BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262A20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 138,357,203 - 138,443,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmo3
Upstream genePtpro, Eps8, Strap, Dera, 9830102E05Rik, Mgst1
Downstream geneIgbp1b, EG668196, EG632971
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262A20.bB6Ng01-262A20.g
ACCGA066568GA066569
length1,1881,126
definitionB6Ng01-262A20.b B6Ng01-262A20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,357,203 - 138,358,409)(138,442,235 - 138,443,363)
sequence
gaattctaaagtgctataatctcgttttttttttttttttcacgatatgt
cagcattttgtcagtggctgttgttgtaactgagtctgagctcctgctgc
tgatcctccgaccccaacccaccaagtgctggaattatagtatgggcttc
cttgccacaggtaaaaacttcctaaaataaaacaaattaagaactgattt
gaaaacagatgattaggtatccatactggtactgtgctcattgcagactg
gtattaaaaagcatggcgttattctggaatttatagaagctgtggatagc
ccagcatgcctggacttaacttctacctttctgtttgttgccttctcaga
gtctgtatcactaatgggggaggggtcagtttttcactgtggtatttaga
ctcatattaaatattaacattaacatgttttatgaagttccatgcccctt
gcttgttctccttgtatttgatatttatgtttgctaaaaccgatcttctc
ttttattaataggataggatcaatgtggccaccactgtattgcaccagta
ataacaatttcacttaaatatggctttagtgcactcctctgcaaataatc
cttcaattcctaagagtcttttattttcccagtagcccagttggagagtt
tttaatattaaattgaatcataacaacacatgctgattagagtctaactt
aatacacaaagcttaatgttaattttacaacttcaaaccaaggatcctac
tagtccaggatggttatttatctcaagtgggattttatttgaaacttgta
aagccgacagctctatatatttcgcatcataaaaaactaaccgcataaag
gaattcagaaagatttagaactatgggaacattggtgatgaatgtaggac
agaaaccaaaaaggcctacgtgtatgtatatgtacatgtcattgatgtgg
tgtgtctgtgtgtatagtagtatgtctgactaacatgatgaaagatatgc
tcaaatcatattcccttaagcaaattattcattggcatcataataagaca
tgaagtatggagagtaagttgttaactaaccaaaaatctgcttacatgtt
catgttccagtgttaactttctcaatgattgccataaataccttgacgag
aggaaccatggtttagcttccgatttacactgtttctg
gaattcaatacagaaatctaaaaatgactgcttggggaaaattagaatca
tgggtgaaatttgttctagattttataaaaccgccgatggagtagggacc
ctgagactaagggtgtgtttcgtattctcacttctcttaactgcttgatg
aagaggcctgagatgtaggttcaccacatagtcgccatatattcaccaca
tatacgtaaatatatattcacatatggaggcctgagattcatgtggtgaa
tatggagaaagactctgaaaaaaaaaaaaaagtcattcaattttgcattt
agtaatctctggtgaactccacatcctttttgccttgcgtttttatatag
aatcactgtaagaattgtccttgggtcactttactttgctgtttcaaaaa
aatgtattaggtctgtttcttctttaaaaagatttacatgatgtgtaaac
gtgtgtccatgtctgtgggtatgtgcatgtgactacatgtacttggagag
gccagaaaagggcatcagaggcccccagatctggagttatatgtggttta
gagtcacctagatgggtgctgaaaatcaaactcatgttctctggaagcgc
agtgagagatctcaccctctcatatgtaatacaagaaaatgaactgtaaa
agctaatctctcattattgttttgatttaactccttaactgaatgcttta
aagtgagaaaaggatgtgtgtgaaaaagcataacgagatggtgcattcat
tgtcagtacaacatgggtgaaagatttagcatagtcctgctgacagggat
aggtgttaaacaactattcaatgaaaacttggtatgtatgccacacagct
gtgtgtgtgtgtgctcctcaatgtttaaagctggtgaatgtatgctgatg
aaaaggggaatattagcatacattgtccacagacaggcctttttatttat
ttcccattaagtgttttcactatgagtcctaacgcctccagaaaacacca
ttgtgctgtgcttctatttgcccatacacattggctttgaagttccctct
gcattagcagatgggcaccactgcttttgtatgactccatggtataacca
aaatacataatgtgactagttaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_138357203_138358409
seq2: B6Ng01-262A20.b_46_1233

seq1  GAATTCTAAAGTGCTATAATCTCGTTTTTTTTTTTTTTTTCACGATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGTGCTATAATCTCGTTTTTTTTTTTTTTTTCACGATATGT  50

seq1  CAGCATTTTGTCAGTGGCTGTTGTTGTAACTGAGTCTGAGCTCCTGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTTTGTCAGTGGCTGTTGTTGTAACTGAGTCTGAGCTCCTGCTGC  100

seq1  TGATCCTCCGACCCCAACCCACCAAGTGCTGGAATTATAGTATGGGCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTCCGACCCCAACCCACCAAGTGCTGGAATTATAGTATGGGCTTC  150

