BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272O19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,394,716 - 99,515,395
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272O19.bB6Ng01-272O19.g
ACCGA074627GA074628
length8761,065
definitionB6Ng01-272O19.b B6Ng01-272O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,394,716 - 99,395,588)(99,514,329 - 99,515,395)
sequence
gaattctttttttttttttatttcttggttttaggagacagggtttcttt
gtgtagccctggctgtcctggaactagctctgcagaccaggctggcctgg
aactcacagagatctgcctgaccctgcctcccgagtgctgggattaaagg
agtgtagcaccatctcccagcttctagagagttatttgtgttgtaatgtt
ccaatcagaaacaaaaagatatctaatcatagggggttggagttaattac
aaattacttgaaagaaaaaaagaatagatgcagaaagtctttgattaaac
aaatactctcaacccctaacgtggttcatcagtttaagtcgaagttaagt
caaaacacacaaaaaaacccaaaaaacaaaaacaaacaaacaaacaaacc
caaagctgagaaaatggctcagttaataaagtagttgctatgcaagcatg
aggacccaagttcaatccctaggatcccctgggtgggtgggagggcttga
ggagaggacctaaaaacaggcaggaggaggcaggagcaggtggatctctg
agttcaaggtcagtctggactacacagctcaatagttgaaagcagtagct
gctgtcccagactcggcttttgattatcagcatacacacaccctcttctg
gccccacaggcaccaggcacaaaacatggtagaaacaaaacactcatatg
tgtaaaataaaaatttcctagtaaactttgtaacaataacaacaacaata
ataataaagctgggggtaggagcatgcgcatgcaatcccagtacaaggga
tgtggagagaggatgatccctaggacttgcttgaccaacctgtctccctg
catcaagtaggctccaagttcttgtg
gaattcaacccccaaaacctgcatttaaaaagctgggtatagggtatagg
gcaaagacagagataggcagatccttgctgtcactggccagccaacttag
cccagttagcaagtcccaaagaaaggagagagcttatctcacaaaacaag
aacagcacttgaggagtgatctctggtcttcacacatgtgcacacacaca
caaacacacacacacagacatacacacacacacaccacaccacaccacac
caccccacaccacacatacacacacagattgaagtcttagataaggaata
tactgtctgggctcattttgaaatcaagacagggaaatgagaattaggtt
tatggtatgggatcctacatcatccctataaatgtatcagagcattgatt
cttatggaacaggagccaccaaagccacaagcccctcccccagggccagt
tcagggcccctggcttttcattgctgggttctccctacgaggctcctaac
cagcgttttctgacttaagaaacacagttttttgtactttctaggcccaa
accacacaattttcaagttaaatgttttcaaagtgacatctgtcccagtc
agtttgtgcaagccaacgacatgtcccagatgggtaacggttactttctc
ccatatttgcgaggaggggggttgctttttccaggagacatctaatagga
tgtaggtttttttttttttctattaaaaaggaatggaaaaaaataaagat
gtgaaagaggtgaaataattataattgaaacaggaggttagagtagtcag
agatcggacagtggctgggagattccagagttttctcatgacttgtatga
tcacattggccttcattaaagttctactccagggaatagtagaaccttct
agacacttgactgtgccatggagatagagtatacacctcctgggacccgg
tgacttaaagggaagaaacatatgtgcatatgctggtgtgtgcttggctg
ccatctcactgatagatgaatgggagttgtgttgctgagtctttttaata
tgtagtcatactatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99394716_99395588
seq2: B6Ng01-272O19.b_46_921

seq1  GAATTCTTTTTTTTTTTTTATTTCTTGGTTTTAGGAGACAGGGTTTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTTTTTTTTTATTTCTTGGTTTTAGGAGACAGGGTTTCTTT  50

seq1  GTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTAGCTCTGCAGACCAGGCTGGCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTAGCTCTGCAGACCAGGCTGGCCTGG  100

seq1  AACTCACAGAGATCTGCCTGACCCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACAGAGATCTGCCTGACCCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGG  150

seq1  AGTGTAGCACCATCTCCCAGCTTCTAGAGAGTTATTTGTGTTGTAATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGCACCATCTCCCAGCTTCTAGAGAGTTATTTGTGTTGTAATGTT  200

seq1  CCAATCAGAAACAAAAAGATATCTAATCATAGGGGGTTGGAGTTAATTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCAGAAACAAAAAGATATCTAATCATAGGGGGTTGGAGTTAATTAC  250

seq1  AAATTACTTGAAAGAAAAAAAGAATAGATGCAGAAAGTCTTTGATTAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTTGAAAGAAAAAAAGAATAGATGCAGAAAGTCTTTGATTAAAC  300

seq1  AAATACTCTCAACCCCTAACGTGGTTCATCAGTTTAAGTCGAAGTTAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTCTCAACCCCTAACGTGGTTCATCAGTTTAAGTCGAAGTTAAGT  350

seq1  CAAAACACACAAAAAAACCCAAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACACAAAAAAACCCAAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAACC  400

seq1  CAAAGCTGAGAAAATGGCTCAGTTAATAAAGTAGTTGCTATGCAAGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTGAGAAAATGGCTCAGTTAATAAAGTAGTTGCTATGCAAGCATG  450

seq1  AGGACCCAAGTTCAATCCCTAGGATCCCCTGGGTGGGTGGGAGGGCTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCAAGTTCAATCCCTAGGATCCCCTGGGTGGGTGGGAGGGCTTGA  500

seq1  GGAGAGGACCTAAAAACAGGCAGGAGGAGGCAGGAGCAGGTGGATCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGACCTAAAAACAGGCAGGAGGAGGCAGGAGCAGGTGGATCTCTG  550

seq1  AGTTCAAGGTCAGTCTGGACTACACAGCTCAATAGTTGAAAGCAGTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAGGTCAGTCTGGACTACACAGCTCAATAGTTGAAAGCAGTAGCT  600

seq1  GCTGTCCCAGACTCGGC-TTTGATTATCAGCATACACACACCCTCTTCTG  649
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCCAGACTCGGCTTTTGATTATCAGCATACACACACCCTCTTCTG  650

seq1  GCCCCACAGGCACCAGGCAC-AAACATGGTAGAAACAAAACACTCATATG  698
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCACAGGCACCAGGCACAAAACATGGTAGAAACAAAACACTCATATG  700

seq1  TGTAAAATAAAAA-TTCCTAGTAAAACTTTGTAACAATAACAACAACAAT  747
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATAAAAATTTCCTAGT-AAACTTTGTAACAATAACAACAACAAT  749

seq1  AATAATAAAGCTGGGGGTAGGAGCATGCGCATGCAATCCCAGTACAAGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAAGCTGGGGGTAGGAGCATGCGCATGCAATCCCAGTACAAGGG  799

seq1  ATGTGGAGAGAGGATGATCCCTAGGACTTGC-TGACCAACCTGTCTCCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGAGAGGATGATCCCTAGGACTTGCTTGACCAACCTGTCTCCCT  849

seq1  GCATC-AGTAGGCTCCAAGTTCTGTGTG  873
      ||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GCATCAAGTAGGCTCCAAGTTCT-TGTG  876

seq1: chr6_99514329_99515395
seq2: B6Ng01-272O19.g_64_1128 (reverse)

seq1  CATAGTATGACTACATATTAAAAAGACCTCAGCAACACAACTCCCATTCC  50
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CATAGTATGACTACATATTAAAAAGA-CTCAGCAACACAACTCCCATT-C  48

seq1  ATCTATCAGTGAGAATGGCAGCCAAGCACACACCAGCATATGCACATATG  100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCAGTGAG-ATGGCAGCCAAGCACACACCAGCATATGCACATATG  97

seq1  TTTCTT-CCTTTAAGTCACCGGGTCCCAGGAGGTGTATACTCTATCTCCA  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCCTTTAAGTCACCGGGTCCCAGGAGGTGTATACTCTATCTCCA  147

seq1  TGGCACAGTCAAGTGTCTAGAAGGTTCTACTATTCCCTGGAGTAGAACTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACAGTCAAGTGTCTAGAAGGTTCTACTATTCCCTGGAGTAGAACTT  197

seq1  TAATGAAGGCCAATGTGATCATACAAGTCATGAGAAAACTCTGGAATCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGGCCAATGTGATCATACAAGTCATGAGAAAACTCTGGAATCTC  247

seq1  CCAGCCACTGTCCGATCTCTGACTACTCTAACCTCCTGTTTCAATTATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCACTGTCCGATCTCTGACTACTCTAACCTCCTGTTTCAATTATAA  297

seq1  TTATTTCACCTCTTTCACATCTTTATTTTTTTCCATTCCTTTTTAATAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCACCTCTTTCACATCTTTATTTTTTTCCATTCCTTTTTAATAGA  347

seq1  AAAAAAAAAAAACCTACATCCTATTAGATGTCTCCTGGAAAAAGCAACCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACCTACATCCTATTAGATGTCTCCTGGAAAAAGCAACCC  397

seq1  CCCTCCTCGCAAATATGGGAGAAAGTAACCGTTACCCATCTGGGACATGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCGCAAATATGGGAGAAAGTAACCGTTACCCATCTGGGACATGT  447

seq1  CGTTGGCTTGCACAAACTGACTGGGACAGATGTCACTTTGAAAACATTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGCTTGCACAAACTGACTGGGACAGATGTCACTTTGAAAACATTTA  497

seq1  ACTTGAAAATTGTGTGGTTTGGGCCTAGAAAGTACAAAAAACTGTGTTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAAATTGTGTGGTTTGGGCCTAGAAAGTACAAAAAACTGTGTTTC  547

seq1  TTAAGTCAGAAAACGCTGGTTAGGAGCCTCGTAGGGAGAACCCAGCAATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCAGAAAACGCTGGTTAGGAGCCTCGTAGGGAGAACCCAGCAATG  597

seq1  AAAAGCCAGGGGCCCTGAACTGGCCCTGGGGGAGGGGCTTGTGGCTTTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAGGGGCCCTGAACTGGCCCTGGGGGAGGGGCTTGTGGCTTTGG  647

seq1  TGGCTCCTGTTCCATAAGAATCAATGCTCTGATACATTTATAGGGATGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCTGTTCCATAAGAATCAATGCTCTGATACATTTATAGGGATGAT  697

seq1  GTAGGATCCCATACCATAAACCTAATTCTCATTTCCCTGTCTTGATTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATCCCATACCATAAACCTAATTCTCATTTCCCTGTCTTGATTTCA  747

seq1  AAATGAGCCCAGACAGTATATTCCTTATCTAAGACTTCAATCTGTGTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGCCCAGACAGTATATTCCTTATCTAAGACTTCAATCTGTGTGTG  797

seq1  TATGTGTGGTGTGGGGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTGTGTGTGTGTGTATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGGTGTGGGGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTGTGTGTGTGTGTATG  847

seq1  TCTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGCACATGTGTGAAGACCAGAGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGCACATGTGTGAAGACCAGAGAT  897

seq1  CACTCCTCAAGTGCTGTTCTTGTTTTGTGAGATAAGCTCTCTCCTTTCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTCAAGTGCTGTTCTTGTTTTGTGAGATAAGCTCTCTCCTTTCTT  947

seq1  TGGGACTTGCTAACTGGGCTAAGTTGGCTGGCCAGTGACAGCAAGGATCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTTGCTAACTGGGCTAAGTTGGCTGGCCAGTGACAGCAAGGATCT  997

seq1  GCCTATCTCTGTCTTTGCCCTATACCCTATACCCAGCTTTTTAAATGCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCTCTGTCTTTGCCCTATACCCTATACCCAGCTTTTTAAATGCAG  1047

seq1  GTTTTGGGGGTTGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGGGGTTGAATTC  1065