BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274G02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 85,896,520 - 86,031,032
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDusp11, Figla, Add2
Upstream geneExoc6b, Npm3-ps1, EG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497, EG665134, LOC100043493, Cml3, LOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504, LOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1, Tprkb, EG434057, LOC665213
Downstream geneTgfa, LOC665233, LOC100043094, LOC100043527, 2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274G02.bB6Ng01-274G02.g
ACCGA075696GA075697
length1,1261,138
definitionB6Ng01-274G02.b B6Ng01-274G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,029,901 - 86,031,032)(85,896,520 - 85,897,612)
sequence
gaattcaccccagatctgatctgatgaggaggtagacctctgtctcccac
agggacagcataaccccagctttgtgcctagggtcatagtgtcacccctg
actggagtgaaatggccctaaagttcttacaactactctggggtgataac
tctgtttaagcacaaactgcagagtcaggctgcactggactggaacaggc
aggaaatcagcataatttaaaatggctttccatgggccagagcactttca
gcagcaccagctcccgtggcttcccagtacatgcctcaagagctcccctg
tcttagctgggatttctactgctgtgataaaaacaccgggaagtcacggc
aggaactcaaggcaggaacctggaagcaggaattgacagaggccatagag
ggccactgcttagtagtttgcttagtgacttgttcagcctgctttcttat
acaacccaggaccaccagcccagggttaacaatgcccacagtgggttagg
ccctcccacatgaatcattaatcaagaaaatattctatagacttgcctgc
aggcaatgtggatgaaagtgttttctcaattgagagcctgtcttagcaat
tggctctagcttgtgtcctacggacataaaaccaacccagacacctctac
atctaacttccagccccacaaagagctgggaagcaaaggacagtgtgggc
tatagcagtcacactgggaagaagagacactcgacatcccaacagatcga
ggtggctcagcaagccaaaacacatggcacccagggggacacccactcta
ggtatgccaccaagccagcacaaaggcaccaagagtctcacaggggattc
cagtctgcattcagacacaaaaatgctaaagaacctttccagtcttaatg
tcagtattaatgtcggcctgcccgatggactgtggctttgggttagtcgt
aacatgacatggctatacctaggctgggcccactctctgtcttaccatgc
aactgtcccagtagactagatcaaccttgatgactgcctcctctgcctat
ggattcagtcacagaaacatcctagatttatgtcctttgtctttgcaatt
caatggggggttgactgtaacccttc
gaattcctcgggggtggagtgggggggtctcacaacaagaagcactttga
atctgttaatgtgatgggtagagaaaaagccatcactggagtgcagagca
acttgactaaagtttgggcaaaattagctgcaagctggaatacatgatct
gccgggacttcattagggaaaagttccctccacatgttcatacatgagag
agaaaactactgtgcatagcaaaaacttgctgtggacttgatgtgttatg
aggagcaacttcctgagtgagttctaaggacaagtaattagcacctccat
gtagcctgaagtgtgtcctagagaaagagcaccattctagtgtgggaggc
cagtggacagagatcctgaattgaggtcctcggagtcagtataaccctca
gctttcccagatatccaaggatgtctgttcaacctttaaaatctacagag
ggtttctagcctcctggatagttctaccctgttggtggcagttacccaac
ttggcaatcaaccagtacctaaagtttgaaccttctctgtgttagatgcc
ttagctggcaggtcagcaagaagctggtcaaatcccaacactgaccacca
aggaaaaaacgctgatcagagtcccacgaggacaaagaacaggtgcaaag
aaaagaactgtcccctggctagagttttagtagaaaatttgaacagtcat
ggaaaacacacccataaagattgttcagtaaagaacatgtggtaaaaaca
ctacgaatctctgcacctacacaacacattacaagcatgagcaaaggaaa
tatacagggaaaacagaaggcaatttagaatttgttatctattccagaac
tcttgagaaagttgaggcctggaatggaaggttgctcttagactgcccgg
agccaccgtcgtcccgtccagcacagaagcaggtgttaactataatatca
ggaacagttaccaacaggtttgaacaggttaaaaatgtttcagaaaagtt
tttcttaaatttctttttgaacctgatttttattaaaattccatttcagc
ttgtcttcttgtcccagctccttggtctccaggtggcccttgaacgacag
gtccagtcccacagctgtgccttcacaggtttcccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_86029901_86031032
seq2: B6Ng01-274G02.b_42_1167 (reverse)

seq1  GAAGGGTTTTACAGGCCACCCCCCA-TGGATGGCAAAGACAAAGGGACAT  49
      ||||||  |||||| | |||||||| || || ||||||||||| ||||||
seq2  GAAGGG--TTACAGTCAACCCCCCATTGAATTGCAAAGACAAA-GGACAT  47

seq1  AAATCTAGAAGGTTTCTGTGACTGAAATCCATAGGGCAAGGAGAGGCAGT  99
      |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||   ||  ||||||||
seq2  AAATCTAGGATGTTTCTGTGACTG-AATCCATAGG--CAGAGGAGGCAGT  94

seq1  CATCAAGGTTGATTCTAGTCTACTTGGGACAGTTGC-TGGTAAGACAGAG  148
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATCAAGGTTGA-TCTAGTCTAC-TGGGACAGTTGCATGGTAAGACAGAG  142

seq1  AGGTGGGCCCAGCCTAGGTATAGCCATGTCATGTTACGACTAA-CCAAAG  197
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-GTGGGCCCAGCCTAGGTATAGCCATGTCATGTTACGACTAACCCAAAG  191

seq1  CCACAGTCCATCGGGCAGGCCGACATTAATACTGACATTAAGACTGGAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTCCATCGGGCAGGCCGACATTAATACTGACATTAAGACTGGAAA  241

seq1  GGTTCTTTAGCATTTTTGTGTCTGAATGCAGACTGGAATCCCCTGTGAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTAGCATTTTTGTGTCTGAATGCAGACTGGAATCCCCTGTGAGA  291

seq1  CTCTTGGTGCCTTTGTGCTGGCTTGGTGGCATACCTAGAGTGGGTGTCCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGTGCCTTTGTGCTGGCTTGGTGGCATACCTAGAGTGGGTGTCCC  341

seq1  CCTGGGTGCCATGTGTTTTGGCTTGCTGAGCCACCTCGATCTGTTGGGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGCCATGTGTTTTGGCTTGCTGAGCCACCTCGATCTGTTGGGAT  391

seq1  GTCGAGTGTCTCTTCTTCCCAGTGTGACTGCTATAGCCCACACTGTCCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAGTGTCTCTTCTTCCCAGTGTGACTGCTATAGCCCACACTGTCCTT  441

seq1  TGCTTCCCAGCTCTTTGTGGGGCTGGAAGTTAGATGTAGAGGTGTCTGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCAGCTCTTTGTGGGGCTGGAAGTTAGATGTAGAGGTGTCTGGG  491

seq1  TTGGTTTTATGTCCGTAGGACACAAGCTAGAGCCAATTGCTAAGACAGGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTATGTCCGTAGGACACAAGCTAGAGCCAATTGCTAAGACAGGC  541

seq1  TCTCAATTGAGAAAACACTTTCATCCACATTGCCTGCAGGCAAGTCTATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTGAGAAAACACTTTCATCCACATTGCCTGCAGGCAAGTCTATA  591

seq1  GAATATTTTCTTGATTAATGATTCATGTGGGAGGGCCTAACCCACTGTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTTCTTGATTAATGATTCATGTGGGAGGGCCTAACCCACTGTGG  641

seq1  GCATTGTTAACCCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTGTATAAGAAAGCAGGCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGTTAACCCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTGTATAAGAAAGCAGGCT  691

seq1  GAACAAGTCACTAAGCAAACTACTAAGCAGTGGCCCTCTATGGCCTCTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGTCACTAAGCAAACTACTAAGCAGTGGCCCTCTATGGCCTCTGT  741

seq1  CAATTCCTGCTTCCAGGTTCCTGCCTTGAGTTCCTGCCGTGACTTCCCGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCTGCTTCCAGGTTCCTGCCTTGAGTTCCTGCCGTGACTTCCCGG  791

seq1  TGTTTTTATCACAGCAGTAGAAATCCCAGCTAAGACAGGGGAGCTCTTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTATCACAGCAGTAGAAATCCCAGCTAAGACAGGGGAGCTCTTGA  841

seq1  GGCATGTACTGGGAAGCCACGGGAGCTGGTGCTGCTGAAAGTGCTCTGGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTACTGGGAAGCCACGGGAGCTGGTGCTGCTGAAAGTGCTCTGGC  891

seq1  CCATGGAAAGCCATTTTAAATTATGCTGATTTCCTGCCTGTTCCAGTCCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAAAGCCATTTTAAATTATGCTGATTTCCTGCCTGTTCCAGTCCA  941

seq1  GTGCAGCCTGACTCTGCAGTTTGTGCTTAAACAGAGTTATCACCCCAGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCCTGACTCTGCAGTTTGTGCTTAAACAGAGTTATCACCCCAGAG  991

seq1  TAGTTGTAAGAACTTTAGGGCCATTTCACTCCAGTCAGGGGTGACACTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTAAGAACTTTAGGGCCATTTCACTCCAGTCAGGGGTGACACTAT  1041

seq1  GACCCTAGGCACAAAGCTGGGGTTATGCTGTCCCTGTGGGAGACAGAGGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTAGGCACAAAGCTGGGGTTATGCTGTCCCTGTGGGAGACAGAGGT  1091

seq1  CTACCTCCTCATCAGATCAGATCTGGGGTGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCCTCATCAGATCAGATCTGGGGTGAATTC  1126

seq1: chr6_85896520_85897612
seq2: B6Ng01-274G02.g_65_1202

seq1  GAATTCCTCGGGGGTGGAGTGGGGGGGTCTCACAACAAGAAGCACTTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCGGGGGTGGAGTGGGGGGGTCTCACAACAAGAAGCACTTTGA  50

seq1  ATCTGTTAATGTGATGGGTAGAGAAAAAGCCATCACTGGAGTGCAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTAATGTGATGGGTAGAGAAAAAGCCATCACTGGAGTGCAGAGCA  100

seq1  ACTTGACTAAAGTTTGGGCAAAATTAGCTGCAAGCTGGAATACATGATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTAAAGTTTGGGCAAAATTAGCTGCAAGCTGGAATACATGATCT  150

seq1  GCCGGGACTTCATTAGGGAAAAGTTCCCTCCACATGTTCATACATGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGACTTCATTAGGGAAAAGTTCCCTCCACATGTTCATACATGAGAG  200

seq1  AGAAAACTACTGTGCATAGCAAAAACTTGCTGTGGACTTGATGTGTTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTACTGTGCATAGCAAAAACTTGCTGTGGACTTGATGTGTTATG  250

seq1  AGGAGCAACTTCCTGAGTGAGTTCTAAGGACAAGTAATTAGCACCTCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAACTTCCTGAGTGAGTTCTAAGGACAAGTAATTAGCACCTCCAT  300

seq1  GTAGCCTGAAGTGTGTCCTAGAGAAAGAGCACCATTCTAGTGTGGGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCTGAAGTGTGTCCTAGAGAAAGAGCACCATTCTAGTGTGGGAGGC  350

seq1  CAGTGGACAGAGATCCTGAATTGAGGTCCTCGGAGTCAGTATAACCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGACAGAGATCCTGAATTGAGGTCCTCGGAGTCAGTATAACCCTCA  400

seq1  GCTTTCCCAGATATCCAAGGATGTCTGTTCAACCTTTAAAATCTACAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCCAGATATCCAAGGATGTCTGTTCAACCTTTAAAATCTACAGAG  450

seq1  GGTTTCTAGCCTCCTGGATAGTTCTACCCTGTTGGTGGCAGTTACCCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTAGCCTCCTGGATAGTTCTACCCTGTTGGTGGCAGTTACCCAAC  500

seq1  TTGGCAATCAACCAGTACCTAAAGTTTGAACCTTCTCTGTGTTAGATGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAATCAACCAGTACCTAAAGTTTGAACCTTCTCTGTGTTAGATGCC  550

seq1  TTAGCTGGCAGGTCAGCAAGAAGCTGGTCAAATCCCAACACTGACCACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGGCAGGTCAGCAAGAAGCTGGTCAAATCCCAACACTGACCACCA  600

seq1  AGGAAAAAACGCTGATCAGAGTCCCACGAGGACAAAGAACAGGTGCAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAACGCTGATCAGAGTCCCACGAGGACAAAGAACAGGTGCAAAG  650

seq1  AAAAGAACTGTCCCCTGGCTAGAGTTTTAGTAGAAAATTTGAACAGTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACTGTCCCCTGGCTAGAGTTTTAGTAGAAAATTTGAACAGTCAT  700

seq1  GGAAAACACACCCATAAAGATTG-TCAGTAAAGAACATGTGGTAAAAACA  749
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACACACCCATAAAGATTGTTCAGTAAAGAACATGTGGTAAAAACA  750

seq1  CTACGAATCTCTGCACCTACACAACACATTACAAGCATGAGCAAAGGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGAATCTCTGCACCTACACAACACATTACAAGCATGAGCAAAGGAAA  800

seq1  TATACAGGGAAAACAGAAGGCAATTTAGAATTTGTTATCTATT-CAGAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATACAGGGAAAACAGAAGGCAATTTAGAATTTGTTATCTATTCCAGAAC  850

seq1  TC-TGAGAAAAGTTGAGGCCTGGAATGGA--GGTGCTC-TAGACTG-CCG  893
      || |||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||
seq2  TCTTGAG-AAAGTTGAGGCCTGGAATGGAAGGTTGCTCTTAGACTGCCCG  899

seq1  GAGCCACCG-CGTCC--GCCAGCACAG-AGCA-GTG-TAAC-AT-ATATC  935
      ||||||||| |||||   ||||||||| |||| ||| |||| || |||||
seq2  GAGCCACCGTCGTCCCGTCCAGCACAGAAGCAGGTGTTAACTATAATATC  949

seq1  AGG-ACAGT--ACAACA-GTTTGAACA-GTTAAAAATG-TTCAGAAA--G  977
      ||| |||||   ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||   
seq2  AGGAACAGTTACCAACAGGTTTGAACAGGTTAAAAATGTTTCAGAAAAGT  999

seq1  TTTTCT--AAATTCTTTT--GACCTGA-TTTTATT-AAATTC--ATTCAG  1019
      ||||||  || |||||||   |||||| ||||||| ||||||   |||||
seq2  TTTTCTTAAATTTCTTTTTGAACCTGATTTTTATTAAAATTCCATTTCAG  1049

seq1  C-TGTCTTC-TGT-CCAGCTC--TGGTCT-CAGGTGGCCCT--GACGACA  1061
      | ||||||| ||| |||||||  |||||| |||||||||||   ||||||
seq2  CTTGTCTTCTTGTCCCAGCTCCTTGGTCTCCAGGTGGCCCTTGAACGACA  1099

seq1  -GTCCAG--CCACAGC-GTGCC-TCACAGGTT--CCATT  1093
       ||||||  ||||||| ||||| |||||||||  |||||
seq2  GGTCCAGTCCCACAGCTGTGCCTTCACAGGTTTCCCATT  1138