BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280A03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 138,481,311 - 138,624,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmo3, Igbp1b
Upstream geneEps8, Strap, Dera, 9830102E05Rik, Mgst1
Downstream geneEG668196, EG632971, LOC100043898
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280A03.bB6Ng01-280A03.g
ACCGA079845GA079846
length1,1551,108
definitionB6Ng01-280A03.b B6Ng01-280A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,623,830 - 138,624,998)(138,481,311 - 138,482,425)
sequence
gaattctctgggctactttctcacaagccctaaatattattttaattttt
aattttcatagatcatatagatctactctcattaatttttgcatacatta
agctgatttattttaaagaattagaatacatttgaaatcatagtcactag
cttcttaatacttaaagtcttgcacactagaaattatttaacctatagca
taataaacagtatacaaaccttcttgctacacagcactcttccttattat
atttttctataggcacaaccttggcctatagaaacccatgtcaagggaaa
aaatacgaaaaaaaaaatacagttaactctctaaaatacacaactatata
ctgattgttagtttggccaggagggtgacatttaaaaagtctggctactg
cagagttattaagaattggtgtgtgttaccattttgcaaaacatcctcat
gtcaatcacaaaaccaaccagaatattcttagctcagttttcacatagga
ttgaactacaagggactcgtctaaatacctgagaagtcttcactgtgtgt
attgaagaaagactggcatcgttgcaattttttttaaagggtagcttttg
taggattaaacagcagctagaaagctttgatgtgccagtctcatagaaga
tgcctacagtttgttataaaaatgttcccttttatattttacagacaatt
acattgaaatcatcttgcagttcattgtgtgtacgtaagtagacatatac
tagcaactatttagtcattgataaatctgagattaggctcacatttctag
atggctaatgaaattaggttagtggtcttttgtctttgttgttttatttt
aaacaagggtttaggcaatgtaagatgtgttaaatatattaaccccacgg
aggctcttgctttatcaaatggattcctcccctttcacccacccttcttc
ccgttccatcctactgactctctttacttcttcttcccttatctcctcac
tctgtccctgcattgagtgcaacacttgaaacatacctgtgtatctttat
cttcatctttcttctcgaagctcttttctattacattttgactaagttca
tggggatcgtatttgttcacagagagtctcatatactgactatattaatg
caatc

gaattcaagtttccactcacatttttctgaggctgtagtgagtctatata
acctttagtctcccaattgttcaatgagatcagaggactgggagaatggc
atgaagagggtgacatgattttaactgattcagttttaccagaaatctga
ggaaatcatattccacttcagagccctcattctgcccaacaatgacaacc
actaatacatatcaaccccagcattaacaagctggaacaggaagaggagt
cacaggacatgcagatggtctaagtagagaccatgagactcacgcataaa
cactgggcagctgatccatgatggatttaagaaacagacagctcaaatgc
ctggctaggtggatgccaatgaggatttaaatagatgagggaaaaattgt
cagcttatgagtttgagaactttagacacattatatgtttgggaacccaa
gatagtttctccttggaatcaagagtagagtctgaagccaggtgtggtgg
cacacacctttaatcccagcactcgggaggcagaagcagtcagatttctg
agtccgaggccagcctggcctacaaagtgagttccaggacagccagagct
atacagagaaaccctgtctcaaaaaatcaaaaaaaaaaaaaaagagtaaa
gtctagggaagtaattttaagatgtctagtgattattcactatcaccacc
accaccacctccaccaccaccaccatcaataccatcaccaccatcaacaa
tgacatcattatagccaaatcaaacctgtataatatttttattacaaaaa
acagagctattctcttgaggtatatgatattatttgtaatcacttatatg
cttgttttactttgcaagaatgaaatgcagtcatgacaaaatatgttgtg
taattaacatgccttaattaacatgtttaccattcattaatttatacaga
gttttggttgaggtaaaagaagatttccatcttttttattttatactagt
gattaatcttgagaaataacccgtttcctctgagggatgatatttatacc
ttctctggtagaggatcagtaaaacatgaatgctttgtatatctatgtac
agttatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_138623830_138624998
seq2: B6Ng01-280A03.b_46_1200 (reverse)

seq1  GATTGCA-TAATATAGTCAGGTATATTGAGACT-TCTGTG-ACAAATAAC  47
      ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| ||
seq2  GATTGCATTAATATAGTCA-GTATA-TGAGACTCTCTGTGAACAAAT-AC  47

seq1  GATCCCCATGAAACTTAGTCAAAATGTAATAGAAAAGAGCTTCGAGAAAG  97
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  GATCCCCATG-AACTTAGTCAAAATGTAATAGAAAAGAGCTTCGAGAA--  94

seq1  AAAAGATAGAAGAT-AAGATAACAACAAGGTATGTTTCAAAGTGTTGCAC  146
       |||||| |||||| ||||| |||   ||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAAGAT-GAAGATAAAGAT-ACA--CAGGTATGTTTC-AAGTGTTGCAC  139

seq1  TTCAATGCAGGGGAACAGAGTGAGGGAGATAAGGGAAGAAAGAAGTAAAG  196
       |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  -TCAATGCAGGG--ACAGAGTGA-GGAGATAAGGGAAG-AAGAAGTAAAG  184

seq1  AGAGTCAGTAGGGATGGAACGGGAAGAAGGGTGGGGTGAAAGGGGAGGAA  246
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGTA-GGATGGAACGGGAAGAAGGGT-GGGTGAAAGGGGAGGAA  232

seq1  TCCATTTGATAAAGCAAGAGCCTCCGTGGGGTTAATATATTTAACACATC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGATAAAGCAAGAGCCTCCGTGGGGTTAATATATTTAACACATC  282

seq1  TTACATTGCCTAAACCCTTGTTTAAAATAAAACAACAAAGACAAAAGACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTGCCTAAACCCTTGTTTAAAATAAAACAACAAAGACAAAAGACC  332

seq1  ACTAACCTAATTTCATTAGCCATCTAGAAATGTGAGCCTAATCTCAGATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCTAATTTCATTAGCCATCTAGAAATGTGAGCCTAATCTCAGATT  382

seq1  TATCAATGACTAAATAGTTGCTAGTATATGTCTACTTACGTACACACAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATGACTAAATAGTTGCTAGTATATGTCTACTTACGTACACACAAT  432

seq1  GAACTGCAAGATGATTTCAATGTAATTGTCTGTAAAATATAAAAGGGAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCAAGATGATTTCAATGTAATTGTCTGTAAAATATAAAAGGGAAC  482

seq1  ATTTTTATAACAAACTGTAGGCATCTTCTATGAGACTGGCACATCAAAGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATAACAAACTGTAGGCATCTTCTATGAGACTGGCACATCAAAGC  532

seq1  TTTCTAGCTGCTGTTTAATCCTACAAAAGCTACCCTTTAAAAAAAATTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGCTGCTGTTTAATCCTACAAAAGCTACCCTTTAAAAAAAATTGC  582

seq1  AACGATGCCAGTCTTTCTTCAATACACACAGTGAAGACTTCTCAGGTATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATGCCAGTCTTTCTTCAATACACACAGTGAAGACTTCTCAGGTATT  632

seq1  TAGACGAGTCCCTTGTAGTTCAATCCTATGTGAAAACTGAGCTAAGAATA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGAGTCCCTTGTAGTTCAATCCTATGTGAAAACTGAGCTAAGAATA  682

seq1  TTCTGGTTGGTTTTGTGATTGACATGAGGATGTTTTGCAAAATGGTAACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTGGTTTTGTGATTGACATGAGGATGTTTTGCAAAATGGTAACA  732

seq1  CACACCAATTCTTAATAACTCTGCAGTAGCCAGACTTTTTAAATGTCACC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAATTCTTAATAACTCTGCAGTAGCCAGACTTTTTAAATGTCACC  782

seq1  CTCCTGGCCAAACTAACAATCAGTATATAGTTGTGTATTTTAGAGAGTTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCCAAACTAACAATCAGTATATAGTTGTGTATTTTAGAGAGTTA  832

seq1  ACTGTATTTTTTTTTTCGTATTTTTTCCCTTGACATGGGTTTCTATAGGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTTTTTTTTTCGTATTTTTTCCCTTGACATGGGTTTCTATAGGC  882

seq1  CAAGGTTGTGCCTATAGAAAAATATAATAAGGAAGAGTGCTGTGTAGCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGTGCCTATAGAAAAATATAATAAGGAAGAGTGCTGTGTAGCAA  932

seq1  GAAGGTTTGTATACTGTTTATTATGCTATAGGTTAAATAATTTCTAGTGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTTGTATACTGTTTATTATGCTATAGGTTAAATAATTTCTAGTGT  982

seq1  GCAAGACTTTAAGTATTAAGAAGCTAGTGACTATGATTTCAAATGTATTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACTTTAAGTATTAAGAAGCTAGTGACTATGATTTCAAATGTATTC  1032

seq1  TAATTCTTTAAAATAAATCAGCTTAATGTATGCAAAAATTAATGAGAGTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTTAAAATAAATCAGCTTAATGTATGCAAAAATTAATGAGAGTA  1082

seq1  GATCTATATGATCTATGAAAATTAAAAATTAAAATAATATTTAGGGCTTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATATGATCTATGAAAATTAAAAATTAAAATAATATTTAGGGCTTG  1132

seq1  TGAGAAAGTAGCCCAGAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGTAGCCCAGAGAATTC  1155


seq1: chr6_138481311_138482425
seq2: B6Ng01-280A03.g_67_1174

seq1  GAATTCAAGTTTCCACTCACATTTTTCTGAGGCTGTAGTGAGTCTATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTTTCCACTCACATTTTTCTGAGGCTGTAGTGAGTCTATATA  50

seq1  ACCTTTAGTCTCCCAATTGTTCAATGAGATCAGAGGACTGGGAGAATGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAGTCTCCCAATTGTTCAATGAGATCAGAGGACTGGGAGAATGGC  100

seq1  ATGAAGAGGGTGACATGATTTTAACTGATTCAGTTTTACCAGAAATCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGGGTGACATGATTTTAACTGATTCAGTTTTACCAGAAATCTGA  150

seq1  GGAAATCATATTCCACTTCAGAGCCCTCATTCTGCCCAACAATGACAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCATATTCCACTTCAGAGCCCTCATTCTGCCCAACAATGACAACC  200

seq1  ACTAATACATATCAACCCCAGCATTAACAAGCTGGAACAGGAAGAGGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATACATATCAACCCCAGCATTAACAAGCTGGAACAGGAAGAGGAGT  250

seq1  CACAGGACATGCAGATGGTCTAAGTAGAGACCATGAGACTCACGCATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACATGCAGATGGTCTAAGTAGAGACCATGAGACTCACGCATAAA  300

seq1  CACTGGGCAGCTGATCCATGATGGATTTAAGAAACAGACAGCTCAAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGCAGCTGATCCATGATGGATTTAAGAAACAGACAGCTCAAATGC  350

seq1  CTGGCTAGGTGGATGCCAATGAGGATTTAAATAGATGAGGGAAAAATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAGGTGGATGCCAATGAGGATTTAAATAGATGAGGGAAAAATTGT  400

seq1  CAGCTTATGAGTTTGAGAACTTTAGACACATTATATGTTTGGGAACCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTATGAGTTTGAGAACTTTAGACACATTATATGTTTGGGAACCCAA  450

seq1  GATAGTTTCTCCTTGGAATCAAGAGTAGAGTCTGAAGCCAGGTGTGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTCTCCTTGGAATCAAGAGTAGAGTCTGAAGCCAGGTGTGGTGG  500

seq1  CACACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAAGCAGTCAGATTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAAGCAGTCAGATTTCTG  550

seq1  AGTCCGAGGCCAGCCTGGCCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGAGGCCAGCCTGGCCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCT  600

seq1  ATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATCAAAAAAAAAAAAAAAGAGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATCAAAAAAAAAAAAAAAGAGTAAA  650

seq1  GTCTAGGGAAGTAATTTTAAGATGTCTAGTGATTATTCACTATCACCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGGGAAGTAATTTTAAGATGTCTAGTGATTATTCACTATCACCACC  700

seq1  ACCACCACCTCCACCACCACCACCATCAATACCATCACCACCATCAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACCTCCACCACCACCACCATCAATACCATCACCACCATCAACAA  750

seq1  TGACATCATTATAGCCAAATCAAACCTGTATAATATTTTTATTACAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCATTATAGCCAAATCAAACCTGTATAATATTTTTATTACAAAAA  800

seq1  ACAGAGCTATTCTCTTGAGGTATATGATATTATTTGTAATCACTTATATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTATTCTCTTGAGGTATATGATATTATTTGTAATCACTTATATG  850

seq1  CTTGTTTTACTTTGCAAGAATGAAATGCAGTCATGACAAAATATGTTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTACTTTGCAAGAATGAAATGCAGTCATGACAAAATATGTTGTG  900

seq1  TAATTAACATGCCTTAATTAACATGTTTACCATTCATTAATTTATACAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAACATGCCTTAATTAACATGTTTACCATTCATTAATTTATACAGA  950

seq1  GTTTTGGTTGAGGTAAAAG-AGATTTCCATC-TTTTTATTTTATACTTAG  998
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  GTTTTGGTTGAGGTAAAAGAAGATTTCCATCTTTTTTATTTTATAC-TAG  999

seq1  TGATTTAATCTTGAGGAAATAACCCGTTTCCTCCTGAGGGATGATATTTA  1048
      ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGA-TTAATCTTGA-GAAATAACCCGTTTCCT-CTGAGGGATGATATTTA  1046

seq1  TACCTTCTCTGGTAGA-GATCAGTAAAAACAATTGAAATGCTTTGTAATA  1097
      |||||||||||||||| ||||||| ||||||  || |||||||||| |||
seq2  TACCTTCTCTGGTAGAGGATCAGT-AAAACA--TG-AATGCTTTGT-ATA  1091

seq1  TCTATGTAACATTTATGA  1115
      ||||||| ||| ||||||
seq2  TCTATGT-ACAGTTATGA  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |