BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340H04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 95,448,633 - 95,623,331
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSuclg2
Upstream geneSlc25a26, Lrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276, LOC100043680, Kbtbd8, LOC435912
Downstream geneLOC665886, LOC545867, C630007B19Rik, LOC100043685, 1700123L14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340H04.bB6Ng01-340H04.g
ACCGA124150GA124151
length1,1921,086
definitionB6Ng01-340H04.b B6Ng01-340H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,622,117 - 95,623,331)(95,448,633 - 95,449,733)
sequence
gaattcacagacacttctccagtgttattgttatagcctagttaatttat
atatagtatacacacacacacacacacacacacacacaaatacacacaca
tctttttccctatgcttacctactgttttaagagaaaggccaaagcattt
ttaggcaggggcttggattgaggtcttcactatgacttaaccagtagagt
gaccttaaacaggtcagttcaatctctgactctcagtgttccttgtctga
gatgggaaagtcctagctcaagtggggtgcaccatgcgtttacttgattc
tttgtaagatgcttacattgtaaattactactctgtctttctgtgacact
caacagagttccaccattagagtttaaaatacctccccaaatgcatttaa
agccaacggcagggcactgtggccaccttcctcttctcctttatgcgacc
acctatgacttctattgcagggactgccggagtgtctctgtttttcatgt
ttcctcctccattatgttttgtattaaataataacagctaacatttctga
gcacttatcttaagctttctcattggcttgcatatattaactcacataat
caataagcagccatgaatttgagcctgttagtattcttcatcgtataaat
gagggatgacagcttagctaccatcttcccatgtgatacggtccaggaag
atccctctcagctctgcttatagtttaagaacttagccacagggggctaa
ttaactggctaattaattttcttacaacatgcaaaacaggtctaggctaa
atggagcctggtcagaggctaatttgttttcaaaggtgactgcagatgaa
gaccctgaacttcccaatcttgtcttcatcccactctggtcctttgcaga
cacttggccgctcagtgccactgttgcttttctactgctctggcctgctc
aggctgcagaagtagcatgtctgcatcgtcagcatcaagccactcggaaa
ggtattctactctctacattagtgttccactaatcatctcttacgagatg
cacagttagagccacttcatcatgctgtttcgagcaacagccttttattt
ttatgaccctccgtagtaagaaccatggagtatatctgtctttctgaaac
cacacatttattggactcgaatgtccaagtatgtgacaaggt

gaattcattacttagattaatagataacacccacagaaaagagttattca
tcaggcttgaggcatcaaaatcccaacaatgcagtggcaatgagagcaca
ctacagaaattgccaagcatgtatttacatgcagcatgccagtttagatc
ctataggttccatatgataaattaactgcgaatagcaaaggagaaaagaa
aagattacatttctacagcacttatctctaggatgtgccattacaggaat
tcttatttttcctattctgatgcccctagaacctgcttataaatacagtg
agtgggccctctgtagtggagagagctatgggggcagtgacggccctgct
taaaattctactggttgctcatccgtgctggtcgctaaggctgaaacctg
gttaagctatataacttctcttgaatatggtttcctgatctgtaagacga
gagtaatagtccctggtccaccagacccctgcaggatttcaagaagatga
tacacgtgcagtatctggcaacagctctcagcttacgtgctcctgacttt
ttcccagcaggcaatgacactattggacagactatccaggctgtgagtag
gaaacctttccccatatataatagaggcacagtgactaaactttaataga
atggtaacagcttagtaatgaagcaaataagcaatattttcaagtcaatt
agggactgggggctactcccaagaaagaaacctcccatttccactcacag
caggctaactggtaagcagaagcctgctttctaatggcaaccattaaatg
ctgttagcattgatgcttaatgaagcactaatttccaaataactgtggga
tggaagggaacttcccagaacaatagaagaaaaagtgttcacaagcataa
ttccttcatgggccttgagacagaactgagaggcacacactagcatttat
gaggaaaactggcattccagtaagcacagactgtactgtgacctctatat
ataagggcagctcatgtgtcagatgctctgagtacagactcagtgcgctt
atctaaactatgtgactgtctatcagctcaccggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_95622117_95623331
seq2: B6Ng01-340H04.b_44_1235 (reverse)

seq1  ACCTTGGTCACACTACTTGGACATACTGAGCTCAAATAAATGTGTTGGTG  50
      ||||| |||||| ||||||||||| | ||| || |||||||||| |||| 
seq2  ACCTT-GTCACA-TACTTGGACATTC-GAG-TCCAATAAATGTG-TGGTT  45

seq1  TCAAGGAAAAGACAGATATAACTCAATGTGTCTTACTAC-GAGTGTCAT-  98
      |||    |||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||| ||||| 
seq2  TCA---GAAAGACAGATAT-ACTCCATGGTTCTTACTACGGAGGGTCATA  91

seq1  AAAATAAAAGGCTGGTTTGCTCGAAACAGGCCATGATGAAGTGGCCTCTT  148
      ||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||| ||| |
seq2  AAAATAAAAGGCTG--TTGCTCGAAACAG--CATGATGAAGTGG-CTC-T  135

seq1  AACTGTGCCATCTCGTAAAGAGATGATTAAGTGGAACACTAATTGTAAGA  198
      ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||
seq2  AACTGTG-CATCTCGT-AAGAGATGATT-AGTGGAACACTAA-TGT-AGA  180

seq1  GGAGTAAGAATACCTTTTCCGAGTGGGCTTGATGCTGACGATGCAGACAT  248
       |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -GAGT-AGAATACC-TTTCCGAGT-GGCTTGATGCTGACGATGCAGACAT  226

seq1  GCTACCTTCTGCAGCCTGAGCAGGCCAGAGCAGTAGAAAAGCAACAGTGG  298
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTA-CTTCTGCAGCCTGAGCAGGCCAGAGCAGTAGAAAAGCAACAGTGG  275

seq1  CACTGAGCGGCCAAGTGTCTGCAAAGGACCAGAGTGGGATGAAGACAAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCGGCCAAGTGTCTGCAAAGGACCAGAGTGGGATGAAGACAAGA  325

seq1  TTGGGAAGTTCAGGGTCTTCATCTGCAGTCACCTTTGAAAACAAATTAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGTTCAGGGTCTTCATCTGCAGTCACCTTTGAAAACAAATTAGC  375

seq1  CTCTGACCAGGCTCCATTTAGCCTAGACCTGTTTTGCATGTTGTAAGAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCAGGCTCCATTTAGCCTAGACCTGTTTTGCATGTTGTAAGAAA  425

seq1  ATTAATTAGCCAGTTAATTAGCCCCCTGTGGCTAAGTTCTTAAACTATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTAGCCAGTTAATTAGCCCCCTGTGGCTAAGTTCTTAAACTATAA  475

seq1  GCAGAGCTGAGAGGGATCTTCCTGGACCGTATCACATGGGAAGATGGTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCTGAGAGGGATCTTCCTGGACCGTATCACATGGGAAGATGGTAG  525

seq1  CTAAGCTGTCATCCCTCATTTATACGATGAAGAATACTAACAGGCTCAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTGTCATCCCTCATTTATACGATGAAGAATACTAACAGGCTCAAA  575

seq1  TTCATGGCTGCTTATTGATTATGTGAGTTAATATATGCAAGCCAATGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCTGCTTATTGATTATGTGAGTTAATATATGCAAGCCAATGAGA  625

seq1  AAGCTTAAGATAAGTGCTCAGAAATGTTAGCTGTTATTATTTAATACAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAAGATAAGTGCTCAGAAATGTTAGCTGTTATTATTTAATACAAA  675

seq1  ACATAATGGAGGAGGAAACATGAAAAACAGAGACACTCCGGCAGTCCCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATGGAGGAGGAAACATGAAAAACAGAGACACTCCGGCAGTCCCTG  725

seq1  CAATAGAAGTCATAGGTGGTCGCATAAAGGAGAAGAGGAAGGTGGCCACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAAGTCATAGGTGGTCGCATAAAGGAGAAGAGGAAGGTGGCCACA  775

seq1  GTGCCCTGCCGTTGGCTTTAAATGCATTTGGGGAGGTATTTTAAACTCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGCCGTTGGCTTTAAATGCATTTGGGGAGGTATTTTAAACTCTA  825

seq1  ATGGTGGAACTCTGTTGAGTGTCACAGAAAGACAGAGTAGTAATTTACAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGAACTCTGTTGAGTGTCACAGAAAGACAGAGTAGTAATTTACAA  875

seq1  TGTAAGCATCTTACAAAGAATCAAGTAAACGCATGGTGCACCCCACTTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCATCTTACAAAGAATCAAGTAAACGCATGGTGCACCCCACTTGA  925

seq1  GCTAGGACTTTCCCATCTCAGACAAGGAACACTGAGAGTCAGAGATTGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGACTTTCCCATCTCAGACAAGGAACACTGAGAGTCAGAGATTGAA  975

seq1  CTGACCTGTTTAAGGTCACTCTACTGGTTAAGTCATAGTGAAGACCTCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTGTTTAAGGTCACTCTACTGGTTAAGTCATAGTGAAGACCTCAA  1025

seq1  TCCAAGCCCCTGCCTAAAAATGCTTTGGCCTTTCTCTTAAAACAGTAGGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCCCTGCCTAAAAATGCTTTGGCCTTTCTCTTAAAACAGTAGGT  1075

seq1  AAGCATAGGGAAAAAGATGTGTGTGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAGGGAAAAAGATGTGTGTGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1125

seq1  GTGTGTGTATACTATATATAAATTAACTAGGCTATAACAATAACACTGGA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTATACTATATATAAATTAACTAGGCTATAACAATAACACTGGA  1175

seq1  GAAGTGTCTGTGAATTC  1215
      |||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTCTGTGAATTC  1192


seq1: chr6_95448633_95449733
seq2: B6Ng01-340H04.g_66_1151

seq1  GAATTCATTACTTAGATTAATAGATAACACCCACAGAAAAGAGTTATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACTTAGATTAATAGATAACACCCACAGAAAAGAGTTATTCA  50

seq1  TCAGGCTTGAGGCATCAAAATCCCAACAATGCAGTGGCAATGAGAGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTGAGGCATCAAAATCCCAACAATGCAGTGGCAATGAGAGCACA  100

seq1  CTACAGAAATTGCCAAGCATGTATTTACATGCAGCATGCCAGTTTAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAAATTGCCAAGCATGTATTTACATGCAGCATGCCAGTTTAGATC  150

seq1  CTATAGGTTCCATATGATAAATTAACTGCGAATAGCAAAGGAGAAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGGTTCCATATGATAAATTAACTGCGAATAGCAAAGGAGAAAAGAA  200

seq1  AAGATTACATTTCTACAGCACTTATCTCTAGGATGTGCCATTACAGGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTACATTTCTACAGCACTTATCTCTAGGATGTGCCATTACAGGAAT  250

seq1  TCTTATTTTTCCTATTCTGATGCCCCTAGAACCTGCTTATAAATACAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTTTCCTATTCTGATGCCCCTAGAACCTGCTTATAAATACAGTG  300

seq1  AGTGGGCCCTCTGTAGTGGAGAGAGCTATGGGGGCAGTGACGGCCCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCCCTCTGTAGTGGAGAGAGCTATGGGGGCAGTGACGGCCCTGCT  350

seq1  TAAAATTCTACTGGTTGCTCATCCGTGCTGGTCGCTAAGGCTGAAACCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCTACTGGTTGCTCATCCGTGCTGGTCGCTAAGGCTGAAACCTG  400

seq1  GTTAAGCTATATAACTTCTCTTGAATATGGTTTCCTGATCTGTAAGACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTATATAACTTCTCTTGAATATGGTTTCCTGATCTGTAAGACGA  450

seq1  GAGTAATAGTCCCTGGTCCACCAGACCCCTGCAGGATTTCAAGAAGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATAGTCCCTGGTCCACCAGACCCCTGCAGGATTTCAAGAAGATGA  500

seq1  TACACGTGCAGTATCTGGCAACAGCTCTCAGCTTACGTGCTCCTGACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTGCAGTATCTGGCAACAGCTCTCAGCTTACGTGCTCCTGACTTT  550

seq1  TTCCCAGCAGGCAATGACACTATTGGACAGACTATCCAGGCTGTGAGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCAGGCAATGACACTATTGGACAGACTATCCAGGCTGTGAGTAG  600

seq1  GAAACCTTTCCCCATATATAATAGAGGCACAGTGACTAAACTTTAATAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTTCCCCATATATAATAGAGGCACAGTGACTAAACTTTAATAGA  650

seq1  ATGGTAACAGCTTAGTAATGAAGCAAATAAGCAATATTTTCAAGTCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAACAGCTTAGTAATGAAGCAAATAAGCAATATTTTCAAGTCAATT  700

seq1  AGGGACTGGGGGCTACTCCCAAGAAAGAAACCTCCCATTTCCACTCACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGGGGGCTACTCCCAAGAAAGAAACCTCCCATTTCCACTCACAG  750

seq1  CAGGCTAACTGGTAAGCAGAAGCCTGCTTTCTAATGGCAACCATTAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAACTGGTAAGCAGAAGCCTGCTTTCTAATGGCAACCATTAAATG  800

seq1  CTGTTAGCATTGATGCTTAATGAAGCACTAATTTCCAAATAACTGTGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGCATTGATGCTTAATGAAGCACTAATTTCCAAATAACTGTGGGA  850

seq1  TGGAAGGGAACTTCCCAGAACAATAGAAGAAAAAGTGTTCACAAGCAATA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGAAGGGAACTTCCCAGAACAATAGAAGAAAAAGTGTTCACAAGC-ATA  899

seq1  ATTCCTTCATGGGCCTTGAGACAGAACTGAAGAGGCACACACTAGCATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCATGGGCCTTGAGACAGAACTG-AGAGGCACACACTAGCATTT  948

seq1  ATGAGGAAAAACTGGGCATTCCAGTAAGCACAGACTGGTACCTGTGACCT  1000
      |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  ATGAGG-AAAACT-GGCATTCCAGTAAGCACAGACT-GTA-CTGTGACCT  994

seq1  CTATAATATAAGGGCAAGCTCATGTGTCAGGGATGCTCTGAGTTACAGGG  1050
      |||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||  |
seq2  CTAT-ATATAAGGGC-AGCTCATGTGTCA--GATGCTCTGAG-TACA--G  1037

seq1  ACTCAGTGCGCTTAATCTAAAACTATGTGACTGTTCTATCAGCTCA-CGG  1099
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  ACTCAGTGCGCTT-ATCT-AAACTATGTGACTG-TCTATCAGCTCACCGG  1084

seq1  GA  1101
      ||
seq2  GA  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |