BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337F07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 83,044,184 - 83,181,502
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik
Upstream geneEG622198, Tacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2, EG622318, Sema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2
Downstream geneMthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik, Dguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098, LOC676366, Zfml, Dysf, LOC665114
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337F07.bB6Ng01-337F07.g
ACCGA121992GA121993
length1,0781,058
definitionB6Ng01-337F07.b B6Ng01-337F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,044,184 - 83,045,274)(83,180,451 - 83,181,502)
sequence
gaattcagctatgcagtttccagggatcaaacccaggttgtcaagcttgg
tggaaaatgtatcgacccactgaactatctctccagcctgatttcattct
cgtggcactgcagtgacactcgaggctgaggttgttcctacttaaccaca
tagagtgtgacagccatgtttggcatccactacctcatccactccctatg
actctatgatgtaaggtttgtccatatccttacttgagtttctttttaaa
gattcatttagcttttttttttttttttttgaggcagagtctctctacat
agtcctgactatcctgaaacttactatttagaccaagttagcctaaaaat
cacagaggtcattcattcattcagtttttttgagagaggtttctctgtat
taccctggctatcctggaactctctgtaaaccaggctggctttgaactca
gaaatctgcctgcctctgcctccggagtgctgagatcaaaggtttatgcc
accaccaccaccacctagcttattttacttttaattctatgtatgtgtct
atgtgtatgtgcacaagagagcacagtgtctacagagaccagaagatggc
gctgtatcctttgaacttggagttgcaaacagttgtgagctgctccgtgt
gctgggaatcaaaccagggcctcagcaagagcagcgatcgttctgaacta
ctgaactccaaatcatcatttaaaacatttactggggaggcacatggctg
aatgatgacatctacagtgtgtcactcccctccccgcatctccagacaca
catacataggtgctcatggttcagtgggtaagggactcaatgtccagcct
gctcacctttccaggacccacctggtagaaggggaactgattcctgcaaa
ttgtctttacctgtccatacatgctatggcacacatgcacacacatatag
cagcaatgaacaataatgtaatgtaacatttcaaagaatttattttacct
atgtgtatgtgcacatatgtgagtgcatccatacttgcagcacagtgtcg
agagcatcagatccctcagagcttgcat
gaattcattgtcattcaaaagtggatggttgcagctaagctaagagggag
aaagaagcaaaaaaattaaggacacatgaggagactcagagggaagtgag
gtaggttagaagtactgagcctgcaggtcggtagccttggagaaacttcc
agaaaccatgaggcaagaggctggggtctgaagagcctcaccctgaggct
gggagactaccatatgcctaggccagctagcagacaggaaggctggaaac
ctctcagatccacctctaacgtgtaaagcatgcaggggagaagccagagt
atgcaggtgagatagaaaggtgaatactatgaaatgacccataaagggtc
acaactctccagacagtatccttgaacttataagctcctccctcccctgc
cggcttcctgtcttggaagtgtttgccccccttctgtctctgctactgtt
actctccacttgtccccgcccaggtttctcattcagggcataagaaccta
aatctctcatcaggtgcccactggactcacacccaccaataacagctaca
gaatcatgtaaagtattttgttttgtatgtatatgggtattttgccttcg
tgtatgtcagggcatgatgttcatgcagtgcccacagaggccatcggggc
gtgttgaatcagctgggcctagaggtacagatggttgcgagccaccatgt
ggatgctgggaatccaactccagtcctctgggagaatcgacactgagcca
ccttttccagccttcactagaggatttttaagaatggggggttctagtat
ctcattttttaaagctgagtatcttaggggctggagaagcatctacctcc
cccctttctctctacttccttcatttcctcctatcccgaaaggtgagaaa
gctatcccattttaagattcaggctctaaagaagccaatttttcagggtt
ctggagacatgactcagtgtttaagagaaccttgtttgctcttcagagaa
tctgagtttgggaaacctagattcagttgcactctagagcatggcaaggc
agctcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_83044184_83045274
seq2: B6Ng01-337F07.b_48_1125

seq1  GAATTCAGCTATGCAGTTTCCAGGGATCAAACCCAGGTTGTCAAGCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTATGCAGTTTCCAGGGATCAAACCCAGGTTGTCAAGCTTGG  50

seq1  TGGAAAATGTATCGACCCACTGAACTATCTCTCCAGCCTGATTTCATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATGTATCGACCCACTGAACTATCTCTCCAGCCTGATTTCATTCT  100

seq1  CGTGGCACTGCAGTGACACTCGAGGCTGAGGTTGTTCCTACTTAACCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCACTGCAGTGACACTCGAGGCTGAGGTTGTTCCTACTTAACCACA  150

seq1  TAGAGTGTGACAGCCATGTTTGGCATCCACTACCTCATCCACTCCCTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGTGACAGCCATGTTTGGCATCCACTACCTCATCCACTCCCTATG  200

seq1  ACTCTATGATGTAAGGTTTGTCCATATCCTTACTTGAGTTTCTTTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATGATGTAAGGTTTGTCCATATCCTTACTTGAGTTTCTTTTTAAA  250

seq1  GATTCATTTAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTCTCTCTACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATTTAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTCTCTCTACAT  300

seq1  AGTCCTGACTATCCTGAAACTTACTATTTAGACCAAGTTAGCCTAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGACTATCCTGAAACTTACTATTTAGACCAAGTTAGCCTAAAAAT  350

seq1  CACAGAGGTCATTCATTCATTCAGTTTTTTTGAGAGAGGTTTCTCTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGTCATTCATTCATTCAGTTTTTTTGAGAGAGGTTTCTCTGTAT  400

seq1  TACCCTGGCTATCCTGGAACTCTCTGTAAACCAGGCTGGCTTTGAACTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGGCTATCCTGGAACTCTCTGTAAACCAGGCTGGCTTTGAACTCA  450

seq1  GAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCGGAGTGCTGAGATCAAAGGTTTATGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCGGAGTGCTGAGATCAAAGGTTTATGCC  500

seq1  ACCACCACCACCACCTAGCTTATTTTACTTTTAATTCTATGTATGTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACCACCACCTAGCTTATTTTACTTTTAATTCTATGTATGTGTCT  550

seq1  ATGTGTATGTGCACAAGAGAGCACAGTGTCTACAGAGACCAGAAGATGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATGTGCACAAGAGAGCACAGTGTCTACAGAGACCAGAAGATGGC  600

seq1  GCTGTATCCTTTGAACTTGGAGTTGCAAACAGTTGTGAGCTGCTCCGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATCCTTTGAACTTGGAGTTGCAAACAGTTGTGAGCTGCTCCGTGT  650

seq1  GCTGGGAATCAAACCAGGGCCTCAGCAAGAGCAGCGATCGTTCTGAACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAATCAAACCAGGGCCTCAGCAAGAGCAGCGATCGTTCTGAACTA  700

seq1  CTGAACTCCAAATCATCATTTAAAACATTTACTGGGGAGGCACATGGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTCCAAATCATCATTTAAAACATTTACTGGGGAGGCACATGGCTG  750

seq1  AATGATGACATCTACAGTGTGTCACTCCCCTCCCCGCATCTCCAGACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGACATCTACAGTGTGTCACTCCCCTCCCCGCATCTCCAGACACA  800

seq1  CATACATAGGTGCTCATGGTTCAGTGGGTAAGGGACTCAATGTCCAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATAGGTGCTCATGGTTCAGTGGGTAAGGGACTCAATGTCCAGCCT  850

seq1  GCTCACCTTCCCAGGACCCACCTGGTAGAAGGGGGAACTGATTCCTGCAA  900
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCTTTCCAGGACCCACCTGGTAGAA-GGGGAACTGATTCCTGCAA  899

seq1  ATTGTTCTTTACCTGTCCATACATGCTATGGCACACATGCACACACATAT  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTG-TCTTTACCTGTCCATACATGCTATGGCACACATGCACACACATAT  948

seq1  AAGCAAGCAAATGAACAAATAAATGTAATGTAACATTTCAAAAGATTTAT  1000
       ||| ||| |||||||||   |||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  -AGC-AGC-AATGAACAA--TAATGTAATGTAACATTTCAAAGAATTTAT  993

seq1  TTTACCTATGTGTATGTGCACATATGTGAGTGCATCCCATACTTTGCAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TTTACCTATGTGTATGTGCACATATGTGAGTGCAT-CCATAC-TTGCAGC  1041

seq1  ACAGTGGCCGGAGAAGGCATCAGATCCCTCAGAGCTGGCAT  1091
      |||||| |  ||||  |||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACAGTGTC--GAGA--GCATCAGATCCCTCAGAGCTTGCAT  1078

seq1: chr6_83180451_83181502
seq2: B6Ng01-337F07.g_67_1124 (reverse)

seq1  TGTGAGCTGCC-TGCCATGCTCTGGTGTTGGCAACTGATCTTAGGTT--C  47
      ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||||||||   ||||||  |
seq2  TGTGAGCTGCCTTGCCATGCTCTAGAGT--GCAACTGAATCTAGGTTTCC  48

seq1  CAAACTCAGATTCTCTGGAAGAGC-AACAA-GTTCTCTTAAACACTGAGT  95
      |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCAGATTCTCT-GAAGAGCAAACAAGGTTCTCTTAAACACTGAGT  97

seq1  CATGTCTCCAG-ACCCTGAAAAATGGGCTTCTTTTAGAGCCTGAATCTTT  144
      ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||
seq2  CATGTCTCCAGAACCCTGAAAAATTGGCTTC-TTTAGAGCCTGAATC-TT  145

seq1  AAAATGGGATAGCTTTCTCACC-TTCGGGATAGGAGGAAATGAAGGAAGT  193
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGATAGCTTTCTCACCTTTCGGGATAGGAGGAAATGAAGGAAGT  195

seq1  AGAGAG-AAGGGGGGAGGTAGATGCTTCTCCAGCCCCTAAGATACTCAGC  242
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAAGGGGGGAGGTAGATGCTTCTCCAGCCCCTAAGATACTCAGC  245

seq1  TTT-AAAAATGAGATACTAGAA-CCCCCATTCTTAAAAATCCTCTAGTGA  290
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATGAGATACTAGAACCCCCCATTCTTAAAAATCCTCTAGTGA  295

seq1  AGGCTGG-AAAGGTGGCTCAGTGTCGATTCTCCCAGAGGACTGGAGTTGG  339
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGAAAAGGTGGCTCAGTGTCGATTCTCCCAGAGGACTGGAGTTGG  345

seq1  ATTCCCAGCATCCACATGGTGGCTCGCAACCATCTGTACCTCTAGGCCCA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGCATCCACATGGTGGCTCGCAACCATCTGTACCTCTAGGCCCA  395

seq1  GCTGATTCAACACGCCCCGATGGCCTCTGTGGGCACTGCATGAACATCAT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTCAACACGCCCCGATGGCCTCTGTGGGCACTGCATGAACATCAT  445

seq1  GCCCTGACATACACGAAGGCAAAATACCCATATACATACAAAACAAAATA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGACATACACGAAGGCAAAATACCCATATACATACAAAACAAAATA  495

seq1  CTTTACATGATTCTGTAGCTGTTATTGGTGGGTGTGAGTCCAGTGGGCAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACATGATTCTGTAGCTGTTATTGGTGGGTGTGAGTCCAGTGGGCAC  545

seq1  CTGATGAGAGATTTAGGTTCTTATGCCCTGAATGAGAAACCTGGGCGGGG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGAGATTTAGGTTCTTATGCCCTGAATGAGAAACCTGGGCGGGG  595

seq1  ACAAGTGGAGAGTAACAGTAGCAGAGACAGAAGGGGGGCAAACACTTCCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGGAGAGTAACAGTAGCAGAGACAGAAGGGGGGCAAACACTTCCA  645

seq1  AGACAGGAAGCCGGCAGGGGAGGGAGGAGCTTATAAGTTCAAGGATACTG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGAAGCCGGCAGGGGAGGGAGGAGCTTATAAGTTCAAGGATACTG  695

seq1  TCTGGAGAGTTGTGACCCTTTATGGGTCATTTCATAGTATTCACCTTTCT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAGTTGTGACCCTTTATGGGTCATTTCATAGTATTCACCTTTCT  745

seq1  ATCTCACCTGCATACTCTGGCTTCTCCCCTGCATGCTTTACACGTTAGAG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACCTGCATACTCTGGCTTCTCCCCTGCATGCTTTACACGTTAGAG  795

seq1  GTGGATCTGAGAGGTTTCCAGCCTTCCTGTCTGCTAGCTGGCCTAGGCAT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCTGAGAGGTTTCCAGCCTTCCTGTCTGCTAGCTGGCCTAGGCAT  845

seq1  ATGGTAGTCTCCCAGCCTCAGGGTGAGGCTCTTCAGACCCCAGCCTCTTG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGTCTCCCAGCCTCAGGGTGAGGCTCTTCAGACCCCAGCCTCTTG  895

seq1  CCTCATGGTTTCTGGAAGTTTCTCCAAGGCTACCGACCTGCAGGCTCAGT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGGTTTCTGGAAGTTTCTCCAAGGCTACCGACCTGCAGGCTCAGT  945

seq1  ACTTCTAACCTACCTCACTTCCCTCTGAGTCTCCTCATGTGTCCTTAATT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAACCTACCTCACTTCCCTCTGAGTCTCCTCATGTGTCCTTAATT  995

seq1  TTTTTGCTTCTTTCTCCCTCTTAGCTTAGCTGCAACCATCCACTTTTGAA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTTCTTTCTCCCTCTTAGCTTAGCTGCAACCATCCACTTTTGAA  1045

seq1  TGACAATGAATTC  1052
      |||||||||||||
seq2  TGACAATGAATTC  1058