BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335M06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,143,709 - 108,316,002
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr1
Upstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
Downstream geneLOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335M06.bB6Ng01-335M06.g
ACCGA120887GA120888
length1,0551,012
definitionB6Ng01-335M06.b B6Ng01-335M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,314,939 - 108,316,002)(108,143,709 - 108,144,731)
sequence
gaattcagcataaccaagcactctgcaaatagaaccattctgtggatatc
ctatgtccatgaaacataaccactgctttcttcatcccctacctggggta
cgcacaaatcaatattccttggtcacgatttttccaaagctaaatccatt
tgtaataaaattccaaatcacatcagaacctaacaccattttgactttgt
aaaaaagcaaagttagaggtcagccatctgattgtcccattggaggacat
gtgtcccaggcttcatgtgttatctcaacagtcgaaaagatactacacac
tatcacttcaaaacctggatgagtcacaggtcaaggtcaacagcactaag
agactattgttggttagaggccacctttgcataaggaccaccaccatctc
ccacccagaaatattccaagagacgcatgcacttctccaacttagaagtg
tagactcttgaccgaacacacaggcaaaccatcaagaccacaggaaggta
ggacattctctaagagaagaacagaacaagagcctggtgaaggtgaccta
aatcttccccttccccaacgctcacaggccacttgacaatttcttaaatg
cggctccagattacttggccttatccctaccagacaaagacaagaaggct
cttgcctgtacttactgagggctgaaactccaggcattcttcctcaaagt
cagggtctacctgatgaaaaagaatcattaggaaattaaaacatccattt
ctttctcaaggaccgggacccatctgcaggagacgtcaatacctgcagtc
atccttgaacggctaagaactcgtccctttcccctatttacagaaccagc
atgccacaacaacgacacaagtcacagttacagtacacacacaacaatcc
accaatcactagtagacagttcagctctgagaatagacagggaaaacaca
acaaattcactaggaaagcaacagtagagacctagatatgtcaacacaca
gtcattgataccctgctaggacactctacatttacctaaacatagcagaa
gacaa

gaattccttagtatttaatgctgtagtcttaatgcctaaaatacttgata
tctgttctagttttcttgttggttgctgcaataaaaaccacaactaaaac
aaacttagggattacacatcagggtcacaatccattactgagggaagtcg
ggacagaaactcgagcaggaattgaagcaaaaatcatggactaataatgc
ttgctgactaatgttctcagctagctttctcatatagcctaggtccatct
gcctaaagatggtgccgccctcagtgggctgggctctcttttatcaatca
tcaatcaagaccatgccttacagacatggccacaggccaatctgaagtag
gaaatttttcaactaaagtcctctctttctaggtgattgtgtcaagttga
caacaataacaaaaataattaatgaacatagtgagtataagtattaagta
aacagtcagtgaatgaatgaataaatgaatgtataatcactgttgtaaac
cttcatgaccattccaggcacaggagatgtataaggaatgaaataagaag
acattcttatttcatataagacacactaattttatattaaaaaaaaaacc
caagaatttcaatttacttaaacaggacatttttttttcctaataccttg
aataaaagaaataggtggtaataattaagggtaagaaaatcctgctatac
agttctttgaccaggttctccttaaagtcttatgtggttagaaaaagata
ttaatttggcagtgtatgattttttttctatttaggacaagggttcactc
tattgtcttcaggttcctggactcaagtaagcctctgactcagccttcca
aagcagcttgaatagcaagagtccagcatcacacctagcattgagctctc
tagtttttccaactttgtgctatagataatgtgagaaagtatagtgagac
tctcatttgtgctgatctctctagtcttttcttttccctgaagtgacacg
ggggaaggggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108314939_108316002
seq2: B6Ng01-335M06.b_48_1102 (reverse)

seq1  TTGTCTTTCCTGCTATGTTTTAAGGTAAATGTAGAGGTGTCCTAAGCAGG  50
      |||||||  |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TTGTCTT--CTGCTATGTTT--AGGTAAATGTAGA-GTGTCCT-AGCAGG  44

seq1  GTAATCAATGACTGTGTGTTGACATTATCTTAGGTCTCTACTGTTGCTTT  100
      || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GT-ATCAATGACTGTGTGTTGACA-TATC-TAGGTCTCTACTGTTGCTTT  91

seq1  CCTAGTGAATTTGTTGTGTTTTCCCTGTCTATTCTCAGAGCTGAACTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGAATTTGTTGTGTTTTCCCTGTCTATTCTCAGAGCTGAACTGTC  141

