BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245C18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 90,677,206 - 90,849,979
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043646
Upstream geneV1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1, LOC625050, V1ra7, V1ra8, V1rb3, LOC100043191, V1r-ps5, V1ra9, BC048671, Chst13, Uroc1, Zxdc, Ccdc37, Klf15, Aldh1l1, Slc41a3, Iqsec1
Downstream geneEG665685, Nup210, Hdac11, Fbln2, LOC665716, Wnt7a, LOC100043659, LOC625420, Chchd4, Tmem43, Xpc, Lsm3, Slc6a6, Grip2, C130022K22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245C18.bB6Ng01-245C18.g
ACCGA054124GA054125
length1,1851,118
definitionB6Ng01-245C18.b B6Ng01-245C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,677,206 - 90,678,376)(90,848,854 - 90,849,979)
sequence
gaattctccatgtcctctttatgctcaagacgtcagtgcccagaagaacc
aggaaccaactctggacagtaacctccaaccactgactatgaggtggcag
cctcatcagaacctggagctcaccacaaggatacgcctgggacgtaagac
ttcagacctgctctcacccttcctagtgtctgcatctgatctcaggtagc
ctgcagaatctcctacacatacagagatgctgagactccaggccagcagc
tgccaccgggggtggctctgagtcaaaatggcctggtgtggctgagctgc
acttggggcttcatcacagaccctggattactctggtctatgggaacttg
gtacagacagagtcaatgacctgtgattggctgagcactatctatctggc
tgcgattcccaccatccctgttggtcccacattgaaacaactttcagctg
tcctttccctatcaagtactcttacatttttaatttttttcaatataggc
aagtgatactcaaacttctgtcttaagctcttttttcatactgattttgc
ccaggctagcctcaaactcacaacaatcctattgtggcaacctctcaggt
gttaggattataggcttgtagcaccgtgcccatctttactgaggatctgc
aaattgttcacgagggctatcaatacttaccataccaaaaattaggagac
attctttcttttagcataaagacaacaatgccattccattaaccaacatg
gcacataacctccagaaaattccactgagagaaagtgaggtgaaacagac
tgacagcagctgttattaaaattatctgaactcttgggaaaatacttcag
aaacatggctggcaaggaatgtcctcagccttaacgatgtccatatggcc
ttcccatgcctaggcccccactgacacttaggtccaaccttgtccttaaa
ggggtgagagtactctgggtctaaaggcagaatcagtgagaatcccccac
tcattctagcccacccccaccccacagcacaatctgaggcctctgacatg
cagtgccatgagccccctgcaagtgccttaaggaaccttagaattcagcc
aaatgttgctccagccttgccaagaaggcagttgctgggtgcctggaccc
agaataccctatgcctgcagctgaggagttaagtc
gaattcaccctctctggggcttggcatgaagatggaaggtagggcattgc
ttcacttctagagccccaagtagagtcagttaggagaagggtcctggcat
gaataagctattcctaaaagccttgatctagagagcataggacagtggcc
atttgggtcttacctcagcttcatatagacttgatacaataaagtcacta
aatagcttaatcacacttagaacctgcttggaacatcaggccctattggt
gttactcaaggctatgcaaccttaactgttttcctaggaccctctgaacc
tcggtgtattcatctgtaaagagggcagccagatccctgctaggttagga
tactgatgcttaccttatcttggcactctcagaaccacagtttcctcatt
gtaagatggggctcaacctaatatcttctgaagctgtggggccagcagag
cctgtggtgtacagcatctggaagccattgaacatggcagctagcatggt
tatggggttgttggccatgctccagcacatggatcctaggctaggttcca
actcactatgtaactaaaaatgatcatcaacttctggtcctcttgtctcc
tcccaagtactgaggttataggcattcaccacctcacccagttttatgcg
gtaatgaggataaaacacaaggctttgtgtatactaggcaaacactctgc
caaataatccacaaatccagccctcaaactgggttcctgagtcacatctg
cagatgtgacagagggctgtgtagatggtaaatgttagctgctggcagac
tatggaagttcatttgtgccagaaactcagcacactggctaagtcataga
ccatgtgggtaccacttaccagtgtcctcaacttttggtctgttgcccca
gagagtgggcataaagatggttgtgaacacctaagaatctgaccttttaa
aaaagtctcatttatgtgtaggaacacacatttccatgatgatgatggga
aactgtggattcatttgtatagggggcactgtgtcatatgaatgcagact
tctgcaagggtggcctcacacaggaagcgatcccaggctcccagagcagt
gtctttggtgtcttgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_90677206_90678376
seq2: B6Ng01-245C18.b_46_1230

seq1  GAATTCTCCATGTCCTCTTTATGCTCAAGACGTCAG-GCCCAGAAGAACC  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGTCCTCTTTATGCTCAAGACGTCAGTGCCCAGAAGAACC  50

seq1  AGGAACCAACTCTGGACAGTAACCTCCAACCACTGACTATGAGGTGGCAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCAACTCTGGACAGTAACCTCCAACCACTGACTATGAGGTGGCAG  100

seq1  CCTCATCAGAACCTGGAGCTCACCACAAGGATACGCCTGGGACGTAAGAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCAGAACCTGGAGCTCACCACAAGGATACGCCTGGGACGTAAGAC  150

seq1  TTCAGACCTGCTCTCACCCTTCCTAGTGTCTGCATCTGATCTCAGGTAGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACCTGCTCTCACCCTTCCTAGTGTCTGCATCTGATCTCAGGTAGC  200

seq1  CTGCAGAATCTCCTACACATACAGAGATGCTGAGACTCCAGGCCAGCAGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAATCTCCTACACATACAGAGATGCTGAGACTCCAGGCCAGCAGC  250

seq1  TGCCACCGGGGGTGGCTCTGAGTCAAAATGGCCTGGTGTGGCTGAGCTGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCGGGGGTGGCTCTGAGTCAAAATGGCCTGGTGTGGCTGAGCTGC  300

seq1  ACTTGGGGCTTCATCACAGACCCTGGATTACTCTGGTCTATGGGAACTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGCTTCATCACAGACCCTGGATTACTCTGGTCTATGGGAACTTG  350

seq1  GTACAGACAGAGTCAATGACCTGTGATTGGCTGAGCACTATCTATCTGGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGACAGAGTCAATGACCTGTGATTGGCTGAGCACTATCTATCTGGC  400

seq1  TGCGATTCCCACCATCCCTGTTGGTCCCACATTGAAACAACTTTCAGCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGATTCCCACCATCCCTGTTGGTCCCACATTGAAACAACTTTCAGCTG  450

seq1  TCCTTTCCCTATCAAGTACTCTTACATTTTTAATTTTTTTCAATATAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCCTATCAAGTACTCTTACATTTTTAATTTTTTTCAATATAGGC  500

seq1  AAGTGATACTCAAACTTCTGTCTTAAGCTCTTTTTTCATACTGATTTTGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATACTCAAACTTCTGTCTTAAGCTCTTTTTTCATACTGATTTTGC  550

seq1  CCAGGCTAGCCTCAAACTCACAACAATCCTATTGTGGCAACCTCTCAGGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTAGCCTCAAACTCACAACAATCCTATTGTGGCAACCTCTCAGGT  600

seq1  GTTAGGATTATAGGCTTGTAGCACCGTGCCCATCTTTACTGAGGATCTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGATTATAGGCTTGTAGCACCGTGCCCATCTTTACTGAGGATCTGC  650

seq1  AAATTGTTCACGAGGGCTATCAATACTTACCATACCAAAAATTAGGAGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTCACGAGGGCTATCAATACTTACCATACCAAAAATTAGGAGAC  700

seq1  ATTCTTTCTTTTAGCATAAAGACAACAATGCCATTCCATTAACCAACATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCTTTTAGCATAAAGACAACAATGCCATTCCATTAACCAACATG  750

seq1  GCACATAACCTCCAGAAAATTCCACTGAGAGAAAGTGAGGTGAAACAGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAACCTCCAGAAAATTCCACTGAGAGAAAGTGAGGTGAAACAGAC  800

seq1  TGACAGCAGCTGTTATTAAAATTATCTGAACTCTTGGGAAAATACTTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCAGCTGTTATTAAAATTATCTGAACTCTTGGGAAAATACTTCAG  850

seq1  AAACATGGCTGGCAAGGAATGTCCTCAGCCTTAACGATGTCCATATGGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGCTGGCAAGGAATGTCCTCAGCCTTAACGATGTCCATATGGCC  900

seq1  TTACCCATGCCTAGGCCCCCACTGACACTTAGGTCCAACCTTGT-CTTAA  948
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TT-CCCATGCCTAGGCCCCCACTGACACTTAGGTCCAACCTTGTCCTTAA  949

seq1  AGGGGTGAGAGTACTCTGGGTCTAAAGGCAGAATCAGTGGAGAATCCCCC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGGGTGAGAGTACTCTGGGTCTAAAGGCAGAATCAGT-GAGAATCCCCC  998

seq1  ACTCA-TCTAGCCCACCCC--ACCCACAGCACAATCTGAGG-CTCTGACA  1044
      ||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTCATTCTAGCCCACCCCCACCCCACAGCACAATCTGAGGCCTCTGACA  1048

seq1  TGCAGTG-CATGAGCCCCTGCCAGGTGCCTT-AGGAACCTAAG-ATTCAG  1091
      ||||||| ||||||||||   || ||||||| |||||||| || ||||||
seq2  TGCAGTGCCATGAGCCCCCTGCAAGTGCCTTAAGGAACCTTAGAATTCAG  1098

seq1  CCCAAATG-TGCT-CAG-CTTG-CAAG-AGGCAG-TGCTGGGGTGCTGGA  1135
       ||||||| |||| ||| |||| |||| |||||| |||||||   |||||
seq2  -CCAAATGTTGCTCCAGCCTTGCCAAGAAGGCAGTTGCTGGGTGCCTGGA  1147

seq1  -CCAG-ATACCTTAATGCTGCAGCTGAGGAGGTAAGTC  1171
       |||| ||||| ||   |||||||||||||| ||||||
seq2  CCCAGAATACCCTATGCCTGCAGCTGAGGAGTTAAGTC  1185

seq1: chr6_90848854_90849979
seq2: B6Ng01-245C18.g_67_1184 (reverse)

seq1  TGACAAGAACACCAAAGACCACTGCCTCCTGGGAGCCTGGGGATTCGCCT  50
      ||||||| |||||||||| ||||||   |||||||||||||   ||| ||
seq2  TGACAAG-ACACCAAAGA-CACTGC--TCTGGGAGCCTGGG--ATCG-CT  43

seq1  TCCTGTGTG-GGC--ACCTTGCAGAAGTCTTGGCATTTCATATGAACACA  97
      ||||||||| |||   ||||||||||||||  ||| |||||||| |||||
seq2  TCCTGTGTGAGGCCACCCTTGCAGAAGTCT--GCA-TTCATATG-ACACA  89

seq1  GTGCCCCCTATACAAATGAATCCACAGTTT-CCATCATCATCATGGAAAA  146
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  GTGCCCCCTATACAAATGAATCCACAGTTTCCCATCATCATCATGG-AAA  138

seq1  TGTGTGTTCCTACACATAAATGAGACTTTTTTAAAAGGTCAGATTCTTAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTCCTACACATAAATGAGACTTTTTTAAAAGGTCAGATTCTTAG  188

seq1  GTGTTCACAACCATCTTTATGCCCACTCTCTGGGGCAACAGACCAAAAGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCACAACCATCTTTATGCCCACTCTCTGGGGCAACAGACCAAAAGT  238

seq1  TGAGGACACTGGTAAGTGGTACCCACATGGTCTATGACTTAGCCAGTGTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACACTGGTAAGTGGTACCCACATGGTCTATGACTTAGCCAGTGTG  288

seq1  CTGAGTTTCTGGCACAAATGAACTTCCATAGTCTGCCAGCAGCTAACATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTCTGGCACAAATGAACTTCCATAGTCTGCCAGCAGCTAACATT  338

seq1  TACCATCTACACAGCCCTCTGTCACATCTGCAGATGTGACTCAGGAACCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCTACACAGCCCTCTGTCACATCTGCAGATGTGACTCAGGAACCC  388

seq1  AGTTTGAGGGCTGGATTTGTGGATTATTTGGCAGAGTGTTTGCCTAGTAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAGGGCTGGATTTGTGGATTATTTGGCAGAGTGTTTGCCTAGTAT  438

seq1  ACACAAAGCCTTGTGTTTTATCCTCATTACCGCATAAAACTGGGTGAGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGCCTTGTGTTTTATCCTCATTACCGCATAAAACTGGGTGAGGT  488

seq1  GGTGAATGCCTATAACCTCAGTACTTGGGAGGAGACAAGAGGACCAGAAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATGCCTATAACCTCAGTACTTGGGAGGAGACAAGAGGACCAGAAG  538

seq1  TTGATGATCATTTTTAGTTACATAGTGAGTTGGAACCTAGCCTAGGATCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGATCATTTTTAGTTACATAGTGAGTTGGAACCTAGCCTAGGATCC  588

seq1  ATGTGCTGGAGCATGGCCAACAACCCCATAACCATGCTAGCTGCCATGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGGAGCATGGCCAACAACCCCATAACCATGCTAGCTGCCATGTT  638

seq1  CAATGGCTTCCAGATGCTGTACACCACAGGCTCTGCTGGCCCCACAGCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCTTCCAGATGCTGTACACCACAGGCTCTGCTGGCCCCACAGCTT  688

seq1  CAGAAGATATTAGGTTGAGCCCCATCTTACAATGAGGAAACTGTGGTTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATATTAGGTTGAGCCCCATCTTACAATGAGGAAACTGTGGTTCT  738

seq1  GAGAGTGCCAAGATAAGGTAAGCATCAGTATCCTAACCTAGCAGGGATCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGCCAAGATAAGGTAAGCATCAGTATCCTAACCTAGCAGGGATCT  788

seq1  GGCTGCCCTCTTTACAGATGAATACACCGAGGTTCAGAGGGTCCTAGGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCCTCTTTACAGATGAATACACCGAGGTTCAGAGGGTCCTAGGAA  838

seq1  AACAGTTAAGGTTGCATAGCCTTGAGTAACACCAATAGGGCCTGATGTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTAAGGTTGCATAGCCTTGAGTAACACCAATAGGGCCTGATGTTC  888

seq1  CAAGCAGGTTCTAAGTGTGATTAAGCTATTTAGTGACTTTATTGTATCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGGTTCTAAGTGTGATTAAGCTATTTAGTGACTTTATTGTATCAA  938

seq1  GTCTATATGAAGCTGAGGTAAGACCCAAATGGCCACTGTCCTATGCTCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATATGAAGCTGAGGTAAGACCCAAATGGCCACTGTCCTATGCTCTC  988

seq1  TAGATCAAGGCTTTTAGGAATAGCTTATTCATGCCAGGACCCTTCTCCTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAAGGCTTTTAGGAATAGCTTATTCATGCCAGGACCCTTCTCCTA  1038

seq1  ACTGACTCTACTTGGGGCTCTAGAAGTGAAGCAATGCCCTACCTTCCATC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTCTACTTGGGGCTCTAGAAGTGAAGCAATGCCCTACCTTCCATC  1088

seq1  TTCATGCCAAGCCCCAGAGAGGGTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCCAAGCCCCAGAGAGGGTGAATTC  1118