BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265N11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,173,963 - 107,312,388
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1
Downstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265N11.bB6Ng01-265N11.g
ACCGA069388GA069389
length1,1121,188
definitionB6Ng01-265N11.b B6Ng01-265N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,173,963 - 107,175,077)(107,311,213 - 107,312,388)
sequence
gaattcaggacattttatattacaactatacactggccatagattatcta
aaaatcaaacaaacaagtgaaacaacactaaaaacccacacacccatatt
ctgtgacctctcttcacagcggctgccggctgattctctaatccatgagt
cttcagacaaccacactccagtgatcttgtgcacttctccatcacctgct
gttaaaagctaactaaagagaacaatatgtgccaaactacaagataccag
agggagcatctcattagtgttgggtggtcccagactgcaaaagtcaggaa
cagataagtatcatctgaataatggtaaatgtcagggtcacacagcagag
ataagaggatgagtacagattcagaatttcagtggattagagtgtgtggc
agaaattatgaacatgttagcgtgacaaatggctgtgtttatagcactct
gctaggtggtcataaagtttaaaaggaagagacttgagttaactcaaagt
gaatgatcaattacacatatggatctttttagatctaccctgctaatata
cagtaagagacagtaacactagaagaacactcaggatgactttgtgattt
ctattgcatcttccaatgctagcatactcgtttctgcattttgctggcat
ttagctaagatattcatgcatcatctcacttcatctttatggcaatgctg
aagctgtcaccattatctctagcttacagatggccgaggctctaaaaggg
tacatggtttgctcaaggacattagttgacaattcattcagccacgtaga
aatgtaatgtcaacctctcaagtttgcttaaagcttgtatctggtacaca
cagtggttaggtaccttaggcccactttcacatattaccactaaacagca
gaatttattcccccaaatcaggatgtcatgaggaccatgtatctaccact
gaaagccctaggaaagcaactgtccttgcctcttcccagattttgtctgt
tcacagcatctctggatgctctaactcacaggagcatcactcagtccctt
attagcatattttttcaatgtttccacattctgtatcttctatgaaaata
ataaagctgcta

gaattctcctcctgcagtctcagggaacaacagccttcgccttctgtgga
cagcatctgtcacttctgtgcatgttcagccttgaggcactgtgccctgg
ttgtttggaaaggtctaacttaaaccaaatatgtggtgtgttgttgatgg
tgctacaaaacggagaccataggccacaaatgttttgtgtttgtctcgcc
caagttgaacagatgagaactaacagctttttgttactctcctgggataa
tggtttgtttgattctggggcatcttcctaacgcaatgcatcatgttagg
cttctgctttccattccagggttgtcctccagcaaggagctaagacacac
tcttctattgtgtgtggcatgtacctgtgtgagattgtaagcccagggca
gggctcttgctggagccagttagcatgggtgaacgagataactctgtcat
ctccttgtggcgtaagtttagaaaagttaaatacattttaatttccctat
gctttaacttccttacctttgtaaaaaacataatcccagcatcctcaaca
acagtcatgttgaagactgaaaaagttagtacatgtcaagctaataaatg
gtgcttgatagagtagaaggcagtcagtgaaggttaccaatgtaaatgga
atagacaagatattgtgtatgagttctttttaactcatatattgcaagaa
taaaatttacctaagaagactctttgtcatgtaaatattgtagtctattt
gttacccttgacatgattaaaaaaaaaaaacaaacctctatttaattgag
ggttacaatgtggaagacacgatgctaagcaaatctttctgttttatttt
gcaaaagctttataacactgctgaggtcagtattacagacaaactaaggt
aagagagtttgcactgtattagtggtttgtgtacctttaggaaggatgga
cctcactccaaaggttgcatagacagattctaagctacagaggtcttctg
tactagccaggattataacaggttgcactgtattagcagaaacaccaaga
gatacactgggatgacaaatagttgataaaggtagagccaaatgcccatg
gatgccattcatgttcgaagcctagggagagagtgagacatgctgtaatc
tcccttagataggaggagcattgtccccctcacaaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107173963_107175077
seq2: B6Ng01-265N11.b_47_1158

seq1  GAATTCAGGACATTTTATATTACAACTATACACTGGCCATAGATTATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACATTTTATATTACAACTATACACTGGCCATAGATTATCTA  50

seq1  AAAATCAAACAAACAAGTGAAACAACACTAAAAACCCACACACCCATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAAACAAACAAGTGAAACAACACTAAAAACCCACACACCCATATT  100

seq1  CTGTGACCTCTCTTCACAGCGGCTGCCGGCTGATTCTCTAATCCATGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACCTCTCTTCACAGCGGCTGCCGGCTGATTCTCTAATCCATGAGT  150

seq1  CTTCAGACAACCACACTCCAGTGATCTTGTGCACTTCTCCATCACCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACAACCACACTCCAGTGATCTTGTGCACTTCTCCATCACCTGCT  200

seq1  GTTAAAAGCTAACTAAAGAGAACAATATGTGCCAAACTACAAGATACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAGCTAACTAAAGAGAACAATATGTGCCAAACTACAAGATACCAG  250

seq1  AGGGAGCATCTCATTAGTGTTGGGTGGTCCCAGACTGCAAAAGTCAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCATCTCATTAGTGTTGGGTGGTCCCAGACTGCAAAAGTCAGGAA  300

seq1  CAGATAAGTATCATCTGAATAATGGTAAATGTCAGGGTCACACAGCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAGTATCATCTGAATAATGGTAAATGTCAGGGTCACACAGCAGAG  350

seq1  ATAAGAGGATGAGTACAGATTCAGAATTTCAGTGGATTAGAGTGTGTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGGATGAGTACAGATTCAGAATTTCAGTGGATTAGAGTGTGTGGC  400

seq1  AGAAATTATGAACATGTTAGCGTGACAAATGGCTGTGTTTATAGCACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTATGAACATGTTAGCGTGACAAATGGCTGTGTTTATAGCACTCT  450

seq1  GCTAGGTGGTCATAAAGTTTAAAAGGAAGAGACTTGAGTTAACTCAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTGGTCATAAAGTTTAAAAGGAAGAGACTTGAGTTAACTCAAAGT  500

seq1  GAATGATCAATTACACATATGGATCTTTTTAGATCTACCCTGCTAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATCAATTACACATATGGATCTTTTTAGATCTACCCTGCTAATATA  550

seq1  CAGTAAGAGACAGTAACACTAGAAGAACACTCAGGATGACTTTGTGATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGAGACAGTAACACTAGAAGAACACTCAGGATGACTTTGTGATTT  600

seq1  CTATTGCATCTTCCAATGCTAGCATACTCGTTTCTGCATTTTGCTGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCATCTTCCAATGCTAGCATACTCGTTTCTGCATTTTGCTGGCAT  650

seq1  TTAGCTAAGATATTCATGCATCATCTCACTTCATCTTTATGGCAATGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAAGATATTCATGCATCATCTCACTTCATCTTTATGGCAATGCTG  700

seq1  AAGCTGTCACCATTATCTCTAGCTTACAGATGGCCGAGGCTCTAAAAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTCACCATTATCTCTAGCTTACAGATGGCCGAGGCTCTAAAAGGG  750

seq1  TACATGGTTTGCTCAAGGACATTAGTTGACAATTCATTCAGCCACGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGTTTGCTCAAGGACATTAGTTGACAATTCATTCAGCCACGTAGA  800

seq1  AATGTAATGTCAACCTCTCAAGTTTGCTTAAAGCTTGTATCTGGTACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAATGTCAACCTCTCAAGTTTGCTTAAAGCTTGTATCTGGTACACA  850

seq1  CAGTGGTTAGGTACCTTAGGCCCACTTTCACATATTACCACTAAACAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTTAGGTACCTTAGGCCCACTTTCACATATTACCACTAAACAGCA  900

seq1  GAATTTATTCCCCCAAATCAGGATGTCATGAGGACCATGTATCTACCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATTCCCCCAAATCAGGATGTCATGAGGACCATGTATCTACCACT  950

seq1  GAAAGCCCTAGGAAAGCAACTGTCCTTGCCTCTTCCCAGATTTTGTCTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCCTAGGAAAGCAACTGTCCTTGCCTCTTCCCAGATTTTGTCTGT  1000

seq1  TCACAGCATCTCTGGGATGCTCTAACTCACAGGAGCATCACTCAGGTCCC  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || 
seq2  TCACAGCATCTCT-GGATGCTCTAACTCACAGGAGCATCACTCAGTCCCT  1049

seq1  TATTAGCATAATTTTTTCAATGTTTCCACA-TCTGTATCCTTTCCTTATG  1099
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||  ||||
seq2  TATTAGCAT-ATTTTTTCAATGTTTCCACATTCTGTATC--TTC--TATG  1094

seq1  AAAATA--TAAGCTGCTA  1115
      ||||||   |||||||||
seq2  AAAATAATAAAGCTGCTA  1112


seq1: chr6_107311213_107312388
seq2: B6Ng01-265N11.g_68_1255 (reverse)

seq1  GTTTTGTGAGGG---CCATGCTTCCTCTATCT-AGGGAGAT--CAGCATG  44
      ||||||||||||   | ||||| |  |||||| ||||||||  |||||||
seq2  GTTTTGTGAGGGGGACAATGCTCCTCCTATCTAAGGGAGATTACAGCATG  50

seq1  -CTCACT-TCTTCCTA-GCTTCTGACATGGATGGCATTCCAT-GGCATTT  90
       |||||| ||| |||| |||||  ||||| |||||| ||||| |||||||
seq2  TCTCACTCTCTCCCTAGGCTTCGAACATGAATGGCA-TCCATGGGCATTT  99

seq1  TGGGCTCTACCTTTATC-ACTATTTGTCATTCCAGTGTATCTCTTTGGTG  139
        ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  --GGCTCTACCTTTATCAACTATTTGTCATCCCAGTGTATCTC-TTGGTG  146

seq1  TTTCTGCTAATACAGTGCAACCTG-TATAATCCTGGCTAGTACAGAAGAC  188
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTAATACAGTGCAACCTGTTATAATCCTGGCTAGTACAGAAGAC  196

seq1  CTCTGTAGCTTAGAATCTTGTCTATGCAACCTTTGG-GTGA-GTCCATCC  236
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  CTCTGTAGCTTAGAATC-TGTCTATGCAACCTTTGGAGTGAGGTCCATCC  245

seq1  TTCCT-AAGGTACACAAACCACTAATACAGTGCAAACTCTCTTACCTTAG  285
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAAGGTACACAAACCACTAATACAGTGCAAACTCTCTTACCTTAG  295

seq1  TTTGTCTGTAATACTGACCTCAGCAGTGTTATAAAGCTTTTGCAAAATAA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGTAATACTGACCTCAGCAGTGTTATAAAGCTTTTGCAAAATAA  345

seq1  AACAG-AAGATTTGCTTAGCATCGTGTCTTCCACATTGTAACCCTCAATT  384
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGATTTGCTTAGCATCGTGTCTTCCACATTGTAACCCTCAATT  395

seq1  AAATAGAGGTTTG-TTTTTTTTTTTAATCATGTCAAGGGTAACAAATAGA  433
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAGGTTTGTTTTTTTTTTTTAATCATGTCAAGGGTAACAAATAGA  445

seq1  CTACAATATTTACATGACAAAGAGTCTTCTTAGGTAAATTTTATTCTTGC  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATATTTACATGACAAAGAGTCTTCTTAGGTAAATTTTATTCTTGC  495

seq1  AATATATGAGTTAAAAAGAACTCATACACAATATCTTGTCTATTCCATTT  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGAGTTAAAAAGAACTCATACACAATATCTTGTCTATTCCATTT  545

seq1  ACATTGGTAACCTTCACTGACTGCCTTCTACTCTATCAAGCACCATTTAT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGTAACCTTCACTGACTGCCTTCTACTCTATCAAGCACCATTTAT  595

seq1  TAGCTTGACATGTACTAACTTTTTCAGTCTTCAACATGACTGTTGTTGAG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGACATGTACTAACTTTTTCAGTCTTCAACATGACTGTTGTTGAG  645

seq1  GATGCTGGGATTATGTTTTTTACAAAGGTAAGGAAGTTAAAGCATAGGGA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGGATTATGTTTTTTACAAAGGTAAGGAAGTTAAAGCATAGGGA  695

seq1  AATTAAAATGTATTTAACTTTTCTAAACTTACGCCACAAGGAGATGACAG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAATGTATTTAACTTTTCTAAACTTACGCCACAAGGAGATGACAG  745

seq1  AGTTATCTCGTTCACCCATGCTAACTGGCTCCAGCAAGAGCCCTGCCCTG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCTCGTTCACCCATGCTAACTGGCTCCAGCAAGAGCCCTGCCCTG  795

seq1  GGCTTACAATCTCACACAGGTACATGCCACACACAATAGAAGAGTGTGTC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACAATCTCACACAGGTACATGCCACACACAATAGAAGAGTGTGTC  845

seq1  TTAGCTCCTTGCTGGAGGACAACCCTGGAATGGAAAGCAGAAGCCTAACA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCCTTGCTGGAGGACAACCCTGGAATGGAAAGCAGAAGCCTAACA  895

seq1  TGATGCATTGCGTTAGGAAGATGCCCCAGAATCAAACAAACCATTATCCC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCATTGCGTTAGGAAGATGCCCCAGAATCAAACAAACCATTATCCC  945

seq1  AGGAGAGTAACAAAAAGCTGTTAGTTCTCATCTGTTCAACTTGGGCGAGA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGTAACAAAAAGCTGTTAGTTCTCATCTGTTCAACTTGGGCGAGA  995

seq1  CAAACACAAAACATTTGTGGCCTATGGTCTCCGTTTTGTAGCACCATCAA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACAAAACATTTGTGGCCTATGGTCTCCGTTTTGTAGCACCATCAA  1045

seq1  CAACACACCACATATTTGGTTTAAGTTAGACCTTTCCAAACAACCAGGGC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACACCACATATTTGGTTTAAGTTAGACCTTTCCAAACAACCAGGGC  1095

seq1  ACAGTGCCTCAAGGCTGAACATGCACAGAAGTGACAGATGCTGTCCACAG  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCTCAAGGCTGAACATGCACAGAAGTGACAGATGCTGTCCACAG  1145

seq1  AAGGCGAAGGCTGTTGTTCCCTGAGACTGCAGGAGGAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGAAGGCTGTTGTTCCCTGAGACTGCAGGAGGAGAATTC  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |