BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280K01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,382,520 - 108,520,121
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr1, LOC677205
Upstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
Downstream geneBhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280K01.bB6Ng01-280K01.g
ACCGA080306GA080307
length1,0641,100
definitionB6Ng01-280K01.b B6Ng01-280K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,519,078 - 108,520,121)(108,382,520 - 108,383,609)
sequence
gaattcacactttctaatgaataagaagaaaacaagattggcctacatca
gaggtgatttgtgtatcaggatgaaattacaagcatttaatggcagagtt
ggtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaacacatagtcttc
atccgtcactgtggctctcagctctaagtctggaaactagtcatactttg
tgccttagggataatataaaaaaatactgctgcccctgctgccgctaggt
ggtcctcaacagctgtttctgttttgatgctatagactcctgttgtgacc
ttagtttcacctttttcctgccagtagccactgtaaggtcctgttgctac
aagaattaagggaaaacccattagcaatgagttataaccacacccctgac
ttctgcaaaatgttgagtaaatcaaacttctgttctttctggaaaaaacc
tgcagctgaaactgggatcagggctaaagaaacccagctggattccgtgt
ctgcctgcccctggcagtttctgttatgatctgtttatcatacaacattt
ttttttttttttgaggatgtgactagcttttctaagtctaagatgatgac
atccactgtgggaggcctcacgcctaaaagacacaggaacagcccattaa
tcctgacccctctgctcaacgcttgttgaagtcagtggtctgttcacacg
tattaacagttctcaaaaaacagtagctattggctagtgttatctatgaa
tagtaacttaaagatgaataaaacatgaagaatttctgggctcaacactt
tcaattagccccacccccttttttttttatttcaatcttttaaaaagttg
ggtgagtttagatgaataatgtctattgacctcttaaagattgctataaa
aaggctgggcgtgggtggcgcatgccttttaattcccagcactccggagg
caagaggcaggcaagatttctgagttcaaggctagcctggtctacaaaag
tgagttccaagacagccagggctatacagagaaaccctgtctttgaatac
aaccatacaaacaa
gaattcttttatgtaaccttgactgtatatgagctcacaatgtattttgt
ttgtgactgatgctgaagatggtagtgtttccttagtgccatacttaaaa
tggaatttctgcatgcttagcaggagcttgaaccaagtccacccctgagg
caactggaagaccataaaagggtatgtagccttgagtctctcgggttggg
agctgatgactggatctcccccccctcagccacacaactacgatttaaag
acagcttctgtcggtgttgctattgtccaaacatgaatcggcttaggacc
gatcgtccgctgtatagaggtgaagctaactagcagttctgttatctacc
tgaacagaactctgcacaaccaagctgcaaacaataaccaagtgagcacc
ccacaccctccttccctgagatggttttctaaacaggtgatgggagagct
ttgtgcttctgtagtgactagtgatccttccagctcgctcacagtaaaca
caaaggcatagtgtcaacagagcggaattacaccacccagctaactgtga
gtgcgctaacttcctccttttcccttcagccagttttttttacctgtgca
agtgtgtgtcccaacaaacacatgcaaattctcatcattggattgttcgt
aggtgcacagccttcatagttggctattgttatttaatgttacatctcag
cctttggtgggcaaggaaagctaagtctttgaacactagcaggcacataa
agctcccccaaattagggaagggtttgtcatttttccttctttgaaaagg
aacaaaataaatgtatgttttgcatagatttcttagaagaggaatatgcc
taggacaagggatttgatactttcttacaatgctggctatgtattgtcaa
aagaattttctagaatatatatacatacatatacacacatatgcaatgaa
cttgctgaccagcattggttttcacattatccattttctagaagaagctt
gggcatctcggttttatgagaactattcaggtatgtgtagacatatatat
atatatatatatatatatataagagaccttatttcagtattggtgtaaga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108519078_108520121
seq2: B6Ng01-280K01.b_42_1105 (reverse)

seq1  TTGTTTGT-------TTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGC  43
      ||||||||       | ||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTATGGTTGTATTCAAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGC  50

seq1  TGTCCTGGAACTCAC-TTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATC  92
      |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGGAACTCACTTTTGTAGACCAGGCTAGCCTTGAACTCAGAAATC  100

seq1  -TGCCTGCCTC-TGCCTCCGGAGTGCTGGGA--TTAAAGGCATGCGCCA-  137
       |||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||| 
seq2  TTGCCTGCCTCTTGCCTCCGGAGTGCTGGGAATTAAAAGGCATGCGCCAC  150

seq1  CCACGCCCAGCC-TTTTATAGCAATC-TTAAGA-GTC-ATAGACATTA-T  182
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |
seq2  CCACGCCCAGCCTTTTTATAGCAATCTTTAAGAGGTCAATAGACATTATT  200

seq1  CATCTAAACTCA-CCAACTTTTTAAAAGATTGAAAT-AAAAAAAAAGGGG  230
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATCTAAACTCACCCAACTTTTTAAAAGATTGAAATAAAAAAAAAAGGGG  250

seq1  GTGGGGCTAATTGAAAGTGTTGAGCCCAGAAATTCTTCATGTTTTATTCA  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCTAATTGAAAGTGTTGAGCCCAGAAATTCTTCATGTTTTATTCA  300

seq1  TCTTTAAGTTACTATTCATAGATAACACTAGCCAATAGCTACTGTTTTCT  330
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTTTAAGTTACTATTCATAGATAACACTAGCCAATAGCTACTGTTTTTT  350

seq1  GAGAACTGTTAATACGTGTGAACAGACCACTGACTTCAACAAGCGTTGAG  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTGTTAATACGTGTGAACAGACCACTGACTTCAACAAGCGTTGAG  400

seq1  CAGAGGGGTCAGGATTAATGGGCTGTTCCTGTGTCTTTTAGGCGTGAGGC  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGGTCAGGATTAATGGGCTGTTCCTGTGTCTTTTAGGCGTGAGGC  450

seq1  CTCCCACAGTGGATGTCATCATCTTAGACTTAGAAAAGCTAGTCACATCC  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACAGTGGATGTCATCATCTTAGACTTAGAAAAGCTAGTCACATCC  500

seq1  TCAAAAAAAAAAAAAAATGTTGTATGATAAACAGATCATAACAGAAACTG  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAAAAAAAAAAATGTTGTATGATAAACAGATCATAACAGAAACTG  550

seq1  CCAGGGGCAGGCAGACACGGAATCCAGCTGGGTTTCTTTAGCCCTGATCC  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGCAGGCAGACACGGAATCCAGCTGGGTTTCTTTAGCCCTGATCC  600

seq1  CAGTTTCAGCTGCAGGTTTTTTCCAGAAAGAACAGAAGTTTGATTTACTC  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCAGCTGCAGGTTTTTTCCAGAAAGAACAGAAGTTTGATTTACTC  650

seq1  AACATTCTGCAGAAGTCAGGGGTGTGGTTATAACTCATTGCTAATGGGTT  680
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTGCAGAAGTCAGGGGTGTGGTTATAACTCATTGCTAATGGGTT  700

seq1  TTCCCTTAATTCTTGTAGCAACAGGACCTTACAGTGGCTACTGGCAGGAA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTAATTCTTGTAGCAACAGGACCTTACAGTGGCTACTGGCAGGAA  750

seq1  AAAGGTGAAACTAAGGTCACAACAGGAGTCTATAGCATCAAAACAGAAAC  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGAAACTAAGGTCACAACAGGAGTCTATAGCATCAAAACAGAAAC  800

seq1  AGCTGTTGAGGACCACCTAGCGGCAGCAGGGGCAGCAGTATTTTTTTATA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTGAGGACCACCTAGCGGCAGCAGGGGCAGCAGTATTTTTTTATA  850

seq1  TTATCCCTAAGGCACAAAGTATGACTAGTTTCCAGACTTAGAGCTGAGAG  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCTAAGGCACAAAGTATGACTAGTTTCCAGACTTAGAGCTGAGAG  900

seq1  CCACAGTGACGGATGAAGACTATGTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGACGGATGAAGACTATGTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  950

seq1  TTTTTTTTTTTACCAACTCTGCCATTAAATGCTTGTAATTTCATCCTGAT  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTACCAACTCTGCCATTAAATGCTTGTAATTTCATCCTGAT  1000

seq1  ACACAAATCACCTCTGATGTAGGCCAATCTTGTTTTCTTCTTATTCATTA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATCACCTCTGATGTAGGCCAATCTTGTTTTCTTCTTATTCATTA  1050

seq1  GAAAGTGTGAATTC  1044
      ||||||||||||||
seq2  GAAAGTGTGAATTC  1064

seq1: chr6_108382520_108383609
seq2: B6Ng01-280K01.g_70_1169

seq1  GAATTCTTTTATGTAACCTTGACTGTATATGAGCTCACAATGTATTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATGTAACCTTGACTGTATATGAGCTCACAATGTATTTTGT  50

seq1  TTGTGACTGATGCTGAAGATGGTAGTGTTTCCTTAGTGCCATACTTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTGATGCTGAAGATGGTAGTGTTTCCTTAGTGCCATACTTAAAA  100

seq1  TGGAATTTCTGCATGCTTAGCAGGAGCTTGAACCAAGTCCACCCCTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTCTGCATGCTTAGCAGGAGCTTGAACCAAGTCCACCCCTGAGG  150

seq1  CAACTGGAAGACCATAAAAGGGTATGTAGCCTTGAGTCTCTCGGGTTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGAAGACCATAAAAGGGTATGTAGCCTTGAGTCTCTCGGGTTGGG  200

seq1  AGCTGATGACTGGATCTCCCCCCCCTCAGCCACACAACTACGATTTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGACTGGATCTCCCCCCCCTCAGCCACACAACTACGATTTAAAG  250

seq1  ACAGCTTCTGTCGGTGTTGCTATTGTCCAAACATGAATCGGCTTAGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTCTGTCGGTGTTGCTATTGTCCAAACATGAATCGGCTTAGGACC  300

seq1  GATCGTCCGCTGTATAGAGGTGAAGCTAACTAGCAGTTCTGTTATCTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGTCCGCTGTATAGAGGTGAAGCTAACTAGCAGTTCTGTTATCTACC  350

seq1  TGAACAGAACTCTGCACAACCAAGCTGCAAACAATAACCAAGTGAGCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGAACTCTGCACAACCAAGCTGCAAACAATAACCAAGTGAGCACC  400

seq1  CCACACCCTCCTTCCCTGAGATGGTTTTCTAAACAGGTGATGGGAGAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCCTCCTTCCCTGAGATGGTTTTCTAAACAGGTGATGGGAGAGCT  450

seq1  TTGTGCTTCTGTAGTGACTAGTGATCCTTCCAGCTCGCTCACAGTAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTCTGTAGTGACTAGTGATCCTTCCAGCTCGCTCACAGTAAACA  500

seq1  CAAAGGCATAGTGTCAACAGAGCGGAATTACACCACCCAGCTAACTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCATAGTGTCAACAGAGCGGAATTACACCACCCAGCTAACTGTGA  550

seq1  GTGCGCTAACTTCCTCCTTTTCCCTTCAGCCAGTTTTTTTTACCTGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCTAACTTCCTCCTTTTCCCTTCAGCCAGTTTTTTTTACCTGTGCA  600

seq1  AGTGTGTGTCCCAACAAACACATGCAAATTCTCATCATTGGATTGTTCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTCCCAACAAACACATGCAAATTCTCATCATTGGATTGTTCGT  650

seq1  AGGTGCACAGCCTTCATAGTTGGCTATTGTTATTTAATGTTACATCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCACAGCCTTCATAGTTGGCTATTGTTATTTAATGTTACATCTCAG  700

seq1  CCTTTGGTGGGCAAGGAAAGCTAAGTCTTTGAACACTAGCAGGCACATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGTGGGCAAGGAAAGCTAAGTCTTTGAACACTAGCAGGCACATAA  750

seq1  AGCTCCCCCAAATTAGGGAAGGGTTTGTCATTTTTCCTTCTTTGAAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCCCAAATTAGGGAAGGGTTTGTCATTTTTCCTTCTTTGAAAAGG  800

seq1  AACAAAATAAATGTATG-TTTGCATAGA-TTCTTAGAAGAGGAATATGCC  848
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATAAATGTATGTTTTGCATAGATTTCTTAGAAGAGGAATATGCC  850

seq1  TAGGACAAGGGA-TTGATACTTTCTTACAATGCTGGCTATGTATTGTC-A  896
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGGACAAGGGATTTGATACTTTCTTACAATGCTGGCTATGTATTGTCAA  900

seq1  AAGAATTTTCTAGAATATATATACATACATATACACACATATGC-ATGAA  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGAATTTTCTAGAATATATATACATACATATACACACATATGCAATGAA  950

seq1  CTTGCTGACCAGCATTGGTTTTCCACATTATCCA-TTTCTAG-AGAAGC-  992
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| 
seq2  CTTGCTGACCAGCATTGGTTTT-CACATTATCCATTTTCTAGAAGAAGCT  999

seq1  TGGGCATCTCGGTTTTATGAGAACTTATTCAGTATTGTGTAAGACATATA  1042
      |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||
seq2  TGGGCATCTCGGTTTTATGAGAAC-TATTCAGGTATGTGT-AGACATATA  1047

seq1  TATATATATATATATATATAT---AGAGAACTTA-TTCAGTATT-GTGTA  1087
      |||||||||||||||||||||   ||||| |||| ||||||||| |||||
seq2  TATATATATATATATATATATATAAGAGACCTTATTTCAGTATTGGTGTA  1097

seq1  AGA  1090
      |||
seq2  AGA  1100