BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316K10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,179,922 - 80,325,380
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC621815, LOC100043392, Lrrtm4
Downstream geneLOC100043390, LOC100042991
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316K10.bB6Ng01-316K10.g
ACCGA106994GA106995
length6901,110
definitionB6Ng01-316K10.b B6Ng01-316K10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,179,922 - 80,180,611)(80,324,269 - 80,325,380)
sequence
gaattcctttgtgattgggttacctcactcaggatgatgccctccaggtc
catccatttgcctaggaatttcaaaaattcattctttttaatagctgagt
agtactccattgtgtaaatgtaccacattttctgtatccattcctctgtt
ggggggcatctgggttctttccagcttctggctattataaataaggctgc
tatgaacatagtggatcatgtgtccttcttactggttgggacatcttctg
gatatatgcccaggagaggtattgcgggatcctccggtagtactatgtcc
aattttctgaggaaccgccagactgatttccagagtgggtgtacaagctt
gcaatcccaccaacaatggaggagtattcctctttctccacatcctcgcc
agcatctgctgtcacctgaatttttgatcttacctaagctgcattcttaa
ctaccatctattattgctttcattaacattttaagattgataatataagt
atcatatacacacacatatcctgaaaccaacaggttgttagagaggttct
caaaaggaaaaattgcgtggagtcagttttattttccttgagaaacataa
tatgtccttggcttcacattaaatatgaatttgagggacactagagttta
tggttagttatggaatatatatatgtgttgtgtgtgtgtg

gaattcaaccctgactgtgacttatgtggtggagagagaaagtgagttat
gcaattcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacagtacacatgcacatgagcacacatatacactaaaag
acaatcatgtaagaatttatcaaggtgaagataaagaacactctatggaa
cctgggtcagaatcggggaaagaagtgaataaaatacatacattatttcc
atcttaattatgttgtactaagatttttaaaaatgaaatctaaaagtaaa
aaaaattgcatgcaatatttaatataaaatgtgaggaataaaacatttaa
aaataactggttccagcatggtggagaacacctgtaatctcagcactaga
gaggctaaggaagaggattgctgcaaattccatccaatctgttctataaa
atgagtactaacccaggcaaaccctgcttcaaatagctaggttatagata
tacatatatattgattagtagatagatagatagatagatcaattgatcaa
tagatatataaaataatagatttatatacatatatgcatacatatataca
tacatgcatacatgcaatatacttatatacatgcatacaaacatacattc
atataattatacatacataaatgctagtaaaataagtcaagaaattagaa
caatcaaagatgcacctctagcatcatgagctttcgtatagttttgaatg
ttcactgaagttttcttcattttttactttcctgatctctgtctactgca
agttcaagttcataaatcctgcaacctgttatcctttcatttaaataact
gtgcctattttaaatgaaaacatcatggatatatacatttaactcatagt
agaatagtggatgatccctgcctctttctgatcttaaagggtctctgcat
cttttttcccattaagtaatggaaacagtaaagcatcattaaaataccct
gatagctagaaaactcagaacagaagtgaagtctagacctgttattaact
tgtactaaataatttatttttcaatatccttttattccacatacattgtg
agaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80179922_80180611
seq2: B6Ng01-316K10.b_46_735

seq1  GAATTCCTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTC  50

seq1  CATCCATTTGCCTAGGAATTTCAAAAATTCATTCTTTTTAATAGCTGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTTGCCTAGGAATTTCAAAAATTCATTCTTTTTAATAGCTGAGT  100

seq1  AGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTT  150

seq1  GGGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGC  200

seq1  TATGAACATAGTGGATCATGTGTCCTTCTTACTGGTTGGGACATCTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACATAGTGGATCATGTGTCCTTCTTACTGGTTGGGACATCTTCTG  250

seq1  GATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCGGGATCCTCCGGTAGTACTATGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCGGGATCCTCCGGTAGTACTATGTCC  300

seq1  AATTTTCTGAGGAACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGGTGTACAAGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTGAGGAACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGGTGTACAAGCTT  350

seq1  GCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTATTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTATTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCC  400

seq1  AGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTACCTAAGCTGCATTCTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTACCTAAGCTGCATTCTTAA  450

seq1  CTACCATCTATTATTGCTTTCATTAACATTTTAAGATTGATAATATAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATCTATTATTGCTTTCATTAACATTTTAAGATTGATAATATAAGT  500

seq1  ATCATATACACACACATATCCTGAAACCAACAGGTTGTTAGAGAGGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATACACACACATATCCTGAAACCAACAGGTTGTTAGAGAGGTTCT  550

seq1  CAAAAGGAAAAATTGCGTGGAGTCAGTTTTATTTTCCTTGAGAAACATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAAAAATTGCGTGGAGTCAGTTTTATTTTCCTTGAGAAACATAA  600

seq1  TATGTCCTTGGCTTCACATTAAATATGAATTTGAGGGACACTAGAG-TTA  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATGTCCTTGGCTTCACATTAAATATGAATTTGAGGGACACTAGAGTTTA  650

seq1  TGGTTAGTTATGGAATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTG  690
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGTTAGTTATGGAATATATATATGTGT-TGTGTGTGTGTG  690


seq1: chr6_80324269_80325380
seq2: B6Ng01-316K10.g_67_1176 (reverse)

seq1  TTTTTTTTCTCACAATGTATGTTGAATAAAA-GATATTTGAAAATAAATT  49
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||
seq2  TTTTTTTTCTCACAATGTATGTGGAATAAAAGGATATTGAAAAATAAATT  50

seq1  TAATTTAGTAACAGTTTAATTAACAGGGTTCTAGAC-TCACTTCTGTTCT  98
        ||||||||  ||||  | |||||||  ||||||| |||||||||||| 
seq2  --ATTTAGTACAAGTT--AATAACAGG--TCTAGACTTCACTTCTGTTC-  93

seq1  TGAGTTTTCTAGCTATCAGGTTA-TTTAATGATGCTTTACTGTTTCCATT  147
      |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTCTAGCTATCAGGGTATTTTAATGATGCTTTACTGTTTCCATT  143

seq1  ACTTAAT-GGAAAAAAGATGCAGAGACCCTTTAAGATCAGAAAGAGGCA-  195
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTTAATGGGAAAAAAGATGCAGAGACCCTTTAAGATCAGAAAGAGGCAG  193

seq1  GGATCATCCACTATTCTACTATGAGTTAAATGTATATATCCATGATGTTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATCCACTATTCTACTATGAGTTAAATGTATATATCCATGATGTTT  243

seq1  TCATTTAAAATAGGCACAGTTATTTAAATGAAAGGATAACAGGTTGCAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAAATAGGCACAGTTATTTAAATGAAAGGATAACAGGTTGCAGG  293

seq1  ATTTATGAACTTGAACTTGCAGTAGACAGAGATCAGGAAAGTAAAAAATG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGAACTTGAACTTGCAGTAGACAGAGATCAGGAAAGTAAAAAATG  343

seq1  AAGAAAACTTCAGTGAACATTCAAAACTATACGAAAGCTCATGATGCTAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAACTTCAGTGAACATTCAAAACTATACGAAAGCTCATGATGCTAG  393

seq1  AGGTGCATCTTTGATTGTTCTAATTTCTTGACTTATTTTACTAGCATTTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCATCTTTGATTGTTCTAATTTCTTGACTTATTTTACTAGCATTTA  443

seq1  TGTATGTATAATTATATGAATGTATGTTTGTATGCATGTATATAAGTATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATAATTATATGAATGTATGTTTGTATGCATGTATATAAGTATA  493

seq1  TTGCATGTATGCATGTATGTATATATGTATGCATATATGTATATAAATCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGTATGCATGTATGTATATATGTATGCATATATGTATATAAATCT  543

seq1  ATTATTTTATATATCTATTGATCAATTGATCTATCTATCTATCTATCTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTATATATCTATTGATCAATTGATCTATCTATCTATCTATCTAC  593

seq1  TAATCAATATATATGTATATCTATAACCTAGCTATTTGAAGCAGGGTTTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAATATATATGTATATCTATAACCTAGCTATTTGAAGCAGGGTTTG  643

seq1  CCTGGGTTAGTACTCATTTTATAGAACAGATTGGATGGAATTTGCAGCAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTAGTACTCATTTTATAGAACAGATTGGATGGAATTTGCAGCAA  693

seq1  TCCTCTTCCTTAGCCTCTCTAGTGCTGAGATTACAGGTGTTCTCCACCAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTCCTTAGCCTCTCTAGTGCTGAGATTACAGGTGTTCTCCACCAT  743

seq1  GCTGGAACCAGTTATTTTTAAATGTTTTATTCCTCACATTTTATATTAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAACCAGTTATTTTTAAATGTTTTATTCCTCACATTTTATATTAAA  793

seq1  TATTGCATGCAATTTTTTTTACTTTTAGATTTCATTTTTAAAAATCTTAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCATGCAATTTTTTTTACTTTTAGATTTCATTTTTAAAAATCTTAG  843

seq1  TACAACATAATTAAGATGGAAATAATGTATGTATTTTATTCACTTCTTTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACATAATTAAGATGGAAATAATGTATGTATTTTATTCACTTCTTTC  893

seq1  CCCGATTCTGACCCAGGTTCCATAGAGTGTTCTTTATCTTCACCTTGATA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGATTCTGACCCAGGTTCCATAGAGTGTTCTTTATCTTCACCTTGATA  943

seq1  AATTCTTACATGATTGTCTTTTAGTGTATATGTGTGCTCATGTGCATGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTACATGATTGTCTTTTAGTGTATATGTGTGCTCATGTGCATGTG  993

seq1  TACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1043

seq1  GTGTGTGTGTGAATTGCATAACTCACTTTCTCTCTCCACCACATAAGTCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGAATTGCATAACTCACTTTCTCTCTCCACCACATAAGTCA  1093

seq1  CAGTCAGGGTTGAATTC  1112
      |||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGGGTTGAATTC  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |