BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336P11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 95,962,206 - 96,074,013
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545867, C630007B19Rik, LOC100043685
Upstream geneLOC100043680, Kbtbd8, LOC435912, Suclg2, LOC665886
Downstream gene1700123L14Rik, C130034I18Rik, A130022J15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336P11.bB6Ng01-336P11.g
ACCGA121733GA121734
length1,1211,128
definitionB6Ng01-336P11.b B6Ng01-336P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,962,206 - 95,963,313)(96,072,887 - 96,074,013)
sequence
gaattccagggatccctaccccagctactacattgcagactcctactgcc
ttgtctgtctttttaacaaggcaatcatgcttgaactgcaagcaccttac
tgactgagccatttcacctgcccactcccttacgttttacctttcagtcc
ttcagctttgcttgagctgtcacacactcagtcatactagtcctgtgctt
tgtttactgatgtcttggagacacgtgggaaattatcctgaatggcacca
agctggatgctgcaggtgttagtctccaaaactcttctgaggggacagca
agcactttgaaaaagagcctatggagctggcaaacagggttctttccagc
gtgcccactgcaattctcactccaaataatcttatctgcagttgaggaac
ttcatagagaatcactgaggttgataaatgtgtatacacacatatacaca
ctatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatacacacatatatatagacacttatatgtgtacatataatataaata
ttatatatacatatttacacataatatacatgctatatatatgtacacac
acatatgtattatcagccattatccagggtagggaagagagagaatggaa
gaaaagcaccaaagccaatacatatatatgcatacataatatgtgtgcat
atatgtacatatatatacatctatgtatatacacacatatatacatatat
acattacatacacatgtatatatgcatatatacacatatgtgtatataat
atatgtatatattatatgtgtgtttataaaaaatatgtgtacacatgcac
atacataatataagatacttatatgtatacatgtaggcatatatgtatcc
ctgaattggatgccttaaaatctgtttccaaatcaaaccctttaatatga
cccttctgggccccagcagggcaccatgaacagggctatgcctagcggtt
gttcttgtggaatgcatattctcccctaagttcaagctgtcctaagaggt
gggttcagttttctgaatgtgttaccgttaagactcaaatttattctctt
gttccacctgaagaccaccaa

gaattctgagaaatgtgtaactcagtcagttcattctttatcgacagaac
tgggaaacaagacaatccctctgaatgtgtatactcagatggccttgatt
tgggattgaatggtgcaatgcatcctaaaagataatgtctagtcaggatg
tagtagaggtaaacactagtaatgccatgaaaatagtgaccataccagag
gggctcagggtcttctgcccttgtaggatctagtataagacttggtttga
tgtctttcctacatgaaggaagtcttaaacaacagacaggacactcactc
ttcaattcatgataacactatttgtgttttcatttgggggcctcttatta
cataacatcaagaggggagaagaaagagtgggcttacagagttttccatg
tgttttgaggatatctttgggggattcaattagtttacacaacttttttt
aaaaaaataatcttttctttaccccagagaaaggggaaattgcctgtctg
gtgttctctttggtacaaagatgaagtgatattttttttcttttgaaatc
aaaagacttagacactgaaaggctgttctctgcccgttaaagggaacttt
ctcttcagtcccccaagctcatccatataagacttttccaaacctaaaag
gagaaaatgtaactcattgtctaaaataaaaattcttaagcatttaacat
atgactacatttataaattctatctctatatatccacatctttaagtaca
ttttacagtagtagctcttcaggcgattctgcttagcaaaatagctgtca
aacatcaaacattcaaatatctatacaaagacatacatacttatacacat
atatgatatatatattattttctgtttctatcactatccatttgaatggt
atctgcattataattacacatacaaacaacgttaatccaaaatgttcttg
tgcttaatatccaaacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacatcataacaactaacaaaatgttcacattttacccagact
tcattcaattttttaattgaataatttagcagtattcttctggtccatct
actgcagccaagcatcttaagtaatagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_95962206_95963313
seq2: B6Ng01-336P11.b_46_1166

seq1  GAATTCCAGGGATCCCTACCCCAGCTACTACATTGCAGACTCCTACTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGATCCCTACCCCAGCTACTACATTGCAGACTCCTACTGCC  50

seq1  TTGTCTGTCTTTTTAACAAGGCAATCATGCTTGAACTGCAAGCACCTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTCTTTTTAACAAGGCAATCATGCTTGAACTGCAAGCACCTTAC  100

seq1  TGACTGAGCCATTTCACCTGCCCACTCCCTTACGTTTTACCTTTCAGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGCCATTTCACCTGCCCACTCCCTTACGTTTTACCTTTCAGTCC  150

seq1  TTCAGCTTTGCTTGAGCTGTCACACACTCAGTCATACTAGTCCTGTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTTGCTTGAGCTGTCACACACTCAGTCATACTAGTCCTGTGCTT  200

seq1  TGTTTACTGATGTCTTGGAGACACGTGGGAAATTATCCTGAATGGCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTGATGTCTTGGAGACACGTGGGAAATTATCCTGAATGGCACCA  250

seq1  AGCTGGATGCTGCAGGTGTTAGTCTCCAAAACTCTTCTGAGGGGACAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGATGCTGCAGGTGTTAGTCTCCAAAACTCTTCTGAGGGGACAGCA  300

seq1  AGCACTTTGAAAAAGAGCCTATGGAGCTGGCAAACAGGGTTCTTTCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTTGAAAAAGAGCCTATGGAGCTGGCAAACAGGGTTCTTTCCAGC  350

seq1  GTGCCCACTGCAATTCTCACTCCAAATAATCTTATCTGCAGTTGAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCACTGCAATTCTCACTCCAAATAATCTTATCTGCAGTTGAGGAAC  400

seq1  TTCATAGAGAATCACTGAGGTTGATAAATGTGTATACACACATATACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGAGAATCACTGAGGTTGATAAATGTGTATACACACATATACACA  450

seq1  CTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  500

seq1  ATATACACACATATATATAGACACTTATATGTGTACATATAATATAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACACATATATATAGACACTTATATGTGTACATATAATATAAATA  550

seq1  TTATATATACATATTTACACATAATATACATGCTATATATATGTACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATACATATTTACACATAATATACATGCTATATATATGTACACAC  600

seq1  ACATATGTATTATCAGCCATTATCCAGGGTAGGGAAGAGAGAGAATGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTATTATCAGCCATTATCCAGGGTAGGGAAGAGAGAGAATGGAA  650

seq1  GAAAAGCACCAAAGCCAATACATATATATGCATACATAATATGTGTGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCACCAAAGCCAATACATATATATGCATACATAATATGTGTGCAT  700

seq1  ATATGTACATATATATACATCTATGTATATACACACATATATACATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACATATATATACATCTATGTATATACACACATATATACATATAT  750

seq1  ACATTACATACACATGTATATATGCATATATACACATATGTGTATATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACATACACATGTATATATGCATATATACACATATGTGTATATAAT  800

seq1  ATATGTATATATTATATGTGTGTTTAT-AATAATATTTGTACACATGCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||
seq2  ATATGTATATATTATATGTGTGTTTATAAAAAATATGTGTACACATGCAC  850

seq1  ATACAT-ATAT-AGATACTTATATGTATACATGTAGGCATATATGTATCC  897
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAATATAAGATACTTATATGTATACATGTAGGCATATATGTATCC  900

seq1  CTG-ATTGGATGCCTTAGAATCTG-TTCCAAATCAAACCCTTT-ATATGA  944
      ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGAATTGGATGCCTTAAAATCTGTTTCCAAATCAAACCCTTTAATATGA  950

seq1  CCC-TCT-GGCCCCAGCAGGCAGCCATGAACA-GGCTATGCCTAGCGGTT  991
      ||| ||| ||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTGGGCCCCAGCAGGGCACCATGAACAGGGCTATGCCTAGCGGTT  1000

seq1  G-TCCTGTGG-ATGC-TAATCT-CCCTAAGTTCAAGCTGTCTAATGAGTG  1037
      | || ||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||  | |||  
seq2  GTTCTTGTGGAATGCATATTCTCCCCTAAGTTCAAGCTGTCCTAAGAGGT  1050

seq1  GGTTTCAGTTTTCTGAAATGTGTTACAGTTAAGGACTCAGATATATCTTC  1087
      || |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| || |||  ||
seq2  GGGTTCAGTTTTCTG-AATGTGTTACCGTTAA-GACTCAAATTTATTCTC  1098

seq1  ATG-TCCACCTG-AGACCACCAA  1108
       || |||||||| ||||||||||
seq2  TTGTTCCACCTGAAGACCACCAA  1121


seq1: chr6_96072887_96074013
seq2: B6Ng01-336P11.g_69_1196 (reverse)

seq1  ACTATTAC-TAAGATGCTTGGCTGCAGTAGATGGA-CAG-AGATACCTGC  47
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||
seq2  ACTATTACTTAAGATGCTTGGCTGCAGTAGATGGACCAGAAGAATACTGC  50

seq1  TAAATTATTCAATTTAAAAAATTG-ATGAAGGTCTTGGTAAAATTGTGAA  96
      |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  TAAATTATTCAA-TTAAAAAATTGAATGAA-GTCTGGGTAAAA-TGTGAA  97

seq1  CATTTTGTTAGTTGTTATGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTTAGTTGTTATGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  147

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGATATTAAGCACAAGAACATTTTGGATTAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGATATTAAGCACAAGAACATTTTGGATTAA  197

seq1  CGTTGTTTGTATGTGTAATTATAATGCAGATACCATTCAAATGGATAGTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTTTGTATGTGTAATTATAATGCAGATACCATTCAAATGGATAGTG  247

seq1  ATAGAAACAGAAAATAATATATATATCATATATGTGTATAAGTATGTATG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACAGAAAATAATATATATATCATATATGTGTATAAGTATGTATG  297

seq1  TCTTTGTATAGATATTTGAATGTTTGATGTTTGACAGCTATTTTGCTAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTATAGATATTTGAATGTTTGATGTTTGACAGCTATTTTGCTAAG  347

seq1  CAGAATCGCCTGAAGAGCTACTACTGTAAAATGTACTTAAAGATGTGGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCGCCTGAAGAGCTACTACTGTAAAATGTACTTAAAGATGTGGAT  397

seq1  ATATAGAGATAGAATTTATAAATGTAGTCATATGTTAAATGCTTAAGAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAGATAGAATTTATAAATGTAGTCATATGTTAAATGCTTAAGAAT  447

seq1  TTTTATTTTAGACAATGAGTTACATTTTCTCCTTTTAGGTTTGGAAAAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTAGACAATGAGTTACATTTTCTCCTTTTAGGTTTGGAAAAGT  497

seq1  CTTATATGGATGAGCTTGGGGGACTGAAGAGAAAGTTCCCTTTAACGGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATGGATGAGCTTGGGGGACTGAAGAGAAAGTTCCCTTTAACGGGC  547

seq1  AGAGAACAGCCTTTCAGTGTCTAAGTCTTTTGATTTCAAAAGAAAAAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACAGCCTTTCAGTGTCTAAGTCTTTTGATTTCAAAAGAAAAAAAA  597

seq1  TATCACTTCATCTTTGTACCAAAGAGAACACCAGACAGGCAATTTCCCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTTCATCTTTGTACCAAAGAGAACACCAGACAGGCAATTTCCCCT  647

seq1  TTCTCTGGGGTAAAGAAAAGATTATTTTTTTAAAAAAAGTTGTGTAAACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGGGGTAAAGAAAAGATTATTTTTTTAAAAAAAGTTGTGTAAACT  697

seq1  AATTGAATCCCCCAAAGATATCCTCAAAACACATGGAAAACTCTGTAAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATCCCCCAAAGATATCCTCAAAACACATGGAAAACTCTGTAAGC  747

seq1  CCACTCTTTCTTCTCCCCTCTTGATGTTATGTAATAAGAGGCCCCCAAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTTTCTTCTCCCCTCTTGATGTTATGTAATAAGAGGCCCCCAAAT  797

seq1  GAAAACACAAATAGTGTTATCATGAATTGAAGAGTGAGTGTCCTGTCTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACACAAATAGTGTTATCATGAATTGAAGAGTGAGTGTCCTGTCTGT  847

seq1  TGTTTAAGACTTCCTTCATGTAGGAAAGACATCAAACCAAGTCTTATACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAGACTTCCTTCATGTAGGAAAGACATCAAACCAAGTCTTATACT  897

seq1  AGATCCTACAAGGGCAGAAGACCCTGAGCCCCTCTGGTATGGTCACTATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTACAAGGGCAGAAGACCCTGAGCCCCTCTGGTATGGTCACTATT  947

seq1  TTCATGGCATTACTAGTGTTTACCTCTACTACATCCTGACTAGACATTAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCATTACTAGTGTTTACCTCTACTACATCCTGACTAGACATTAT  997

seq1  CTTTTAGGATGCATTGCACCATTCAATCCCAAATCAAGGCCATCTGAGTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGATGCATTGCACCATTCAATCCCAAATCAAGGCCATCTGAGTA  1047

seq1  TACACATTCAGAGGGATTGTCTTGTTTCCCAGTTCTGTCGATAAAGAATG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTCAGAGGGATTGTCTTGTTTCCCAGTTCTGTCGATAAAGAATG  1097

seq1  AACTGACTGAGTTACACATTTCTCAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACTGAGTTACACATTTCTCAGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |