BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343H15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 118,501,237 - 118,606,055
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnkrd26, Cacna1c
Upstream geneEG640370, EG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9
Downstream geneDcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b, Fbxl14, Erc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343H15.bB6Ng01-343H15.g
ACCGA126241GA126242
length1,1471,147
definitionB6Ng01-343H15.b B6Ng01-343H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,501,237 - 118,502,383)(118,604,908 - 118,606,055)
sequence
gaattcaatagactttatgattttatatgtgacatttcctcaatgtaagg
cacacttgagtttactatacaaggaatataaagtgagccacagtcctagg
aattcaagagactttgttcaggacagagcatccactcttcgggtctacag
atgtaacagtcctgagggaatgacatggggcatggactgcaataaacttg
cataaattaaatttgcatatttctacagcttctgatggtatggtaattta
catgcagatcaaggataggagtagagaaaagttcacctaaagactaagag
gagtccaaggaaaaagatgaagagaaactgcatgctgtgtgttgacactc
ttgaaactaagtcaccatggagagtcaatggtttactgtactaactgggc
ccatcagagatttaatttgggtataatagtcagacatataatttacaagt
cataacaaggcatatttattaaagtaattcttgatccaatctcctgtttt
gtgtactgtaggacgtttttcttgatggagatttcttttccagctcactc
actttcccattcccagcctccaccttctgaaggaacaatcagtctttgat
attcatcaaaataaaaaaattatttaacaagtcattgttctaaaaaaatg
tttctccgatcaatattcctcataaaacaatgatagatcatcactaaatt
ttcagagcaaacactcagcaaaacattacttccacaaaactgcattttac
cttgttgtcaaagttatagtcctcctcatctgatgtcggccaggaatcag
cagggccaggtgtgttataagacctttgagcaacagccaacaaaaactgt
aagacgaactctttcatttatttactttttgtttgcttatttatatgagt
gctctattttcatgtatgggttgcatgacagaagaggacatcagatcccc
attacagatgattgtgagccaccatgtagatgctaggaattgaactcaag
acctctggagagcagccagtgctcttaaccgctgagccatctctcagcag
tattgggagtgctttaaagaaatctaggagcagatcgcaccagtataata
cacgtctccttggtggatgtgactcagatttggcctccttctcaaaa
gaattctttccagaagtcaggcttgtccccaggcagtaaggttattttga
gaactgtaaaatataatcactgaagaaacataaactttgagctggccatg
gcggggcatgcctttgatcccagcactggggaggcacaggtgggtagatc
cctgagacaggtagatctctgacagtctgaggctagcctagtgagttcca
agccagccaaagctacatagtaagattctatctcaaaaacaaaagcatac
tcttagaaaagattgtattgggactgggatgtgctgaatattttacggtg
gaccttgtgtatgttgtacaagtggtgtaacactcagtatacactcagca
tgttaggaactccaacctaaaatggacaccttttaactccttttcccaag
ctcagtatgagtcacaagattaggagtctgccattataatgccattatat
gtatggcatttcggagtcaagtacagaaaatgtctctggtgttaaccttc
catcatcacagagttccagtttaccttccccatgtgtagctgagaaggat
aaggataaatgagaggtctctgtctgctgagactgtgtaccagtctccac
agagaaagccttgcctccattaataacatcaagtaagaaagagacaaaag
ccaggggtccagtccctctacaaaggagatactttctctactagaccaac
tcagtggtctccgcacagcattgctggtagcagactgttgtccatgtggt
actctttgtatctttgtttaagtacctgtgtccccatctagcagtgcata
gatggggtttgccatccatcatatggtaatatagaagtgatgcttagagg
tcagccatgtagcagggtgattacaaaggaagagaacgagatcatcctgg
tccatgaagaacaagctcaactggttcatagcccagactgaaatggatgg
cagatacacaacacaatggatggcacacacacacatggatggcagacaca
tacaccacacacacacatggatggcagacacatacacacactcacacacg
cacatgtgtatgtgtgtgcgtgcgtgtatgtgttgttgccgtcccgccac
ggcgtgttcataacctaaactaacttgggatgctgtgaataatctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_118501237_118502383
seq2: B6Ng01-343H15.b_50_1196

seq1  GAATTCAATAGACTTTATGATTTTATATGTGACATTTCCTCAATGTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGACTTTATGATTTTATATGTGACATTTCCTCAATGTAAGG  50

seq1  CACACTTGAGTTTACTATACAAGGAATATAAAGTGAGCCACAGTCCTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTGAGTTTACTATACAAGGAATATAAAGTGAGCCACAGTCCTAGG  100

seq1  AATTCAAGAGACTTTGTTCAGGACAGAGCATCCACTCTTCGGGTCTACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGAGACTTTGTTCAGGACAGAGCATCCACTCTTCGGGTCTACAG  150

seq1  ATGTAACAGTCCTGAGGGAATGACATGGGGCATGGACTGCAATAAACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACAGTCCTGAGGGAATGACATGGGGCATGGACTGCAATAAACTTG  200

seq1  CATAAATTAAATTTGCATATTTCTACAGCTTCTGATGGTATGGTAATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATTAAATTTGCATATTTCTACAGCTTCTGATGGTATGGTAATTTA  250

seq1  CATGCAGATCAAGGATAGGAGTAGAGAAAAGTTCACCTAAAGACTAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGATCAAGGATAGGAGTAGAGAAAAGTTCACCTAAAGACTAAGAG  300

seq1  GAGTCCAAGGAAAAAGATGAAGAGAAACTGCATGCTGTGTGTTGACACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAAGGAAAAAGATGAAGAGAAACTGCATGCTGTGTGTTGACACTC  350

seq1  TTGAAACTAAGTCACCATGGAGAGTCAATGGTTTACTGTACTAACTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACTAAGTCACCATGGAGAGTCAATGGTTTACTGTACTAACTGGGC  400

seq1  CCATCAGAGATTTAATTTGGGTATAATAGTCAGACATATAATTTACAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGAGATTTAATTTGGGTATAATAGTCAGACATATAATTTACAAGT  450

seq1  CATAACAAGGCATATTTATTAAAGTAATTCTTGATCCAATCTCCTGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACAAGGCATATTTATTAAAGTAATTCTTGATCCAATCTCCTGTTTT  500

seq1  GTGTACTGTAGGACGTTTTTCTTGATGGAGATTTCTTTTCCAGCTCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTGTAGGACGTTTTTCTTGATGGAGATTTCTTTTCCAGCTCACTC  550

seq1  ACTTTCCCATTCCCAGCCTCCACCTTCTGAAGGAACAATCAGTCTTTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCCATTCCCAGCCTCCACCTTCTGAAGGAACAATCAGTCTTTGAT  600

seq1  ATTCATCAAAATAAAAAAATTATTTAACAAGTCATTGTTCTAAAAAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCAAAATAAAAAAATTATTTAACAAGTCATTGTTCTAAAAAAATG  650

seq1  TTTCTCCGATCAATATTCCTCATAAAACAATGATAGATCATCACTAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCGATCAATATTCCTCATAAAACAATGATAGATCATCACTAAATT  700

seq1  TTCAGAGCAAACACTCAGCAAAACATTACTTCCACAAAACTGCATTTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCAAACACTCAGCAAAACATTACTTCCACAAAACTGCATTTTAC  750

seq1  CTTGTTGTCAAAGTTATAGTCCTCCTCATCTGATGTCGGCCAGGAATCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGTCAAAGTTATAGTCCTCCTCATCTGATGTCGGCCAGGAATCAG  800

seq1  CAGGGCCAGGTGTGTTATAAGACCTTTGAGCAACAGCCAACAAAAACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAGGTGTGTTATAAGACCTTTGAGCAACAGCCAACAAAAACTGT  850

seq1  AAGACGAACTCTTTCATTTATTTACTTTTTGTTTGCTTATTTATATGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGAACTCTTTCATTTATTTACTTTTTGTTTGCTTATTTATATGAGT  900

seq1  GCTCTATTTTCATGTAT-GGTTGCATGACAGAAGAGGACATCAGATCCCC  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATTTTCATGTATGGGTTGCATGACAGAAGAGGACATCAGATCCCC  950

seq1  ATTACAGATGATTGTGAGCCACCATGTAGATGCTAGGAATTGAACTCAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGATGATTGTGAGCCACCATGTAGATGCTAGGAATTGAACTCAAG  1000

seq1  ACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGC  1049
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTCTGG-AGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCT-CAGC  1048

seq1  AGTA-TGGGAGTGCTTAAAAGAAATCTAGGAGCAGATCGGCAACCAGTAT  1098
      |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  AGTATTGGGAGTGCTTTAAAGAAATCTAGGAGCAGATCG--CACCAGTAT  1096

seq1  AATACACGTCT-CTTGGTGGATGTGACTCAGATTTGGCCT-CTTCTCAAA  1146
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATACACGTCTCCTTGGTGGATGTGACTCAGATTTGGCCTCCTTCTCAAA  1146

seq1  A  1147
      |
seq2  A  1147

seq1: chr6_118604908_118606055
seq2: B6Ng01-343H15.g_67_1213 (reverse)

seq1  CCAGATTATTCACAGCATCCACAG-TAGTTTAGGGTATGCACACG-CGTG  48
      ||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||| ||||| ||||
seq2  CCAGATTATTCACAGCATCCCAAGTTAGTTTAGGTTATGAACACGCCGTG  50

seq1  CGCGCACGCGCACACACACATACACGCACGCACACACATACACATGTGCG  98
         | ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGACG-GCAACAACACATACACGCACGCACACACATACACATGTGCG  99

seq1  TGTGTGAGTGTGTGTATGTGTCTGCCATCCATTGTGTGTGTGT-GTGTAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGTGTGAGTGTGTGTATGTGTCTGCCATCCA-TGTGTGTGTGTGGTGTAT  148

seq1  GTGTCTGCCATCCATTGTGTGTGTGTGCCATCCATTGTGTTTGTGTATCT  197
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGTCTGCCATCCA-TGTGTGTGTGTGCCATCCATTGTG-TTGTGTATCT  196

seq1  GCCATCCATTTCAGTCTGGGCTATGGACCAGTTGAGCTTGTTCTTCATGG  247
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCATTTCAGTCTGGGCTATGAACCAGTTGAGCTTGTTCTTCATGG  246

seq1  ACCAGGATGATCTCGTTCTCTTCCTTTGTAATCACCCTGCTACATGGCTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGATGATCTCGTTCTCTTCCTTTGTAATCACCCTGCTACATGGCTG  296

seq1  ACCTCTAAGCATCACTTCTATATTACCATATGATGGATGGCAAACCCCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTAAGCATCACTTCTATATTACCATATGATGGATGGCAAACCCCAT  346

seq1  CTATGCACTGCTAGATGGGGACACAGGTACTTAAACAAAGATACAAAGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCACTGCTAGATGGGGACACAGGTACTTAAACAAAGATACAAAGAG  396

seq1  TACCACATGGACAACAGTCTGCTACCAGCAATGCTGTGCGGAGACCACTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACATGGACAACAGTCTGCTACCAGCAATGCTGTGCGGAGACCACTG  446

seq1  AGTTGGTCTAGTAGAGAAAGTATCTCCTTTGTAGAGGGACTGGACCCCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTCTAGTAGAGAAAGTATCTCCTTTGTAGAGGGACTGGACCCCTG  496

seq1  GCTTTTGTCTCTTTCTTACTTGATGTTATTAATGGAGGCAAGGCTTTCTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGTCTCTTTCTTACTTGATGTTATTAATGGAGGCAAGGCTTTCTC  546

seq1  TGTGGAGACTGGTACACAGTCTCAGCAGACAGAGACCTCTCATTTATCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGACTGGTACACAGTCTCAGCAGACAGAGACCTCTCATTTATCCT  596

seq1  TATCCTTCTCAGCTACACATGGGGAAGGTAAACTGGAACTCTGTGATGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTCTCAGCTACACATGGGGAAGGTAAACTGGAACTCTGTGATGAT  646

seq1  GGAAGGTTAACACCAGAGACATTTTCTGTACTTGACTCCGAAATGCCATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTTAACACCAGAGACATTTTCTGTACTTGACTCCGAAATGCCATA  696

seq1  CATATAATGGCATTATAATGGCAGACTCCTAATCTTGTGACTCATACTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAATGGCATTATAATGGCAGACTCCTAATCTTGTGACTCATACTGA  746

seq1  GCTTGGGAAAAGGAGTTAAAAGGTGTCCATTTTAGGTTGGAGTTCCTAAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGAAAAGGAGTTAAAAGGTGTCCATTTTAGGTTGGAGTTCCTAAC  796

seq1  ATGCTGAGTGTATACTGAGTGTTACACCACTTGTACAACATACACAAGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAGTGTATACTGAGTGTTACACCACTTGTACAACATACACAAGGT  846

seq1  CCACCGTAAAATATTCAGCACATCCCAGTCCCAATACAATCTTTTCTAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGTAAAATATTCAGCACATCCCAGTCCCAATACAATCTTTTCTAAG  896

seq1  AGTATGCTTTTGTTTTTGAGATAGAATCTTACTATGTAGCTTTGGCTGGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCTTTTGTTTTTGAGATAGAATCTTACTATGTAGCTTTGGCTGGC  946

seq1  TTGGAACTCACTAGGCTAGCCTCAGACTGTCAGAGATCTACCTGTCTCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTCACTAGGCTAGCCTCAGACTGTCAGAGATCTACCTGTCTCAG  996

seq1  GGATCTACCCACCTGTGCCTCCCCAGTGCTGGGATCAAAGGCATGCCCCG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTACCCACCTGTGCCTCCCCAGTGCTGGGATCAAAGGCATGCCCCG  1046

seq1  CCATGGCCAGCTCAAAGTTTATGTTTCTTCAGTGATTATATTTTACAGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCCAGCTCAAAGTTTATGTTTCTTCAGTGATTATATTTTACAGTT  1096

seq1  CTCAAAATAACCTTACTGCCTGGGGACAAGCCTGACTTCTGGAAAGAATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATAACCTTACTGCCTGGGGACAAGCCTGACTTCTGGAAAGAATT  1146

seq1  C  1148
      |
seq2  C  1147