BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269E17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 29,437,142 - 29,561,367
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrim2, Irf5, Tnpo3
Upstream geneSnd1, Lrrc4, LOC100041367, Lep, Rbm28, D330027H18Rik, Impdh1, 2310016C08Rik, AI507611, BC048651, Calu, Opn1sw, 4921511K06Rik, Flnc, Atp6v1f, EG668210
Downstream geneTspan33, Smo, 4631427C17Rik, D330017J20Rik, 1700023L04Rik, 1700080G18Rik, Nrf1, Ube2h, Zc3hc1, 2410127E18Rik, 2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269E17.bB6Ng01-269E17.g
ACCGA071931GA071932
length1,097776
definitionB6Ng01-269E17.b B6Ng01-269E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,437,142 - 29,438,238)(29,560,596 - 29,561,367)
sequence
gaattctctctgatggggagatcaagtctggacactcacctttacacacg
gggcagcagctgccaggggttgtgtgacgctcccacaggggacagctgag
ctcaggacaggcccggtgagtacagagccacgtcagatcctattgtgagc
acgtaaacacaacatggagaaaacagcagatcttgtggggttgtggggac
agagttgggagcagggtgtaggcaggagatgacactcgggacaaatgtca
gagtgagcaggagctcaggagctgctgagaggaaggggctcagcctcagc
tcacagagcagagcgggtggacagctctgagggtccccacagcaagagga
ctcacctgacactgacaggtgtagcaggggtctggtggcaccagctcaga
ccccaccaggtcctctgtgcagttactcagtgcctctgagaaagtgagaa
cccagggtgtggtgagcgggtcaggggataggaaccgtagtcccagctct
gtcctcaagaattctctgtctcagacagacagacacccccaaaagtttgg
agcttttttttttttttgaaagttaattcaatgtgaatgatccatgaatt
tgcatgtcatccttgcatgggggccatgataatcctcacagcatctttag
cctcttgggagaacttggctatgctgctaagggaggaggggctgagtatg
gagtatgccaggctgcctgttcttgtcactacccttcatataatctccca
aaggcagaagcaatgaggcagcccaggatccaatcgtgctcccaccaacc
gatggacaaatgaatctcagtctcatcgttctcatgtgtaaacaaggaac
aaaaccacgtcacctgcctgggtcaccatgaaaatgatgcagcttattag
acccaccaagtagtgtgtggtatgcagtaggtactttataaaggagctgc
ttctcaccccttgtggttcatcctagcaagtgctaacagatagaatcttc
ccgatggaaaggccgtggattatgaatgtatgaatactcttgaacctgta
ttgctacgcagaattggatgtctttacagtaagaggtgtatagtgca
gaattcttgtgactagttgggcagtggaggtacatgcctttaatcccaga
acccagaaggcagagtttctggacaaccagaaccacacaaagaaccccag
gctggcctcaaatatgcagcaaccctcctgtctctgcctcccaagtgctg
ggattataaatatggtccagcatgaacagctttaaattctcatcttttaa
aatgaggtttaggagctggagagttgacacactcactgatcttgtagaga
acccacactcaattctcaggatctatatagcagctcacacggtaactcct
ccaggaccaagttgcacatgcataaatatgtaggcaaaacactcatacac
ataaaaataagtctttaaaactatttcattagagctgggcgtggtggcgc
acgcctttaatcccagcactcgggaggcagaggcagtcggatttctgagt
tcgaggccagcctggtctacagagtgagttccagaacagccagggccctc
tacacagagaaaccctgtctcgaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaat
aagcaaaccaaaactatttcattaaaaaaggacttattttggaaggttgt
taatctttcactacattacattacattacacatggtcagccttcattaga
tactaacagttatttttagtgaagcagcaatattgggaaacttggcatgt
taacttgaggattgctaagacagttgattttgattgtcattaatttattt
atttgttaattatttctctgagacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_29437142_29438238
seq2: B6Ng01-269E17.b_44_1140

seq1  GAATTCTCTCTGATGGGGAGATCAAGTCTGGACACTCACCTTTACACACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGATGGGGAGATCAAGTCTGGACACTCACCTTTACACACG  50

seq1  GGGCAGCAGCTGCCAGGGGTTGTGTGACGCTCCCACAGGGGACAGCTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGCAGCTGCCAGGGGTTGTGTGACGCTCCCACAGGGGACAGCTGAG  100

seq1  CTCAGGACAGGCCCGGTGAGTACAGAGCCACGTCAGATCCTATTGTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGACAGGCCCGGTGAGTACAGAGCCACGTCAGATCCTATTGTGAGC  150

seq1  ACGTAAACACAACATGGAGAAAACAGCAGATCTTGTGGGGTTGTGGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAAACACAACATGGAGAAAACAGCAGATCTTGTGGGGTTGTGGGGAC  200

seq1  AGAGTTGGGAGCAGGGTGTAGGCAGGAGATGACACTCGGGACAAATGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGGAGCAGGGTGTAGGCAGGAGATGACACTCGGGACAAATGTCA  250

seq1  GAGTGAGCAGGAGCTCAGGAGCTGCTGAGAGGAAGGGGCTCAGCCTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCAGGAGCTCAGGAGCTGCTGAGAGGAAGGGGCTCAGCCTCAGC  300

seq1  TCACAGAGCAGAGCGGGTGGACAGCTCTGAGGGTCCCCACAGCAAGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGCAGAGCGGGTGGACAGCTCTGAGGGTCCCCACAGCAAGAGGA  350

seq1  CTCACCTGACACTGACAGGTGTAGCAGGGGTCTGGTGGCACCAGCTCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTGACACTGACAGGTGTAGCAGGGGTCTGGTGGCACCAGCTCAGA  400

seq1  CCCCACCAGGTCCTCTGTGCAGTTACTCAGTGCCTCTGAGAAAGTGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCAGGTCCTCTGTGCAGTTACTCAGTGCCTCTGAGAAAGTGAGAA  450

seq1  CCCAGGGTGTGGTGAGCGGGTCAGGGGATAGGAACCGTAGTCCCAGCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGTGTGGTGAGCGGGTCAGGGGATAGGAACCGTAGTCCCAGCTCT  500

seq1  GTCCTCAAGAATTCTCTGTCTCAGACAGACAGACACCCCCAAAAGTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAAGAATTCTCTGTCTCAGACAGACAGACACCCCCAAAAGTTTGG  550

seq1  AGCTTTTTTTTTTTTTTGAAAGTTAATTCAATGTGAATGATCCATGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTTTTTTTTTTTGAAAGTTAATTCAATGTGAATGATCCATGAATT  600

seq1  TGCATGTCATCCTTGCATGGGGGCCATGATAATCCTCACAGCATCTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTCATCCTTGCATGGGGGCCATGATAATCCTCACAGCATCTTTAG  650

seq1  CCTCTTGGGAGAACTTGGCTATGCTGCTAAGGGAGGAGGGGCTGAGTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGGGAGAACTTGGCTATGCTGCTAAGGGAGGAGGGGCTGAGTATG  700

seq1  GAGTATGCCAGGCTGCCTGTTCTTGTCACTACCCTTCATATAATCTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGCCAGGCTGCCTGTTCTTGTCACTACCCTTCATATAATCTCCCA  750

seq1  AAGGCAGAAGCAATGAGGCAGCCCAGGATCCAATCGTGCTCCCACCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAAGCAATGAGGCAGCCCAGGATCCAATCGTGCTCCCACCAACC  800

seq1  GATGGACAAATGAATCTCAGTCTCATCGTTCTCATGTGT-AACAAGGAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATGGACAAATGAATCTCAGTCTCATCGTTCTCATGTGTAAACAAGGAAC  850

seq1  AAAACCACGTCACCTGCCTGGGTCACCATGAAAATGATGCAGCTTATTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACGTCACCTGCCTGGGTCACCATGAAAATGATGCAGCTTATTAG  900

seq1  ACCCACCAAGTAGTGTGTGGTATGCAGTAGGTACTTAATAAAGGAGGCTG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  ACCCACCAAGTAGTGTGTGGTATGCAGTAGGTACTTTATAAAGGA-GCTG  949

seq1  CTTCTCACCCCTTGTGGTTCATCCTAGCAAGTGCTACAAGGATAG-ATCT  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||
seq2  CTTCTCACCCCTTGTGGTTCATCCTAGCAAGTGCTA-ACAGATAGAATCT  998

seq1  TCCCGATGG-AAGGCCGT-GATTATGAATGTATTGAATACTCCTGAAACT  1046
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||
seq2  TCCCGATGGAAAGGCCGTGGATTATGAATGTA-TGAATACTCTTGAACCT  1047

seq1  GTA-TGCTACCGCAGAGTTGGATGTCTTTACAGTAAGAAGTGTAAGAGTG  1095
      ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||
seq2  GTATTGCTA-CGCAGAATTGGATGTCTTTACAGTAAGAGGTGT-ATAGTG  1095

seq1  CA  1097
      ||
seq2  CA  1097

seq1: chr6_29560596_29561367
seq2: B6Ng01-269E17.g_65_840 (reverse)

seq1  TTGTCTCAGA-AAATAATTAACAAATAAATAAATAAATGACAAACAAAAT  49
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTGTCTCAGAGAAATAATTAACAAATAAATAAATTAATGACAATCAAAAT  50

seq1  CAACTGTC-TAGCAATCCTC-AGTTAACATGCC-AGTTTCCCAATATTGC  96
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCTTAGCAATCCTCAAGTTAACATGCCAAGTTTCCCAATATTGC  100

seq1  TGCTTCACTAAAAATAACTGTTAGTATCTAATGAAGGCTGACCATGTGTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCACTAAAAATAACTGTTAGTATCTAATGAAGGCTGACCATGTGTA  150

seq1  ATGTAATGTAATGTAGTGAAAGATTAACAACCTTCCAAAATAAGTCCTTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATGTAATGTAGTGAAAGATTAACAACCTTCCAAAATAAGTCCTTT  200

seq1  TTTAATGAAATAGTTTTGGTTTGCTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGAAATAGTTTTGGTTTGCTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  250

seq1  GTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGAGGGCCCTGGCTGTTCTGGAACT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGAGGGCCCTGGCTGTTCTGGAACT  300

seq1  CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGACTGCCTCTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGACTGCCTCTGC  350

seq1  CTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCAGCTCTAATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCAGCTCTAATG  400

seq1  AAATAGTTTTAAAGACTTATTTTTATGTGTATGAGTGTTTTGCCTACATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTTTTAAAGACTTATTTTTATGTGTATGAGTGTTTTGCCTACATA  450

seq1  TTTATGCATGTGCAACTTGGTCCTGGAGGAGTTACCGTGTGAGCTGCTAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCATGTGCAACTTGGTCCTGGAGGAGTTACCGTGTGAGCTGCTAT  500

seq1  ATAGATCCTGAGAATTGAGTGTGGGTTCTCTACAAGATCAGTGAGTGTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCCTGAGAATTGAGTGTGGGTTCTCTACAAGATCAGTGAGTGTGT  550

seq1  CAACTCTCCAGCTCCTAAACCTCATTTTAAAAGATGAGAATTTAAAGCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCCAGCTCCTAAACCTCATTTTAAAAGATGAGAATTTAAAGCTG  600

seq1  TTCATGCTGGACCATATTTATAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTGGACCATATTTATAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACAGG  650

seq1  AGGGTTGCTGCATATTTGAGGCCAGCCTGGGGTTCTTTGTGTGGTTCTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGCTGCATATTTGAGGCCAGCCTGGGGTTCTTTGTGTGGTTCTGG  700

seq1  TTGTCCAGAAACTCTGCCTTCTGGGTTCTGGGATTAAAGGCATGTACCTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGAAACTCTGCCTTCTGGGTTCTGGGATTAAAGGCATGTACCTC  750

seq1  CACTGCCCAACTAGTCACAAGAATTC  772
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCAACTAGTCACAAGAATTC  776