BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262I10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,246,992 - 112,383,144
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmcd1, D630042P16Rik, LOC619975
Upstream geneGrm7, 1700054K19Rik
Downstream geneCav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262I10.bB6Ng01-262I10.g
ACCGA066918GA066919
length1,1181,042
definitionB6Ng01-262I10.b B6Ng01-262I10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,382,014 - 112,383,144)(112,246,992 - 112,248,024)
sequence
gaattctcttatccctggagcctgctttggggagacattgccccatgtaa
ccactggctgattggaattggtgtgtaaatacctttgcctcctaagtatg
tggtgcttaatgctgtcaccttgacgtctccattagcattacactctaga
cttcagcaaccaatgacaggataacccatggttggcaatgtccttttcct
gcatccattccctccctgatgctaattttctttgtacctttcatacaatc
aacatattctggagtagtctcagaatcttcccagaactcaaactcagaac
ccctctatatcttaggacctgaccactgagtcacctctatatgctctatt
ttgacagcagggacactgccacctgccctgtctgtcttggaggcttgggt
cattcattcctgggcagccctgctcccaagaccatgccaagttccttgtg
gcagtgtagtaatgaggcattagctgtgtatctaaatggtaactgtcatc
tagaagcatcaggggacatttggctgtatctaggacctgaggtcgttctt
ggtatccggattgtgcaaaatatcttactgctgaacattctggatgtaca
agagagcctctgccacaaacaaagatgtggctatgaagtcattagcatga
aggtgagacctctggccagataaagaaaaccagtctccccagtttggctc
attggcaggagtctcatgcccaaggacacactacctagagaagaaacagc
caggagactcatccaacgacacactacggggaagcctaaatgaggaccat
ttcatgtggaggacattttaccttcttcaaggtggcctgtagctagaagg
actcagagggacactgtcagaacccaggactcaagcatctgactttccag
actggaggataaacctcatggtctacaaagtatagggagtgtcttaaggg
ttttacttctgtgaacagacacgatgaccaaggcaagtcttattaaaaaa
gcaaaccaaacaaaccaaaaaaaaaacccatcatttattggggctagctt
acagttcagagctcagtcattatcatcagtgagaagcatagcagcatcag
caggcatgtccaagccga
gaattctatgggtggaaaactttgtgttgtttattaaaatcttatttgaa
gtaacagattaggatcacagctagtggatgacaaagctggtggtggccag
gcctgacttgggcttctgggtaaagcctgttttccctctttttcaattgg
cttgtatgtgttgaaattatcctacgaaccagctacagttgttcagagtc
agatggtgtttctcatactgtggataaattcttgcatcccaaatatgact
ttgttatttttgaaacaaagtgtccagtacaggttggcctcaaagtcctt
ttgtgcctcagaatgacattgaacttgtaattatcctgctcctacctctt
gagtgccaagtttttcagcatgcgcaacaacacctatatgtgaggctgga
ataggacccagggctttctgtaaactgaatctccagctcagaaatatggg
tgcacacatatgcatgtgtgtgtgtgtccatgtgtgttttaggcatgtgt
gtgtggggatgggagcatgggtacaccaacttgtctttctctatcactct
ctaccttagtttttgagattagggtctctcactaaacctagagcttacca
tttgacttgcctggacagagaaaaagcctcctgggatccaacagatctcc
cctctctcagtaccagggttatttattatgtatataggtcttttgcctat
acgtatgcctatggcccatgtgtgtacagcaccctttagaggccaggaag
ggcttcagatcccttggaactaaagttacagatgattgtgagcctccatg
tagattctgggaactgaacctttggaagagaggctgtatctcagccactg
agccatctcatgaagccctctatccaatattttttttttacccatgggtt
ggttgaatccatggctaaaaatatgcacaagtatgaagaattaacactac
tttattaaaactgcttgtaaaccttctagcccaaagcagttgtgagctga
aaggtcttctgggggttatattaaataatggggggcgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112382014_112383144
seq2: B6Ng01-262I10.b_45_1162 (reverse)

seq1  TCGGCTTGCGCCATGCCTGCCTGGATGCTGCTATGC-TCTCACCTTGATG  49
      |||||||| | |||||||||   ||||||||||||| ||||||  |||||
seq2  TCGGCTTG-GACATGCCTGC--TGATGCTGCTATGCTTCTCAC--TGATG  45

seq1  ATAATGGACTGAGCCTCTGAACCTGTAAGCTAGCCCCAATTAAATGTTGG  99
      ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  ATAAT-GACTGAG-CTCTGAA-CTGTAAGCTAGCCCCAA-TAAATGATGG  91

seq1  GTTTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTATAAGACTTGCC  149
      ||||||||||| |||    | |||| |||  |||||| ||||||||||||
seq2  GTTTTTTTTTTGGTT----TGTTTGGTTTGCTTTTTTAATAAGACTTGCC  137

seq1  TTGGTCATCGTGTCTGTTCACAGAAGTAAAACCC-TAAGACACTCCCTAT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGTCATCGTGTCTGTTCACAGAAGTAAAACCCTTAAGACACTCCCTAT  187

seq1  ACTTTGTAAGACCATGAGGTTTATCCTCCAGTCTGGAAAGTCAGATGCTT  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGT-AGACCATGAGGTTTATCCTCCAGTCTGGAAAGTCAGATGCTT  236

seq1  GAGTCCTTGGGTTCTGACAGTGTCCCTCTGAGTCCTTCTAGCTACAGGCC  298
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCC-TGGGTTCTGACAGTGTCCCTCTGAGTCCTTCTAGCTACAGGCC  285

seq1  ACCTTGAAGAAGGTAAAATGTCCTCCACATGAAATGGTCCTCATTTAGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAAGAAGGTAAAATGTCCTCCACATGAAATGGTCCTCATTTAGGC  335

seq1  TTCCCCGTAGTGTGTCGTTGGATGAGTCTCCTGGCTGTTTCTTCTCTAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCGTAGTGTGTCGTTGGATGAGTCTCCTGGCTGTTTCTTCTCTAGG  385

seq1  TAGTGTGTCCTTGGGCATGAGACTCCTGCCAATGAGCCAAACTGGGGAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTCCTTGGGCATGAGACTCCTGCCAATGAGCCAAACTGGGGAGA  435

seq1  CTGGTTTTCTTTATCTGGCCAGAGGTCTCACCTTCATGCTAATGACTTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTCTTTATCTGGCCAGAGGTCTCACCTTCATGCTAATGACTTCA  485

seq1  TAGCCACATCTTTGTTTGTGGCAGAGGCTCTCTTGTACATCCAGAATGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCACATCTTTGTTTGTGGCAGAGGCTCTCTTGTACATCCAGAATGTT  535

seq1  CAGCAGTAAGATATTTTGCACAATCCGGATACCAAGAACGACCTCAGGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTAAGATATTTTGCACAATCCGGATACCAAGAACGACCTCAGGTC  585

seq1  CTAGATACAGCCAAATGTCCCCTGATGCTTCTAGATGACAGTTACCATTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATACAGCCAAATGTCCCCTGATGCTTCTAGATGACAGTTACCATTT  635

seq1  AGATACACAGCTAATGCCTCATTACTACACTGCCACAAGGAACTTGGCAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACACAGCTAATGCCTCATTACTACACTGCCACAAGGAACTTGGCAT  685

seq1  GGTCTTGGGAGCAGGGCTGCCCAGGAATGAATGACCCAAGCCTCCAAGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGGGAGCAGGGCTGCCCAGGAATGAATGACCCAAGCCTCCAAGAC  735

seq1  AGACAGGGCAGGTGGCAGTGTCCCTGCTGTCAAAATAGAGCATATAGAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGCAGGTGGCAGTGTCCCTGCTGTCAAAATAGAGCATATAGAGG  785

seq1  TGACTCAGTGGTCAGGTCCTAAGATATAGAGGGGTTCTGAGTTTGAGTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAGTGGTCAGGTCCTAAGATATAGAGGGGTTCTGAGTTTGAGTTC  835

seq1  TGGGAAGATTCTGAGACTACTCCAGAATATGTTGATTGTATGAAAGGTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGATTCTGAGACTACTCCAGAATATGTTGATTGTATGAAAGGTAC  885

seq1  AAAGAAAATTAGCATCAGGGAGGGAATGGATGCAGGAAAAGGACATTGCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAATTAGCATCAGGGAGGGAATGGATGCAGGAAAAGGACATTGCC  935

seq1  AACCATGGGTTATCCTGTCATTGGTTGCTGAAGTCTAGAGTGTAATGCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGGGTTATCCTGTCATTGGTTGCTGAAGTCTAGAGTGTAATGCTA  985

seq1  ATGGAGACGTCAAGGTGACAGCATTAAGCACCACATACTTAGGAGGCAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACGTCAAGGTGACAGCATTAAGCACCACATACTTAGGAGGCAAA  1035

seq1  GGTATTTACACACCAATTCCAATCAGCCAGTGGTTACATGGGGCAATGTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTACACACCAATTCCAATCAGCCAGTGGTTACATGGGGCAATGTC  1085

seq1  TCCCCAAAGCAGGCTCCAGGGATAAGAGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAAGCAGGCTCCAGGGATAAGAGAATTC  1118

seq1: chr6_112246992_112248024
seq2: B6Ng01-262I10.g_67_1108

seq1  GAATTCTATGGGTGGAAAACTTTGTGTTGTTTATTAAAATCTTATTTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGGGTGGAAAACTTTGTGTTGTTTATTAAAATCTTATTTGAA  50

seq1  GTAACAGATTAGGATCACAGCTAGTGGATGACAAAGCTGGTGGTGGCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGATTAGGATCACAGCTAGTGGATGACAAAGCTGGTGGTGGCCAG  100

seq1  GCCTGACTTGGGCTTCTGGGTAAAGCCTGTTTTCCCTCTTTTTCAATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACTTGGGCTTCTGGGTAAAGCCTGTTTTCCCTCTTTTTCAATTGG  150

seq1  CTTGTATGTGTTGAAATTATCCTACGAACCAGCTACAGTTGTTCAGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGTGTTGAAATTATCCTACGAACCAGCTACAGTTGTTCAGAGTC  200

seq1  AGATGGTGTTTCTCATACTGTGGATAAATTCTTGCATCCCAAATATGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTGTTTCTCATACTGTGGATAAATTCTTGCATCCCAAATATGACT  250

seq1  TTGTTATTTTTGAAACAAAGTGTCCAGTACAGGTTGGCCTCAAAGTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTTTTGAAACAAAGTGTCCAGTACAGGTTGGCCTCAAAGTCCTT  300

seq1  TTGTGCCTCAGAATGACATTGAACTTGTAATTATCCTGCTCCTACCTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCTCAGAATGACATTGAACTTGTAATTATCCTGCTCCTACCTCTT  350

seq1  GAGTGCCAAGTTTTTCAGCATGCGCAACAACACCTATATGTGAGGCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCCAAGTTTTTCAGCATGCGCAACAACACCTATATGTGAGGCTGGA  400

seq1  ATAGGACCCAGGGCTTTCTGTAAACTGAATCTCCAGCTCAGAAATATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACCCAGGGCTTTCTGTAAACTGAATCTCCAGCTCAGAAATATGGG  450

seq1  TGCACACATATGCATGTGTGTGTGTGTCCATGTGTGTTTTAGGCATGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATATGCATGTGTGTGTGTGTCCATGTGTGTTTTAGGCATGTGT  500

seq1  GTGTGGGGATGGGAGCATGGGTACACCAACTTGTCTTTCTCTATCACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGGATGGGAGCATGGGTACACCAACTTGTCTTTCTCTATCACTCT  550

seq1  CTACCTTAGTTTTTGAGATTAGGGTCTCTCACTAAACCTAGAGCTTACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTAGTTTTTGAGATTAGGGTCTCTCACTAAACCTAGAGCTTACCA  600

seq1  TTTGACTTGCCTGGACAGAGAAAAAGCCTCCTGGGATCCAACAGATCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTTGCCTGGACAGAGAAAAAGCCTCCTGGGATCCAACAGATCTCC  650

seq1  CCTCTCTCAGTACCAGGGTTATTTATTATGTATATAGGTCTTTTGCCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCAGTACCAGGGTTATTTATTATGTATATAGGTCTTTTGCCTAT  700

seq1  ACGTATGCCTATGGCCCATGTGTGTACAGCACCC-TTAGAGGCCAGGAAG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACGTATGCCTATGGCCCATGTGTGTACAGCACCCTTTAGAGGCCAGGAAG  750

seq1  GGCTTCAGATCCCTTGGAACTAAAGTTACAGATGATTGTGAGCCTCCATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAGATCCCTTGGAACTAAAGTTACAGATGATTGTGAGCCTCCATG  800

seq1  TAGATTCTGGGAACTGAACCTTTGGAAGAGAAGGCTGTATCTCAGCCACT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCTGGGAACTGAACCTTTGGAAGAG-AGGCTGTATCTCAGCCACT  849

seq1  GAGCCATCTCATGAAGCCCTCTATCCAATA-TTTTTTTTTACCCAT-GGT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  GAGCCATCTCATGAAGCCCTCTATCCAATATTTTTTTTTTACCCATGGGT  899

seq1  TGGTTGAATCCATGGCT-AAAATATGCACAAGTAATGAAGAA-TAACACT  945
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TGGTTGAATCCATGGCTAAAAATATGCACAAGT-ATGAAGAATTAACACT  948

seq1  AC-TTATTAAAACTGCTGTTAAAACCTCTAG-CCAAAGCAGTTGTGAGCT  993
      || ||||||||||||||  |||| | ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATTAAAACTGCTTGTAAACCTTCTAGCCCAAAGCAGTTGTGAGCT  998

seq1  TGAAGGTC-TCTGGGGGTTATA-TAAAT-ATGGGGGG-GGGGTG  1033
        |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |
seq2  GAAAGGTCTTCTGGGGGTTATATTAAATAATGGGGGGCGGGGGG  1042