BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259B17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 138,837,933 - 138,983,999
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene9830102E05Rik, Mgst1, Lmo3, Igbp1b, EG668196
Downstream geneEG632971, LOC100043898, Pik3c2g, Plcz1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259B17.bB6Ng01-259B17.g
ACCGA064378GA064379
length1,190746
definitionB6Ng01-259B17.b B6Ng01-259B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,982,799 - 138,983,999)(138,837,933 - 138,838,678)
sequence
gaattcaaagaatggaggtgagcttgggggaccacactgaacagaatgtc
acaaaacaaagttcttcaaatattaacaaaacatggagaaaaaaacttta
gaacccctttaaattcccttaaatcatacataaaattagcacaactgatg
ttaggtttcactgtttttaaaatatgataataataccagtttatctgctg
gaggattaatttttaaattctgcatttttctatgagagtgacacaaaatg
ttggatctggattcaaagagaattctatttgcactgaattttctactcaa
acttaattctacactgcctcacacaactttgatattttttttcgtttttt
ttattggatattttcttcatttgcatttcaaatattatcctctttctcac
ttccccgcccccctccagaaacccccatcctatctcctcttcccctgatt
ctatgatgctgctcccccacccactcactcctgcctccctaccctgacat
tcccctaccctggggcatcaagttttcacaggaccaagggcctcttctcc
cattgctgcccgataaggccatcctgtgctacatatgcagtggagccatg
ggtccctccatgtgtcctctttggttggtggtttagttcctgggagctct
ggggcatatggttggttgatattacaactctgattttaggcaaattatct
atacccacctattacaaattagtcatttaaagcatagcaattgataaatg
agaataccatggaattattgataagattaacagaaattttaacatataat
acttattatttgctgtttaccctttgaccccctccttttgaaacaataat
gctgtaccaacaattgaaaagggacaattcacatttatggataatatgag
tatgtctggctcataaggagctcttgtttaaattcttttaacttctttct
cctatgcgatagcaagcagatttaagaagttacctggtaggaggtggcta
atattcctggtaaagtattctgaataaaatgtctgcatatgagaagatca
gacacagaaagacatcttgatcagatgttgaatatcagaaaattgagtat
aagcggtttgcttgtttggtttggcctgcctgattggttggttgatggct
tggattgatcgatcgaagggacagaaacttactcaattct

gaattcaggcatttgctgataacttgatgaaggtaataaggttctgttac
tcctttccacttgtcttttgactaattagcttccttggtgcattagaagt
ctgagccactgcactgttaatccacagtttttctggtccctctgactgtt
ctgagagccacatgccgacgtctgtgctttctaaaaatggcatggtatct
ttggctctcttcagctttgttaggtcatcctatttgctcttctcccacaa
ccttactaaacgttgcctccttgaaggctctgtgcacaagctctgaccct
gtggcaaaatttaacctgttaacttatcctttaaacattttttttcctgg
aaatccccaaaattttgaattttgaaaatccataccttgttcacacggtg
aaggtcttcaatttgcatgaatagccatcttgaacagcctctggggatac
taggggagctttaccagactgtacgagtatcaaagggctgatttgctcac
agagcactagtttaagtctttgaaacacatttatacattgtgagtctttc
ttggctgtcattctgatccatctcctcagctctgactacttcaatgtaca
cttaaataggatcctcacatatcactcaagtcataactgccatggaacac
cctgacaaccacagtctatacacttacactgaggattcttatatttattt
gtttgagtgtgtagtatgtatgtttgtatgtatgtatgtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_138982799_138983999
seq2: B6Ng01-259B17.b_49_1238 (reverse)

seq1  AGAATTGAGTA--GTTCTGTCACTCAGATCAGGAAAACAAAACAAAACAA  48
      |||||||||||   ||||||| ||  ||||          | |||  |||
seq2  AGAATTGAGTAAGTTTCTGTCCCTTCGATC---------GATCAATCCAA  41

seq1  AACAAAACAAAACAAAACAAGACAAGACAAAACAAAACAAAACAAAACAG  98
        ||  |   ||| || | || || | |||| |||   | ||  |||| |
seq2  GCCATCAACCAACCAATC-AGGCAGGCCAAACCAA---ACAAGCAAACCG  87

seq1  ACTATACTTCAATTATCTGATATTCAACATCTGATCAAGATGTCTTTCTG  148
        ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAC-TCAATTTTCTGATATTCAACATCTGATCAAGATGTCTTTCTG  136

seq1  TGTCTGATC-TCTCATATGCAAGACATTTTATTCAGAATACTTTACCAGG  197
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGATCTTCTCATATGC-AGACATTTTATTCAGAATACTTTACCAGG  185

seq1  AATATTAG-CACCTCTTACCAGGTAACTTC-TAAATCTGCTTGCTATCGC  245
      |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATATTAGCCACCTCCTACCAGGTAACTTCTTAAATCTGCTTGCTATCGC  235

seq1  ATAGGAGAAAGAAGTTAAAAGAATTTAAAACAAGAGCTCCTTATGAGCCA  295
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGAAAGAAGTTAAAAGAATTT-AAACAAGAGCTCCTTATGAGCCA  284

seq1  GACATACTCATATTATCCATAAATGTGAATTGTCCCTTTTCAATTGTTGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACTCATATTATCCATAAATGTGAATTGTCCCTTTTCAATTGTTGG  334

seq1  TACAGCATTATTGTTTCAAAAGGAGGGGGTCAAAGGGTAAACAGCAAATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCATTATTGTTTCAAAAGGAGGGGGTCAAAGGGTAAACAGCAAATA  384

seq1  ATAAGTATTATATGTTAAAATTTCTGTTAATCTTATCAATAATTCCATGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATTATATGTTAAAATTTCTGTTAATCTTATCAATAATTCCATGG  434

seq1  TATTCTCATTTATCAATTGCTATGCTTTAAATGACTAATTTGTAATAGGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCATTTATCAATTGCTATGCTTTAAATGACTAATTTGTAATAGGT  484

seq1  GGGTATAGATAATTTGCCTAAAATCAGAGTTGTAATATCAACCAACCATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATAGATAATTTGCCTAAAATCAGAGTTGTAATATCAACCAACCATA  534

seq1  TGCCCCAGAGCTCCCAGGAACTAAACCACCAACCAAAGAGGACACATGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGAGCTCCCAGGAACTAAACCACCAACCAAAGAGGACACATGGA  584

seq1  GGGACCCATGGCTCCACTGCATATGTAGCACAGGATGGCCTTATCGGGCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCCATGGCTCCACTGCATATGTAGCACAGGATGGCCTTATCGGGCA  634

seq1  GCAATGGGAGAAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAAACTTGATGCCCCAGGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGGAGAAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAAACTTGATGCCCCAGGGT  684

seq1  AGGGGAATGTCAGGGTAGGGAGGCAGGAGTGAGTGGGTGGGGGAGCAGCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATGTCAGGGTAGGGAGGCAGGAGTGAGTGGGTGGGGGAGCAGCA  734

seq1  TCATAGAATCAGGGGAAGAGGAGATAGGATGGGGGTTTCTGGAGGGGGGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAATCAGGGGAAGAGGAGATAGGATGGGGGTTTCTGGAGGGGGGC  784

seq1  GGGGAAGTGAGAAAGAGGATAATATTTGAAATGCAAATGAAGAAAATATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGTGAGAAAGAGGATAATATTTGAAATGCAAATGAAGAAAATATC  834

seq1  CAATAAAAAAAACGAAAAAAAATATCAAAGTTGTGTGAGGCAGTGTAGAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAAAAACGAAAAAAAATATCAAAGTTGTGTGAGGCAGTGTAGAA  884

seq1  TTAAGTTTGAGTAGAAAATTCAGTGCAAATAGAATTCTCTTTGAATCCAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTGAGTAGAAAATTCAGTGCAAATAGAATTCTCTTTGAATCCAG  934

seq1  ATCCAACATTTTGTGTCACTCTCATAGAAAAATGCAGAATTTAAAAATTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAACATTTTGTGTCACTCTCATAGAAAAATGCAGAATTTAAAAATTA  984

seq1  ATCCTCCAGCAGATAAACTGGTATTATTATCATATTTTAAAAACAGTGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCAGCAGATAAACTGGTATTATTATCATATTTTAAAAACAGTGAA  1034

