BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281F04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 103,517,947 - 103,623,381
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChl1
Upstream geneLOC666141
Downstream geneLOC100043345, Cntn6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281F04.bB6Ng01-281F04.g
ACCGA080832GA080833
length7831,084
definitionB6Ng01-281F04.b B6Ng01-281F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,622,599 - 103,623,381)(103,517,947 - 103,519,031)
sequence
gaattctacagagcatgccaccaagcagtggtgggattctgaatctccta
cctgcttgccttttataccatctgtcaaaatggccatctgccaagtgaca
ggttgccctgggcctctgttcctctcacacagattttcatgagtctgtgc
tttagcaatgcaagcacctcagtttcctgaatttcttcttttatttctgt
tcttgaaaaaaatcatttgtctatctcctcacttcttataaacaaattaa
attatttaaatccggtgaacatgacatcacaggtagggacaatttattca
gctaggttaacagctcttctatcctggacagctctgttttgtttgattct
gtgctttatttttaaggagtacttgctaacagagtctgaacaacgatgga
ttgaggaaacattgagctatttaatgatttttgtctgttttcataacttc
aaatatttgtttcagtttttacggtggtaacttttcttctgattcttggt
gaaagctgtaggatccatagaaagcttccatccttaagttcatgatgact
ccgctttcatttcacacagcgtgagtgtgaattattaaaacagcacattc
tcactgtcaataaggtggcagggatgcgactatatttctcaactaatgag
agtcaaatatcagttaactcttcaccatttccaggatatctataagctcc
cagctttccaacatgcatgtgtctctggaagcttccctcacttaattagt
agtattagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

gaattccgtttctcaactaaaaataacaagctgagttggaaattgaggtg
caagcactgtacaatcaagtgttgaaaagtcagcctctacaacaacgaga
ttttcattcaccacaatccatgaagaccactaagaaaaatggaggggttt
ctttatgaaacatagcgtatgagccgcagagatatcttatccagtaaaat
gttttctgcacaagtatgagggcttgaaatcaatccacagcacccactaa
aattctaggcatgatcgagctcacctttaaatctagcgcctgaggaagag
gaagagataagggaatccttggagattgctggccagcctgtcttgcataa
tcagctagcccagagtgatactctgtctcacaataaatgtagacagtacc
tgaagaccaacacctgatgctgacttctggcctctcctgcacacacacat
acaaacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacaagtat
aagtaaataaaatatgagattgattttgtaggttcagaataaattgtgtt
ttatttttagatgtagtaaagtgaaaattatttctctattccttgtttat
ttaaatatgcaaatattcactttcactggaaccttttttgatgctatcct
ttacttacattattgttttagcttggcaaagttcgctttggataatgaaa
attttgtataatgtcttgtcactgacacttgtggagaaagaaacccttta
tgcatgcctttatcttttgcatgttttacatttttcatatttgtaatcct
cacctttaaaatctgcatggtgagtatactaaaacttaggactttacact
taaaggaatacaagttaaacacattcagtaggaagctcccttgttggtct
gcttaaattatgggttagatgaacaagaggttgtgttccaggagagcatc
tgttgttttatttagtgaaagttagatctcagtccatggcagttttccgg
cacaatacaaacccacacctgactgaagcacatagaccgtaccatgatta
gcccttgctaactggtcaattatttctgactgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_103622599_103623381
seq2: B6Ng01-281F04.b_44_826 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACTAATACTACTAATTAAGTGAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACTAATACTACTAATTAAGTGAGGGA  50

seq1  AGCTTCCAGAGACACATGCATGTTGGAAAGCTGGGAGCTTATAGATATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCAGAGACACATGCATGTTGGAAAGCTGGGAGCTTATAGATATCC  100

seq1  TGGAAATGGTGAAGAGTTAACTGATATTTGACTCTCATTAGTTGAGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGGTGAAGAGTTAACTGATATTTGACTCTCATTAGTTGAGAAAT  150

seq1  ATAGTCGCATCCCTGCCACCTTATTGACAGTGAGAATGTGCTGTTTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCGCATCCCTGCCACCTTATTGACAGTGAGAATGTGCTGTTTTAAT  200

seq1  AATTCACACTCACGCTGTGTGAAATGAAAGCGGAGTCATCATGAACTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACACTCACGCTGTGTGAAATGAAAGCGGAGTCATCATGAACTTAA  250

seq1  GGATGGAAGCTTTCTATGGATCCTACAGCTTTCACCAAGAATCAGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGCTTTCTATGGATCCTACAGCTTTCACCAAGAATCAGAAGAA  300

seq1  AAGTTACCACCGTAAAAACTGAAACAAATATTTGAAGTTATGAAAACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACCACCGTAAAAACTGAAACAAATATTTGAAGTTATGAAAACAGA  350

seq1  CAAAAATCATTAAATAGCTCAATGTTTCCTCAATCCATCGTTGTTCAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATCATTAAATAGCTCAATGTTTCCTCAATCCATCGTTGTTCAGAC  400

seq1  TCTGTTAGCAAGTACTCCTTAAAAATAAAGCACAGAATCAAACAAAACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAGCAAGTACTCCTTAAAAATAAAGCACAGAATCAAACAAAACAG  450

seq1  AGCTGTCCAGGATAGAAGAGCTGTTAACCTAGCTGAATAAATTGTCCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCCAGGATAGAAGAGCTGTTAACCTAGCTGAATAAATTGTCCCTA  500

seq1  CCTGTGATGTCATGTTCACCGGATTTAAATAATTTAATTTGTTTATAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATGTCATGTTCACCGGATTTAAATAATTTAATTTGTTTATAAGA  550

seq1  AGTGAGGAGATAGACAAATGATTTTTTTCAAGAACAGAAATAAAAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGAGATAGACAAATGATTTTTTTCAAGAACAGAAATAAAAGAAGA  600

seq1  AATTCAGGAAACTGAGGTGCTTGCATTGCTAAAGCACAGACTCATGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGAAACTGAGGTGCTTGCATTGCTAAAGCACAGACTCATGAAAA  650

seq1  TCTGTGTGAGAGGAACAGAGGCCCAGGGCAACCTGTCACTTGGCAGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGAGAGGAACAGAGGCCCAGGGCAACCTGTCACTTGGCAGATGG  700

seq1  CCATTTTGACAGATGGTATAAAAGGCAAGCAGGTAGGAGATTCAGAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGACAGATGGTATAAAAGGCAAGCAGGTAGGAGATTCAGAATCC  750

seq1  CACCACTGCTTGGTGGCATGCTCTGTAGAATTC  783
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGCTTGGTGGCATGCTCTGTAGAATTC  783


seq1: chr6_103517947_103519031
seq2: B6Ng01-281F04.g_67_1150

seq1  GAATTCCGTTTCTCAACTAAAAATAACAAGCTGAGTTGGAAATTGAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGTTTCTCAACTAAAAATAACAAGCTGAGTTGGAAATTGAGGTG  50

seq1  CAAGCACTGTACAATCAAGTGTTGAAAAGTCAGCCTCTACAACAACGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACTGTACAATCAAGTGTTGAAAAGTCAGCCTCTACAACAACGAGA  100

seq1  TTTTCATTCACCACAATCCATGAAGACCACTAAGAAAAATGGAGGGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTCACCACAATCCATGAAGACCACTAAGAAAAATGGAGGGGTTT  150

seq1  CTTTATGAAACATAGCGTATGAGCCGCAGAGATATCTTATCCAGTAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGAAACATAGCGTATGAGCCGCAGAGATATCTTATCCAGTAAAAT  200

seq1  GTTTTCTGCACAAGTATGAGGGCTTGAAATCAATCCACAGCACCCACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGCACAAGTATGAGGGCTTGAAATCAATCCACAGCACCCACTAA  250

seq1  AATTCTAGGCATGATCGAGCTCACCTTTAAATCTAGCGCCTGAGGAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAGGCATGATCGAGCTCACCTTTAAATCTAGCGCCTGAGGAAGAG  300

seq1  GAAGAGATAAGGGAATCCTTGGAGATTGCTGGCCAGCCTGTCTTGCATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATAAGGGAATCCTTGGAGATTGCTGGCCAGCCTGTCTTGCATAA  350

seq1  TCAGCTAGCCCAGAGTGATACTCTGTCTCACAATAAATGTAGACAGTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTAGCCCAGAGTGATACTCTGTCTCACAATAAATGTAGACAGTACC  400

seq1  TGAAGACCAACACCTGATGCTGACTTCTGGCCTCTCCTGCACACACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACCAACACCTGATGCTGACTTCTGGCCTCTCCTGCACACACACAT  450

seq1  ACAAACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACAAGTAT  500

seq1  AAGTAAATAAAATATGAGATTGATTTTGTAGGTTCAGAATAAATTGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATAAAATATGAGATTGATTTTGTAGGTTCAGAATAAATTGTGTT  550

seq1  TTATTTTTAGATGTAGTAAAGTGAAAATTATTTCTCTATTCCTTGTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTAGATGTAGTAAAGTGAAAATTATTTCTCTATTCCTTGTTTAT  600

seq1  TTAAATATGCAAATATTCACTTTCACTGGAACCTTTTTTGATGCTATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATGCAAATATTCACTTTCACTGGAACCTTTTTTGATGCTATCCT  650

seq1  TTACTTACATTATTGTTTTAGCTTGGCAAAGTTCGCTTTGGATAATGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTACATTATTGTTTTAGCTTGGCAAAGTTCGCTTTGGATAATGAAA  700

seq1  ATTTTGTATAATGTCTTGTCACTGACACTTGTGGAGAAAGAAACCC-TTA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTTTGTATAATGTCTTGTCACTGACACTTGTGGAGAAAGAAACCCTTTA  750

seq1  TGCATGCCTTTATCTTTTGCATGTTTTACATTTTTCATATTTGTAATCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCTTTATCTTTTGCATGTTTTACATTTTTCATATTTGTAATCCT  800

seq1  CACCTTTAAAATCTGCATGGTGAGTATACTAAAACTTAGGACTTTACACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTAAAATCTGCATGGTGAGTATACTAAAACTTAGGACTTTACACT  850

seq1  T-AAGGAATACAAGTTAAACACATTCAGTAGGAAGCTCCCTTGTTGGTCT  898
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAATACAAGTTAAACACATTCAGTAGGAAGCTCCCTTGTTGGTCT  900

seq1  GCTTAAATTATGGGTTAGATGAACAAGAGGTTGTGTTCCAGGAGAGCATC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAATTATGGGTTAGATGAACAAGAGGTTGTGTTCCAGGAGAGCATC  950

seq1  TGT--GTTTATTTAGTGAAAGTTAGATCTCAGTCCATGGCAGGTTTTCCG  996
      |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTTGTTTTATTTAGTGAAAGTTAGATCTCAGTCCATGGCA-GTTTTCCG  999

seq1  GCACAATACAAACCCACACCTGAACTGAAGCACATAGACCGTACCATGAA  1046
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCACAATACAAACCCACACCTG-ACTGAAGCACATAGACCGTACCATG-A  1047

seq1  TTAG-CCTTGCTTAAACTGGTCAATTATTTTCTGACTGTC  1085
      |||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTAGCCCTTGCT--AACTGGTCAATTA-TTTCTGACTGTC  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |