BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283A01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,044,387 - 108,198,392
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSumf1, LOC100043718, Itpr1
Upstream geneLrrn1, Setmar
Downstream geneLOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283A01.bB6Ng01-283A01.g
ACCGA082072GA082073
length1,182735
definitionB6Ng01-283A01.b B6Ng01-283A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,044,387 - 108,045,568)(108,197,659 - 108,198,392)
sequence
gaattcacctcttgtcacagtgccaacctgcttataagaagagtcttgca
gagattacaagacatagaagtttgggaaccatgatcatggtacaaaccct
ccagtttccaacaacaacaaaagcacatggcaagtataacctaaaggcta
catagcatcaggaagtttctagaagatccagtttgtcctcaatcacataa
atattaaaacctctggtcatttagcaatatttagtaagcagccactgtgt
aggagccactatagaggagtttctatctatactagggcttatggtagcta
ctggtgcttgaagcattataaagccttggtttcagggactagagaaaaga
atcacagcctgctcagttcatagcgcccactgaggtagctcacaaccact
tgtaacttcagctgcaggaaatctaatatcctttcctggtctccacatgc
acctgcagtaaataaggtgtgcatgctagcacatgtacatgtatacacac
atacacacacacacgacactttaaaataaaataacctacttatatcaggt
tttcaggttttctttggctggcactgcctttgtactaactcccagggggg
tctacaacaggtctgtgccaaaggtgatgacccttcccaactgtttttgt
tttgttttgttgctactcaaaaaagaggcaagaaatacaaactaaggaag
tcccgaataacaaggccaccagaatgatccaggaataactcacttaatct
aatgtctctatgcagagttttccaggaagccctcccttccatttctctgt
aagagagagggttcaatataattcaaatccacttttcacacatactacaa
cctaatctcccaagaggcaagaggtttcacagctaagaaaggtaagaaca
gaaacttcgggcttataatcccaggactgattttgatccaacaaactaag
tcctctgagagaacactcaggagaatggatttttgaacagtctctttaaa
agcgcttctagtacaacagtgggcctggtccgtgaccattcctgcagatc
ctagatggatcaagggatgaggtgtggggcttatgaatgagactaagtag
catgccgagctctctgaactctcagaacattgccttgttaacctctcaag
caatgaagatcagagccgtgcctgaatgagcc

gaattcaagaacagagaagtaacattttgtctagtctcaattagaagcta
tgccagtgacaaaggccatgcccttacagaaccctcaggccaggggttta
agacaatctatagggcaaatggtgggaaaggacagggtcagccctcagga
ctctggcattcaggcgtgacatgacactggaccagttcctaacatctgtt
aacccaaatagcattaggtatgaaacagatgtgtcctgatctggggaggt
gctgcagagccagagagaaggcacatatgtagagcatcatctactctgcc
cccgtcccataggaaagtactctgccggctctcttccccttgcatatata
actgctgtggtgtgggaacagatgccttcccagagaattctggtaactct
tgtccctggagaataaatggcctgtagctgcatgtagaaggaaaccaata
aatgtttgtggagtaaatgataaccagcctaggatgggcaagtgactgtc
tatgagacagttactcaacttcttggagcctccatcttctcatctgcata
atgggaacataaagacctgccgcaaggaagtggattgcacagcaagatta
gaaagaagtcattcatcaggacaatgctttgtaccaactggatgatctat
cagtgtgataaatgtagtgggtcagtctctccagaaaaccctaaggctct
tttttgggttggttttgtttgtttggggggtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108044387_108045568
seq2: B6Ng01-283A01.b_44_1225

seq1  GAATTCACCTCTTGTCACAGTGCCAACCTGCTTATAAGAAGAGTCTTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTCTTGTCACAGTGCCAACCTGCTTATAAGAAGAGTCTTGCA  50

seq1  GAGATTACAAGACATAGAAGTTTGGGAACCATGATCATGGTACAAACCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTACAAGACATAGAAGTTTGGGAACCATGATCATGGTACAAACCCT  100

seq1  CCAGTTTCCAACAACAACAAAAGCACATGGCAAGTATAACCTAAAGGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTCCAACAACAACAAAAGCACATGGCAAGTATAACCTAAAGGCTA  150

seq1  CATAGCATCAGGAAGTTTCTAGAAGATCCAGTTTGTCCTCAATCACATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCATCAGGAAGTTTCTAGAAGATCCAGTTTGTCCTCAATCACATAA  200

seq1  ATATTAAAACCTCTGGTCATTTAGCAATATTTAGTAAGCAGCCACTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAACCTCTGGTCATTTAGCAATATTTAGTAAGCAGCCACTGTGT  250

seq1  AGGAGCCACTATAGAGGAGTTTCTATCTATACTAGGGCTTATGGTAGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCACTATAGAGGAGTTTCTATCTATACTAGGGCTTATGGTAGCTA  300

seq1  CTGGTGCTTGAAGCATTATAAAGCCTTGGTTTCAGGGACTAGAGAAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCTTGAAGCATTATAAAGCCTTGGTTTCAGGGACTAGAGAAAAGA  350

seq1  ATCACAGCCTGCTCAGTTCATAGCGCCCACTGAGGTAGCTCACAACCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGCCTGCTCAGTTCATAGCGCCCACTGAGGTAGCTCACAACCACT  400

seq1  TGTAACTTCAGCTGCAGGAAATCTAATATCCTTTCCTGGTCTCCACATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTTCAGCTGCAGGAAATCTAATATCCTTTCCTGGTCTCCACATGC  450

seq1  ACCTGCAGTAAATAAGGTGTGCATGCTAGCACATGTACATGTATACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAGTAAATAAGGTGTGCATGCTAGCACATGTACATGTATACACAC  500

seq1  ATACACACACACACGACACTTTAAAATAAAATAACCTACTTATATCAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACACACGACACTTTAAAATAAAATAACCTACTTATATCAGGT  550

seq1  TTTCAGGTTTTCTTTGGCTGGCACTGCCTTTGTACTAACTCCCAGGGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGTTTTCTTTGGCTGGCACTGCCTTTGTACTAACTCCCAGGGGGG  600

seq1  TCTACAACAGGTCTGTGCCAAAGGTGATGACCCTTCCCAACTGTTTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAACAGGTCTGTGCCAAAGGTGATGACCCTTCCCAACTGTTTTTGT  650

seq1  TTTGTTTTGTTGCTACTCAAAAAAGAGGCAAGAAATACAAACTAAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTGCTACTCAAAAAAGAGGCAAGAAATACAAACTAAGGAAG  700

seq1  TCCCGAATAACAAGGCCACCAGAATGATCCAGGAATAACTCACTTAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAATAACAAGGCCACCAGAATGATCCAGGAATAACTCACTTAATCT  750

seq1  AATGTCTCTATGCAGAGTTTTCCAGGAAGCCCTCCCTTCCATTTCTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCTATGCAGAGTTTTCCAGGAAGCCCTCCCTTCCATTTCTCTGT  800

seq1  AAGAGAGAGGGTTCAATATAATTCAAATCCACTTTTCACACATACTACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGAGGGTTCAATATAATTCAAATCCACTTTTCACACATACTACAA  850

seq1  CCTAATCTCCCAAGAGGCAAGAGGTTTCACAGCTAAG-AAGGTAAGAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTAATCTCCCAAGAGGCAAGAGGTTTCACAGCTAAGAAAGGTAAGAACA  900

seq1  GAAACTTCGGGCTTATAATCCCAGGACTGATTTTGATCCAACAAACTAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTCGGGCTTATAATCCCAGGACTGATTTTGATCCAACAAACTAAG  950

seq1  TCCTCTGAGAGAACACTCAGGAGAATGGA-TTTTGAACAGTCTCTTTAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TCCTCTGAGAGAACACTCAGGAGAATGGATTTTTGAACAGTCTCTTT-AA  999

seq1  AAGCGCTTCTAGTACAACAAGTTGGGCCTGGTCCGGTGACCAATCCTGCA  1048
      |||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  AAGCGCTTCTAGTACAACA--GTGGGCCTGGTCC-GTGACCATTCCTGCA  1046

seq1  GATCCTAAGATGGAATCAAGGGATGAGGTGTGGGGC-TATG-ATGAGACT  1096
      |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  GATCCT-AGATGG-ATCAAGGGATGAGGTGTGGGGCTTATGAATGAGACT  1094

seq1  AAGTAGCATG-CGAGGCCTCTCTG-ACTCTCAGACCAT--GCTTGTTAAC  1142
      |||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||   |||||||||
seq2  AAGTAGCATGCCGAG--CTCTCTGAACTCTCAGAACATTGCCTTGTTAAC  1142

seq1  TCTCAGAGGCACATG-AGGTCAGAG-CGTGCCTGAATGAGCC  1182
       |||  | ||| ||| || |||||| ||||||||||||||||
seq2  -CTCTCAAGCA-ATGAAGATCAGAGCCGTGCCTGAATGAGCC  1182


seq1: chr6_108197659_108198392
seq2: B6Ng01-283A01.g_65_799 (reverse)

seq1  CCCCA-CCCCCAAACAAACAAAACCAACCCAAAAAAGAGCCTTAGGGTTT  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCCAAACAAACAAAACCAACCCAAAAAAGAGCCTTAGGGTTT  50

seq1  TCTGGAGAGACTGACCCACTACATTTATCACACTGATAGATCATCCAGTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAGACTGACCCACTACATTTATCACACTGATAGATCATCCAGTT  100

seq1  GGTACAAAGCATTGTCCTGATGAATGACTTCTTTCTAATCTTGCTGTGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAAGCATTGTCCTGATGAATGACTTCTTTCTAATCTTGCTGTGCA  150

seq1  ATCCACTTCCTTGCGGCAGGTCTTTATGTTCCCATTATGCAGATGAGAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTTCCTTGCGGCAGGTCTTTATGTTCCCATTATGCAGATGAGAAG  200

seq1  ATGGAGGCTCCAAGAAGTTGAGTAACTGTCTCATAGACAGTCACTTGCCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGCTCCAAGAAGTTGAGTAACTGTCTCATAGACAGTCACTTGCCC  250

seq1  ATCCTAGGCTGGTTATCATTTACTCCACAAACATTTATTGGTTTCCTTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGGCTGGTTATCATTTACTCCACAAACATTTATTGGTTTCCTTCT  300

seq1  ACATGCAGCTACAGGCCATTTATTCTCCAGGGACAAGAGTTACCAGAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAGCTACAGGCCATTTATTCTCCAGGGACAAGAGTTACCAGAATT  350

seq1  CTCTGGGAAGGCATCTGTTCCCACACCACAGCAGTTATATATGCAAGGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGAAGGCATCTGTTCCCACACCACAGCAGTTATATATGCAAGGGG  400

seq1  AAGAGAGCCGGCAGAGTACTTTCCTATGGGACGGGGGCAGAGTAGATGAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGCCGGCAGAGTACTTTCCTATGGGACGGGGGCAGAGTAGATGAT  450

seq1  GCTCTACATATGTGCCTTCTCTCTGGCTCTGCAGCACCTCCCCAGATCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACATATGTGCCTTCTCTCTGGCTCTGCAGCACCTCCCCAGATCAG  500

seq1  GACACATCTGTTTCATACCTAATGCTATTTGGGTTAACAGATGTTAGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATCTGTTTCATACCTAATGCTATTTGGGTTAACAGATGTTAGGAA  550

seq1  CTGGTCCAGTGTCATGTCACGCCTGAATGCCAGAGTCCTGAGGGCTGACC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCAGTGTCATGTCACGCCTGAATGCCAGAGTCCTGAGGGCTGACC  600

seq1  CTGTCCTTTCCCACCATTTGCCCTATAGATTGTCTTAAACCCCTGGCCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTTCCCACCATTTGCCCTATAGATTGTCTTAAACCCCTGGCCTG  650

seq1  AGGGTTCTGTAAGGGCATGGCCTTTGTCACTGGCATAGCTTCTAATTGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTGTAAGGGCATGGCCTTTGTCACTGGCATAGCTTCTAATTGAG  700

seq1  ACTAGACAAAATGTTACTTCTCTGTTCTTGAATTC  734
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACAAAATGTTACTTCTCTGTTCTTGAATTC  735


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |