BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265N14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 101,931,628 - 102,061,223
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666084
Upstream geneEG545870, LOC100043321, Pdzrn3
Downstream geneCntn3, EG666123
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265N14.bB6Ng01-265N14.g
ACCGA069394GA069395
length950636
definitionB6Ng01-265N14.b B6Ng01-265N14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,060,276 - 102,061,223)(101,931,628 - 101,932,263)
sequence
gaattctaccttccaagcctttgccctacaggtagaccatggtaactaca
gaaagaaggggattgctgatatgatctttccagtggaaggtactctgtgt
cactttcatagaagagttgaaaaaacttgacttcaagactagcttgtgtt
tctgccttttgtataaagagggatcatgtatttaatagattgaataaaag
caccttgattccagaagtcagtgagaaaaatggattgagtatgttctatg
tgtacactggtaactgctggatattttcaattctttttctccttatcatc
atcccatacaccttgtaagtgaggtaatacacatatataagtttaataat
ttggctcaaggtacttgagctccagtatatagctcctagccttcctagga
ctgattaagagtttgaggattgaaggaagattttccctgtacaaactctt
aatagaattttgagagtgaatgatgggagattttgtcgtaattgtgatta
gcacaccagtacagaaacatttgtgggtgagagagacctcaggtaacagg
tgagaatggcaagaaacagacttctcaggtgacaggtttcactgatcagc
tcatttaattgggggaacaaaggctcttttaaacctttgagggttaggaa
gggttatggagtgagtgtacattattggaccagggccagaattctgatgc
ctcatttgcataaggagggatttcaggtgctactgaatatgaccttgcaa
gggcaaaggaagtttaacctacagagttacatgtcctcctctcattggac
agaggtcaagaaaaaatgtctacatgcatgttccccattttgctccacag
ctataccatacctcaggcagttacaggggaaaaagggataggattacaaa
agtatttgattctgaattgggggaaagtgtctttaagtcttcttcacata


gaattccagggtaggtgagctttatcttgctccatctcaggggacattcc
agaaccaatactggggcctgggggctggaatctggtatcgaggggtctat
aaactgatgatgacagattttccttgcttcaggcagggcagcttcagatg
gcagggcagtttctgactagctgcctgaagcctgttttttttcccctagt
aactgacttgattaggcttgcccagacttgcccagttcttaggcctagtc
tcctgaactgccaatttgaaacctgtcatggagtcagcctagccttctca
ccataacctaatgatatgattaaatgagtgtattttaatttccattttaa
ggatggaacatcttactcaagactccacagtaaaggagtaaaggtgggct
ccaactcaggtccaacttcaggaatcaatgactttaagtattgttttcta
ttgtaactaagtaagttgatgattcctctcaatccttaagcgactactgt
ttctcagtcatttgattccaaccagctccctgggaacttgtgatatctag
tcttggctgccatcataccattatctcactatctttctctggacccaatt
taatactgattgtttactttgtgagtgtgtgtatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_102060276_102061223
seq2: B6Ng01-265N14.b_49_998 (reverse)

seq1  TGTGTGAAGAGAACTTTAAAGACACTTTCCCCCAA-TCAGAATCAAATAC  49
      | ||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGTGAAGAAGAC-TTAAAGACACTTTCCCCCAATTCAGAATCAAATAC  49

seq1  TTTTGTAATCCTATCCC-TTTTCCCCTGTACCTGCCTGAGGTATGGTATA  98
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAATCCTATCCCTTTTTCCCCTGTAACTGCCTGAGGTATGGTATA  99

seq1  GCTGTGGAGC-AAATGGGGAACATGCATGTAGACATTTTTTCTTGACCTC  147
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGAGCAAAATGGGGAACATGCATGTAGACATTTTTTCTTGACCTC  149

seq1  TGTCCAATGAGAGGAGGACATGTAACTCTGTAGGTTAAACTTCCTTTGCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAATGAGAGGAGGACATGTAACTCTGTAGGTTAAACTTCCTTTGCC  199

seq1  CTTGCAAGGTCATATTCAGTAGCACCTGAAATCCCTCCTTATGCAAATGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAGGTCATATTCAGTAGCACCTGAAATCCCTCCTTATGCAAATGA  249

seq1  GGCATCAGAATTCTGGCCCTGGTCCAATAATGTACACTCACTCCATAACC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAGAATTCTGGCCCTGGTCCAATAATGTACACTCACTCCATAACC  299

seq1  CTTCCTAACCCTCAAAGGTTTAAAAGAGCCTTTGTTCCCCCAATTAAATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAACCCTCAAAGGTTTAAAAGAGCCTTTGTTCCCCCAATTAAATG  349

seq1  AGCTGATCAGTGAAACCTGTCACCTGAGAAGTCTGTTTCTTGCCATTCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATCAGTGAAACCTGTCACCTGAGAAGTCTGTTTCTTGCCATTCTC  399

seq1  ACCTGTTACCTGAGGTCTCTCTCACCCACAAATGTTTCTGTACTGGTGTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTACCTGAGGTCTCTCTCACCCACAAATGTTTCTGTACTGGTGTG  449

seq1  CTAATCACAATTACGACAAAATCTCCCATCATTCACTCTCAAAATTCTAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCACAATTACGACAAAATCTCCCATCATTCACTCTCAAAATTCTAT  499

seq1  TAAGAGTTTGTACAGGGAAAATCTTCCTTCAATCCTCAAACTCTTAATCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTTGTACAGGGAAAATCTTCCTTCAATCCTCAAACTCTTAATCA  549

seq1  GTCCTAGGAAGGCTAGGAGCTATATACTGGAGCTCAAGTACCTTGAGCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGAAGGCTAGGAGCTATATACTGGAGCTCAAGTACCTTGAGCCA  599

seq1  AATTATTAAACTTATATATGTGTATTACCTCACTTACAAGGTGTATGGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTAAACTTATATATGTGTATTACCTCACTTACAAGGTGTATGGGA  649

seq1  TGATGATAAGGAGAAAAAGAATTGAAAATATCCAGCAGTTACCAGTGTAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATAAGGAGAAAAAGAATTGAAAATATCCAGCAGTTACCAGTGTAC  699

seq1  ACATAGAACATACTCAATCCATTTTTCTCACTGACTTCTGGAATCAAGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAACATACTCAATCCATTTTTCTCACTGACTTCTGGAATCAAGGT  749

seq1  GCTTTTATTCAATCTATTAAATACATGATCCCTCTTTATACAAAAGGCAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATTCAATCTATTAAATACATGATCCCTCTTTATACAAAAGGCAG  799

seq1  AAACACAAGCTAGTCTTGAAGTCAAGTTTTTTCAACTCTTCTATGAAAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAGCTAGTCTTGAAGTCAAGTTTTTTCAACTCTTCTATGAAAGT  849

seq1  GACACAGAGTACCTTCCACTGGAAAGATCATATCAGCAATCCCCTTCTTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGAGTACCTTCCACTGGAAAGATCATATCAGCAATCCCCTTCTTT  899

seq1  CTGTAGTTACCATGGTCTACCTGTAGGGCAAAGGCTTGGAAGGTAGAATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTTACCATGGTCTACCTGTAGGGCAAAGGCTTGGAAGGTAGAATT  949

seq1  C  948
      |
seq2  C  950


seq1: chr6_101931628_101932263
seq2: B6Ng01-265N14.g_67_702

seq1  GAATTCCAGGGTAGGTGAGCTTTATCTTGCTCCATCTCAGGGGACATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGTAGGTGAGCTTTATCTTGCTCCATCTCAGGGGACATTCC  50

seq1  AGAACCAATACTGGGGCCTGGGGGCTGGAATCTGGTATCGAGGGGTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAATACTGGGGCCTGGGGGCTGGAATCTGGTATCGAGGGGTCTAT  100

seq1  AAACTGATGATGACAGATTTTCCTTGCTTCAGGCAGGGCAGCTTCAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGATGATGACAGATTTTCCTTGCTTCAGGCAGGGCAGCTTCAGATG  150

seq1  GCAGGGCAGTTTCTGACTAGCTGCCTGAAGCCTGTTTTTTTTCCCCTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCAGTTTCTGACTAGCTGCCTGAAGCCTGTTTTTTTTCCCCTAGT  200

seq1  AACTGACTTGATTAGGCTTGCCCAGACTTGCCCAGTTCTTAGGCCTAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACTTGATTAGGCTTGCCCAGACTTGCCCAGTTCTTAGGCCTAGTC  250

seq1  TCCTGAACTGCCAATTTGAAACCTGTCATGGAGTCAGCCTAGCCTTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAACTGCCAATTTGAAACCTGTCATGGAGTCAGCCTAGCCTTCTCA  300

seq1  CCATAACCTAATGATATGATTAAATGAGTGTATTTTAATTTCCATTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACCTAATGATATGATTAAATGAGTGTATTTTAATTTCCATTTTAA  350

seq1  GGATGGAACATCTTACTCAAGACTCCACAGTAAAGGAGTAAAGGTGGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAACATCTTACTCAAGACTCCACAGTAAAGGAGTAAAGGTGGGCT  400

seq1  CCAACTCAGGTCCAACTTCAGGAATCAATGACTTTAAGTATTGTTTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCAGGTCCAACTTCAGGAATCAATGACTTTAAGTATTGTTTTCTA  450

seq1  TTGTAACTAAGTAAGTTGATGATTCCTCTCAATCCTTAAGCGACTACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTAAGTAAGTTGATGATTCCTCTCAATCCTTAAGCGACTACTGT  500

seq1  TTCTCAGTCATTTGATTCCAACCAGCTCCCTGGGAACTTGTGATATCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTCATTTGATTCCAACCAGCTCCCTGGGAACTTGTGATATCTAG  550

seq1  TCTTGGCTGCCATCATACCATTATCTCACTATCTTTCTCTGGACCCAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCTGCCATCATACCATTATCTCACTATCTTTCTCTGGACCCAATT  600

seq1  TAATACTGATTGTTTACTTTGTGAGTGTGTGTATGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTGATTGTTTACTTTGTGAGTGTGTGTATGT  636


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |