BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300E18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 34,725,457 - 34,835,894
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAgbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik
Upstream geneExoc4, Lrguk, Slc35b4, Akr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1
Downstream geneStra8, 2010107G12Rik, Cnot4, Nup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300E18.bB6Ng01-300E18.g
ACCGA094909GA094910
length1,169556
definitionB6Ng01-300E18.b B6Ng01-300E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,725,457 - 34,726,634)(34,835,335 - 34,835,894)
sequence
gaattcttccagatgtctctgtctcgtgcattctttgatgctctaattga
ttgtgagaactgtggctataataaagagaacagggcaaaacacttgcact
tcacattgagggttggtttcactctctaaaggaaaaaacaaacaaacaaa
acaaaacaaaacaaaaacattgagacaggatttcatgtagcccaggctgg
cctggaactcattatgaagccaagaatgacctcggactcctgtccctcct
gcccccacctctcaagtgctgagattacaagtgattgttagcatggttgc
cacagctgagattacaaatgattgttagcatggttgccacagttcatatt
taaaacagttcttactacagggacttttctaaccaaatattcaaaaatac
tcggaagtggacagctgacagaacattttaaaatttctccttcaaaataa
gagtaaaagctaggtctggcagtatgagggtgagatctgggcacttgctc
cagaggctggaggaggcatgggtatttgttcattgtatcattcccagctt
tctagtctgtgcgttaactcatccatcccagctccacagagaatactgac
catttacttcattccactccagacttaatagcagaactttgctgtggcgt
gtttttgtaaaatatgaacatcataggtctggatgggccccgagagcctg
catttcaaatgattctgtgctggctttgttgttttgcagaccgtgctttg
agagcccagctcttcctccccctcttccccctttcctgtcctttcctcct
ccactttttcccagaacatatgcttctaacattgaacaaatgagagcact
cactaggaccaacccttaagctcagaacactgtcagacaggtggtggtgt
attcctgtctacaagaaaactgtggcacggagttttatttcagccaccca
actaggtactgtagtttcagtttcagagtctacacttaacctgctatgcc
attggttctcaaactgggaggtaggacaggatgactactagacttgggta
aatagactagtctgtccctttctgatccataggtctgggagggagctgga
ggatttacattctataaaaggcacctaaacaacatgccactggtccaagg
gatatctgatcatggggat
cataaccttcttcctagttgtagcaaaactgactcatgtcaccagagagg
gagccacatgtggggaagatattctttggtgagtggggttggtcatggtc
acaagacagtgcatggggtttgctgacgagttggaatgaggatcctaatg
ggaaacagatccgagcagagcccaaagaagtaaaaagtaagcagacccct
gtctcctaatcactatagacaaggcccttgtagatttcctctgtgcaaag
gcgtgttaggaagtgggaatgacagtggccttgcactgaagtcgggggta
cgagaaataagtaggagaacgacttagctgtcttatataccctcctaaac
ctgtgggattttatactgaaaacagtgactacaaaaccgtgtctgtctgt
ctgtgtgtctgcatgcatgcatgcatgtatgtatgtatgtatgtatgtat
gtatgtaggtaggcagacagacagacagacagctaggttcctgcctgcct
gcctgcctgcctgcctgtctgtctgatcatattcttttctctttagccca
gggcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34725457_34726634
seq2: B6Ng01-300E18.b_47_1215

seq1  GAATTCTTCCAGATGTCTCTGTCTCGTGCATTCTTTGATGCTCTAATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCAGATGTCTCTGTCTCGTGCATTCTTTGATGCTCTAATTGA  50

seq1  TTGTGAGAACTGTGGCTATAATAAAGAGAACAGGGCAAAACACTTGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGAACTGTGGCTATAATAAAGAGAACAGGGCAAAACACTTGCACT  100

seq1  TCACATTGAGGGTTGGTTTCACTCTCTAAAGGAAAAAACAAACAAACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTGAGGGTTGGTTTCACTCTCTAAAGGAAAAAACAAACAAACAAA  150

seq1  ACAAAACAAAACAAAAACATTGAGACAGGATTTCATGTAGCCCAGGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAACAAAAACATTGAGACAGGATTTCATGTAGCCCAGGCTGG  200

seq1  CCTGGAACTCATTATGAAGCCAAGAATGACCTCGGACTCCTGTCCCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAACTCATTATGAAGCCAAGAATGACCTCGGACTCCTGTCCCTCCT  250

seq1  GCCCCCACCTCTCAAGTGCTGAGATTACAAGTGATTGTTAGCATGGTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCACCTCTCAAGTGCTGAGATTACAAGTGATTGTTAGCATGGTTGC  300

seq1  CACAGCTGAGATTACAAATGATTGTTAGCATGGTTGCCACAGTTCATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGAGATTACAAATGATTGTTAGCATGGTTGCCACAGTTCATATT  350

seq1  TAAAACAGTTCTTACTACAGGGACTTTTCTAACCAAATATTCAAAAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAGTTCTTACTACAGGGACTTTTCTAACCAAATATTCAAAAATAC  400

seq1  TCGGAAGTGGACAGCTGACAGAACATTTTAAAATTTCTCCTTCAAAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGAAGTGGACAGCTGACAGAACATTTTAAAATTTCTCCTTCAAAATAA  450

seq1  GAGTAAAAGCTAGGTCTGGCAGTATGAGGGTGAGATCTGGGCACTTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAAGCTAGGTCTGGCAGTATGAGGGTGAGATCTGGGCACTTGCTC  500

seq1  CAGAGGCTGGAGGAGGCATGGGTATTTGTTCATTGTATCATTCCCAGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGGAGGAGGCATGGGTATTTGTTCATTGTATCATTCCCAGCTT  550

seq1  TCTAGTCTGTGCGTTAACTCATCCATCCCAGCTCCACAGAGAATACTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCTGTGCGTTAACTCATCCATCCCAGCTCCACAGAGAATACTGAC  600

seq1  CATTTACTTCATTCCACTCCAGACTTAATAGCAGAACTTTGCTGTGGCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTTCATTCCACTCCAGACTTAATAGCAGAACTTTGCTGTGGCGT  650

seq1  GTTTTTGTAAAATATGAACATCATAGGTCTGGATGGGCCCCGAGAGCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTAAAATATGAACATCATAGGTCTGGATGGGCCCCGAGAGCCTG  700

seq1  CATTTCAAATGATTCTGTGCTGGCTTTGTTGTTTTGCAGACCGTGCTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAAATGATTCTGTGCTGGCTTTGTTGTTTTGCAGACCGTGCTTTG  750

seq1  AGAGCCCAGCTCTTCCTCCCCCTCTTCCCCCTTTCCTGTCCTTTCCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCAGCTCTTCCTCCCCCTCTTCCCCCTTTCCTGTCCTTTCCTCCT  800

seq1  CCACTTTTTCCCAGAACATATGCTTCTAACATTGAACAAATGAGAGCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTTCCCAGAACATATGCTTCTAACATTGAACAAATGAGAGCACT  850

seq1  CACTAGGACCAACCCTTAAGCTCAGAACACTGTCAGACAGGTGGTGGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGACCAACCCTTAAGCTCAGAACACTGTCAGACAGGTGGTGGTGT  900

seq1  ATTCCTGTCTACAAGAAAACTGTGGCACGGAGTTTTATTTCAGGCCACCC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTCCTGTCTACAAGAAAACTGTGGCACGGAGTTTTATTTCA-GCCACCC  949

seq1  AACTAGGTACTGTAGTTTCAGTTTCAGAGTCTACACTTAACCTGCTATGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGGTACTGTAGTTTCAGTTTCAGAGTCTACACTTAACCTGCTATGC  999

seq1  CATTGGTTCTCAAACT-GGAGGTAAGAACAGGATGACCTACTAGACTT-G  1048
      |||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||| |
seq2  CATTGGTTCTCAAACTGGGAGGT-AGGACAGGATGA-CTACTAGACTTGG  1047

seq1  GTAAATAGACTAGTCTGTCCCTTTCTGATTCCATAGGTCTGGGTTGGAGC  1098
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||
seq2  GTAAATAGACTAGTCTGTCCCTTTCTGA-TCCATAGGTCTGGGAGGGAGC  1096

seq1  CTGAGGATTTACATTCTATAAAAAGCA-CTAACAAACAATGCCACTGGTC  1147
        ||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||
seq2  TGGAGGATTTACATTCTATAAAAGGCACCTAAACAAC-ATGCCACTGGTC  1145

seq1  CCAAGGGGATATCTTGAAATCCCATGGGGAT  1178
      |  | |||||||| |||     |||||||||
seq2  C--AAGGGATATC-TGA----TCATGGGGAT  1169

seq1: chr6_34835335_34835894
seq2: B6Ng01-300E18.g_65_626 (reverse)

seq1  TAGCCCTGGGCTATAGAGAAA--GATATGATCAGACAGACAGGCAGGCAG  48
      ||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGGGCTAAAGAGAAAAGAATATGATCAGACAGACAGGCAGGCAG  50

seq1  GCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAG-ATACATACATACA  97
      ||||||||||||||||| |  |  || | | | | |  |   | | ||| 
seq2  GCAGGCAGGCAGGCAGG-AACCTAGCTGTCTGTCTGTCTGTCTGCCTACC  99

seq1  TACATACATACATACATACATACATACATACATGCATGCATGCATGCAGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATACATACATACATACATACATGCATGCATGCATGCAGA  149

seq1  CACACAGACAGACAGACACGGTTTTGTAGTCACTGTTTTCAGTATAAAAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGACAGACAGACACGGTTTTGTAGTCACTGTTTTCAGTATAAAAT  199

seq1  CCCACAGGTTTAGGAGGGTATATAAGACAGCTAAGTCGTTCTCCTACTTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGGTTTAGGAGGGTATATAAGACAGCTAAGTCGTTCTCCTACTTA  249

seq1  TTTCTCGTACCCCCGACTTCAGTGCAAGGCCACTGTCATTCCCACTTCCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCGTACCCCCGACTTCAGTGCAAGGCCACTGTCATTCCCACTTCCT  299

seq1  AACACGCCTTTGCACAGAGGAAATCTACAAGGGCCTTGTCTATAGTGATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGCCTTTGCACAGAGGAAATCTACAAGGGCCTTGTCTATAGTGATT  349

seq1  AGGAGACAGGGGTCTGCTTACTTTTTACTTCTTTGGGCTCTGCTCGGATC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACAGGGGTCTGCTTACTTTTTACTTCTTTGGGCTCTGCTCGGATC  399

seq1  TGTTTCCCATTAGGATCCTCATTCCAACTCGTCAGCAAACCCCATGCACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCCATTAGGATCCTCATTCCAACTCGTCAGCAAACCCCATGCACT  449

seq1  GTCTTGTGACCATGACCAACCCCACTCACCAAAGAATATCTTCCCCACAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTGACCATGACCAACCCCACTCACCAAAGAATATCTTCCCCACAT  499

seq1  GTGGCTCCCTCTCTGGTGACATGAGTCAGTTTTGCTACAACTAGGAAGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCCCTCTCTGGTGACATGAGTCAGTTTTGCTACAACTAGGAAGAA  549

seq1  GGTTATGGAATTC  560
      |||||||||||||
seq2  GGTTATGGAATTC  562