BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303D18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 85,416,236 - 85,469,318
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCct7, Fbxo41, Egr4
Upstream gene4930504D19Rik, Cyp26b1, Exoc6b, LOC665129, Npm3-ps1, EG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik
Downstream geneAlms1, LOC100043497, EG665134, LOC100043493, Cml3, LOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504, LOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1, Tprkb, EG434057, LOC665213, Dusp11, Figla, Add2, Tgfa, LOC665233, LOC100043094, LOC100043527, 2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303D18.bB6Ng01-303D18.g
ACCGA097085GA097086
length1,080632
definitionB6Ng01-303D18.b B6Ng01-303D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,468,241 - 85,469,318)(85,416,236 - 85,416,867)
sequence
gaattcattatgacatagtggctatgttggccagtcctacctcctttact
tcccaagtactgggactaattcaaacataaaccactgtgccaatgatttt
ttttttcttttttctctttggttaccatacaagatacccagatttttttt
tttaatcattgaactttggagtttaaaatatccagatgttgggaatgtca
ctcagttgttagagtgcttgctcaaacgcacaaagccctgggtttgatct
ccagcactgtataaacaaggcatggtggtacatgcctgtactccctgctt
tttagagacaggagaaggagaattaagaattcaaggttatcttctgctac
acagcaaattcaaggctagtcttggatgtgtgagaccatcttaaacaaca
attataacaacacaagcagtgtgtgtacatgacagaagcacctgtccaac
atatcatgaggacctggatttcagccccatcatgagattgagaaagagaa
agaaaaggggggagggaggagaagcaagaatgaaaggaagaaaaaataaa
atgactgcctattttgcaggggagagagaagggacaggggacctaacagg
gatctcttgctccatgaccaaatgattagattcctgccctagtactcatg
gaaacctggggcctctgcatgacttgaggggaggctgggcacactatgga
cactccttctatccctgctgaagcttcattggccttccgacttgtcaatc
tggtagtcccatcctgattctgtccggttttaagtaaatccttcagaaac
tggaaaagggaagggacaaagggggaaggagagaagacagaatgggaagg
gggtgaagcagaaaggaaagagaggagcaagcttggatgcattgtccctg
catcctcatggccccaggaagtggggcagggaactgctcttcagctctgt
cagagtcaccatgcgaccgagcactggtctcttcatgattaatactccca
ggcagctgtcttcttggagtctttttaaaatacacacagtattaatttga
ccacatgattattttagagcagaaagatca
gaattcactgaccaagacaggtcaggaagtggatagtgcccagccaccaa
cactgtggtcagcagataagcctcgatgagtattgctaccagccagggct
ttccttctgggtttgagcctgtagtctaaagaactgctcctgagtagagt
tgctgcacccagagcactagacatcaggtccctatctcctttgaacgaga
ccctttgccttgtgtttgttctgttttgattttcatctttttgaggggca
gtagggattatttagaggttagggtaaaggtgggctatcctatgcagagg
gctcaggctctgtggcaacacggcttagtgagtgcctggtgggaggctaa
ttgtcctcattgatgttttccttgctcttcaggcttgtggaggctcaatc
cagaccagtgtgaatgctctggttccagatgtgctgggccactgccaagt
gtttgaagagacccaaattggaggagagaggtgagcctattgggtcttcc
aaacccttttttggtcatgttttgggtgtgatatatagcttgtactattc
ctttttcagggtggtattttggggtgtgggggataaagaggtcaggtagt
gttaaagaaggggagaatttcagtttggatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_85468241_85469318
seq2: B6Ng01-303D18.b_44_1123 (reverse)

seq1  TGATCTTTCTGCTCTAAATATCAT--TGTGTTCAAA-TAATACTGTGTGT  47
      |||||||||||||||||| || ||  |||| ||||| |||||||||||||
seq2  TGATCTTTCTGCTCTAAA-ATAATCATGTGGTCAAATTAATACTGTGTGT  49

seq1  ATTTT-AAAAGACTCCAAGAAGACAGCTGCCTGGGAGTATTAATCATGAA  96
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAAAGACTCCAAGAAGACAGCTGCCTGGGAGTATTAATCATGAA  99

seq1  GAGACCAGTGCTCGGTCGCCATGGTGACTCCTGACAGAGCTGAAGAGCAG  146
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAGTGCTCGGTCG-CATGGTGACT-CTGACAGAGCTGAAGAGCAG  147

seq1  TTCCCTGCCCCACTTCCTGGGGCCATGAGGATGCAGGGACAATGCATCCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGCCCCACTTCCTGGGGCCATGAGGATGCAGGGACAATGCATCCA  197

seq1  AGCTTGCTCCTCTCTTTCCTTTCTGCTTCACCCCCTT-CCATTCTGTCTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCTTGCTCCTCTCTTTCCTTTCTGCTTCACCCCCTTCCCATTCTGTCTT  247

seq1  CTCTCCTTCCCCCTTTGTCCCTTCCCTTTTCCAGTTTCTGAAGGATTTAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTCCCCCTTTGTCCCTTCCCTTTTCCAGTTTCTGAAGGATTTAC  297

seq1  TTAAAACCGGACAGAATCAGGATGGGACTACCAGATTGACAAGTCGGAAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCGGACAGAATCAGGATGGGACTACCAGATTGACAAGTCGGAAG  347

seq1  GCCAATGAAGCTTCAGCAGGGATAGAAGGAGTGTCCATAGTGTGCCCAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGAAGCTTCAGCAGGGATAGAAGGAGTGTCCATAGTGTGCCCAGC  397

seq1  CTCCCCTCAAGTCATGCAGAGGCCCCAGGTTTCCATGAGTACTAGGGCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTCAAGTCATGCAGAGGCCCCAGGTTTCCATGAGTACTAGGGCAG  447

seq1  GAATCTAATCATTTGGTCATGGAGCAAGAGATCCCTGTTAGGTCCCCTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTAATCATTTGGTCATGGAGCAAGAGATCCCTGTTAGGTCCCCTGT  497

seq1  CCCTTCTCTCTCCCCTGCAAAATAGGCAGTCATTTTATTTTTTCTTCCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCTCTCCCCTGCAAAATAGGCAGTCATTTTATTTTTTCTTCCTT  547

seq1  TCATTCTTGCTTCTCCTCCCTCCCCCCTTTTCTTTCTCTTTCTCAATCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTGCTTCTCCTCCCTCCCCCCTTTTCTTTCTCTTTCTCAATCTC  597

seq1  ATGATGGGGCTGAAATCCAGGTCCTCATGATATGTTGGACAGGTGCTTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGGGCTGAAATCCAGGTCCTCATGATATGTTGGACAGGTGCTTCT  647

seq1  GTCATGTACACACACTGCTTGTGTTGTTATAATTGTTGTTTAAGATGGTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTACACACACTGCTTGTGTTGTTATAATTGTTGTTTAAGATGGTC  697

seq1  TCACACATCCAAGACTAGCCTTGAATTTGCTGTGTAGCAGAAGATAACCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATCCAAGACTAGCCTTGAATTTGCTGTGTAGCAGAAGATAACCT  747

seq1  TGAATTCTTAATTCTCCTTCTCCTGTCTCTAAAAAGCAGGGAGTACAGGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTTAATTCTCCTTCTCCTGTCTCTAAAAAGCAGGGAGTACAGGC  797

seq1  ATGTACCACCATGCCTTGTTTATACAGTGCTGGAGATCAAACCCAGGGCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACCACCATGCCTTGTTTATACAGTGCTGGAGATCAAACCCAGGGCT  847

seq1  TTGTGCGTTTGAGCAAGCACTCTAACAACTGAGTGACATTCCCAACATCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCGTTTGAGCAAGCACTCTAACAACTGAGTGACATTCCCAACATCT  897

seq1  GGATATTTTAAACTCCAAAGTTCAATGATTAAAAAAAAAAATCTGGGTAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTTTAAACTCCAAAGTTCAATGATTAAAAAAAAAAATCTGGGTAT  947

seq1  CTTGTATGGTAACCAAAGAGAAAAAAGAAAAAAAAAATCATTGGCACAGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGGTAACCAAAGAGAAAAAAGAAAAAAAAAATCATTGGCACAGT  997

seq1  GGTTTATGTTTGAATTAGTCCCAGTACTTGGGAAGTAAAGGAGGTAGGAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATGTTTGAATTAGTCCCAGTACTTGGGAAGTAAAGGAGGTAGGAC  1047

seq1  TGGCCAACATAGCCACTATGTCATAATGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAACATAGCCACTATGTCATAATGAATTC  1080

seq1: chr6_85416236_85416867
seq2: B6Ng01-303D18.g_66_697

seq1  GAATTCACTGACCAAGACAGGTCAGGAAGTGGATAGTGCCCAGCCACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGACCAAGACAGGTCAGGAAGTGGATAGTGCCCAGCCACCAA  50

seq1  CACTGTGGTCAGCAGATAAGCCTCGATGAGTATTGCTACCAGCCAGGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGTCAGCAGATAAGCCTCGATGAGTATTGCTACCAGCCAGGGCT  100

seq1  TTCCTTCTGGGTTTGAGCCTGTAGTCTAAAGAACTGCTCCTGAGTAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTGGGTTTGAGCCTGTAGTCTAAAGAACTGCTCCTGAGTAGAGT  150

seq1  TGCTGCACCCAGAGCACTAGACATCAGGTCCCTATCTCCTTTGAACGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCACCCAGAGCACTAGACATCAGGTCCCTATCTCCTTTGAACGAGA  200

seq1  CCCTTTGCCTTGTGTTTGTTCTGTTTTGATTTTCATCTTTTTGAGGGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGCCTTGTGTTTGTTCTGTTTTGATTTTCATCTTTTTGAGGGGCA  250

seq1  GTAGGGATTATTTAGAGGTTAGGGTAAAGGTGGGCTATCCTATGCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGATTATTTAGAGGTTAGGGTAAAGGTGGGCTATCCTATGCAGAGG  300

seq1  GCTCAGGCTCTGTGGCAACACGGCTTAGTGAGTGCCTGGTGGGAGGCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGCTCTGTGGCAACACGGCTTAGTGAGTGCCTGGTGGGAGGCTAA  350

seq1  TTGTCCTCATTGATGTTTTCCTTGCTCTTCAGGCTTGTGGAGGCTCAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTCATTGATGTTTTCCTTGCTCTTCAGGCTTGTGGAGGCTCAATC  400

seq1  CAGACCAGTGTGAATGCTCTGGTTCCAGATGTGCTGGGCCACTGCCAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAGTGTGAATGCTCTGGTTCCAGATGTGCTGGGCCACTGCCAAGT  450

seq1  GTTTGAAGAGACCCAAATTGGAGGAGAGAGGTGAGCCTATTGGGTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGAGACCCAAATTGGAGGAGAGAGGTGAGCCTATTGGGTCTTCC  500

seq1  AAACCCTTTTTTGGTCATGTTTTGGGTGTGATATATAGCTTGTACTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTTTTTTGGTCATGTTTTGGGTGTGATATATAGCTTGTACTATTC  550

seq1  CTTTTTCAGGGTGGTATTTTGGGGTGTGGGGGATAAAGAGGTCAGGTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCAGGGTGGTATTTTGGGGTGTGGGGGATAAAGAGGTCAGGTAGT  600

seq1  GTTAAAGAAGGGGAGAAGTTCTAGTTGGATCT  632
      ||||||||||||||||| |||   ||||||||
seq2  GTTAAAGAAGGGGAGAATTTCAGTTTGGATCT  632