BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282D15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 118,939,018 - 119,061,864
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1c
Upstream geneLOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9, Ankrd26
Downstream geneDcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b, Fbxl14, Erc1, LOC666887, Rad52, Wnk1, EG406236, Ninj2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282D15.bB6Ng01-282D15.g
ACCGA081500GA081501
length1,139590
definitionB6Ng01-282D15.b B6Ng01-282D15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,939,018 - 118,940,159)(119,061,275 - 119,061,864)
sequence
gaattctcctgatcacacaaacagcgggcaccatggcttttccatgtcta
tcgggaaatatgggtgacagaggcaccaggagagcaaccagagcaccaag
tgattggcctcaccatagcgtccaggctggcagatgcaaaactgaagcag
cagagacagaggtgtgcactggagcgctggcccctccgagtcagttttgc
ctctgcctccactgctgacagccttgataggaacccaccactcaacaaga
ctggccaacacagtagtgtggaggctgtccctccaagaatagaagtccgt
ttccaaatgagggcttctgggttctaaaacttcattaaagaagaaataaa
tatgaatcaaaccgaccaagtagaaagcaagggcaaactcctgatgaact
ggcaacttgacccagggcggatctcgacgctgccgctcctcatacaccgg
gctttcctgaactggactagtttgtacaacattgtttagagaggctaatt
gcttttaaaggcatccttaaaccttccagatttagaaattaataaaattc
attatagtctggtgcttctggaccaggcttacaatgtcccacttgctcta
ttcagtcattgacttaaacacagaaaaacctcacttaccaaaacgttttt
cagagatggcaggtcttagccttgaaaaatttcaaattgctgaattttta
acaaaaacaaatggttttagtacctgtatcaaacatatcataagctaagg
tctaaatgaacactaataagtaaaattaaattagtcactgaaaaattgct
atccataataggtttttattacataataaataattacattatatcactga
gtcttaattcaatgggaaacccacactgtgacagatttcctggggtataa
tttggatctaaactgcacagcactctaggtttaatttggctgttctcaat
gggcccatgagagcttccagtggcccaagattacagaagcagaatgggtg
gggcagggacaccatgctcatcccagaggtgacaaatagactctcggtgt
gcatcccaggctccatggagcagtgatgctgcacaggattcagtgtctca
gtgtatgttaatgtgatacctggatctggatcaggcacc
gaattcacatccttaaaaaagggaaccatacataatgagatatttcgtta
ctggtttttccttaccactaatacttctctgtagtattgcttgtgtcagt
tggatttttctatgtttatgtcacagccctagtttatatgtagagtggct
aagagacaggtggaggaagacagactgctgagatcgctggggtttgaatc
ccacacttctgtctgtcaaaaacgtgagcaagtgaacaaacctcgttttc
tccctcggggcatggtaaacagaagcacctcacagggctatgcgagcaac
tatacacacatgacacaaatgattttgaaatagtattatttaatcaacct
tatgtttagcttattttcaggtttccccactcacacaaatacactgcaat
taagttgctcactgtatgtacccttaatttcttccaaaggaaacatttgt
gggcatggagtagaatcttatcctgagtaagttgtacacgaagagcctcc
atatgtacaaagcgcagtgtataggaaggagcacagttcactttcttaag
acatggaaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_118939018_118940159
seq2: B6Ng01-282D15.b_47_1185

seq1  GAATTCTCCTGATCACACAAACAGCGGGCACCATGGCTTTTCCATGTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGATCACACAAACAGCGGGCACCATGGCTTTTCCATGTCTA  50

seq1  TCGGGAAATATGGGTGACAGAGGCACCAGGAGAGCAACCAGAGCACCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGAAATATGGGTGACAGAGGCACCAGGAGAGCAACCAGAGCACCAAG  100

seq1  TGATTGGCCTCACCATAGCGTCCAGGCTGGCAGATGCAAAACTGAAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGCCTCACCATAGCGTCCAGGCTGGCAGATGCAAAACTGAAGCAG  150

seq1  CAGAGACAGAGGTGTGCACTGGAGCGCTGGCCCCTCCGAGTCAGTTTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAGAGGTGTGCACTGGAGCGCTGGCCCCTCCGAGTCAGTTTTGC  200

seq1  CTCTGCCTCCACTGCTGACAGCCTTGATAGGAACCCACCACTCAACAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCACTGCTGACAGCCTTGATAGGAACCCACCACTCAACAAGA  250

seq1  CTGGCCAACACAGTAGTGTGGAGGCTGTCCCTCCAAGAATAGAAGTCCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAACACAGTAGTGTGGAGGCTGTCCCTCCAAGAATAGAAGTCCGT  300

seq1  TTCCAAATGAGGGCTTCTGGGTTCTAAAACTTCATTAAAGAAGAAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATGAGGGCTTCTGGGTTCTAAAACTTCATTAAAGAAGAAATAAA  350

seq1  TATGAATCAAACCGACCAAGTAGAAAGCAAGGGCAAACTCCTGATGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATCAAACCGACCAAGTAGAAAGCAAGGGCAAACTCCTGATGAACT  400

seq1  GGCAACTTGACCCAGGGCGGATCTCGACGCTGCCGCTCCTCATACACCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTTGACCCAGGGCGGATCTCGACGCTGCCGCTCCTCATACACCGG  450

seq1  GCTTTCCTGAACTGGACTAGTTTGTACAACATTGTTTAGAGAGGCTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCTGAACTGGACTAGTTTGTACAACATTGTTTAGAGAGGCTAATT  500

seq1  GCTTTTAAAGGCATCCTTAAACCTTCCAGATTTAGAAATTAATAAAATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAAAGGCATCCTTAAACCTTCCAGATTTAGAAATTAATAAAATTC  550

seq1  ATTATAGTCTGGTGCTTCTGGACCAGGCTTACAATGTCCCACTTGCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGTCTGGTGCTTCTGGACCAGGCTTACAATGTCCCACTTGCTCTA  600

seq1  TTCAGTCATTGACTTAAACACAGAAAAACCTCACTTACCAAAACGTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCATTGACTTAAACACAGAAAAACCTCACTTACCAAAACGTTTTT  650

seq1  CAGAGATGGCAGGTCTTAGCCTTGAAAAATTTCAAATTGCTGAATTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGGCAGGTCTTAGCCTTGAAAAATTTCAAATTGCTGAATTTTTA  700

seq1  ACAAAAACAAATGGTTTTAGTACCTGTATCAAACATATCATAAGCTAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAACAAATGGTTTTAGTACCTGTATCAAACATATCATAAGCTAAGG  750

seq1  TCTAAATGAACACTAATAAGTAAAATTAAATTAGTCACTGAAAAATTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATGAACACTAATAAGTAAAATTAAATTAGTCACTGAAAAATTGCT  800

seq1  ATCCATAATAGGTTTTTATTACATAATAAATAATTACATTATATCACTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAATAGGTTTTTATTACATAATAAATAATTACATTATATCACTGA  850

seq1  GTCTTAATTCAATGGGAAACCCACACTGTGACAGATTTCCTGGGGTATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATTCAATGGGAAACCCACACTGTGACAGATTTCCTGGGGTATAA  900

seq1  TTTGGATCTAAACTGCACAGCACTCTAGGTTTAA-TTGGCTGTTCTCAAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTGGATCTAAACTGCACAGCACTCTAGGTTTAATTTGGCTGTTCTCAAT  950

seq1  -GGCCCATGAGAGCTTCCAGTGGCCCAAGATACAAGAAAGCAGAAGGGGT  998
       ||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||| ||||
seq2  GGGCCCATGAGAGCTTCCAGTGGCCCAAGATTACAG-AAGCAGAATGGGT  999

seq1  GGGGCAGGGGACACCATGCTCATCCCAGAGGTGACAAATAGACTCTCGGG  1048
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGGCA-GGGACACCATGCTCATCCCAGAGGTGACAAATAGACTCTC-GG  1047

seq1  TGTGGCATCCCAGGCTCCATGGAGGCAGTGATGCTGCACAGGATTTCAGT  1098
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGT-GCATCCCAGGCTCCATGGA-GCAGTGATGCTGCACAGGA-TTCAGT  1094

seq1  GTCTTCAGTGTATGTT-ATGTGATACCT-GAGCTGAGTCAGGCACC  1142
      ||| |||||||||||| ||||||||||| || |||  |||||||||
seq2  GTC-TCAGTGTATGTTAATGTGATACCTGGATCTGGATCAGGCACC  1139

seq1: chr6_119061275_119061864
seq2: B6Ng01-282D15.g_68_657 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACCTTCCATGTCTTAAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACCTTCCATGTCTTAAGAAAG  50

seq1  TGAACTGTGCTCCTTCCTATACACTGCGCTTTGTACATATGGAGGCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGTGCTCCTTCCTATACACTGCGCTTTGTACATATGGAGGCTCTT  100

seq1  CGTGTACAACTTACTCAGGATAAGATTCTACTCCATGCCCACAAATGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTACAACTTACTCAGGATAAGATTCTACTCCATGCCCACAAATGTTT  150

seq1  CCTTTGGAAGAAATTAAGGGTACATACAGTGAGCAACTTAATTGCAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGAAGAAATTAAGGGTACATACAGTGAGCAACTTAATTGCAGTGT  200

seq1  ATTTGTGTGAGTGGGGAAACCTGAAAATAAGCTAAACATAAGGTTGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTGAGTGGGGAAACCTGAAAATAAGCTAAACATAAGGTTGATTA  250

seq1  AATAATACTATTTCAAAATCATTTGTGTCATGTGTGTATAGTTGCTCGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACTATTTCAAAATCATTTGTGTCATGTGTGTATAGTTGCTCGCA  300

seq1  TAGCCCTGTGAGGTGCTTCTGTTTACCATGCCCCGAGGGAGAAAACGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGTGAGGTGCTTCTGTTTACCATGCCCCGAGGGAGAAAACGAGG  350

seq1  TTTGTTCACTTGCTCACGTTTTTGACAGACAGAAGTGTGGGATTCAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCACTTGCTCACGTTTTTGACAGACAGAAGTGTGGGATTCAAACC  400

seq1  CCAGCGATCTCAGCAGTCTGTCTTCCTCCACCTGTCTCTTAGCCACTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGATCTCAGCAGTCTGTCTTCCTCCACCTGTCTCTTAGCCACTCTA  450

seq1  CATATAAACTAGGGCTGTGACATAAACATAGAAAAATCCAACTGACACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAACTAGGGCTGTGACATAAACATAGAAAAATCCAACTGACACAA  500

seq1  GCAATACTACAGAGAAGTATTAGTGGTAAGGAAAAACCAGTAACGAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATACTACAGAGAAGTATTAGTGGTAAGGAAAAACCAGTAACGAAATA  550

seq1  TCTCATTATGTATGGTTCCCTTTTTTAAGGATGTGAATTC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTATGTATGGTTCCCTTTTTTAAGGATGTGAATTC  590