BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242M08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,274,968 - 112,380,631
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmcd1, D630042P16Rik, LOC619975
Upstream geneGrm7, 1700054K19Rik
Downstream geneCav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242M08.bB6Ng01-242M08.g
ACCGA052327GA052328
length9151,072
definitionB6Ng01-242M08.b B6Ng01-242M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,274,968 - 112,275,886)(112,379,562 - 112,380,631)
sequence
gaattccttaaaagtacacatatctccttaggttttgcaaattcctggcc
tactgaaaagcgaaagctctagggaaagagagtaaaagagtatattgctg
tgccctcgaggggacttcagagaggagaagcctgaggaccagggtctcca
agtaggcagggctagagaagagcagtgacctcaagcccagagctgagagt
cactgggcatgggactgtgacacaacatagtcagactgggaaccacatgt
gggtactctgaagagcggtaagcattcttaatggctaagccatctctctc
cagtccctatagcagacttttacatatgcctccctatctaaacttggcaa
aatgtaaatatctgggagctgggctggcagtactttgtaaattaaaattg
gcatccaaaggaaagaccaaggtcagcaaacattgaatggtcagacagta
aacatttccggtattctgagccaacagctaaaatttacgacaccctgtga
gcattttatgtaacaaaagagaaaacaaatttccatgacatttctactca
tgcaattgaaatgtactcactgataagtggatattagcccagaaacttag
aatgcccaagatacaagatacaatttgcaaaacacatgaaactcaagaag
aacgaagaccaaaatgtggacactttgccccttcttagaattgggaacaa
aacacccatggaaggagttacagagtcaaagtttggagctgagatgaaag
gatggaccatctagagactgccatacccggggatccatcccataatcagt
ctccaaacgatgacaccattgcatacactagcaagattttgctgaaagga
cccagatatagctgtctctgtgagctaggctggggcctagcaacacagaa
gtgatgctcacagtc
gaattcaatacatccaactcatgagggacatttcatgttcaaattgtagc
agctatacaagcattcctttatttaaaagaagatcaaactgggcatttaa
ctgtcaaacctattatgtgttgtcacttatttgacagaaggctgaggtgt
tcagagggaacatgtcagggtggatgctaaggcagagggttgcggggcca
ctgctcagtcttcttagatggatccaggaggagcatttgggaagctgggg
acagcctttagagttagggcttaggcgtccttctctgtctgggcttctgt
tgatctatgacctctctaaagccatctaaagagcgaatgaggtcaaagga
gtccttgatatatatgcctagggaagcccgaggcttcaccataccggggc
tgctttgctgaaccatctcacagtgttgaatgactgggcagcctgctcac
attgtaggcccagctctgtgggctggcccgtgttctcaaaatccacacgc
taaagctctcagtgtgctgagactgggcaggagggcattgagattcaatg
aggcttatctaagaagagacacacatcattccccagccccctttgttact
gaacttggagtcacagtctgtatccccagaagccagattcaggtacctgt
tctctataaagcaattaaaatagacatagtgagactaaaaagcagtaaaa
taagagatttatttggtgtggacacactgagaagaggtacagggccgctg
acctcaagtccatctttggaggctggggggatatgcttatctgagtagtc
ctggtcaaggtgtggttctgcccaccatacactcatctttgtctgggatt
tagtctgacagggtatgggaccctgtgggatctttttctggatgacaagt
tcccctctgactgactccaggatttctctctttccttcttccagcaggag
actccagggaaaaattcattttcttggggatgcattgtttaaaagtctga
ataggtgagaggcacaagtgttctctttggaaatttcttcattccaagct
gagtaatgtgtgcacaccttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112274968_112275886
seq2: B6Ng01-242M08.b_49_963

seq1  GAATTCCTTAAAAGTACACATATCTCCTTAGGTTTTGCAAATTCCTGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAAAAGTACACATATCTCCTTAGGTTTTGCAAATTCCTGGCC  50

seq1  TACTGAAAAGCGAAAGCTCTAGGGAAAGAGAGTAAAAGAGTATATTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAAAGCGAAAGCTCTAGGGAAAGAGAGTAAAAGAGTATATTGCTG  100

seq1  TGCCCTCGAGGGGACTTCAGAGAGGAGAAGCCTGAGGACCAGGGTCTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCGAGGGGACTTCAGAGAGGAGAAGCCTGAGGACCAGGGTCTCCA  150

seq1  AGTAGGCAGGGCTAGAGAAGAGCAGTGACCTCAAGCCCAGAGCTGAGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCAGGGCTAGAGAAGAGCAGTGACCTCAAGCCCAGAGCTGAGAGT  200

seq1  CACTGGGCATGGGACTGTGACACAACATAGTCAGACTGGGAACCACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGCATGGGACTGTGACACAACATAGTCAGACTGGGAACCACATGT  250

seq1  GGGTACTCTGAAGAGCGGTAAGCATTCTTAATGGCTAAGCCATCTCTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTCTGAAGAGCGGTAAGCATTCTTAATGGCTAAGCCATCTCTCTC  300

seq1  CAGTCCCTATAGCAGACTTTTACATATGCCTCCCTATCTAAACTTGGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTATAGCAGACTTTTACATATGCCTCCCTATCTAAACTTGGCAA  350

seq1  AATGTAAATATCTGGGAGCTGGGCTGGCAGTACTTTGTAAATTAAAATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATATCTGGGAGCTGGGCTGGCAGTACTTTGTAAATTAAAATTG  400

seq1  GCATCCAAAGGAAAGACCAAGGTCAGCAAACATTGAATGGTCAGACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCAAAGGAAAGACCAAGGTCAGCAAACATTGAATGGTCAGACAGTA  450

seq1  AACATTTCCGGTATTCTGAGCCAACAGCTAAAATTTACGACACCCTGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTCCGGTATTCTGAGCCAACAGCTAAAATTTACGACACCCTGTGA  500

seq1  GCATTTTATGTAACAAAAGAGAAAACAAATTTCCATGACATTTCTACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTATGTAACAAAAGAGAAAACAAATTTCCATGACATTTCTACTCA  550

seq1  TGCAATTGAAATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTGAAATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAG  600

seq1  AATGCCCAAGATACAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCAAGATACAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAG  650

seq1  AACGAAGACCAAAATGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAAGACCAAAATGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAA  700

seq1  AACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGTCAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGTCAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAG  750

seq1  GATGGACCATCTAGAGACTGCCATACCCGGGGATCCATCCCATAATCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACCATCTAGAGACTGCCATACCCGGGGATCCATCCCATAATCAGT  800

seq1  CTCCAAACGATGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAACGATGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGA  850

seq1  CCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGGCTAGGCTGGGGCCTAGCAAACACA  900
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCAGATATAGCTGTCTC-TGTGA-GCTAGGCTGGGGCCTAGC-AACACA  897

seq1  GAAGTGGATGCTCACAGTC  919
      ||||| |||||||||||||
seq2  GAAGT-GATGCTCACAGTC  915

seq1: chr6_112379562_112380631
seq2: B6Ng01-242M08.g_67_1138 (reverse)

seq1  TGAAGGTGTGCCACACCATACTCAGCTTGGGAATGAAGAAA-TTCCAAAG  49
      |||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TGAAGGTGTG-CACACATTACTCAGCTT-GGAATGAAGAAATTTCCAAAG  48

seq1  AG-ACACTTGTGCCTCTCACCTA-TCAGACTTTTAAAACAATGCAT-CCC  96
      || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGAACACTTGTGCCTCTCACCTATTCAGACTTTT-AAACAATGCATCCCC  97

seq1  AAGAAAATGAATTTTTCCCTGGAGTCTCCTGCTGGAAGAAGGAAAGAGAG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGAATTTTTCCCTGGAGTCTCCTGCTGGAAGAAGGAAAGAGAG  147

seq1  AAATCCTGGAGTCAGTCAGAGGGGAACTTGTCATCCAGAAAAAGATCCCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTGGAGTCAGTCAGAGGGGAACTTGTCATCCAGAAAAAGATCCCA  197

seq1  CAGGGTCCCATACCCTGTCAGACTAAATCCCAGACAAAGATGAGTGTATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCCCATACCCTGTCAGACTAAATCCCAGACAAAGATGAGTGTATG  247

seq1  GTGGGCAGAACCACACCTTGACCAGGACTACTCAGATAAGCATATCCCCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCAGAACCACACCTTGACCAGGACTACTCAGATAAGCATATCCCCC  297

seq1  CAGCCTCCAAAGATGGACTTGAGGTCAGCGGCCCTGTACCTCTTCTCAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCCAAAGATGGACTTGAGGTCAGCGGCCCTGTACCTCTTCTCAGT  347

seq1  GTGTCCACACCAAATAAATCTCTTATTTTACTGCTTTTTAGTCTCACTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCACACCAAATAAATCTCTTATTTTACTGCTTTTTAGTCTCACTAT  397

seq1  GTCTATTTTAATTGCTTTATAGAGAACAGGTACCTGAATCTGGCTTCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTTTAATTGCTTTATAGAGAACAGGTACCTGAATCTGGCTTCTGG  447

seq1  GGATACAGACTGTGACTCCAAGTTCAGTAACAAAGGGGGCTGGGGAATGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACAGACTGTGACTCCAAGTTCAGTAACAAAGGGGGCTGGGGAATGA  497

seq1  TGTGTGTCTCTTCTTAGATAAGCCTCATTGAATCTCAATGCCCTCCTGCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTCTTCTTAGATAAGCCTCATTGAATCTCAATGCCCTCCTGCC  547

seq1  CAGTCTCAGCACACTGAGAGCTTTAGCGTGTGGATTTTGAGAACACGGGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCAGCACACTGAGAGCTTTAGCGTGTGGATTTTGAGAACACGGGC  597

seq1  CAGCCCACAGAGCTGGGCCTACAATGTGAGCAGGCTGCCCAGTCATTCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCACAGAGCTGGGCCTACAATGTGAGCAGGCTGCCCAGTCATTCAA  647

seq1  CACTGTGAGATGGTTCAGCAAAGCAGCCCCGGTATGGTGAAGCCTCGGGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAGATGGTTCAGCAAAGCAGCCCCGGTATGGTGAAGCCTCGGGC  697

seq1  TTCCCTAGGCATATATATCAAGGACTCCTTTGACCTCATTCGCTCTTTAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAGGCATATATATCAAGGACTCCTTTGACCTCATTCGCTCTTTAG  747

seq1  ATGGCTTTAGAGAGGTCATAGATCAACAGAAGCCCAGACAGAGAAGGACG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTTAGAGAGGTCATAGATCAACAGAAGCCCAGACAGAGAAGGACG  797

seq1  CCTAAGCCCTAACTCTAAAGGCTGTCCCCAGCTTCCCAAATGCTCCTCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCCCTAACTCTAAAGGCTGTCCCCAGCTTCCCAAATGCTCCTCCT  847

seq1  GGATCCATCTAAGAAGACTGAGCAGTGGCCCCGCAACCCTCTGCCTTAGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCATCTAAGAAGACTGAGCAGTGGCCCCGCAACCCTCTGCCTTAGC  897

seq1  ATCCACCCTGACATGTTCCCTCTGAACACCTCAGCCTTCTGTCAAATAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCCTGACATGTTCCCTCTGAACACCTCAGCCTTCTGTCAAATAAG  947

seq1  TGACAACACATAATAGGTTTGACAGTTAAATGCCCAGTTTGATCTTCTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACACATAATAGGTTTGACAGTTAAATGCCCAGTTTGATCTTCTTT  997

seq1  TAAATAAAGGAATGCTTGTATAGCTGCTACAATTTGAACATGAAATGTCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAGGAATGCTTGTATAGCTGCTACAATTTGAACATGAAATGTCC  1047

seq1  CTCATGAGTT-CATGTATTGAATTC  1070
      ||||||||||  |||||||||||||
seq2  CTCATGAGTTGGATGTATTGAATTC  1072