BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299G16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 101,377,569 - 101,484,225
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneShq1, LOC625221, BC049816, Ppp4r2, EG545870, LOC100043321, Pdzrn3
Downstream geneEG666084, Cntn3, EG666123
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299G16.bB6Ng01-299G16.g
ACCGA094264GA094265
length1,1861,071
definitionB6Ng01-299G16.b B6Ng01-299G16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,377,569 - 101,378,741)(101,483,154 - 101,484,225)
sequence
gaattcttttgttctggtgtctgcatcctcaagttgggacactccagact
taatagggaggaaagaccagtgatggggatgctgaactcaaacaccagtt
ctggctgttgtctttgagcctgcctctggtgcaccggcttcttacttgag
gtgtcaggagatcactgtcaggcccactgaaaatggaaatgcaggaggaa
gggctgtttagcaggaaccttccactaatctggcacatcaaattatgacc
actaatgaggacatccacatggtcctgtaacttcatatccctgcgtgtag
attactgaaatagccactttcttttaataatcctattagcaccttgtaaa
cagtgcttttatagttcgctgtggtttctctgggttacacagtaaaggag
agattttaagtgaacacattttaaagagtccacatctttctctctctttt
gtctttttttttccatgaagagccaagaaaacacaccaataattttagaa
aatggagactatcctttttctgatcatttttttgtgtaactcagagaaac
atgcttatcatgttagagatgaaggagaaatacagacggatggtataaaa
tttttcagaatactagggttcatttctaacctcacgtcttaagtcttggc
catggcacatcttttaagatcttagcattcaaatcaagacgagatattgc
ctgacctttctcatagcattgttctgtgagttcataaagtctttctggag
agcagtctgctgtagaagttgctacaacaaggctcagcatgtgcacgcca
atgggttccctagaaagcaaaggtgaacatagctatcctctgagagatgt
tgggtcaatgatgtattttcccaaagacattcagaaaagagggtgaaaat
ggggtctcagagggtgtgggagctgaagtttgtacttgcttatttgttga
ctattttaaacacatgtttattgctttgtagaggcttttgtggggcctgg
aagataaagtgttgtataaaatgactgcctgatcctccacggatcttagt
ttctttcaggggtcagattaaataggatcatgcaaagaaaggtgtaatgt
aacatggtcaatgaaaaaccaataatgaaggttctgtaagaactgctaat
gttaatattgttgtgcatagacaggggtgagaggac

gaattcactcacatatactgaagtcctgcagtaaaataacaggaccgagg
atttatctgaaacatcccacatcctggtccctaaacacaacaccacataa
ccatgttacactgtcagatgatttcattttgctttctacctgttttttat
ataaagatgaaatggctgaagttactactgtctttctggtagcattatta
tcagacataaatccagcagtgaatgaagtcaatattaactgagtctcaaa
tgagggggcagcaaatacatgctaggcactgctaatcataggtggtaatg
cctcaaggagggtccagtctcaggctgtgctcctcagtataggaatcaca
agccttctaagctttgggagttgacaattagcattaaagtaaaatttaaa
aaaatccattccttgggtacaatggccacacttcaagtgttcaatcacaa
ccaaatgtctctagtggtagccgtattagaaacacagatgtaggaacttc
taccatgactgagttctattgaacaaggttgatcagaaggaccatccaat
tcatgggagtcagtgattagtttagaatgtactgttagactgatatatgc
aggggagcgagcgggtaggctagggagatgtctcattggataaagtgctt
gcttatacaagtgtgaggatctgagttcagatccccagaacctatgtaaa
aggcgagcagtacagcaactgtctttaatcccagacttggaagccaaaga
cagaagatccctgggacaaggtggctagccaaactaaccggaattgatag
ataaaggctcgttaagagaccctgtcttgattaataaagggaggactgat
taaagacaatactcagtgtcaaacctagggctcaccacagacatgctcct
acatacatgccaaaatgcatatatataccctataagcacatttccacaca
catgaaaaacaaaacaaacataggtaacataagaagagtgacaaactctt
tgccacagcattgaagaaattatatacatatagatagatgaatatatgtg
gtgtgtattatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_101377569_101378741
seq2: B6Ng01-299G16.b_45_1230

seq1  GAATTCTTTTGTTCTGGTGTCTGCATCCTCAAGTTGGGACACTCCAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTTCTGGTGTCTGCATCCTCAAGTTGGGACACTCCAGACT  50

seq1  TAATAGGGAGGAAAGACCAGTGATGGGGATGCTGAACTCAAACACCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGGAGGAAAGACCAGTGATGGGGATGCTGAACTCAAACACCAGTT  100

seq1  CTGGCTGTTGTCTTTGAGCCTGCCTCTGGTGCACCGGCTTCTTACTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTTGTCTTTGAGCCTGCCTCTGGTGCACCGGCTTCTTACTTGAG  150

seq1  GTGTCAGGAGATCACTGTCAGGCCCACTGAAAATGGAAATGCAGGAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGGAGATCACTGTCAGGCCCACTGAAAATGGAAATGCAGGAGGAA  200

seq1  GGGCTGTTTAGCAGGAACCTTCCACTAATCTGGCACATCAAATTATGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTTTAGCAGGAACCTTCCACTAATCTGGCACATCAAATTATGACC  250

seq1  ACTAATGAGGACATCCACATGGTCCTGTAACTTCATATCCCTGCGTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAGGACATCCACATGGTCCTGTAACTTCATATCCCTGCGTGTAG  300

seq1  ATTACTGAAATAGCCACTTTCTTTTAATAATCCTATTAGCACCTTGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGAAATAGCCACTTTCTTTTAATAATCCTATTAGCACCTTGTAAA  350

seq1  CAGTGCTTTTATAGTTCGCTGTGGTTTCTCTGGGTTACACAGTAAAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTTTTATAGTTCGCTGTGGTTTCTCTGGGTTACACAGTAAAGGAG  400

seq1  AGATTTTAAGTGAACACATTTTAAAGAGTCCACATCTTTCTCTCTCTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAAGTGAACACATTTTAAAGAGTCCACATCTTTCTCTCTCTTTT  450

seq1  GTCTTTTTTTTTCCATGAAGAGCCAAGAAAACACACCAATAATTTTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTTTTTCCATGAAGAGCCAAGAAAACACACCAATAATTTTAGAA  500

seq1  AATGGAGACTATCCTTTTTCTGATCATTTTTTTGTGTAACTCAGAGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGACTATCCTTTTTCTGATCATTTTTTTGTGTAACTCAGAGAAAC  550

seq1  ATGCTTATCATGTTAGAGATGAAGGAGAAATACAGACGGATGGTATAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATCATGTTAGAGATGAAGGAGAAATACAGACGGATGGTATAAAA  600

seq1  TTTTTCAGAATACTAGGGTTCATTTCTAACCTCACGTCTTAAGTCTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGAATACTAGGGTTCATTTCTAACCTCACGTCTTAAGTCTTGGC  650

seq1  CATGGCACATCTTTTAAGATCTTAGCATTCAAATCAAGACGAGATATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCACATCTTTTAAGATCTTAGCATTCAAATCAAGACGAGATATTGC  700

seq1  CTGACCTTTCTCATAGCATTGTTCTGTGAGTTCATAAAGTCTTTCTGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTTTCTCATAGCATTGTTCTGTGAGTTCATAAAGTCTTTCTGGAG  750

seq1  AGCAGTCTGCTGTAGAAGTTGCTACAACAAGGCTCAGCATGTGCACGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCTGCTGTAGAAGTTGCTACAACAAGGCTCAGCATGTGCACGCCA  800

seq1  ATGGGTTCCCTAGAAAGCAAAGGTGAACATAGCTATCCTCTGAGAGATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCCCTAGAAAGCAAAGGTGAACATAGCTATCCTCTGAGAGATGT  850

seq1  TGGGTCAATGATGTATTTTCCCAAAGACATTCAGAAAAGAGGGTGAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAATGATGTATTTTCCCAAAGACATTCAGAAAAGAGGGTGAAAAT  900

seq1  GGGGTCTCAGAGGGTGTGGGAGCTGAAGTTTGTACTTGCTTATTTGTTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTCAGAGGGTGTGGGAGCTGAAGTTTGTACTTGCTTATTTGTTGA  950

seq1  CTA-TTTAAACACATGTTTATTGCTTTGTAGAGGC-TTTGTGGGGCCTGG  998
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTATTTTAAACACATGTTTATTGCTTTGTAGAGGCTTTTGTGGGGCCTGG  1000

seq1  AAGATAAAGTGTTGTATAAAATGACTGCCTGATC--TCACGGATCTTAGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |
seq2  AAGATAAAGTGTTGTATAAAATGACTGCCTGATCCTCCACGGATCTTA-G  1049

seq1  TTTCTTTCAGGGGTCAGA-TAAATA-GATCATGAAAAGAAAGGTGTAATG  1094
      |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCAGGGGTCAGATTAAATAGGATCATGCAAAGAAAGGTGTAATG  1099

seq1  TAACATGGTCCATGAAAAACAATAAATGAA-GTTCTGTAGGGACTGCTAA  1143
      |||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||| | ||||||||
seq2  TAACATGGTCAATGAAAAACCAATAATGAAGGTTCTGTAAGAACTGCTAA  1149

seq1  TGGTTATAT--GTGTGCATAG-CAG----GTGAGGAC  1173
      || | ||||   ||||||||| |||    | ||||||
seq2  TGTTAATATTGTTGTGCATAGACAGGGGTGAGAGGAC  1186