seq1  ACCTAACATCAGTTGTGCTAATTTTATGTATGATTTAAGGGAATTTAAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACATCAGTTGTGCTAATTTTATGTATGATTTAAGGGAATTTAAAG  1084

seq1  GGGTTCTAAAGTTTTTTTCTCCATGTTTTGTTAATATTTGAAGAACTTTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTAAAGTTTTTTTCTCCATGTTTTGTTAATATTTGAAGAACTTTG  1134

seq1  TTTTGTGACATTCTGTTCAGTGTGGTCCCCCAAGCTCACCTCCATTCTTT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGACATTCTGTTCAGTGTGGTCCCCCAAGCTCACCTCCATTCTTT  1184

seq1  GAATTC  1201
      ||||||
seq2  GAATTC  1190


seq1: chr6_138837933_138838678
seq2: B6Ng01-259B17.g_66_811

seq1  GAATTCAGGCATTTGCTGATAACTTGATGAAGGTAATAAGGTTCTGTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCATTTGCTGATAACTTGATGAAGGTAATAAGGTTCTGTTAC  50

seq1  TCCTTTCCACTTGTCTTTTGACTAATTAGCTTCCTTGGTGCATTAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCACTTGTCTTTTGACTAATTAGCTTCCTTGGTGCATTAGAAGT  100

seq1  CTGAGCCACTGCACTGTTAATCCACAGTTTTTCTGGTCCCTCTGACTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCACTGCACTGTTAATCCACAGTTTTTCTGGTCCCTCTGACTGTT  150

seq1  CTGAGAGCCACATGCCGACGTCTGTGCTTTCTAAAAATGGCATGGTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCCACATGCCGACGTCTGTGCTTTCTAAAAATGGCATGGTATCT  200

seq1  TTGGCTCTCTTCAGCTTTGTTAGGTCATCCTATTTGCTCTTCTCCCACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCTCTTCAGCTTTGTTAGGTCATCCTATTTGCTCTTCTCCCACAA  250

seq1  CCTTACTAAACGTTGCCTCCTTGAAGGCTCTGTGCACAAGCTCTGACCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTAAACGTTGCCTCCTTGAAGGCTCTGTGCACAAGCTCTGACCCT  300

seq1  GTGGCAAAATTTAACCTGTTAACTTATCCTTTAAACATTTTTTTTCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAAATTTAACCTGTTAACTTATCCTTTAAACATTTTTTTTCCTGG  350

seq1  AAATCCCCAAAATTTTGAATTTTGAAAATCCATACCTTGTTCACACGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCCAAAATTTTGAATTTTGAAAATCCATACCTTGTTCACACGGTG  400

seq1  AAGGTCTTCAATTTGCATGAATAGCCATCTTGAACAGCCTCTGGGGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTTCAATTTGCATGAATAGCCATCTTGAACAGCCTCTGGGGATAC  450

seq1  TAGGGGAGCTTTACCAGACTGTACGAGTATCAAAGGGCTGATTTGCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAGCTTTACCAGACTGTACGAGTATCAAAGGGCTGATTTGCTCAC  500

seq1  AGAGCACTAGTTTAAGTCTTTGAAACACATTTATACATTGTGAGTCTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTAGTTTAAGTCTTTGAAACACATTTATACATTGTGAGTCTTTC  550

seq1  TTGGCTGTCATTCTGATCCATCTCCTCAGCTCTGACTACTTCAATGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGTCATTCTGATCCATCTCCTCAGCTCTGACTACTTCAATGTACA  600

seq1  CTTAAATAGGATCCTCACATATCACTCAAGTCATAACTGCCATGGAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATAGGATCCTCACATATCACTCAAGTCATAACTGCCATGGAACAC  650

seq1  CCTGACAACCACAGTCTATACACTTACACTGAGGATTCTTATATTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACAACCACAGTCTATACACTTACACTGAGGATTCTTATATTTATTT  700

seq1  GTTTGAGTGTGTAGTATGTATGTTTGTATGTATGTATGTATGTATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGTGTGTAGTATGTATGTTTGTATGTATGTATGTATGTATG  746


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |