BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255J23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 30,173,660 - 30,327,019
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUbe2h, Zc3hc1
Upstream gene2310016C08Rik, AI507611, BC048651, Calu, Opn1sw, 4921511K06Rik, Flnc, Atp6v1f, EG668210, Crim2, Irf5, Tnpo3, Tspan33, Smo, 4631427C17Rik, D330017J20Rik, 1700023L04Rik, 1700080G18Rik, Nrf1
Downstream gene2410127E18Rik, 2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5, Cpa1, Tsga14, Mest, Copg2, Copg2, Tsga13, Klf14, LOC100038973, AB041803
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255J23.bB6Ng01-255J23.g
ACCGA061786GA061787
length1,1021,090
definitionB6Ng01-255J23.b B6Ng01-255J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,173,660 - 30,174,768)(30,325,929 - 30,327,019)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctagcctcgaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccaagtgctgggatataaggcgtgtgccaccacgcccagcta
taaataaatcttaaaaaaaataaaaagatataatgaagttcaattattca
agacaagggcagaaacatatacaagccagttataaatgactgagacagat
aggcaagctactcttctagtagggatgtgattccatcctcagtgcctgtt
tataagtgggcctcagcactcttcctacttcaaccacctgtcataacaac
agtctcttctctagagggagcactgaagtaagcactcctccctctttatc
cccttgttcttactggatttgggctgctgttagaatgactaagtactgtt
actggtggatgcctagcctgtgaacccctagggaatgagtatatggaaac
attgtggccatcacaacaggtgggatgctactgatatctactgggtgcta
gatgctattaataccagagatgctattaaatgttatataggggctgggag
atggctcagagatttagagtgttggctgttcttccagataaccagggttc
aattcccagcacacccatggcagctcatgactatctgttaacttcagttc
tgggggaaccaacacccccccccatatatataagccaaacatcaaatgaa
cattaaaaaaaaaaaaaggatgcacctccaataaagaattatcaagacca
aaatgatatttgttgcaagcctgagaaatcccacattagacataaaaaag
atcaatctaaacttttcacagaagactggagtaaatactttagagtttac
agccaacaaaggtgtcagttcagtagagctctgtggctgtggctccaagt
agccaaagataaacaccacaaatgaccatgactatgctccagtaaagctg
tccacaccaagtgcctgcacagagagatgcagcccagtggcagacctctg
acctagcaagcacagccctacatcattcccagcactgtaaacaagaaacc
ttcagactgtagttcttctgctcccctcacctccctgaatatcctagact
tg
gaattcactggccctgggtatttggctagctttctagtagcaggcatgat
ttccttcttgttgagcaggccttgaatacagttagtgggctgttgatggt
ccgcaaggctgtgtgctgctgtcctgctctcaggattatggtccatgcag
ccattgctgtggttcacaggcgtcacagctgagtagggctgatcgactgc
ttccttcctttggaagcttgtgtggcacatcaaggggaggcatttaagtc
agatgtagcttgtatctctgggtcccgggtctgaagtacatggtgtcttc
agcaataggaatttaccttctacttcaacaactcagtcaactttctacaa
cttgataaattgctataaaatactgtttctttagaatttttgtctggtga
atcaaaccttcagtatttgttttaaatctttctctgacttaactgtttca
aacacacacagaagcataaagaatagttcataattaaatgctgttcacct
gtcaacaacttcaataactatcaatttttagcccatctttttttcccctc
gtaaggctgggaatggaaaccaggtctttgcctatgaggggagagctaca
ctcttctccaccctccccctgagacagggtttctctgggattgcactctt
cacccctacttctagacagtcttgtttctgcggggcggtgcggtgtttag
aagctcacacccccactcgtttcccttcccagaaggcatcattgccaaga
gcttcttggttaggagtggaactttgtatctacttcttagagctgggttt
tgtctggtttgaacctgttcaggtctctgtgagttcatatgtaaaacaat
gttatcttaataccttcaactgtccattgtacatatctctacttgctcta
ttctgttctgtatttcttcctcccatctgactgccagtttatttttccca
cagatagatttgggatgttgccattgggtgagcctgctgttctcatcagt
gagttcttggaccggattcaagccttttgccatttgacttcaacttcctt
tctctgagccaaggacttgaaaactatggggtgagtgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_30173660_30174768
seq2: B6Ng01-255J23.b_44_1145

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTAGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTAGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATATAAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATATAAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGCTA  100

seq1  TAAATAAATCTTAAAAAAAATAAAAAGATATAATGAAGTTCAATTATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATCTTAAAAAAAATAAAAAGATATAATGAAGTTCAATTATTCA  150

seq1  AGACAAGGGCAGAAACATATACAAGCCAGTTATAAATGACTGAGACAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGGGCAGAAACATATACAAGCCAGTTATAAATGACTGAGACAGAT  200

seq1  AGGCAAGCTACTCTTCTAGTAGGGATGTGATTCCATCCTCAGTGCCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCTACTCTTCTAGTAGGGATGTGATTCCATCCTCAGTGCCTGTT  250

seq1  TATAAGTGGGCCTCAGCACTCTTCCTACTTCAACCACCTGTCATAACAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTGGGCCTCAGCACTCTTCCTACTTCAACCACCTGTCATAACAAC  300

seq1  AGTCTCTTCTCTAGAGGGAGCACTGAAGTAAGCACTCCTCCCTCTTTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTCTCTAGAGGGAGCACTGAAGTAAGCACTCCTCCCTCTTTATC  350

seq1  CCCTTGTTCTTACTGGATTTGGGCTGCTGTTAGAATGACTAAGTACTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTTCTTACTGGATTTGGGCTGCTGTTAGAATGACTAAGTACTGTT  400

seq1  ACTGGTGGATGCCTAGCCTGTGAACCCCTAGGGAATGAGTATATGGAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGGATGCCTAGCCTGTGAACCCCTAGGGAATGAGTATATGGAAAC  450

seq1  ATTGTGGCCATCACAACAGGTGGGATGCTACTGATATCTACTGGGTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGCCATCACAACAGGTGGGATGCTACTGATATCTACTGGGTGCTA  500

seq1  GATGCTATTAATACCAGAGATGCTATTAAATGTTATATAGGGGCTGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTATTAATACCAGAGATGCTATTAAATGTTATATAGGGGCTGGGAG  550

seq1  ATGGCTCAGAGATTTAGAGTGTTGGCTGTTCTTCCAGATAACCAGGGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGAGATTTAGAGTGTTGGCTGTTCTTCCAGATAACCAGGGTTC  600

seq1  AATTCCCAGCACACCCATGGCAGCTCATGACTATCTGTTAACTTCAGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAGCACACCCATGGCAGCTCATGACTATCTGTTAACTTCAGTTC  650

seq1  TGGGGGAACCAACACCCCCCCCCATATATATAAGCCAAACATCAAATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAACCAACACCCCCCCCCATATATATAAGCCAAACATCAAATGAA  700

seq1  CATTAAAAAAAAAAAAAGGATGCACCTCCAATAAAGAATTATCAAGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAAAAAAAAAAGGATGCACCTCCAATAAAGAATTATCAAGACCA  750

seq1  AAATGATATTTGTTGCAAGCCTGAGAAATCCCACATTAGACATAAAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATTTGTTGCAAGCCTGAGAAATCCCACATTAGACATAAAAAAG  800

seq1  ATCAATCTAAACTTTTCACAGAAGACTGGAGTAAATACTTTAGAGTTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCTAAACTTTTCACAGAAGACTGGAGTAAATACTTTAGAGTTTAC  850

seq1  AGCCAACAAAGGTGTCAGTTCAGTAGAGCTCTGTGGCTGTGGCTCCAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACAAAGGTGTCAGTTCAGTAGAGCTCTGTGGCTGTGGCTCCAAGT  900

seq1  AGCCAAAGATAAACACCACAAATGACCATGACTATGCTCCAGTAAAGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGATAAACACCACAAATGACCATGACTATGCTCCAGTAAAGCTG  950

seq1  TCCACACCAAGTGCCTGCACAGAGAGATGCAGCCCAGTGGCAGACCTCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACCAAGTGCCTGCACAGAGAGATGCAGCCCAGTGGCAGACCTCTG  1000

seq1  ACCTAGCAAGCACAAGGCCCTACATTCATTCCCAGCACTGTAAAACAAGA  1050
      ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCTAGCAAGCACA--GCCCTACA-TCATTCCCAGCACTGT-AAACAAGA  1046

seq1  AAACCTTTCAGACTGTAGGTTCTTCCTGCT-CACTCA-CTCCCTGGAATA  1098
      ||  | ||||||||||| |||||| ||||| | |||| |||||| |||||
seq2  AA--CCTTCAGACTGTA-GTTCTT-CTGCTCCCCTCACCTCCCT-GAATA  1091

seq1  TTCTAGACTTG  1109
      | |||||||||
seq2  TCCTAGACTTG  1102

seq1: chr6_30325929_30327019
seq2: B6Ng01-255J23.g_67_1156 (reverse)

seq1  AAACACTCA--CCATAGTTTTCAAGTCCTCTGGCCTCAGAG-AAGGAAGT  47
      |||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||
seq2  AAACACTCACCCCATAGTTTTCAAGTCCT-TGG-CTCAGAGAAAGGAAGT  48

seq1  TGGAGGTCCAAATGGCAAAGGCTTTGAAACCGGTCCAGGAACTCACTGAT  97
      || ||   ||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGAAG--TCAAATGGCAAAAGGCTTGAATCCGGTCCAAGAACTCACTGAT  96

seq1  GAGAACAGCAGGCTCACCCAATGGCAACATCCCAAATCTATCTGTGGGAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGCAGGCTCACCCAATGGCAACATCCCAAATCTATCTGTGGGAA  146

seq1  AAATAAACTGGCAGTCAGATGGGAGGAAGAAATACAGAACAGAATAGAGC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACTGGCAGTCAGATGGGAGGAAGAAATACAGAACAGAATAGAGC  196

seq1  AAGTAGAGATATGTACAATGGACAGTTGAAGGTATTAAGATAACATTGTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGATATGTACAATGGACAGTTGAAGGTATTAAGATAACATTGTT  246

seq1  TTACATATGAACTCACAGAGACCTGAACAGGTTCAAACCAGACAAAACCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATGAACTCACAGAGACCTGAACAGGTTCAAACCAGACAAAACCC  296

seq1  AGCTCTAAGAAGTAGATACAAAGTTCCACTCCTAACCAAGAAGCTCTTGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAAGAAGTAGATACAAAGTTCCACTCCTAACCAAGAAGCTCTTGG  346

seq1  CAATGATGCCTTCTGGGAAGGGAAACGAGTGGGGGTGTGAGCTTCTAAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGATGCCTTCTGGGAAGGGAAACGAGTGGGGGTGTGAGCTTCTAAAC  396

seq1  ACCGCACCGCCCCGCAGAAACAAGACTGTCTAGAAGTAGGGGTGAAGAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCACCGCCCCGCAGAAACAAGACTGTCTAGAAGTAGGGGTGAAGAGT  446

seq1  GCAATCCCAGAGAAACCCTGTCTCAGGGGGAGGGTGGAGAAGAGTGTAGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCCAGAGAAACCCTGTCTCAGGGGGAGGGTGGAGAAGAGTGTAGC  496

seq1  TCTCCCCTCATAGGCAAAGACCTGGTTTCCATTCCCAGCCTTACGAGGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTCATAGGCAAAGACCTGGTTTCCATTCCCAGCCTTACGAGGGG  546

seq1  AAAAAAAGATGGGCTAAAAATTGATAGTTATTGAAGTTGTTGACAGGTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGATGGGCTAAAAATTGATAGTTATTGAAGTTGTTGACAGGTGA  596

seq1  ACAGCATTTAATTATGAACTATTCTTTATGCTTCTGTGTGTGTTTGAAAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTTAATTATGAACTATTCTTTATGCTTCTGTGTGTGTTTGAAAC  646

seq1  AGTTAAGTCAGAGAAAGATTTAAAACAAATACTGAAGGTTTGATTCACCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTCAGAGAAAGATTTAAAACAAATACTGAAGGTTTGATTCACCA  696

seq1  GACAAAAATTCTAAAGAAACAGTATTTTATAGCAATTTATCAAGTTGTAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAATTCTAAAGAAACAGTATTTTATAGCAATTTATCAAGTTGTAG  746

seq1  AAAGTTGACTGAGTTGTTGAAGTAGAAGGTAAATTCCTATTGCTGAAGAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGACTGAGTTGTTGAAGTAGAAGGTAAATTCCTATTGCTGAAGAC  796

seq1  ACCATGTACTTCAGACCCGGGACCCAGAGATACAAGCTACATCTGACTTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTACTTCAGACCCGGGACCCAGAGATACAAGCTACATCTGACTTA  846

seq1  AATGCCTCCCCTTGATGTGCCACACAAGCTTCCAAAGGAAGGAAGCAGTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTCCCCTTGATGTGCCACACAAGCTTCCAAAGGAAGGAAGCAGTC  896

seq1  GATCAGCCCTACTCAGCTGTGACGCCTGTGAACCACAGCAATGGCTGCAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCCCTACTCAGCTGTGACGCCTGTGAACCACAGCAATGGCTGCAT  946

seq1  GGACCATAATCCTGAGAGCAGGACAGCAGCACACAGCCTTGCGGACCATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATAATCCTGAGAGCAGGACAGCAGCACACAGCCTTGCGGACCATC  996

seq1  AACAGCCCACTAACTGTATTCAAGGCCTGCTCAACAAGAAGGAAATCATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCCACTAACTGTATTCAAGGCCTGCTCAACAAGAAGGAAATCATG  1046

seq1  CCTGCTACTAGAAAGCTAGCCAAATACCCAGGGCCAGTGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTACTAGAAAGCTAGCCAAATACCCAGGGCCAGTGAATTC  1090