seq1  TACTAGTGATTGGTGGATTGTTGTGTGTGTACTGTAACTGTGACTTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGTGATTGGTGGATTGTTGTGTGTGTACTGTAACTGTGACTTGTGT  191

seq1  CGTTGTTGTGGCATGCTGGTTCTGTAAATAGGGGAAAGGGACGAGTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTTGTGGCATGCTGGTTCTGTAAATAGGGGAAAGGGACGAGTTCTT  241

seq1  AGCCGTTCAAGGATGACTGCAGGTATTGACGTCTCCTGCAGATGGGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTTCAAGGATGACTGCAGGTATTGACGTCTCCTGCAGATGGGTCCC  291

seq1  GGTCCTTGAGAAAGAAATGGATGTTTTAATTTCCTAATGATTCTTTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTGAGAAAGAAATGGATGTTTTAATTTCCTAATGATTCTTTTTCA  341

seq1  TCAGGTAGACCCTGACTTTGAGGAAGAATGCCTGGAGTTTCAGCCCTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAGACCCTGACTTTGAGGAAGAATGCCTGGAGTTTCAGCCCTCAG  391

seq1  TAAGTACAGGCAAGAGCCTTCTTGTCTTTGTCTGGTAGGGATAAGGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACAGGCAAGAGCCTTCTTGTCTTTGTCTGGTAGGGATAAGGCCAA  441

seq1  GTAATCTGGAGCCGCATTTAAGAAATTGTCAAGTGGCCTGTGAGCGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTGGAGCCGCATTTAAGAAATTGTCAAGTGGCCTGTGAGCGTTGG  491

seq1  GGAAGGGGAAGATTTAGGTCACCTTCACCAGGCTCTTGTTCTGTTCTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGGAAGATTTAGGTCACCTTCACCAGGCTCTTGTTCTGTTCTTCT  541

seq1  CTTAGAGAATGTCCTACCTTCCTGTGGTCTTGATGGTTTGCCTGTGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAATGTCCTACCTTCCTGTGGTCTTGATGGTTTGCCTGTGTGTT  591

seq1  CGGTCAAGAGTCTACACTTCTAAGTTGGAGAAGTGCATGCGTCTCTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCAAGAGTCTACACTTCTAAGTTGGAGAAGTGCATGCGTCTCTTGGA  641

seq1  ATATTTCTGGGTGGGAGATGGTGGTGGTCCTTATGCAAAGGTGGCCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTGGGTGGGAGATGGTGGTGGTCCTTATGCAAAGGTGGCCTCTA  691

seq1  ACCAACAATAGTCTCTTAGTGCTGTTGACCTTGACCTGTGACTCATCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAATAGTCTCTTAGTGCTGTTGACCTTGACCTGTGACTCATCCAG  741

seq1  GTTTTGAAGTGATAGTGTGTAGTATCTTTTCGACTGTTGAGATAACACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAAGTGATAGTGTGTAGTATCTTTTCGACTGTTGAGATAACACAT  791

seq1  GAAGCCTGGGACACATGTCCTCCAATGGGACAATCAGATGGCTGACCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGGGACACATGTCCTCCAATGGGACAATCAGATGGCTGACCTCT  841

seq1  AACTTTGCTTTTTTACAAAGTCAAAATGGTGTTAGGTTCTGATGTGATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGCTTTTTTACAAAGTCAAAATGGTGTTAGGTTCTGATGTGATTT  891

seq1  GGAATTTTATTACAAATGGATTTAGCTTTGGAAAAATCGTGACCAAGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTATTACAAATGGATTTAGCTTTGGAAAAATCGTGACCAAGGAA  941

seq1  TATTGATTTGTGCGTACCCCAGGTAGGGGATGAAGAAAGCAGTGGTTATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATTTGTGCGTACCCCAGGTAGGGGATGAAGAAAGCAGTGGTTATG  991

seq1  TTTCATGGACATAGGATATCCACAGAATGGTTCTATTTGCAGAGTGCTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGACATAGGATATCCACAGAATGGTTCTATTTGCAGAGTGCTTG  1041

seq1  GTTATGCTGAATTC  1064
      ||||||||||||||
seq2  GTTATGCTGAATTC  1055


seq1: chr6_108143709_108144731
seq2: B6Ng01-335M06.g_64_1075

seq1  GAATTCCTTAGTATTTAATGCTGTAGTCTTAATGCCTAAAATACTTGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGTATTTAATGCTGTAGTCTTAATGCCTAAAATACTTGATA  50

seq1  TCTGTTCTAGTTTTCTTGTTGGTTGCTGCAATAAAAACCACAACTAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTAGTTTTCTTGTTGGTTGCTGCAATAAAAACCACAACTAAAAC  100

seq1  AAACTTAGGGATTACACATCAGGGTCACAATCCATTACTGAGGGAAGTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAGGGATTACACATCAGGGTCACAATCCATTACTGAGGGAAGTCG  150

seq1  GGACAGAAACTCGAGCAGGAATTGAAGCAAAAATCATGGACTAATAATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAAACTCGAGCAGGAATTGAAGCAAAAATCATGGACTAATAATGC  200

seq1  TTGCTGACTAATGTTCTCAGCTAGCTTTCTCATATAGCCTAGGTCCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGACTAATGTTCTCAGCTAGCTTTCTCATATAGCCTAGGTCCATCT  250

seq1  GCCTAAAGATGGTGCCGCCCTCAGTGGGCTGGGCTCTCTTTTATCAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAGATGGTGCCGCCCTCAGTGGGCTGGGCTCTCTTTTATCAATCA  300

seq1  TCAATCAAGACCATGCCTTACAGACATGGCCACAGGCCAATCTGAAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAAGACCATGCCTTACAGACATGGCCACAGGCCAATCTGAAGTAG  350

seq1  GAAATTTTTCAACTAAAGTCCTCTCTTTCTAGGTGATTGTGTCAAGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTTTCAACTAAAGTCCTCTCTTTCTAGGTGATTGTGTCAAGTTGA  400

seq1  CAACAATAACAAAAATAATTAATGAACATAGTGAGTATAAGTATTAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATAACAAAAATAATTAATGAACATAGTGAGTATAAGTATTAAGTA  450

seq1  AACAGTCAGTGAATGAATGAATAAATGAATGTATAATCACTGTTGTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCAGTGAATGAATGAATAAATGAATGTATAATCACTGTTGTAAAC  500

seq1  CTTCATGACCATTCCAGGCACAGGAGATGTATAAGGAATGAAATAAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGACCATTCCAGGCACAGGAGATGTATAAGGAATGAAATAAGAAG  550

seq1  ACATTCTTATTTCATATAAGACACACTAATTTTATATTAAAAAAAAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTATTTCATATAAGACACACTAATTTTATATTAAAAAAAAAACC  600

seq1  CAAGAATTTCAATTTACTTAAACAGGACATTTTTTTTTCCTAATACCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATTTCAATTTACTTAAACAGGACATTTTTTTTTCCTAATACCTTG  650

seq1  AATAAAAGAAATAGGTGGTAATAATTAAGGGTAAGAAAATCCTGCTATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGAAATAGGTGGTAATAATTAAGGGTAAGAAAATCCTGCTATAC  700

seq1  AGTTCTTTGACCAGGTTCTCCTTAAAGTCTTATGTGGTTAGAAAAAGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTGACCAGGTTCTCCTTAAAGTCTTATGTGGTTAGAAAAAGATA  750

seq1  TTAATTTGGCAGTGTATGATTTTTTTTCTATTTAGGACAAGGGTTCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGGCAGTGTATGATTTTTTTTCTATTTAGGACAAGGGTTCACTC  800

seq1  TATTGTCTTCAGGTTCCTGGACTCAAGTAAGCCTCTGACTCAGCCTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCTTCAGGTTCCTGGACTCAAGTAAGCCTCTGACTCAGCCTTCCA  850

seq1  AAGCAGCTTGAATAGCAAGAGTCCAGCATCACACCTAGCATTGAGCTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCTTGAATAGCAAGAGTCCAGCATCACACCTAGCATTGAGCTCTC  900

seq1  TAGGTTTTTCCAACTTTGTGCTATAGATAATGTGAGAAAGTTATAGGTGG  950
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |
seq2  TA-GTTTTTCCAACTTTGTGCTATAGATAATGTGAGAAAG-TATAG--TG  946

seq1  AGACTCTCATTTGTGCTTGATCTCCTCTTAGTCTTTTCTTTTTCCCTTGA  1000
      |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||   
seq2  AGACTCTCATTTGTGC-TGATCT-CTC-TAGTCTTTTC-TTTTCCCT--G  990

seq1  AAGTGGACACGGGGGAAGGGGTG  1023
      |||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGT-GACACGGGGGAAGGGGTG  1012


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |