BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291L20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 87,303,469 - 87,434,040
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGkn2, 1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25
Upstream gene2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1, D6Ertd527e, Antxr1, Gkn1
Downstream geneProkr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291L20.bB6Ng01-291L20.g
ACCGA088551GA088552
length631698
definitionB6Ng01-291L20.b B6Ng01-291L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,303,469 - 87,304,099)(87,433,348 - 87,434,040)
sequence
gaattccactctcatacaatattgttaatcaactggcttcaaagccagga
gatgttcttccagtggcctggtgtggtgtgggtgtatgactactcaggga
gacgtaacattgacatctacctcttatctgggatggcaactgaacaactc
atacaagctcatcccaaggagaaaaatggatttatcatgagtttcttatg
gagcagtggatgaccatacacagccaccatttccagaagttccctctcct
cccacatttctattttatagggctataagcctgcatcagaatcaatacaa
gtcagggctcagggtgctacccaatgttggggtgccaggggtaaaagtag
gctcagacatcacaagcctggacaaagtaagactctgggaaagttgtttg
tttaagggtaccttgactttgcccttcttagagattcttgtggtctcaga
aaacactgtccaattgtgataaagttagcttgtcttggtgtagtccagca
tatagaactcataagcggtagtttgttgcatgatggaggtcctttggcta
ggatttggagggctggtctcaccatttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
catgtgtgggtgcatatggatgtatgtgtgt
gaattccacatggcaggagaaggtggtgtcaaagaggagtcctgattcct
gcctggggaatgacagacggatgaatgcttggttggcagtgtgagaccga
atgccccaggccctccctggcaagactgtccttgcctgaatctctgcgag
ggttctagggtgctggggtcagttgcaggaggtctgctccatcttcctga
caggaggggcgggagctggctcccttcgcccaccagcctacctctgagat
cattgtctcagaagaccctgactgagccttgcctgcctctgaaagccttt
ccaggagagtgtgggctggcttcataaaggctaagtgccgttctgtgttc
ctgccagacagtttgatatacggtgcaatgctggtaaacgctggcgtgtg
ggattttcttcctttctctctttcttttagcccacctcatagctgtcccc
tgaatggcggctgacaattagctgctaagtaaaaggaggcacttattttt
attgtgctctgacagctttatgtttactctctgaaagccaagggagcctc
ttgtgtgtaaaggtgagtagggaggagtgttgggaaagggccgggcaggt
gctgacacatccctggggattcctcccaggactcagaaccctgagcagcc
tttgcaagcctgtgctgattctggaaagccagcggaggacagttagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_87303469_87304099
seq2: B6Ng01-291L20.b_47_677

seq1  GAATTCCACTCTCATACAATATTGTTAATCAACTGGCTTCAAAGCCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCTCATACAATATTGTTAATCAACTGGCTTCAAAGCCAGGA  50

seq1  GATGTTCTTCCAGTGGCCTGGTGTGGTGTGGGTGTATGACTACTCAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTTCCAGTGGCCTGGTGTGGTGTGGGTGTATGACTACTCAGGGA  100

seq1  GACGTAACATTGACATCTACCTCTTATCTGGGATGGCAACTGAACAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTAACATTGACATCTACCTCTTATCTGGGATGGCAACTGAACAACTC  150

seq1  ATACAAGCTCATCCCAAGGAGAAAAATGGATTTATCATGAGTTTCTTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGCTCATCCCAAGGAGAAAAATGGATTTATCATGAGTTTCTTATG  200

seq1  GAGCAGTGGATGACCATACACAGCCACCATTTCCAGAAGTTCCCTCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTGGATGACCATACACAGCCACCATTTCCAGAAGTTCCCTCTCCT  250

seq1  CCCACATTTCTATTTTATAGGGCTATAAGCCTGCATCAGAATCAATACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTTCTATTTTATAGGGCTATAAGCCTGCATCAGAATCAATACAA  300

seq1  GTCAGGGCTCAGGGTGCTACCCAATGTTGGGGTGCCAGGGGTAAAAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGCTCAGGGTGCTACCCAATGTTGGGGTGCCAGGGGTAAAAGTAG  350

seq1  GCTCAGACATCACAAGCCTGGACAAAGTAAGACTCTGGGAAAGTTGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACATCACAAGCCTGGACAAAGTAAGACTCTGGGAAAGTTGTTTG  400

seq1  TTTAAGGGTACCTTGACTTTGCCCTTCTTAGAGATTCTTGTGGTCTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGGTACCTTGACTTTGCCCTTCTTAGAGATTCTTGTGGTCTCAGA  450

seq1  AAACACTGTCCAATTGTGATAAAGTTAGCTTGTCTTGGTGTAGTCCAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGTCCAATTGTGATAAAGTTAGCTTGTCTTGGTGTAGTCCAGCA  500

seq1  TATAGAACTCATAAGCGGTAGTTTGTTGCATGATGGAGGTCCTTTGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAACTCATAAGCGGTAGTTTGTTGCATGATGGAGGTCCTTTGGCTA  550

seq1  GGATTTGGAGGGCTGGTCTCACCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGGAGGGCTGGTCTCACCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  600

seq1  CATGTGTGGGTGCATATGGATGTATGTGTGT  631
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGGGTGCATATGGATGTATGTGTGT  631

seq1: chr6_87433348_87434040
seq2: B6Ng01-291L20.g_66_763 (reverse)

seq1  AGCTAACTGTCCT-CGCTGGC-TTCCAG-ATCAGCACAGGCTTGCAAAGG  47
      ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACTGTCCTCCGCTGGCTTTCCAGAATCAGCACAGGCTTGCAAAGG  50

seq1  CTGCTCA-GGTTCTGAGTCCTGGGAGGAAT-CCCAGGGATGTGTCAGCAC  95
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGGGTTCTGAGTCCTGGGAGGAATCCCCAGGGATGTGTCAGCAC  100

seq1  CTGCCCGGCCCTTTCCCAACACTCCTCCCTACTCACCTTTACACACAAGA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCGGCCCTTTCCCAACACTCCTCCCTACTCACCTTTACACACAAGA  150

seq1  GGCTCCCTTGGCTTTCAGAGAGTAAACATAAAGCTGTCAGAGCACAATAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCTTGGCTTTCAGAGAGTAAACATAAAGCTGTCAGAGCACAATAA  200

seq1  AAATAAGTGCCTCCTTTTACTTAGCAGCTAATTGTCAGCCGCCATTCAGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTGCCTCCTTTTACTTAGCAGCTAATTGTCAGCCGCCATTCAGG  250

seq1  GGACAGCTATGAGGTGGGCTAAAAGAAAGAGAGAAAGGAAGAAAATCCCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTATGAGGTGGGCTAAAAGAAAGAGAGAAAGGAAGAAAATCCCA  300

seq1  CACGCCAGCGTTTACCAGCATTGCACCGTATATCAAACTGTCTGGCAGGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCAGCGTTTACCAGCATTGCACCGTATATCAAACTGTCTGGCAGGA  350

seq1  ACACAGAACGGCACTTAGCCTTTATGAAGCCAGCCCACACTCTCCTGGAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAACGGCACTTAGCCTTTATGAAGCCAGCCCACACTCTCCTGGAA  400

seq1  AGGCTTTCAGAGGCAGGCAAGGCTCAGTCAGGGTCTTCTGAGACAATGAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTCAGAGGCAGGCAAGGCTCAGTCAGGGTCTTCTGAGACAATGAT  450

seq1  CTCAGAGGTAGGCTGGTGGGCGAAGGGAGCCAGCTCCCGCCCCTCCTGTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGTAGGCTGGTGGGCGAAGGGAGCCAGCTCCCGCCCCTCCTGTC  500

seq1  AGGAAGATGGAGCAGACCTCCTGCAACTGACCCCAGCACCCTAGAACCCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGATGGAGCAGACCTCCTGCAACTGACCCCAGCACCCTAGAACCCT  550

seq1  CGCAGAGATTCAGGCAAGGACAGTCTTGCCAGGGAGGGCCTGGGGCATTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGAGATTCAGGCAAGGACAGTCTTGCCAGGGAGGGCCTGGGGCATTC  600

seq1  GGTCTCACACTGCCAACCAAGCATTCATCCGTCTGTCATTCCCCAGGCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCACACTGCCAACCAAGCATTCATCCGTCTGTCATTCCCCAGGCAG  650

seq1  GAATCAGGACTCCTCTTTGACACCACCTTCTCCTGCCATGTGGAATTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGGACTCCTCTTTGACACCACCTTCTCCTGCCATGTGGAATTC  698