATAATTGGACCTGCTGGACAGGTCAGCACTATTAAACCTAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGAATAATTGGACCTGCTGGACAGGTCAGCACTATTAAACCTAGTA  850

seq1  AGACCACTGAGAGATAATAATGACCTAGATCCGTATGATGGTAGAGATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACTGAGAGATAATAATGACCTAGATCCGTATGATGGTAGAGATGC  900

seq1  AGAAGATGAATCTGAGAAGTCAAAGCAAAATCAATAATGTT-GGAGGATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAAGATGAATCTGAGAAGTCAAAGCAAAATCAATAATGTTGGGAGGATG  950

seq1  AATTAATGATGCCATGAAGACAGGAAACTCTTTAAAAAGACCTTTAATAT  999
       ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| 
seq2  -ATTAATGATGCCATG-AGACAGGAAACTCTTT-AAAAGACC-TTAATA-  995

seq1  TTGGGTTGTATAATCTGATCGTTGGTGAGGGCACTTATAGAATGGAAAGA  1049
      ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||   |||  |
seq2  TTGGGTTGTAT-ATCTGATCG-TGGTGAGGGCACTTATAGA--TGAAGAA  1041

seq1  GAGCACTGAAAGAAGAAATTTGGAAGGAAAATAAGTTAACATTTGGTTTA  1099
      |||||||||||| || |||||| |  ||||   |||| ||| ||||||||
seq2  GAGCACTGAAAG-AGGAATTTGTA--GAAA--TAGTT-ACA-TTGGTTTA  1084

seq1  ACAGATCAAAGTGTCTTAAAATAGTGAAGTCTTGTGTGTGTGTATGTGTG  1149
      ||||||| ||||||||  |||||  |||| |||| ||   ||||||||||
seq2  ACAGATCCAAGTGTCT--AAATATGGAAG-CTTGCGT---TGTATGTGTG  1128

seq1  TGTG  1153
      ||||
seq2  TGTG  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |