BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246B08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 113,695,686 - 113,832,079
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp2b2
Upstream geneSrgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh, Irak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13
Downstream geneSlc6a11, LOC666491, Slc6a1, Hrh1, Atg7, Vgll4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246B08.bB6Ng01-246B08.g
ACCGA054800GA054801
length675968
definitionB6Ng01-246B08.b B6Ng01-246B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,695,686 - 113,696,360)(113,831,123 - 113,832,079)
sequence
gaattctttatttacaattattgtctagataaaaaaattcataaaaacag
atgaatggtcataaattattgaccccctaatggggtgaactgccaaacgt
atcccatgctgctagatataggacgcagaagtgcaagcttgtgtattaca
gtgagttctgacaaaccaaccatctcctgtgtaggtgtgtgtgtgtatgg
aagagtgtgagagtgaggggctggggcataggctatctctcattcctgac
accgggaagccagcactaatgtcaggcctccttgctagtttcctctgctc
ctgtctgagaacctggctctgctcagagaaccccttcctctttgccctgg
aggcctggttccaaagcccgaggaccccggtttgttaagagcaagaaccc
tggtggcatggaatgaggtcatagatgcatggttgaatgaaggagggcag
gatgaaaaatgtgacaaaggactccccaccaaaagtcccaaaccaatcaa
acaacaacagcagcagcagcaacaacaacaacaacaacaacaaaaccaaa
ccaaaaacctatcctgttccaaggcagccccgggtttccttccctccctt
ggaggggtactatggactggctctggtggtgtctgtactggaatccagtg
agtacatctagggctggtccacctg
gaattcaggcccagtgcagagacctaaaagagtgagcgctgtccatggta
ccagtcacggaactcagggccctggtccaggcagaccaaagagagaaaaa
gggataagataacgccttctccaggactcaggcaaagttgggctgtacac
ccaagtgtacagttggccgagtacacccaagaaccaaaaggagccctgac
ctttgtccgttccccaccaaagtccagctttggggatgggtactttattg
tgtaagcatcagcctgccgctgctgagggaatcccagcatgaacacagac
aagtagtgtcttctgcgtgggtgactgttccaagactgtgaccgctgtga
gggagtgtctgagggtgaggagatggctgtgcccagcccagcccatgcct
cacagctactaacctgtcaccacggctcccagcatgtgtccttgctttac
aggttcccagtgaggtttcagaacttgcccccaccctgtggcaggaaggt
ggtagaacatagatgggtgctaggcagctactgtgccctgtggacggcac
tgtgctgtttatgggggcttcagagggcagctgggcatcatcagagaggg
ctttctctgccagtaccgatggaggatccagcataggacgaggcttagtg
catactctgagtccaagggtctaggctgggtttctccaatacttccctac
tgtgtgaccttgagcaggccactcaagtctctctgtatctcaacatcctc
actttttggaaagaatggggggtaaattaaaagtactgattgctcttcat
atgggaaacagcctaagaacagtgccttggcagagcccaattcctccact
aagtcatagccgttttagctgtttccttatagtgatggggtcggaataac
gggggagtagaccctaatccctccccctgaatcattcccctgcctccttg
acgcccctccataccata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_113695686_113696360
seq2: B6Ng01-246B08.b_46_720

seq1  GAATTCTTTATTTACAATTATTGTCTAGATAAAAAAATTCATAAAAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTTACAATTATTGTCTAGATAAAAAAATTCATAAAAACAG  50

seq1  ATGAATGGTCATAAATTATTGACCCCCTAATGGGGTGAACTGCCAAACGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGGTCATAAATTATTGACCCCCTAATGGGGTGAACTGCCAAACGT  100

seq1  ATCCCATGCTGCTAGATATAGGACGCAGAAGTGCAAGCTTGTGTATTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATGCTGCTAGATATAGGACGCAGAAGTGCAAGCTTGTGTATTACA  150

seq1  GTGAGTTCTGACAAACCAACCATCTCCTGTGTAGGTGTGTGTGTGTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTCTGACAAACCAACCATCTCCTGTGTAGGTGTGTGTGTGTATGG  200

seq1  AAGAGTGTGAGAGTGAGGGGCTGGGGCATAGGCTATCTCTCATTCCTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTGAGAGTGAGGGGCTGGGGCATAGGCTATCTCTCATTCCTGAC  250

seq1  ACCGGGAAGCCAGCACTAATGTCAGGCCTCCTTGCTAGTTTCCTCTGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGAAGCCAGCACTAATGTCAGGCCTCCTTGCTAGTTTCCTCTGCTC  300

seq1  CTGTCTGAGAACCTGGCTCTGCTCAGAGAACCCCTTCCTCTTTGCCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGAGAACCTGGCTCTGCTCAGAGAACCCCTTCCTCTTTGCCCTGG  350

seq1  AGGCCTGGTTCCAAAGCCCGAGGACCCCGGTTTGTTAAGAGCAAGAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGGTTCCAAAGCCCGAGGACCCCGGTTTGTTAAGAGCAAGAACCC  400

seq1  TGGTGGCATGGAATGAGGTCATAGATGCATGGTTGAATGAAGGAGGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCATGGAATGAGGTCATAGATGCATGGTTGAATGAAGGAGGGCAG  450

seq1  GATGAAAAATGTGACAAAGGACTCCCCACCAAAAGTCCCAAACCAATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAATGTGACAAAGGACTCCCCACCAAAAGTCCCAAACCAATCAA  500

seq1  ACAACAACAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACAACAACAACAAAACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACAACAACAACAAAACCAAA  550

seq1  CCAAAAACCTATCCTGTTCCAAGGCAGCCCCGGGTTTCCTTCCCTCCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAACCTATCCTGTTCCAAGGCAGCCCCGGGTTTCCTTCCCTCCCTT  600

seq1  GGAGGGGTACTATGGACTGGCTCTGGTGGTGTCTGTACTGGAATCCAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGTACTATGGACTGGCTCTGGTGGTGTCTGTACTGGAATCCAGTG  650

seq1  AGTACATCTAGGGCTGGTCCACCTG  675
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATCTAGGGCTGGTCCACCTG  675

seq1: chr6_113831123_113832079
seq2: B6Ng01-246B08.g_65_1031 (reverse)

seq1  ATGGTATGGGGGGCTGTCAAGGAGGCTGGGGAAAGATTCAGGGGGGAGGG  50
      ||||||||| |||  ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||
seq2  ATGGTATGGAGGGGCGTCAAGGAGGCAGGGGAATGATTCA-GGGGGAGGG  49

seq1  ATTAGGGTCTTGCTCCCCCGTTATTCCGA-CCCATCACTAATAAGG-AAC  98
      ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||
seq2  ATTAGGGTC-TACTCCCCCGTTATTCCGACCCCATCACT-ATAAGGAAAC  97

seq1  AGCT-AAACGGCTATGACTTGGTGGAGGA--TTGGCTCTGCC-AGGCACT  144
      |||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||
seq2  AGCTAAAACGGCTATGACTTAGTGGAGGAATTGGGCTCTGCCAAGGCACT  147

seq1  GTTC-TAGGCTGTTTCCCATATGA--GGCAATCAGTACTTTT-ATTTA-C  189
      |||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||| |
seq2  GTTCTTAGGCTGTTTCCCATATGAAGAGCAATCAGTACTTTTAATTTACC  197

seq1  CCCCATTCTTTCC-AAAAGTGAGGATGTTGAGATACAGAGAGACTTGAGT  238
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTCTTTCCAAAAAGTGAGGATGTTGAGATACAGAGAGACTTGAGT  247

seq1  GGCCTGCTCAAGGTCACACAGTAAGGAAGTATTGGAG-AACCCAGCCTAG  287
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGCCTGCTCAAGGTCACACAGTAGGGAAGTATTGGAGAAACCCAGCCTAG  297

seq1  ACCCTTGGACTCAGAGTATGCACTAAGCCTCGTCCTATGCTGGATCCTCC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGGACTCAGAGTATGCACTAAGCCTCGTCCTATGCTGGATCCTCC  347

seq1  ATCGGTACTGGCAGAGAAAGCCCTCTCTGATGATGCCCAGCTGCCCTCTG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGTACTGGCAGAGAAAGCCCTCTCTGATGATGCCCAGCTGCCCTCTG  397

seq1  AAGCCCCCATAAACAGCACAGTGCCGTCCACAGGGCACAGTAGCTGCCTA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCCATAAACAGCACAGTGCCGTCCACAGGGCACAGTAGCTGCCTA  447

seq1  GCACCCATCTATGTTCTACCACCTTCCTGCCACAGGGTGGGGGCAAGTTC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCATCTATGTTCTACCACCTTCCTGCCACAGGGTGGGGGCAAGTTC  497

seq1  TGAAACCTCACTGGGAACCTGTAAAGCAAGGACACATGCTGGGAGCCGTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCTCACTGGGAACCTGTAAAGCAAGGACACATGCTGGGAGCCGTG  547

seq1  GTGACAGGTTAGTAGCTGTGAGGCATGGGCTGGGCTGGGCACAGCCATCT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGGTTAGTAGCTGTGAGGCATGGGCTGGGCTGGGCACAGCCATCT  597

seq1  CCTCACCCTCAGACACTCCCTCACAGCGGTCACAGTCTTGGAACAGTCAC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCTCAGACACTCCCTCACAGCGGTCACAGTCTTGGAACAGTCAC  647

seq1  CCACGCAGAAGACACTACTTGTCTGTGTTCATGCTGGGATTCCCTCAGCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGCAGAAGACACTACTTGTCTGTGTTCATGCTGGGATTCCCTCAGCA  697

seq1  GCGGCAGGCTGATGCTTACACAATAAAGTACCCATCCCCAAAGCTGGACT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCAGGCTGATGCTTACACAATAAAGTACCCATCCCCAAAGCTGGACT  747

seq1  TTGGTGGGGAACGGACAAAGGTCAGGGCTCCTTTTGGTTCTTGGGTGTAC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGGGAACGGACAAAGGTCAGGGCTCCTTTTGGTTCTTGGGTGTAC  797

seq1  TCGGCCAACTGTACACTTGGGTGTACAGCCCAACTTTGCCTGAGTCCTGG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCAACTGTACACTTGGGTGTACAGCCCAACTTTGCCTGAGTCCTGG  847

seq1  AGAAGGCGTTATCTTATCCCTTTTTCTCTCTTTGGTCTGCCTGGACCAGG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCGTTATCTTATCCCTTTTTCTCTCTTTGGTCTGCCTGGACCAGG  897

seq1  GCCCTGAGTTCCGTGACTGGTACCATGGACAGCGCTCACTCTTTTAGGTC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAGTTCCGTGACTGGTACCATGGACAGCGCTCACTCTTTTAGGTC  947

seq1  TCTGCACTGGGCCTGAATTC  957
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACTGGGCCTGAATTC  967