BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266B21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 146,906,758 - 147,066,925
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpfibp1, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5
Upstream geneSspn, Itpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, 1700034J05Rik
Downstream geneEG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129, Ccdc91, LOC100039712, LOC100039727, LOC100039736, Mlstd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266B21.bB6Ng01-266B21.g
ACCGA069595GA069596
length1,1451,169
definitionB6Ng01-266B21.b B6Ng01-266B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,065,754 - 147,066,925)(146,906,758 - 146,907,905)
sequence
gaattcaccaccagcacagaaacagcaatgacttacagctatgactgtgg
ctgccattattaccaaaatgtctaatgtttagggaaagtgttaaggcccc
actgaagtttctcttcatggctggcgagcatccctgatgttccagtggca
agggcagatgatgttggagagcactttcagagcaacccaaaagttcagtt
ccctccaagctgaacagcagtttccaggtctctgtagcaattcacaactt
tccccagaacatgtgtgttaccttggccacaccacaggtccatacacaaa
caccacacatctcgggaagactatcagtaaatagcacaacctgactcaaa
gcaaagcttgagcagtcccagctggggcagccttgtctggaccagtgtag
atgactaaggagccccaggaaggtgaatcacacagagttgatctgtcctg
tgactcaaggctgagctcatgcacccaggtggtgttgtggacgcatgctc
cagaggtatcaagtgcctccaaacagaggaaccaaggaaacaacgccacc
tcacctccgctccaaaaccgcgctctcacccacagtagttagttcatttc
actgcactccggatactatccagttttaagagtagagaaactgaggctgg
gagagcttgccaatgtccacagtcaagtttgttcatgaccagagaacaat
atctagaccatcacagtaccgcttgaccagagctggaaatggggatttac
atcatctgaagcatttggttgggctcttctcacatgattcttatggtttc
tgttcatctgtgtaagatttctggtggtaacagagctattcagtgctttg
tttcctcagttctatcatgggcaagttttatgccagctcaactaaatgaa
aaggctgttagggcatcaatgaatttgtttgtaagagggtttccagagag
gattaactgagaaacagaaaaaaattagctaaaattaaaataatcctgta
atgtaggtgaacatcccacaggctgggggtgggtctgttcaaacaaacca
acaatgagagagagagagagagagagagaagagagaagagaatccgaatc
cctggagacatgccaaggtcagcttcacggttcctgctaactgtt
gaattccagtaaccagcagggtctctgttgtgagtgtaggatcaaggtgg
tgtgctcagatcaggaaggccagtgccccctgcactaaggacacgagtat
ctgtcgagctctatggaaacaatcctggatgtcacctcatggcagacagt
gtgggatctcacagggagggtggcattgccggggaaagaggcttgctctg
gtattaaatacagcttttgaatgccaagcagttcctagtgcagagtaaaa
tacagcgactagacggacggacgtagacacagagatgttattggtgactg
tcagtggtttctgaacttgagtgtgcttccttgtcacccagaggacttgt
tacagtacagctttccagtgccaccctaagaattcagttcagtaggtctg
ggtggagtcagaatctttggtcttaatgaatgaggtttatgaaaaacgca
ctgatcatgaagggaataaaattatagtagcaaaatagggggaggatgct
gactactctgtcccatgatcttgaccacttaccccttagtttttctgtga
gacttctctactcttagagcaactggtctcaccaaaaatatgcaggggtg
ggacaggaatgtggccatggagaacagtctgagggaggtttcctgactta
aaagcagtttgtaggcttggagcttctgaaactctgatcatgagtgcatt
ttctagtcttatttttgaaaatgtaaatctagcacgttatattttagtac
caacctatgctctaagagcattttaacacagcactttacagaaagtctca
actcaaatactgaatttgggacctttaccagcaaacatgctgtgctcttc
ctgcatagccctcagcatctggcagctcctctcagggcccaagccgggca
tcatcttggttacacttcctcactcaggctttctgttcctgcacctttcc
ttcagaaagccctgtggattctgcccctgtcacttgtcccaacttcctgc
tttgtcctgactagtttcttaaggtggacgtttaccgccgtctttctctt
gggttccttttcagaaaggtaatgagttctttagaaacaacaaggtttaa
cctcctctgcctttagctaagaccccttgcctgatatcctgtttgtaagt
tagactttaagtctcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147065754_147066925
seq2: B6Ng01-266B21.b_42_1186 (reverse)

seq1  AACAGCTAGCAGGAA-CGTGAGGCTGA-CTTTGCATGTCTC--AGGATCT  46
      ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||   ||||  
seq2  AACAGTTAGCAGGAACCGTGAAGCTGACCTTGGCATGTCTCCAGGGATTC  50

seq1  GGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  96
      ||| |||||                     ||||||| ||||||||||||
seq2  GGATTCTCT---------------------TCTCTCT-TCTCTCTCTCTC  78

seq1  TCTCTCTCTCTCATTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGACCAGAACCCCACCCC  146
      |||||||||||||      |||||  | | ||||| ||| ||||  ||||
seq2  TCTCTCTCTCTCA------TTGTTGGTTTGTTTGAACAG-ACCCACCCCC  121

seq1  AGCCTGTGGGATGTTCACCTACATTAACAGGATTAATTTTAATTTTAGCT  196
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGGGATGTTCACCTACATT-ACAGGATT-ATTTTAATTTTAGCT  169

seq1  AATTTTTTTCTGTTTCTCAGTTAATCCTCTCTGGAAACCCTCTTACAAAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTTCTGTTTCTCAGTTAATCCTCTCTGGAAACCCTCTTACAAAC  219

seq1  AAATTCATTGATGCCCTAACAGCCTTTTCATTTAGTTGAGCTGGCATAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATTGATGCCCTAACAGCCTTTTCATTTAGTTGAGCTGGCATAAA  269

seq1  ACTTGCCCATGATAGAACTGAGGAAACAAAGCACTGAATAGCTCTGTTAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCCATGATAGAACTGAGGAAACAAAGCACTGAATAGCTCTGTTAC  319

seq1  CACCAGAAATCTTACACAGATGAACAGAAACCATAAGAATCATGTGAGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAAATCTTACACAGATGAACAGAAACCATAAGAATCATGTGAGAA  369

seq1  GAGCCCAACCAAATGCTTCAGATGATGTAAATCCCCATTTCCAGCTCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAACCAAATGCTTCAGATGATGTAAATCCCCATTTCCAGCTCTGG  419

seq1  TCAAGCGGTACTGTGATGGTCTAGATATTGTTCTCTGGTCATGAACAAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCGGTACTGTGATGGTCTAGATATTGTTCTCTGGTCATGAACAAAC  469

seq1  TTGACTGTGGACATTGGCAAGCTCTCCCAGCCTCAGTTTCTCTACTCTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTGGACATTGGCAAGCTCTCCCAGCCTCAGTTTCTCTACTCTTA  519

seq1  AAACTGGATAGTATCCGGAGTGCAGTGAAATGAACTAACTACTGTGGGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGATAGTATCCGGAGTGCAGTGAAATGAACTAACTACTGTGGGTG  569

seq1  AGAGCGCGGTTTTGGAGCGGAGGTGAGGTGGCGTTGTTTCCTTGGTTCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGCGGTTTTGGAGCGGAGGTGAGGTGGCGTTGTTTCCTTGGTTCCT  619

seq1  CTGTTTGGAGGCACTTGATACCTCTGGAGCATGCGTCCACAACACCACCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGAGGCACTTGATACCTCTGGAGCATGCGTCCACAACACCACCT  669

seq1  GGGTGCATGAGCTCAGCCTTGAGTCACAGGACAGATCAACTCTGTGTGAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCATGAGCTCAGCCTTGAGTCACAGGACAGATCAACTCTGTGTGAT  719

seq1  TCACCTTCCTGGGGCTCCTTAGTCATCTACACTGGTCCAGACAAGGCTGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTCCTGGGGCTCCTTAGTCATCTACACTGGTCCAGACAAGGCTGC  769

seq1  CCCAGCTGGGACTGCTCAAGCTTTGCTTTGAGTCAGGTTGTGCTATTTAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTGGGACTGCTCAAGCTTTGCTTTGAGTCAGGTTGTGCTATTTAC  819

seq1  TGATAGTCTTCCCGAGATGTGTGGTGTTTGTGTATGGACCTGTGGTGTGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTCTTCCCGAGATGTGTGGTGTTTGTGTATGGACCTGTGGTGTGG  869

seq1  CCAAGGTAACACACATGTTCTGGGGAAAGTTGTGAATTGCTACAGAGACC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTAACACACATGTTCTGGGGAAAGTTGTGAATTGCTACAGAGACC  919

seq1  TGGAAACTGCTGTTCAGCTTGGAGGGAACTGAACTTTTGGGTTGCTCTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTGCTGTTCAGCTTGGAGGGAACTGAACTTTTGGGTTGCTCTGA  969

seq1  AAGTGCTCTCCAACATCATCTGCCCTTGCCACTGGAACATCAGGGATGCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCTCCAACATCATCTGCCCTTGCCACTGGAACATCAGGGATGCT  1019

seq1  CGCCAGCCATGAAGAGAAACTTCAGTGGGGCCTTAACACTTTCCCTAAAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGCCATGAAGAGAAACTTCAGTGGGGCCTTAACACTTTCCCTAAAC  1069

seq1  ATTAGACATTTTGGTAATAATGGCAGCCACAGTCATAGCTGTAAGTCATT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGACATTTTGGTAATAATGGCAGCCACAGTCATAGCTGTAAGTCATT  1119

seq1  GCTGTTTCTGTGCTGGTGGTGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTCTGTGCTGGTGGTGAATTC  1145

seq1: chr6_146906758_146907905
seq2: B6Ng01-266B21.g_69_1237

seq1  GAATTCCAGTAACCAGCAGGGTCTCTGTTGTGAGTGTAGGATCAAGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAACCAGCAGGGTCTCTGTTGTGAGTGTAGGATCAAGGTGG  50

seq1  TGTGCTCAGATCAGGAAGGCCAGTGCCCCCTGCACTAAGGACACGAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCAGATCAGGAAGGCCAGTGCCCCCTGCACTAAGGACACGAGTAT  100

seq1  CTGTCGAGCTCTATGGAAACAATCCTGGATGTCACCTCATGGCAGACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGAGCTCTATGGAAACAATCCTGGATGTCACCTCATGGCAGACAGT  150

seq1  GTGGGATCTCACAGGGAGGGTGGCATTGCCGGGGAAAGAGGCTTGCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATCTCACAGGGAGGGTGGCATTGCCGGGGAAAGAGGCTTGCTCTG  200

seq1  GTATTAAATACAGCTTTTGAATGCCAAGCAGTTCCTAGTGCAGAGTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAATACAGCTTTTGAATGCCAAGCAGTTCCTAGTGCAGAGTAAAA  250

seq1  TACAGCGACTAGACGGACGGACGTAGACACAGAGATGTTATTGGTGACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCGACTAGACGGACGGACGTAGACACAGAGATGTTATTGGTGACTG  300

seq1  TCAGTGGTTTCTGAACTTGAGTGTGCTTCCTTGTCACCCAGAGGACTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTTTCTGAACTTGAGTGTGCTTCCTTGTCACCCAGAGGACTTGT  350

seq1  TACAGTACAGCTTTCCAGTGCCACCCTAAGAATTCAGTTCAGTAGGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTACAGCTTTCCAGTGCCACCCTAAGAATTCAGTTCAGTAGGTCTG  400

seq1  GGTGGAGTCAGAATCTTTGGTCTTAATGAATGAGGTTTATGAAAAACGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGTCAGAATCTTTGGTCTTAATGAATGAGGTTTATGAAAAACGCA  450

seq1  CTGATCATGAAGGGAATAAAATTATAGTAGCAAAATAGGGGGAGGATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCATGAAGGGAATAAAATTATAGTAGCAAAATAGGGGGAGGATGCT  500

seq1  GACTACTCTGTCCCATGATCTTGACCACTTACCCCTTAGTTTTTCTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTCTGTCCCATGATCTTGACCACTTACCCCTTAGTTTTTCTGTGA  550

seq1  GACTTCTCTACTCTTAGAGCAACTGGTCTCACCAAAAATATGCAGGGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCTACTCTTAGAGCAACTGGTCTCACCAAAAATATGCAGGGGTG  600

seq1  GGACAGGAATGTGGCCATGGAGAACAGTCTGAGGGAGGTTTCCTGACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGAATGTGGCCATGGAGAACAGTCTGAGGGAGGTTTCCTGACTTA  650

seq1  AAAGCAGTTTGTAGGCTTGGAGCTTCTGAAACTCTGATCATGAGTGCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTTTGTAGGCTTGGAGCTTCTGAAACTCTGATCATGAGTGCATT  700

seq1  TTCTAGTCTTATTTTTGAAAATGTAAATCTAGCACGTTATATTTTAGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTCTTATTTTTGAAAATGTAAATCTAGCACGTTATATTTTAGTAC  750

seq1  CAACCTATGCTCTAAGAGCATTTTAACACAGCACTTTACAG-AAGTCTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAACCTATGCTCTAAGAGCATTTTAACACAGCACTTTACAGAAAGTCTCA  800

seq1  ACTCAAATACTGAATTTGGGACCTTTACCAGCAAACATGCTGTGCTCTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAATACTGAATTTGGGACCTTTACCAGCAAACATGCTGTGCTCTTC  850

seq1  CTGCATAG-CCTCAGCATCTGGCAGCTCCTCTCAGGGCCCAGGCCGGGCA  898
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGCATAGCCCTCAGCATCTGGCAGCTCCTCTCAGGGCCCAAGCCGGGCA  900

seq1  TCATCTTGGTTACAC-TCCTCACTCAGGC-TTCTGTTCCTGCACC-TTCC  945
      ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TCATCTTGGTTACACTTCCTCACTCAGGCTTTCTGTTCCTGCACCTTTCC  950

seq1  TTCAGGAAGCCCTGTGGATTCTGCCCCTGTCACTTGTCC--ACTTCCTGC  993
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TTCAGAAAGCCCTGTGGATTCTGCCCCTGTCACTTGTCCCAACTTCCTGC  1000

seq1  TTTGTCCTGACTAG-TTCTT-AGGTGGACG-TTACCG-CGTC-TTCTC-T  1037
      |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| ||||| |
seq2  TTTGTCCTGACTAGTTTCTTAAGGTGGACGTTTACCGCCGTCTTTCTCTT  1050

seq1  GGGTTC--TTTCAGGAAAGGTAATGAGT--CTTAGAAAC-ACAAG---TT  1079
      ||||||  ||||| ||||||||||||||   |||||||| |||||   | 
seq2  GGGTTCCTTTTCA-GAAAGGTAATGAGTTCTTTAGAAACAACAAGGTTTA  1099

seq1  ACCT-CTCTGC--TTAAGTAAGACCCCTTG-CTGATATCCCTGTTTTGTA  1125
      |||| ||||||  |||  |||||||||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  ACCTCCTCTGCCTTTAGCTAAGACCCCTTGCCTGATAT-CCTG-TTTGTA  1147

seq1  GTGTAGACTTTAAATTTTCAAAA  1148
         |||||||| || | ||||||
seq2  AGTTAGACTTT-AAGTCTCAAAA  1169