BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263D21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 104,368,005 - 104,504,826
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn6
Upstream geneChl1, LOC666141, LOC100043345
Downstream geneLOC384470, LOC100043716, LOC100043350
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263D21.bB6Ng01-263D21.g
ACCGA067460GA067461
length1,1111,105
definitionB6Ng01-263D21.b B6Ng01-263D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,503,702 - 104,504,826)(104,368,005 - 104,369,107)
sequence
gaattcaattaatgaatgactgataagaaaaactttgaatttttgttctt
aatttctgggtaaaatttaagacagactcctaaaaaagtaatgtcagagg
ttttgttttaaataaagaagggaaataatgatagttaaccagggttgact
accattaagcaattatgattcaaatggcatagaatagaaaaatatatgaa
taaagaacaaaagactctttttacactaaaatgacaccagataggaatgt
cattcctatgcatctacacacatatgtgtacacatgtgtctgtatgtatt
gcagaatgtcttaagctaatgactatttgcttatgtaacagaggtcctat
agagttatgataaaaatgaatattttaatcatgtatttaccatgtgtatc
atagtttcattacagaatgagttggacatgtcttgtggcaattctgatat
gaataaactactttgtttccctttgaataagagtagagcatgtatcatca
tgttcactacatgatacttgactgtttctgaactttctgttctacatatc
tgattactatctcagagtatgcttctacttataggctcacatatcctatg
tttattgcatttcttggttaaacaaagaactttgtagactgattgaactg
gatcatatattttgtatgagaaaactccataatgtttgcataatgatata
acctctaagtaacacatttttcagaacatgtagtcatttcagagcagtat
gtaattatgaatatgttttagcctgcatgcccggcacagcattgactaat
ctgtaattttcctgcagtgatttctatatctgtatctgaagctccagcat
gataaacgtggactcccggactcccgaaaggaaagtcacacttggctaca
caccattttgtcactagaatgcccattccttgcaccacatagcccatgta
tgagtgtctcagtggtgagcataaaaaatataaattgaaacagtttgatc
acactgaaagatgctactctgcttttgtgtgagtatatcgcagctgcatc
ttcagaatgtcagctcacctgctgtcatgctcagagcatcatgccttcag
tgatgtgtgca
gaattcactcctctatttcacaaatatatttatatacacatatattcaat
tattttatttctgccgtgactgaaataaattttttaaatttattaaataa
atttaataaatttgttcctaataactacaataaaattttatacaaatttt
cttttatcaagctgtttaaaacaagagtcagaattattttctaaatgtct
ctaagagaaaatatctttaaattaattgaaaaatctgtattttgtcaact
ggattttgccatacactttgaccaaaaaagtttactaaaggagttataca
gaaataaataggaatacatttaggtcagtaaagagagtgaactcctaaaa
atattttcaagttttcaaacggcccagcatttctgtggcatgagcatgaa
atgcttggctccagaatttcaacttgttttgtcaatttgttcttttaaaa
gtttatcatataaattccttttttttccctgaatcaacaaaactatcaaa
agtaaatgtcaattgtatatggaaaatgtaattccataactcagtctatt
taaagtataaagatgttaaacatgaaaaatttcccaggaggaaaccatac
tattcaaaaacttgaactgggcaagaccctgaatccagggctttgttctt
caaagcactaagaatccattgaatacttttcaaattgcgttctcttctga
gacttccctgtgatgtgagagtgagtatgtcttggaaacctaatacagag
cagtcgtcagtcattgtgagtctactatcaaacttgacaaaggggctttt
gcacatttagggtttactttgatttgctggaagctgagtgtgagatgagg
attttaagagtggtttgtcaggcaggtttagcaaattctggttgtaagta
agatggtaagaaaatgatgtggctattaaaaataagctgctatgaacata
gtggagcatgtgtccttcttaccagttggaacatcttctggatattatgc
ccaggagagtattgctggatcctccggtagtactatatgttcaaattttc
tgagaaaccgccagactgactttcagaggagttgtaccaagcttttcatt
cccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_104503702_104504826
seq2: B6Ng01-263D21.b_41_1151 (reverse)

seq1  TGCACACATCCACTGAAAAGCAAGGATGCTCTGAGCATTGACAGGCAAGT  50
      ||||||||| |||||  |||  | ||||||||||||| ||||||   || 
seq2  TGCACACAT-CACTG--AAGGCATGATGCTCTGAGCA-TGACAG--CAGG  44

seq1  TGAGCCTGACATTTCTGAAGGATGCAGCTGCGATTATACTTCCACACAAA  100
      |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  TGAG-CTGACA-TTCTGAA-GATGCAGCTGCGA-TATACT--CACACAAA  88

seq1  AGCAGGAGTAGCATCTTTCAGTGTGATCAAACTGTTTTCAAATTTATATT  150
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  AGCA-GAGTAGCATCTTTCAGTGTGATCAAACTGTTT--CAATTTATATT  135

seq1  TTTTATGCTCACCACTGAGACACTCATACATGGGCTATGTGGTGCAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCTCACCACTGAGACACTCATACATGGGCTATGTGGTGCAAGGA  185

seq1  ATGGGCATTCTAGTGACAAAATGGTGTGTAGCCAAGTGTGACTTTCC-TT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGGGCATTCTAGTGACAAAATGGTGTGTAGCCAAGTGTGACTTTCCTTT  235

seq1  CGGGAGTCCGGGAGTCCACGTTTATCATGCTGGAGCTTCAGATACAGATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGTCCGGGAGTCCACGTTTATCATGCTGGAGCTTCAGATACAGATA  285

seq1  TAGAAATCACTGCAGGAAAATTACAGATTAGTCAATGCTGTGCCGGGCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCACTGCAGGAAAATTACAGATTAGTCAATGCTGTGCCGGGCAT  335

seq1  GCAGGCTAAAACATATTCATAATTACATACTGCTCTGAAATGACTACATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTAAAACATATTCATAATTACATACTGCTCTGAAATGACTACATG  385

seq1  TTCTGAAAAATGTGTTACTTAGAGGTTATATCATTATGCAAACATTATGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAAATGTGTTACTTAGAGGTTATATCATTATGCAAACATTATGG  435

seq1  AGTTTTCTCATACAAAATATATGATCCAGTTCAATCAGTCTACAAAGTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTCATACAAAATATATGATCCAGTTCAATCAGTCTACAAAGTTC  485

seq1  TTTGTTTAACCAAGAAATGCAATAAACATAGGATATGTGAGCCTATAAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTAACCAAGAAATGCAATAAACATAGGATATGTGAGCCTATAAGT  535

seq1  AGAAGCATACTCTGAGATAGTAATCAGATATGTAGAACAGAAAGTTCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCATACTCTGAGATAGTAATCAGATATGTAGAACAGAAAGTTCAGA  585

seq1  AACAGTCAAGTATCATGTAGTGAACATGATGATACATGCTCTACTCTTAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCAAGTATCATGTAGTGAACATGATGATACATGCTCTACTCTTAT  635

seq1  TCAAAGGGAAACAAAGTAGTTTATTCATATCAGAATTGCCACAAGACATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGGAAACAAAGTAGTTTATTCATATCAGAATTGCCACAAGACATG  685

seq1  TCCAACTCATTCTGTAATGAAACTATGATACACATGGTAAATACATGATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTCATTCTGTAATGAAACTATGATACACATGGTAAATACATGATT  735

seq1  AAAATATTCATTTTTATCATAACTCTATAGGACCTCTGTTACATAAGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTCATTTTTATCATAACTCTATAGGACCTCTGTTACATAAGCAA  785

seq1  ATAGTCATTAGCTTAAGACATTCTGCAATACATACAGACACATGTGTACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCATTAGCTTAAGACATTCTGCAATACATACAGACACATGTGTACA  835

seq1  CATATGTGTGTAGATGCATAGGAATGACATTCCTATCTGGTGTCATTTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGTGTAGATGCATAGGAATGACATTCCTATCTGGTGTCATTTTA  885

seq1  GTGTAAAAAGAGTCTTTTGTTCTTTATTCATATATTTTTCTATTCTATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAAAGAGTCTTTTGTTCTTTATTCATATATTTTTCTATTCTATGC  935

seq1  CATTTGAATCATAATTGCTTAATGGTAGTCAACCCTGGTTAACTATCATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAATCATAATTGCTTAATGGTAGTCAACCCTGGTTAACTATCATT  985

seq1  ATTTCCCTTCTTTATTTAAAACAAAACCTCTGACATTACTTTTTTAGGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTTCTTTATTTAAAACAAAACCTCTGACATTACTTTTTTAGGAG  1035

seq1  TCTGTCTTAAATTTTACCCAGAAATTAAGAACAAAAATTCAAAGTTTTTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTAAATTTTACCCAGAAATTAAGAACAAAAATTCAAAGTTTTTC  1085

seq1  TTATCAGTCATTCATTAATTGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGTCATTCATTAATTGAATTC  1111

seq1: chr6_104368005_104369107
seq2: B6Ng01-263D21.g_67_1171

seq1  GAATTCACTCCTCTATTTCACAAATATATTTATATACACATATATTCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCTCTATTTCACAAATATATTTATATACACATATATTCAAT  50

seq1  TATTTTATTTCTGCCGTGACTGAAATAAATTTTTTAAATTTATTAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTTCTGCCGTGACTGAAATAAATTTTTTAAATTTATTAAATAA  100

seq1  ATTTAATAAATTTGTTCCTAATAACTACAATAAAATTTTATACAAATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATAAATTTGTTCCTAATAACTACAATAAAATTTTATACAAATTTT  150

seq1  CTTTTATCAAGCTGTTTAAAACAAGAGTCAGAATTATTTTCTAAATGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATCAAGCTGTTTAAAACAAGAGTCAGAATTATTTTCTAAATGTCT  200

seq1  CTAAGAGAAAATATCTTTAAATTAATTGAAAAATCTGTATTTTGTCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGAAAATATCTTTAAATTAATTGAAAAATCTGTATTTTGTCAACT  250

seq1  GGATTTTGCCATACACTTTGACCAAAAAAGTTTACTAAAGGAGTTATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTGCCATACACTTTGACCAAAAAAGTTTACTAAAGGAGTTATACA  300

seq1  GAAATAAATAGGAATACATTTAGGTCAGTAAAGAGAGTGAACTCCTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAATAGGAATACATTTAGGTCAGTAAAGAGAGTGAACTCCTAAAA  350

seq1  ATATTTTCAAGTTTTCAAACGGCCCAGCATTTCTGTGGCATGAGCATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCAAGTTTTCAAACGGCCCAGCATTTCTGTGGCATGAGCATGAA  400

seq1  ATGCTTGGCTCCAGAATTTCAACTTGTTTTGTCAATTTGTTCTTTTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGGCTCCAGAATTTCAACTTGTTTTGTCAATTTGTTCTTTTAAAA  450

seq1  GTTTATCATATAAATTCCTTTTTTTTCCCTGAATCAACAAAACTATCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCATATAAATTCCTTTTTTTTCCCTGAATCAACAAAACTATCAAA  500

seq1  AGTAAATGTCAATTGTATATGGAAAATGTAATTCCATAACTCAGTCTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATGTCAATTGTATATGGAAAATGTAATTCCATAACTCAGTCTATT  550

seq1  TAAAGTATAAAGATGTTAAACATGAAAAATTTCCCAGGAGGAAACCATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATAAAGATGTTAAACATGAAAAATTTCCCAGGAGGAAACCATAC  600

seq1  TATTCAAAAACTTGAACTGGGCAAGACCCTGAATCCAGGGCTTTGTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAAAACTTGAACTGGGCAAGACCCTGAATCCAGGGCTTTGTTCTT  650

seq1  CAAAGCACTAAGAATCCATTGAATACTTTTCAAATTGCGTTCTCTTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACTAAGAATCCATTGAATACTTTTCAAATTGCGTTCTCTTCTGA  700

seq1  GACTTCCCTGTGATGTGAGAGTGAGTATGTCTTGGAAACCTAATACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCCTGTGATGTGAGAGTGAGTATGTCTTGGAAACCTAATACAGAG  750

seq1  CAGTCGTCAGTCATTGTGAGTCTACTATCAAACTTGACAAAGGGGCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGTCAGTCATTGTGAGTCTACTATCAAACTTGACAAAGGGGCTTTT  800

seq1  GCACATTTAGGGTTTACTTTGATTTGCTGGAAGCTGAGTGTGAGATGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTTAGGGTTTACTTTGATTTGCTGGAAGCTGAGTGTGAGATGAGG  850

seq1  ATTTTAAGAGTGGTTTGTCAGGCAGGTTTAGCAAATTCTGGTTGTAAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGAGTGGTTTGTCAGGCAGGTTTAGCAAATTCTGGTTGTAAGTA  900

seq1  AGATGGTAAGAAAATGATGTGGCTATTAAAAATAAGGCTGCTATGAACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGATGGTAAGAAAATGATGTGGCTATTAAAAATAA-GCTGCTATGAACAT  949

seq1  AGTGGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGAACATCTTCTGGATA-TATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTGGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGAACATCTTCTGGATATTATG  999

seq1  CCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCCTCCGGTAGTACTATATG-TCCAATTT  1048
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  CCCAGGAGA-GTATTGCTGGATCCTCCGGTAGTACTATATGTTCAAATTT  1048

seq1  TCTGAGGAACCGCCAGACTGACTTCCAGAGGAGTTGTA-CAAGC-TTTCA  1096
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TCTGAGAAACCGCCAGACTGACTTTCAGAGGAGTTGTACCAAGCTTTTCA  1098

seq1  TTCCCAC  1103
      |||||||
seq2  TTCCCAC  1105