seq1  CTTGCCACAGGTAAAAACTTCCTAAAATAAAACAAATTAAGAACTGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCACAGGTAAAAACTTCCTAAAATAAAACAAATTAAGAACTGATTT  200

seq1  GAAAACAGATGATTAGGTATCCATACTGGTACTGTGCTCATTGCAGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGATGATTAGGTATCCATACTGGTACTGTGCTCATTGCAGACTG  250

seq1  GTATTAAAAAGCATGGCGTTATTCTGGAATTTATAGAAGCTGTGGATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAAAAGCATGGCGTTATTCTGGAATTTATAGAAGCTGTGGATAGC  300

seq1  CCAGCATGCCTGGACTTAACTTCTACCTTTCTGTTTGTTGCCTTCTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGCCTGGACTTAACTTCTACCTTTCTGTTTGTTGCCTTCTCAGA  350

seq1  GTCTGTATCACTAATGGGGGAGGGGTCAGTTTTTCACTGTGGTATTTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTATCACTAATGGGGGAGGGGTCAGTTTTTCACTGTGGTATTTAGA  400

seq1  CTCATATTAAATATTAACATTAACATGTTTTATGAAGTTCCATGCCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATTAAATATTAACATTAACATGTTTTATGAAGTTCCATGCCCCTT  450

seq1  GCTTGTTCTCCTTGTATTTGATATTTATGTTTGCTAAAACCGATCTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTCTCCTTGTATTTGATATTTATGTTTGCTAAAACCGATCTTCTC  500

seq1  TTTTATTAATAGGATAGGATCAATGTGGCCACCACTGTATTGCACCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAATAGGATAGGATCAATGTGGCCACCACTGTATTGCACCAGTA  550

seq1  ATAACAATTTCACTTAAATATGGCTTTAGTGCACTCCTCTGCAAATAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATTTCACTTAAATATGGCTTTAGTGCACTCCTCTGCAAATAATC  600

seq1  CTTCAATTCCTAAGAGTCTTTTATTTTCCCAGTAGCCCAGTTGGAGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATTCCTAAGAGTCTTTTATTTTCCCAGTAGCCCAGTTGGAGAGTT  650

seq1  TTTAATATTAAATTGAATCATAACAACACATGCTGATTAGAGTCTAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTAAATTGAATCATAACAACACATGCTGATTAGAGTCTAACTT  700

seq1  AATACACAAAGCTTAATGTTAATTTTACAACTTCAAACCAAGGATCCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACAAAGCTTAATGTTAATTTTACAACTTCAAACCAAGGATCCTAC  750

seq1  TAGTCCAGGATGGTTATTTATCTCAAGTGGGATTTTATTTGAAACTTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCAGGATGGTTATTTATCTCAAGTGGGATTTTATTTGAAACTTGTA  800

seq1  AAGCCGACAGCTCTATATATTTCGCATCATAAAAAACTAACCGCATAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCGACAGCTCTATATATTTCGCATCATAAAAAACTAACCGCATAAAG  850

seq1  GAATTCAGAAAGATTTAGAACTAT-GGAACATTGGTGATGAATGTAGGAC  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAAGATTTAGAACTATGGGAACATTGGTGATGAATGTAGGAC  900

seq1  AGAAACCAAAAAGGCCTACGTGTATGTATATGTACATGTCATTGATGTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCAAAAAGGCCTACGTGTATGTATATGTACATGTCATTGATGTGG  950

seq1  TGTGTCTGTGTGTATAGTAGGTATGTCTGACTAACATGATGAAAAGGATA  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TGTGTCTGTGTGTATAGTA-GTATGTCTGACTAACATGATGAAA--GATA  997

seq1  TGCTCAAATCATAATTCCTTTAAAGCAAAATTATCCATTGGCATCAATAA  1049
      ||||||||||||| | ||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||
seq2  TGCTCAAATCATATTCCCTT--AAGC-AAATTATTCATTGGCATC-ATAA  1043

seq1  TAAGACATGAAGTAATGGAAGAGTAAGTTGTTTAAACTAACAAAAAAAAT  1099
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||   ||||||
seq2  TAAGACATGAAGT-ATGG-AGAGTAAGTTGTT--AACTAAC--CAAAAAT  1087

seq1  CTGCATACATGTTTCATGTTTCACAGTGTAAACTTTCCTCAAAATGAATT  1149
      |||| |||||| ||||||||   |||||| |||||| |||  |||||  |
seq2  CTGCTTACATG-TTCATGTT--CCAGTGTTAACTTT-CTC--AATGA--T  1129

seq1  TTGCATAAATACCTTGACAGAGAGAAAACAT-GTTTAGTTTTC-AGATAA  1197
      |  ||||||||||||||| ||||| || ||| |||||| || | |  || 
seq2  TGCCATAAATACCTTGAC-GAGAGGAACCATGGTTTAGCTTCCGATTTAC  1178

seq1  ACTGTTTCTG  1207
      ||||||||||
seq2  ACTGTTTCTG  1188

seq1: chr6_138442235_138443363
seq2: B6Ng01-262A20.g_65_1190 (reverse)

seq1  ATTTT-ACTATGTCACATTAATGTATTTTTGTTATACCAATGGAGTCATA  49
      ||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  ATTTTAACTA-GTCACATT-ATGTATTTTGGTTATACC-ATGGAGTCATA  47

seq1  CAAAAGGCAGT-GTGCCATTCTGCTTATGCAGAAGGGACTTTCAAAGCCA  98
      ||||| ||||| |||||  |||||| |||||| |||||  ||||||||||
seq2  CAAAA-GCAGTGGTGCCCATCTGCTAATGCAG-AGGGAACTTCAAAGCCA  95

seq1  ATGTGTATGGGCAAATAGGAAGCACAGCACAATGGTG-TTTCTGGA-GCG  146
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  ATGTGTATGGGCAAATA-GAAGCACAGCACAATGGTGTTTTCTGGAGGCG  144

seq1  TTAGGACTCATAGTGAAAACCACTTAATTGGAAATAAATAAAAAGGCCTG  196
      ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACTCATAGTGAAAA-CACTTAATGGGAAATAAATAAAAAGGCCTG  193

seq1  TCTGTGGACAATGTATGCTAATATTCCCCTTTTCATCAGCATACATTCAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGACAATGTATGCTAATATTCCCCTTTTCATCAGCATACATTCAC  243

seq1  CAGCTTTAAACATTGAGGAGCACACACACACACAGCTGTGTGGCATACAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTAAACATTGAGGAGCACACACACACACAGCTGTGTGGCATACAT  293

seq1  ACCAAGTTTTCATTGAATAGTTGTTTAACACCTATCCCTGTCAGCAGGAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTTTTCATTGAATAGTTGTTTAACACCTATCCCTGTCAGCAGGAC  343

seq1  TATGCTAAATCTTTCACCCATGTTGTACTGACAATGAATGCACCATCTCG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAAATCTTTCACCCATGTTGTACTGACAATGAATGCACCATCTCG  393

seq1  TTATGCTTTTTCACACACATCCTTTTCTCACTTTAAAGCATTCAGTTAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTTTTCACACACATCCTTTTCTCACTTTAAAGCATTCAGTTAAG  443

seq1  GAGTTAAATCAAAACAATAATGAGAGATTAGCTTTTACAGTTCATTTTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAATCAAAACAATAATGAGAGATTAGCTTTTACAGTTCATTTTCT  493

seq1  TGTATTACATATGAGAGGGTGAGATCTCTCACTGCGCTTCCAGAGAACAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTACATATGAGAGGGTGAGATCTCTCACTGCGCTTCCAGAGAACAT  543

seq1  GAGTTTGATTTTCAGCACCCATCTAGGTGACTCTAAACCACATATAACTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGATTTTCAGCACCCATCTAGGTGACTCTAAACCACATATAACTC  593

seq1  CAGATCTGGGGGCCTCTGATGCCCTTTTCTGGCCTCTCCAAGTACATGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGGGGGCCTCTGATGCCCTTTTCTGGCCTCTCCAAGTACATGTA  643

seq1  GTCACATGCACATACCCACAGACATGGACACACGTTTACACATCATGTAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGCACATACCCACAGACATGGACACACGTTTACACATCATGTAA  693

seq1  ATCTTTTTAAAGAAGAAACAGACCTAATACATTTTTTTGAAACAGCAAAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTAAAGAAGAAACAGACCTAATACATTTTTTTGAAACAGCAAAG  743

seq1  TAAAGTGACCCAAGGACAATTCTTACAGTGATTCTATATAAAAACGCAAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGACCCAAGGACAATTCTTACAGTGATTCTATATAAAAACGCAAG  793

seq1  GCAAAAAGGATGTGGAGTTCACCAGAGATTACTAAATGCAAAATTGAATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAGGATGTGGAGTTCACCAGAGATTACTAAATGCAAAATTGAATG  843

seq1  ACTTTTTTTTTTTTTTCAGAGTCTTTCTCCATATTCACCACATGAATCTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTTTTTTTTTCAGAGTCTTTCTCCATATTCACCACATGAATCTC  893

seq1  AGGCCTCCATATGTGAATATATATTTACGTATATGTGGTGAATATATGGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCCATATGTGAATATATATTTACGTATATGTGGTGAATATATGGC  943

seq1  GACTATGTGGTGAACCTACATCTCAGGCCTCTTCATCAAGCAGTTAAGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGTGGTGAACCTACATCTCAGGCCTCTTCATCAAGCAGTTAAGAG  993

seq1  AAGTGAGAATACGAAACACACCCTTAGTCTCAGGGTCCCTACTCCATCGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGAATACGAAACACACCCTTAGTCTCAGGGTCCCTACTCCATCGG  1043

seq1  CGGTTTTATAAAATCTAGAACAAATTTCACCCATGATTCTAATTTTCCCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTTATAAAATCTAGAACAAATTTCACCCATGATTCTAATTTTCCCC  1093

seq1  AAGCAGTCATTTTTAGATTTCTGTATTGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTCATTTTTAGATTTCTGTATTGAATTC  1126