BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242L24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 147,293,525 - 147,482,795
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG622129, Ccdc91
Upstream geneItpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh
Downstream geneLOC100039712, LOC100039727, LOC100039736, Mlstd1, Ergic2, Tmtc1, 1110033J19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242L24.bB6Ng01-242L24.g
ACCGA052313GA052314
length1,1111,020
definitionB6Ng01-242L24.b B6Ng01-242L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,293,525 - 147,294,646)(147,481,782 - 147,482,795)
sequence
gaattcttcctttgatagtgtgagaaaaataaaagacgggtaagaactgt
gcctgtttgagccatggagtggttttccgagtcttccctgtggtggtcat
ggtcagaaaaggcactgtttgcaggactgccaggcagaatttttcttcat
tcaccgctcttttcctgtatgtgctttcttaataattcaattggttcttt
tgtgtgtgtgcatttctttttatctctcagttcacctcttcatccttcct
gggttctcttcccatatccatccttcctccctttaggagtttattattgt
gactgttttcccaggtcttttagctttctgtcttggctcttcttgtatca
ttttaaatgcatcttccaaacctgtagacaacaaagtacacgcttctttc
ttttgttggttttgtttttagacagtcttgctatgtagcactggctggct
cggaactcactatgaataccaggctggacttgaatttgtggggatattcc
tgcatctgcctttttcagcactggggttacaaggtgactaccacatctgg
ctcaagctgtacttctttcttccctatgacactgagacagaagatgaaag
agtcagctctgggttggttgggacatcactcagcaccagctactttgacc
ccatctctgaaaagtttgtttctgaatagagttgcctctttggagtacct
tcctacattataccacagtgaccttcccatcaatgtgcacacatgcatgt
ctggatgcacacatgcatgcatgcttactttcatagtcttttatctgcac
tttgtcttcaacaaatttaattgtgggcctttaggtatgctctgtcaact
gagtaggttcttggtgaaacataaattactggatggaggcttaaatttac
caatccagataaacatacagaatcattgacatgtgagccttttaaatagg
aattgctggaataacaatggtgcctaaggaaagtggcactcacgatcagc
taattaggagaaagaaacgacgacctctttggaagaatctaagctgccat
atatccacctttattcttggaacatgatgactctgactagaggatccaga
ataaaacatgg
gaattcttattttaaaaggtcatcgagcatgaattaagtcagcatgcagc
ctctgtgctcctcctgagacatgcctgtgctcacctgagccttggagatg
gtctgactcatgaggctgctatctgcatgcgtatcatctgctgaggaaat
gacagcatctggagggaggtggccagtggatggagatgagtggtcatggt
ccaggataagctccggagaagctggtgagagtcgcactccggatactgaa
gacagagcacaagggaaaggtcagaagacgagacagagacaggttaggtg
gataggagagggtgtaacacttagagcagggagggtgaaaacactctaaa
aggagtgtttctgaattacacatacaagatgcgtccatgtgtgttaaaga
ctaacacattctaacatcctaacacacaaattggccgagtctactagaga
ggcttgcttctaccagagcaaacattcaacttaagacacatccactcact
agcacagagttgaacagctaaactattcattatagcaacacgaaggagaa
gggaggactgctgtagaaacctggaatgtcctcttttgtaataattttgt
taaagtttcaattataaagacaaacttcacttactggattatttccacaa
aagcaatgctgtgagacaattttgctattattttcataatgaaccttgtt
atactgtgattaaggttcacattaggaggtgtggaagcagctaattggcc
aggacaagagagacaaaaatacaaatgaggaaaaacatatttatattagt
ttatttttaaatgcttccaaaagttcaagtgaatctaatatgttttgaaa
tgtaaggagtcatcttcaatagtcaactcattcacacacacagcagccta
actgcaatgaccttttattccacattggcatcagtagctctgtccgcggg
ggtcttccacaaactctgaagaatggctcacaacgggagactggcgtgta
ccctgaaagaaaagacacgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147293525_147294646
seq2: B6Ng01-242L24.b_43_1153

seq1  GAATTCTTCCTTTGATAGTGTGAGAAAAATAAAAGACGGGTAAGAACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTTTGATAGTGTGAGAAAAATAAAAGACGGGTAAGAACTGT  50

seq1  GCCTGTTTGAGCCATGGAGTGGTTTTCCGAGTCTTCCCTGTGGTGGTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTTTGAGCCATGGAGTGGTTTTCCGAGTCTTCCCTGTGGTGGTCAT  100

seq1  GGTCAGAAAAGGCACTGTTTGCAGGACTGCCAGGCAGAATTTTTCTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAAAAGGCACTGTTTGCAGGACTGCCAGGCAGAATTTTTCTTCAT  150

seq1  TCACCGCTCTTTTCCTGTATGTGCTTTCTTAATAATTCAATTGGTTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCGCTCTTTTCCTGTATGTGCTTTCTTAATAATTCAATTGGTTCTTT  200

seq1  TGTGTGTGTGCATTTCTTTTTATCTCTCAGTTCACCTCTTCATCCTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCATTTCTTTTTATCTCTCAGTTCACCTCTTCATCCTTCCT  250

seq1  GGGTTCTCTTCCCATATCCATCCTTCCTCCCTTTAGGAGTTTATTATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTCTTCCCATATCCATCCTTCCTCCCTTTAGGAGTTTATTATTGT  300

seq1  GACTGTTTTCCCAGGTCTTTTAGCTTTCTGTCTTGGCTCTTCTTGTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTTTTCCCAGGTCTTTTAGCTTTCTGTCTTGGCTCTTCTTGTATCA  350

seq1  TTTTAAATGCATCTTCCAAACCTGTAGACAACAAAGTACACGCTTCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATGCATCTTCCAAACCTGTAGACAACAAAGTACACGCTTCTTTC  400

seq1  TTTTGTTGGTTTTGTTTTTAGACAGTCTTGCTATGTAGCACTGGCTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGGTTTTGTTTTTAGACAGTCTTGCTATGTAGCACTGGCTGGCT  450

seq1  CGGAACTCACTATGAATACCAGGCTGGACTTGAATTTGTGGGGATATTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACTCACTATGAATACCAGGCTGGACTTGAATTTGTGGGGATATTCC  500

seq1  TGCATCTGCCTTTTTCAGCACTGGGGTTACAAGGTGACTACCACATCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTGCCTTTTTCAGCACTGGGGTTACAAGGTGACTACCACATCTGG  550

seq1  CTCAAGCTGTACTTCTTTCTTCCCTATGACACTGAGACAGAAGATGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCTGTACTTCTTTCTTCCCTATGACACTGAGACAGAAGATGAAAG  600

seq1  AGTCAGCTCTGGGTTGGTTGGGACATCACTCAGCACCAGCTACTTTGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCTCTGGGTTGGTTGGGACATCACTCAGCACCAGCTACTTTGACC  650

seq1  CCATCTCTGAAAAGTTTGTTTCTGAATAGAGTTGCCTCTTTGGAGTACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTGAAAAGTTTGTTTCTGAATAGAGTTGCCTCTTTGGAGTACCT  700

seq1  TCCTACATTATACCACAGTGACCTTCCCATCAATGTGCACACATGCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACATTATACCACAGTGACCTTCCCATCAATGTGCACACATGCATGT  750

seq1  CTGGATGCACACATGCATGCATGCTTACTTTCATAGTCTTTTATCTGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCACACATGCATGCATGCTTACTTTCATAGTCTTTTATCTGCAC  800

seq1  TTTGTCTTCAACAAATTTAATTGTGGGCCTTTAGGTATGCTCTGTCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTCAACAAATTTAATTGTGGGCCTTTAGGTATGCTCTGTCAACT  850

seq1  GAGTAGGTTCTTGGTGAAACATAAATTACTGGATGGAGGCTTAAATTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGTTCTTGGTGAAACATAAATTACTGGATGGAGGCTTAAATTTAC  900

seq1  CAATCCAGATAAAACATACAGAATCATTGACATGTGAGCCTTTTAAATAG  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCAGAT-AAACATACAGAATCATTGACATGTGAGCCTTTTAAATAG  949

seq1  GAATTTGCTGGAATAAACATGGTGCCTTAGGGAAAAGTTGGCAC-CACGA  999
      ||| ||||||||||||  ||||||||| |||  |||| |||||| |||||
seq2  GAA-TTGCTGGAATAACAATGGTGCCTAAGG--AAAG-TGGCACTCACGA  995

seq1  TCAGCTAATTAAGGAGAAAGAAACGACGACACCTTTGGAAGGAATCTAAG  1049
      |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||
seq2  TCAGCTAATT-AGGAGAAAGAAACGACGACCTCTTTGGAA-GAATCTAAG  1043

seq1  CTGCCATATAATTCCA-CTTTATTCTTGGGAAACCATGATGACTCTGACA  1098
      ||||||||||  |||| ||||||||||||   | ||||||||||||||| 
seq2  CTGCCATATA--TCCACCTTTATTCTTGG---AACATGATGACTCTGAC-  1087

seq1  TAGAAAGATCCAG-ATAAAACATGG  1122
      ||| | ||||||| |||||||||||
seq2  TAG-AGGATCCAGAATAAAACATGG  1111

seq1: chr6_147481782_147482795
seq2: B6Ng01-242L24.g_67_1086 (reverse)

seq1  ACGTGTCTTT--CTTCAGGGTAACACG-CAGTCT-CCATTGTGAGCCA-T  45
      ||||||||||   |||||||| ||||| |||||| || |||||||||| |
seq2  ACGTGTCTTTTCTTTCAGGGT-ACACGCCAGTCTCCCGTTGTGAGCCATT  49

seq1  CTTCAGAGTTTGTGGTAGGACCCCGCGGACAGAGCTACTGATGCCAATGT  95
      ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGTTTGTGGAAGACCCCCGCGGACAGAGCTACTGATGCCAATGT  99

seq1  GGAAT-AAAGGTCATTGCAGTTAGGCTGCTGTGTGTGTGAATGAGTTGAC  144
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAAAGGTCATTGCAGTTAGGCTGCTGTGTGTGTGAATGAGTTGAC  149

seq1  TATTGAAGATGACTCCTTACATTTC-AAACATATTAGATTCACTTGAACT  193
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAGATGACTCCTTACATTTCAAAACATATTAGATTCACTTGAACT  199

seq1  TTTGGAAGCATTTAAAAATAAACTAATATAAATATGTTTTTCCTCATTTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGCATTTAAAAATAAACTAATATAAATATGTTTTTCCTCATTTG  249

seq1  TATTTTTGTCTCTCTTGTCCTGGCCAATTAGCTGCTTCCACACCTCCTAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGTCTCTCTTGTCCTGGCCAATTAGCTGCTTCCACACCTCCTAA  299

seq1  TGTGAACCTTAATCACAGTATAACAAGGTTCATTATGAAAATAATAGCAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACCTTAATCACAGTATAACAAGGTTCATTATGAAAATAATAGCAA  349

seq1  AATTGTCTCACAGCATTGCTTTTGTGGAAATAATCCAGTAAGTGAAGTTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCTCACAGCATTGCTTTTGTGGAAATAATCCAGTAAGTGAAGTTT  399

seq1  GTCTTTATAATTGAAACTTTAACAAAATTATTACAAAAGAGGACATTCCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATAATTGAAACTTTAACAAAATTATTACAAAAGAGGACATTCCA  449

seq1  GGTTTCTACAGCAGTCCTCCCTTCTCCTTCGTGTTGCTATAATGAATAGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTACAGCAGTCCTCCCTTCTCCTTCGTGTTGCTATAATGAATAGT  499

seq1  TTAGCTGTTCAACTCTGTGCTAGTGAGTGGATGTGTCTTAAGTTGAATGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGTTCAACTCTGTGCTAGTGAGTGGATGTGTCTTAAGTTGAATGT  549

seq1  TTGCTCTGGTAGAAGCAAGCCTCTCTAGTAGACTCGGCCAATTTGTGTGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTGGTAGAAGCAAGCCTCTCTAGTAGACTCGGCCAATTTGTGTGT  599

seq1  TAGGATGTTAGAATGTGTTAGTCTTTAACACACATGGACGCATCTTGTAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGTTAGAATGTGTTAGTCTTTAACACACATGGACGCATCTTGTAT  649

seq1  GTGTAATTCAGAAACACTCCTTTTAGAGTGTTTTCACCCTCCCTGCTCTA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATTCAGAAACACTCCTTTTAGAGTGTTTTCACCCTCCCTGCTCTA  699

seq1  AGTGTTACACCCTCTCCTATCCACCTAACCTGTCTCTGTCTCGTCTTCTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTACACCCTCTCCTATCCACCTAACCTGTCTCTGTCTCGTCTTCTG  749

seq1  ACCTTTCCCTTGTGCTCTGTCTTCAGTATCCGGAGTGCGACTCTCACCAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCCTTGTGCTCTGTCTTCAGTATCCGGAGTGCGACTCTCACCAG  799

seq1  CTTCTCCGGAGCTTATCCTGGACCATGACCACTCATCTCCATCCACTGGC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCGGAGCTTATCCTGGACCATGACCACTCATCTCCATCCACTGGC  849

seq1  CACCTCCCTCCAGATGCTGTCATTTCCTCAGCAGATGATACGCATGCAGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCTCCAGATGCTGTCATTTCCTCAGCAGATGATACGCATGCAGA  899

seq1  TAGCAGCCTCATGAGTCAGACCATCTCCAAGGCTCAGGTGAGCACAGGCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCCTCATGAGTCAGACCATCTCCAAGGCTCAGGTGAGCACAGGCA  949

seq1  TGTCTCAGGAGGAGCACAGAGGCTGCATGCTGACTTAATTCATGCTCGAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGGAGGAGCACAGAGGCTGCATGCTGACTTAATTCATGCTCGAT  999

seq1  GACCTTTTAAAATAAGAATTC  1014
      |||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTTAAAATAAGAATTC  1020