BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299K15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 84,582,392 - 84,691,861
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc6b
Upstream geneClec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098, LOC676366, Zfml, Dysf, LOC665114, 4930504D19Rik, Cyp26b1
Downstream geneLOC665129, Npm3-ps1, EG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497, EG665134
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299K15.bB6Ng01-299K15.g
ACCGA094441GA094442
length1,0501,107
definitionB6Ng01-299K15.b B6Ng01-299K15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,690,814 - 84,691,861)(84,582,392 - 84,583,486)
sequence
gaattcactatgagggcatctagctgcccagagaaggtatgttgtattta
tttagcttacagtgttcatcttccatgtcttaaaagcagttaacagttgc
agatgaccttttcttggtaatatcaccttatcctcccctttgtagcccca
gcagttactttcaatctgcattaaatgtttttaaagctgaatgaacaagc
ctatgacattgcatcagatctcctgaatgaagcttgttggcaaggcactt
ccacactgagccatcccaagatatctgggctttttttagagtgagctggg
gatattccctctagggcacttattccccaacttcttccctgcatctaaag
taaacacagtgcatttccattgcagatgcagggcttgccttaaaaacaac
agtagtgtctaaagagctgcctgtccatttctttctggttgtggaataga
ttatggtgctatttctgttaaggtaaaaggaatcagtaacttgagttagt
ctccacttagaaccagaaaacagttcagaaacctttgtccagcttcactt
cctattttctattgtgtcttgatcctactcaataaaaattttgttttgaa
ataaaatatctatttctaatgaacattatgttattcctaaaatgaacctt
ccctctgttaattatttaaatgctagtcttagtagaaagtccacttacat
caatggatgattctgtgacctaccacacattaaaatatactttgattcac
aggctaaccattctaaactactgactaactgggggactttaccagaggca
agtaggagttgggcagctccatgtttcaaaaggccccaggtgcaagttat
catttcttatcacaaacaagaagttgttagcataaaactacctcccacaa
gtgcttcttcatattagtccttcaactgctggaatgtgagggacttttag
acagtttataagattatatttattgtattattaacattgttgttgtgaga
ggcttttagaacagtttataaattatattttattatcattgttgtttata

gaattcaagagtcttaaccacaatacaaactctgtatcacctactttaga
aagtaaaatccattggatgtgacaaacagcccttacaattaaaatgatca
gaaaatatatttaaaatatgatttatacccagagctatgagtgatgaact
cttcttagcctatataaaaaatacaaaccttgaaatattaattagcatta
agtatgtatatgcaagtaaatatgcacacacatatacaatgtgtgcacat
atacacagaggtctataaaggtgatgataatgctctatatcaaactgcag
tgggaataagatgtggcttaggatatcttttgtatttattcacgtctata
gttgattaataaattgtcataaatataaatatacattaaaggcaaatctt
tgaattttattttaccaatagtggtgctcaatgaaaagtttggagaaact
ggctagaatatacaaggaaaactattataactatgtgttttggagcatac
ctgcaatctcaacactttgatggctgaaaaagtggggatcatgagttcaa
ggctagtatgggttacacagtgggttacaggacaggctgggttatatgat
aagatcctgtctcaagaaacaaaacaaaacaagcaagaaaactatcatat
aaagtcataatgaatggctttggtccttaccatagatgtgtaaattaaga
aaaagttgtagaccttctgtgggttgcaattacaaatcccagcccaggca
ctttctctaggcctaagaaaacatgccgaatactaagatagtaaagtaga
gaatgctcttacacactggtaagctgagaataaatataacccaggacata
tagtgggtctggccagaaaggctagtgattgctagcttcttcaacctttt
gtttcctcatttgaggaggtagagctgaataaaactgaatttggaatttc
actgccaaaagctgggaactatcaatagacttgataaaaagaaccagagc
tgctcttttgttcgctccctctgaaaacctcagttttcataagggaatcg
ttccccttcacaccttgcagtattattagcattactttcttggtaatgcc
tagaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_84690814_84691861
seq2: B6Ng01-299K15.b_49_1098 (reverse)

seq1  TATAAACAACAATGATA--TAAATATAATTTTATAAACTG-TCTAAAAGC  47
      |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TATAAACAACAATGATAATAAAATATAA-TTTATAAACTGTTCTAAAAGC  49

seq1  CTCTCACAACAACAATGTTAATAATACAATAAATATAATCTTATAAACTG  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACAACAACAATGTTAATAATACAATAAATATAATCTTATAAACTG  99

seq1  TCTAAAAGTCCCTCACATTCCAGCAGTTGAAGGACTAATATGAAGAAGCA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGTCCCTCACATTCCAGCAGTTGAAGGACTAATATGAAGAAGCA  149

seq1  CTTGTGGGAGGTAGTTTTATGCTAACAACTTCTTGTTTGTGATAAGAAAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGGAGGTAGTTTTATGCTAACAACTTCTTGTTTGTGATAAGAAAT  199

seq1  GATAACTTGCACCTGGGGCCTTTTGAAACATGGAGCTGCCCAACTCCTAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTTGCACCTGGGGCCTTTTGAAACATGGAGCTGCCCAACTCCTAC  249

seq1  TTGCCTCTGGTAAAGTCCCCCAGTTAGTCAGTAGTTTAGAATGGTTAGCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTGGTAAAGTCCCCCAGTTAGTCAGTAGTTTAGAATGGTTAGCC  299

seq1  TGTGAATCAAAGTATATTTTAATGTGTGGTAGGTCACAGAATCATCCATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATCAAAGTATATTTTAATGTGTGGTAGGTCACAGAATCATCCATT  349

seq1  GATGTAAGTGGACTTTCTACTAAGACTAGCATTTAAATAATTAACAGAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAGTGGACTTTCTACTAAGACTAGCATTTAAATAATTAACAGAGG  399

seq1  GAAGGTTCATTTTAGGAATAACATAATGTTCATTAGAAATAGATATTTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTCATTTTAGGAATAACATAATGTTCATTAGAAATAGATATTTTA  449

seq1  TTTCAAAACAAAATTTTTATTGAGTAGGATCAAGACACAATAGAAAATAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAACAAAATTTTTATTGAGTAGGATCAAGACACAATAGAAAATAG  499

seq1  GAAGTGAAGCTGGACAAAGGTTTCTGAACTGTTTTCTGGTTCTAAGTGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAAGCTGGACAAAGGTTTCTGAACTGTTTTCTGGTTCTAAGTGGA  549

seq1  GACTAACTCAAGTTACTGATTCCTTTTACCTTAACAGAAATAGCACCATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACTCAAGTTACTGATTCCTTTTACCTTAACAGAAATAGCACCATA  599

seq1  ATCTATTCCACAACCAGAAAGAAATGGACAGGCAGCTCTTTAGACACTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTCCACAACCAGAAAGAAATGGACAGGCAGCTCTTTAGACACTAC  649

seq1  TGTTGTTTTTAAGGCAAGCCCTGCATCTGCAATGGAAATGCACTGTGTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTTTAAGGCAAGCCCTGCATCTGCAATGGAAATGCACTGTGTTT  699

seq1  ACTTTAGATGCAGGGAAGAAGTTGGGGAATAAGTGCCCTAGAGGGAATAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGATGCAGGGAAGAAGTTGGGGAATAAGTGCCCTAGAGGGAATAT  749

seq1  CCCCAGCTCACTCTAAAAAAAGCCCAGATATCTTGGGATGGCTCAGTGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCTCACTCTAAAAAAAGCCCAGATATCTTGGGATGGCTCAGTGTG  799

seq1  GAAGTGCCTTGCCAACAAGCTTCATTCAGGAGATCTGATGCAATGTCATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCCTTGCCAACAAGCTTCATTCAGGAGATCTGATGCAATGTCATA  849

seq1  GGCTTGTTCATTCAGCTTTAAAAACATTTAATGCAGATTGAAAGTAACTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTTCATTCAGCTTTAAAAACATTTAATGCAGATTGAAAGTAACTG  899

seq1  CTGGGGCTACAAAGGGGAGGATAAGGTGATATTACCAAGAAAAGGTCATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCTACAAAGGGGAGGATAAGGTGATATTACCAAGAAAAGGTCATC  949

seq1  TGCAACTGTTAACTGCTTTTAAGACATGGAAGATGAACACTGTAAGCTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTGTTAACTGCTTTTAAGACATGGAAGATGAACACTGTAAGCTAA  999

seq1  ATAAATACAACATACCTTCTCTGGGCAGCTAGATGCCCTCATAGTGAATT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATACAACATACCTTCTCTGGGCAGCTAGATGCCCTCATAGTGAATT  1049

seq1  C  1048
      |
seq2  C  1050

seq1: chr6_84582392_84583486
seq2: B6Ng01-299K15.g_71_1177

seq1  GAATTCAAGAGTCTTAACCACAATACAAACTCTGTATCACCTACTTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGTCTTAACCACAATACAAACTCTGTATCACCTACTTTAGA  50

seq1  AAGTAAAATCCATTGGATGTGACAAACAGCCCTTACAATTAAAATGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATCCATTGGATGTGACAAACAGCCCTTACAATTAAAATGATCA  100

seq1  GAAAATATATTTAAAATATGATTTATACCCAGAGCTATGAGTGATGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATATTTAAAATATGATTTATACCCAGAGCTATGAGTGATGAACT  150

seq1  CTTCTTAGCCTATATAAAAAATACAAACCTTGAAATATTAATTAGCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGCCTATATAAAAAATACAAACCTTGAAATATTAATTAGCATTA  200

seq1  AGTATGTATATGCAAGTAAATATGCACACACATATACAATGTGTGCACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTATATGCAAGTAAATATGCACACACATATACAATGTGTGCACAT  250

seq1  ATACACAGAGGTCTATAAAGGTGATGATAATGCTCTATATCAAACTGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGAGGTCTATAAAGGTGATGATAATGCTCTATATCAAACTGCAG  300

seq1  TGGGAATAAGATGTGGCTTAGGATATCTTTTGTATTTATTCACGTCTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATAAGATGTGGCTTAGGATATCTTTTGTATTTATTCACGTCTATA  350

seq1  GTTGATTAATAAATTGTCATAAATATAAATATACATTAAAGGCAAATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTAATAAATTGTCATAAATATAAATATACATTAAAGGCAAATCTT  400

seq1  TGAATTTTATTTTACCAATAGTGGTGCTCAATGAAAAGTTTGGAGAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTATTTTACCAATAGTGGTGCTCAATGAAAAGTTTGGAGAAACT  450

seq1  GGCTAGAATATACAAGGAAAACTATTATAACTATGTGTTTTGGAGCATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAATATACAAGGAAAACTATTATAACTATGTGTTTTGGAGCATAC  500

seq1  CTGCAATCTCAACACTTTGATGGCTGAAAAAGTGGGGATCATGAGTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATCTCAACACTTTGATGGCTGAAAAAGTGGGGATCATGAGTTCAA  550

seq1  GGCTAGTATGGGTTACACAGTGGGTTACAGGACAGGCTGGGTTATATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTATGGGTTACACAGTGGGTTACAGGACAGGCTGGGTTATATGAT  600

seq1  AAGATCCTGTCTCAAGAAACAAAACAAAACAAGCAAGAAAACTATCATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCCTGTCTCAAGAAACAAAACAAAACAAGCAAGAAAACTATCATAT  650

seq1  AAAGTCATAATGAATGGCTTTGGTCCTTACCATAGATGTGTAAATTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATAATGAATGGCTTTGGTCCTTACCATAGATGTGTAAATTAAGA  700

seq1  AAAAGTTGTAGACCTTCTGTGGGTTGCAATTACAAATCCCAGCCCAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTGTAGACCTTCTGTGGGTTGCAATTACAAATCCCAGCCCAGGCA  750

seq1  CTTTCTCTAGGCCTAAGAAAACATGCCGAATACTAAGATAGTAAAGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTAGGCCTAAGAAAACATGCCGAATACTAAGATAGTAAAGTAGA  800

seq1  GAATGCTCTTACACACTGGTAAGCTGAGAATAAATATAACCCAGGACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTCTTACACACTGGTAAGCTGAGAATAAATATAACCCAGGACATA  850

seq1  TAGTTGGGTCTGGCCAG-AAGGCTAGTGATTGCTAGCTTCTTCAACCTTT  899
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAG-TGGGTCTGGCCAGAAAGGCTAGTGATTGCTAGCTTCTTCAACCTTT  899

seq1  TGTTTCCTCATTTGAGGAGGTAGAGCTGAATAAAACTGAATTTGGAATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTCATTTGAGGAGGTAGAGCTGAATAAAACTGAATTTGGAATTT  949

seq1  CACTGCCAAAAGCT-GGAACTAATCAATAGAC-TGAT-AAAAGAACCAAG  996
      |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  CACTGCCAAAAGCTGGGAACT-ATCAATAGACTTGATAAAAAGAACC-AG  997

seq1  AGCTGCTCTTT--GTCGCT-CCTCTGAAAACTTCAG-TTTCATAA-GGAA  1041
      |||||||||||   ||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||
seq2  AGCTGCTCTTTTGTTCGCTCCCTCTGAAAACCTCAGTTTTCATAAGGGAA  1047

seq1  TCGT--CCCCTCACACC-TGCAGTA-TATTAGCATTAC-TTCTTGGTAAT  1086
      ||||  ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TCGTTCCCCTTCACACCTTGCAGTATTATTAGCATTACTTTCTTGGTAAT  1097

seq1  G-CTAGAATG  1095
      | ||||||||
seq2  GCCTAGAATG  1107