seq1: chr6_101483154_101484225
seq2: B6Ng01-299G16.g_67_1137 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATACACA-CACATATATTCATCTATCTATATGTATA  49
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATA-ATACACACCACATATATTCATCTATCTATATGTATA  49

seq1  TTATTTTCTTCAATGCTGTTGCAAAGAGTTTGTCACTCTTCTTATGTTAC  99
       || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAATTTCTTCAATGCTGTGGCAAAGAGTTTGTCACTCTTCTTATGTTAC  98

seq1  CTATGTTTTGTTTTG-TTTTCATGTGTGTGG-AATGTGCTTATAGGGTAT  147
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTATG-TTTGTTTTGTTTTTCATGTGTGTGGAAATGTGCTTATAGGGTAT  147

seq1  ATATATGCATTTTGGCATGTATGTAGGAGCATGTCTGTGGGTGAGCCCTA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATATATGCATTTTGGCATGTATGTAGGAGCATGTCTGT-GGTGAGCCCTA  196

seq1  GGTTTGACACTGAGTATTGTCTTTAATCAGTCCTCCCTTTATTAATCAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGACACTGAGTATTGTCTTTAATCAGTCCTCCCTTTATTAATCAAG  246

seq1  ACAGGGTCTCTTAACGAGCCTTTATCTATCAATTCCGGTTAGTTTGGCTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCTCTTAACGAGCCTTTATCTATCAATTCCGGTTAGTTTGGCTA  296

seq1  GCCACCTTGTCCCAGGGATCTTCTGTCTTTGGCTTCCAAGTCTGGGATTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTTGTCCCAGGGATCTTCTGTCTTTGGCTTCCAAGTCTGGGATTA  346

seq1  AAGACAGTTGCTGTACTGCTCGCCTTTTACATAGGTTCTGGGGATCTGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTTGCTGTACTGCTCGCCTTTTACATAGGTTCTGGGGATCTGAA  396

seq1  CTCAGATCCTCACACTTGTATAAGCAAGCACTTTATCCAATGAGACATCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATCCTCACACTTGTATAAGCAAGCACTTTATCCAATGAGACATCT  446

seq1  CCCTAGCCTACCCGCTCGCTCCCCTGCATATATCAGTCTAACAGTACATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGCCTACCCGCTCGCTCCCCTGCATATATCAGTCTAACAGTACATT  496

seq1  CTAAACTAATCACTGACTCCCATGAATTGGATGGTCCTTCTGATCAACCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTAATCACTGACTCCCATGAATTGGATGGTCCTTCTGATCAACCT  546

seq1  TGTTCAATAGAACTCAGTCATGGTAGAAGTTCCTACATCTGTGTTTCTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAATAGAACTCAGTCATGGTAGAAGTTCCTACATCTGTGTTTCTAA  596

seq1  TACGGCTACCACTAGAGACATTTGGTTGTGATTGAACACTTGAAGTGTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGCTACCACTAGAGACATTTGGTTGTGATTGAACACTTGAAGTGTGG  646

seq1  CCATTGTACCCAAGGAATGGATTTTTTTAAATTTTACTTTAATGCTAATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTACCCAAGGAATGGATTTTTTTAAATTTTACTTTAATGCTAATT  696

seq1  GTCAACTCCCAAAGCTTAGAAGGCTTGTGATTCCTATACTGAGGAGCACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTCCCAAAGCTTAGAAGGCTTGTGATTCCTATACTGAGGAGCACA  746

seq1  GCCTGAGACTGGACCCTCCTTGAGGCATTACCACCTATGATTAGCAGTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGACTGGACCCTCCTTGAGGCATTACCACCTATGATTAGCAGTGC  796

seq1  CTAGCATGTATTTGCTGCCCCCTCATTTGAGACTCAGTTAATATTGACTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATGTATTTGCTGCCCCCTCATTTGAGACTCAGTTAATATTGACTT  846

seq1  CATTCACTGCTGGATTTATGTCTGATAATAATGCTACCAGAAAGACAGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTGCTGGATTTATGTCTGATAATAATGCTACCAGAAAGACAGTA  896

seq1  GTAACTTCAGCCATTTCATCTTTATATAAAAAACAGGTAGAAAGCAAAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTCAGCCATTTCATCTTTATATAAAAAACAGGTAGAAAGCAAAAT  946

seq1  GAAATCATCTGACAGTGTAACATGGTTATGTGGTGTTGTGTTTAGGGACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCATCTGACAGTGTAACATGGTTATGTGGTGTTGTGTTTAGGGACC  996

seq1  AGGATGTGGGATGTTTCAGATAAATCCTCGGTCCTGTTATTTTACTGCAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTGGGATGTTTCAGATAAATCCTCGGTCCTGTTATTTTACTGCAG  1046

seq1  GACTTCAGTATATGTGAGTGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGTATATGTGAGTGAATTC  1071


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |